More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_5085 on replicon NC_007974
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007974  Rmet_5085  XRE family transcriptional regulator  100 
 
 		 251 aa  510  1e-144  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00667568  normal  0.553791 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1559  transcriptional regulator, XRE family  72.68 
 
 		 262 aa  302  4.0000000000000003e-81  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.682713  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0062  transcriptional regulator  42.5 
 
 		 211 aa  159  4e-38  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5469  XRE family transcriptional regulator  38 
 
 		 215 aa  146  3e-34  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0381278  normal  0.011752 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0168  XRE family transcriptional regulator  41.08 
 
 		 227 aa  136  4e-31  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3309  XRE family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 209 aa  119  3.9999999999999996e-26  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2245  Cro/CI family transcriptional regulator  35.43 
 
 		 197 aa  115  6e-25  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.492638  normal  0.683994 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3493  XRE family transcriptional regulator  35.43 
 
 		 197 aa  115  6e-25  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.499359  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1876  XRE family transcriptional regulator  35.43 
 
 		 197 aa  115  6e-25  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3227  transcriptional regulator  33.69 
 
 		 201 aa  115  7.999999999999999e-25  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.792428  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1469  XRE family transcriptional regulator  34.95 
 
 		 201 aa  115  1.0000000000000001e-24  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.978322 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1430  XRE family transcriptional regulator  30.51 
 
 		 259 aa  114  1.0000000000000001e-24  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00776927 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4798  transcriptional regulator  33.51 
 
 		 222 aa  108  7.000000000000001e-23  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.124269  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000231  predicted transcriptional regulator  31.98 
 
 		 207 aa  106  3e-22  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2727  DNA-binding transcriptional regulator  32.6 
 
 		 208 aa  105  6e-22  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.118237 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05970  hypothetical protein  31.47 
 
 		 207 aa  104  1e-21  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2769  XRE family transcriptional regulator  33.67 
 
 		 276 aa  104  2e-21  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6754  transcriptional regulator, XRE family  33.17 
 
 		 210 aa  102  4e-21  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.36173  normal  0.846385 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1466  XRE family transcriptional regulator  32.74 
 
 		 206 aa  102  4e-21  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.609185  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2601  XRE family transcriptional regulator  30.85 
 
 		 203 aa  102  5e-21  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.512754  hitchhiker  0.000000366247 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1345  XRE family transcriptional regulator  33.89 
 
 		 209 aa  102  7e-21  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.200207  normal  1 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0950  transcriptional regulator  31.98 
 
 		 207 aa  101  1e-20  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4610  XRE family transcriptional regulator  31.32 
 
 		 252 aa  101  1e-20  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.985679  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2007  DNA-binding protein  32.66 
 
 		 205 aa  100  2e-20  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.347316  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1555  putative transcriptional regulator  32.42 
 
 		 208 aa  99.8  3e-20  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.602269  normal  0.341998 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2314  XRE family transcriptional regulator  32.96 
 
 		 208 aa  97.8  1e-19  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.059917  normal  1 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0763  putative DNA-binding protein  31.84 
 
 		 215 aa  97.8  2e-19  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3886  XRE family transcriptional regulator  33.7 
 
 		 210 aa  96.3  4e-19  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8486  transcriptional regulator, XRE family  31.15 
 
 		 204 aa  94.7  1e-18  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1906  XRE family transcriptional regulator  29.53 
 
 		 210 aa  94  2e-18  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3843  DNA-binding protein  29.32 
 
 		 209 aa  89.7  4e-17  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4037  DNA-binding protein  30.56 
 
 		 199 aa  86.7  4e-16  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0477  XRE family transcriptional regulator  28.65 
 
 		 204 aa  86.3  4e-16  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.566181  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2483  DNA-binding protein  31.49 
 
 		 198 aa  85.9  6e-16  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7013  transcriptional regulator  33.33 
 
 		 150 aa  84.3  0.000000000000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0485  transcriptional regulator, XRE family  30.53 
 
 		 197 aa  83.6  0.000000000000003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00000244144  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2819  MerR family transcriptional regulator  30.32 
 
 		 192 aa  80.5  0.00000000000002  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  0.142376 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0076  XRE family transcriptional regulator  34.76 
 
 		 180 aa  81.3  0.00000000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.196991  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0805  DNA-binding protein  33.7 
 
 		 224 aa  81.3  0.00000000000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.602444  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4870  XRE family transcriptional regulator  30.81 
 
 		 211 aa  80.5  0.00000000000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.523431 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1008  DNA-binding protein  31.41 
 
 		 187 aa  80.1  0.00000000000003  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1001  DNA-binding protein  31.41 
 
 		 187 aa  80.1  0.00000000000003  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1159  putative transcription regulator protein  34.24 
 
 		 182 aa  79.7  0.00000000000004  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.109435 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1162  DNA-binding protein  31.41 
 
 		 187 aa  79.7  0.00000000000004  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4894  XRE family transcriptional regulator  34.15 
 
 		 180 aa  79.7  0.00000000000004  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.0489002 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3456  transcriptional regulator, XRE family  28.34 
 
 		 199 aa  79.3  0.00000000000005  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5444  XRE family transcriptional regulator  34.15 
 
 		 180 aa  79.3  0.00000000000005  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  decreased coverage  0.00345676  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3393  transcriptional regulator, XRE family  28.34 
 
 		 199 aa  79.3  0.00000000000005  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.000124891  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1558  cupin 2 domain-containing protein  29.35 
 
 		 180 aa  79.3  0.00000000000006  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0661  MerR family transcriptional regulator  27.12 
 
 		 192 aa  78.6  0.00000000000008  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0325  XRE family transcriptional regulator  26.67 
 
 		 192 aa  78.2  0.0000000000001  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4613  XRE family transcriptional regulator  