More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene CPS_2483 on replicon NC_003910
Organism: Colwellia psychrerythraea 34H



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003910  CPS_2483  DNA-binding protein  100 
 
 		 198 aa  415  9.999999999999999e-116  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4037  DNA-binding protein  91.96 
 
 		 199 aa  383  1e-106  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3843  DNA-binding protein  70.71 
 
 		 209 aa  285  4e-76  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0763  putative DNA-binding protein  59.18 
 
 		 215 aa  253  2.0000000000000002e-66  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0950  transcriptional regulator  59.9 
 
 		 207 aa  251  5.000000000000001e-66  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000231  predicted transcriptional regulator  58.88 
 
 		 207 aa  248  6e-65  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05970  hypothetical protein  58.88 
 
 		 207 aa  246  1e-64  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2727  DNA-binding transcriptional regulator  57.44 
 
 		 208 aa  243  9.999999999999999e-64  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.118237 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2601  XRE family transcriptional regulator  53.03 
 
 		 203 aa  225  3e-58  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.512754  hitchhiker  0.000000366247 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1906  XRE family transcriptional regulator  54.84 
 
 		 210 aa  218  3.9999999999999997e-56  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1345  XRE family transcriptional regulator  54.26 
 
 		 209 aa  210  1e-53  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.200207  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1555  putative transcriptional regulator  51.6 
 
 		 208 aa  209  3e-53  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.602269  normal  0.341998 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2314  XRE family transcriptional regulator  51.38 
 
 		 208 aa  204  6e-52  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.059917  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3227  transcriptional regulator  50.28 
 
 		 201 aa  186  3e-46  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.792428  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6754  transcriptional regulator, XRE family  41.9 
 
 		 210 aa  167  6e-41  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.36173  normal  0.846385 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3886  XRE family transcriptional regulator  41.9 
 
 		 210 aa  166  2e-40  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2769  XRE family transcriptional regulator  41.9 
 
 		 276 aa  166  2e-40  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3309  XRE family transcriptional regulator  42.22 
 
 		 209 aa  164  6.9999999999999995e-40  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4870  XRE family transcriptional regulator  39.33 
 
 		 211 aa  134  6.0000000000000005e-31  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.523431 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8486  transcriptional regulator, XRE family  36.68 
 
 		 204 aa  134  9.999999999999999e-31  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1430  XRE family transcriptional regulator  35.48 
 
 		 259 aa  129  3e-29  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00776927 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1466  XRE family transcriptional regulator  35.71 
 
 		 206 aa  125  3e-28  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.609185  normal  1 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7013  transcriptional regulator  42.66 
 
 		 150 aa  124  7e-28  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4798  transcriptional regulator  37.84 
 
 		 222 aa  122  5e-27  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.124269  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0062  transcriptional regulator  34.86 
 
 		 211 aa  121  7e-27  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4610  XRE family transcriptional regulator  33.52 
 
 		 252 aa  113  2.0000000000000002e-24  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.985679  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0168  XRE family transcriptional regulator  32.82 
 
 		 227 aa  107  1e-22  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5469  XRE family transcriptional regulator  31.67 
 
 		 215 aa  104  1e-21  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0381278  normal  0.011752 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1876  XRE family transcriptional regulator  32.45 
 
 		 197 aa  102  4e-21  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2245  Cro/CI family transcriptional regulator  32.45 
 
 		 197 aa  101  8e-21  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.492638  normal  0.683994 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3493  XRE family transcriptional regulator  32.45 
 
 		 197 aa  101  8e-21  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.499359  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2007  DNA-binding protein  29.89 
 
 		 205 aa  100  1e-20  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.347316  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2158  XRE family transcriptional regulator  37.43 
 
 		 239 aa  94.7  7e-19  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.233392  normal  0.181964 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1559  transcriptional regulator, XRE family  31.67 
 
 		 262 aa  94.7  9e-19  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.682713  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1469  XRE family transcriptional regulator  29.19 
 
 		 201 aa  93.2  2e-18  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.978322 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3247  XRE family transcriptional regulator  29.73 
 
 		 187 aa  92.4  4e-18  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000592797 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3298  Cro/CI family transcriptional regulator  30.27 
 
 		 187 aa  91.7  6e-18  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5085  XRE family transcriptional regulator  31.49 
 
 		 251 aa  85.9  4e-16  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00667568  normal  0.553791 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0485  transcriptional regulator, XRE family  31.96 
 
 		 197 aa  85.1  7e-16  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00000244144  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0650  XRE family transcriptional regulator  27.13 
 
 		 187 aa  84  0.000000000000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2320  transcriptional regulator, XRE family  29.53 
 
 		 188 aa  83.6  0.000000000000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1889  transcriptional regulator, XRE family  29.02 
 
 		 188 aa  82.8  0.000000000000003  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0079  Cro/CI family transcriptional regulator  27.69 
 
 		 196 aa  82.4  0.000000000000004  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1227  transcriptional regulator  30.32 
 
 		 220 aa  82.4  0.000000000000004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.222447  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0524  XRE family transcriptional regulator  27.23 
 
 		 187 aa  82  0.000000000000005  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  unclonable  0.0000000000827128  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0878  cupin 2 domain-containing protein  27.51 
 
 		 196 aa  81.6  0.000000000000007  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000206175  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3489  XRE family transcriptional regulator  28.49 
 
 		 187 aa  80.9  0.00000000000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3263  transcriptional regulator, XRE family  26.6 
 
 		 188 aa  80.5  0.00000000000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3438  XRE family transcriptional regulator  27.72 
 
 		 198 aa  79.3  0.00000000000003  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5003  XRE family transcriptional regulator  28.02 
 
 		 191 aa  76.3  0.0000000000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.10951 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0751  XRE family transcriptional regulator  28.73 
 
 		 179 aa  75.5  0.0000000000005  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000000101746  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1154  XRE family transcriptional regulator  28.36 
 
 		 204 aa  74.3  0.000000000001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0376883  normal  0.48606 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0477  XRE family transcriptional regulator  27.13 
 
 		 204 aa  74.3  0.000000000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.566181  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3393  transcriptional regulator, XRE family  26.18 
 
 		 199 aa  73.6  0.000000000002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.000124891  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3456  transcriptional regulator, XRE family  26.02 
 
 		 199 aa  73.6  0.000000000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3075  XRE family transcriptional regulator  31.89 
 
 		 269 aa  72.8  0.000000000003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2941  XRE family transcriptional regulator  31.89 
 
 		 271 aa  72.4  0.000000000004  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0631546  normal  0.420407 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2946  transcriptional regulator  26.67 
 
 		 197 aa  72  0.000000000005  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1712  XRE family transcriptional regulator  27.18 
 
 		 191 aa  70.9  0.00000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.526366  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4894  XRE family transcriptional regulator  32.61 
 
 		 180 aa  70.9  0.00000000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.0489002 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6366  XRE family transcriptional regulator  27.18 
 
 		 191 aa  70.9  0.00000000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0311191  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1727  XRE family transcriptional regulator  27.18 
 
 		 191 aa  70.9  0.00000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.170715  normal  0.149129 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3025  XRE family transcriptional regulator  30.27 
 
 		 281 aa  69.7  0.00000000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.925102 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2819  MerR family transcriptional regulator  26.46 
 
 		 192 aa  70.5  0.00000000002  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  0.142376 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5444  XRE family transcriptional regulator  31.52 
 
 		 180 aa  69.3  0.00000000004  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  decreased coverage  0.00345676  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0076  XRE family transcriptional regulator  31.52 
 
 		 180 aa  68.9  0.00000000005  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.196991  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4110  XRE family transcriptional regulator  28.14 
 
 		 212 aa  68.6  0.00000000005  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.595211  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1159  putative transcription regulator protein  31.87 
 
 		 182 aa  68.6  0.00000000006  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.109435 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5615  XRE family transcriptional regulator  30.43 
 
 		 180 aa  68.6  0.00000000006  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.322287  normal  0.0794813 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4613  XRE family transcriptional regulator  30.22 
 
 		 180 aa  68.6  0.00000000006  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.101875  hitchhiker  0.00323798 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5244  XRE family transcriptional regulator  30.43 
 
 		 180 aa  68.6  0.00000000006  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.664792  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0958  DNA-binding protein  31.15 
 
 		 187 aa  67.8  0.00000000009  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.704462  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0281  DNA-binding protein  31.15 
 
 		 187 aa  67.8  0.00000000009  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0867  DNA-binding protein  31.15 
 
 		 187 aa  67.8  0.00000000009  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1956  DNA-binding protein  31.15 
 
 		 187 aa  67.8  0.00000000009  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1162  DNA-binding protein  31.15 
 
 		 187 aa  67.4  0.0000000001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1128  XRE family transcriptional regulator  29.79 
 
 		 182 aa  67.4  0.0000000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1008  DNA-binding protein  31.15 
 
 		 187 aa  67  0.0000000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0901  XRE family transcriptional regulator  26.67 
 
 		 181 aa  66.6  0.0000000002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000108423 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1001  DNA-binding protein  31.15 
 
 		 187 aa  67  0.0000000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0970  XRE family transcriptional regulator  28.49 
 
 		 182 aa  66.6  0.0000000003  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2327  transcriptional regulator, XRE family  27.13 
 
 		 189 aa  65.9  0.0000000003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1039  MerR family transcriptional regulator  25.13 
 
 		 192 aa  65.9  0.0000000004  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2902  Cupin 2 conserved barrel domain protein  30.43 
 
 		 189 aa  65.9  0.0000000004  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3049  XRE family transcriptional regulator  29.67 
 
 		 259 aa  65.1  0.0000000006  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0258201 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3030  XRE family transcriptional regulator  29.67 
 
 		 259 aa  65.1  0.0000000007  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2416  XRE family transcriptional regulator  29.67 
 
 		 259 aa  65.1  0.0000000007  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2540  Cro/CI family transcriptional regulator  26.26 
 
 		 181 aa  64.7  0.0000000008  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0805  DNA-binding protein  30.05 
 
 		 224 aa  64.7  0.0000000009  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.602444  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2094  transcriptional regulator Cro/CI family protein  25.95 
 
 		 188 aa  64.3  0.000000001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0556  MerR family transcriptional regulator  26.78 
 
 		 189 aa  64.3  0.000000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2356  transcriptional regulator, XRE family  24.31 
 
 		 188 aa  64.3  0.000000001  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.190302 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5543  XRE family transcriptional regulator  25.63 
 
 		 192 aa  63.5  0.000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.827143  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1254  DNA-binding protein  26.5 
 
 		 236 aa  63.2  0.000000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1243  transcriptional regulator  25.28 
 
 		 184 aa  63.5  0.000000002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2220  DNA-binding protein  26 
 
 		 236 aa  63.2  0.000000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4729  XRE family transcriptional regulator  25.63 
 
 		 192 aa  63.5  0.000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5317  XRE family transcriptional regulator  25.63 
 
 		 192 aa  63.5  0.000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.221767  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0943  XRE family transcriptional regulator  28.49 
 
 		 182 aa  62.8  0.000000003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6377  XRE family transcriptional regulator  29.19 
 
 		 286 aa  62.8  0.000000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.739753  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>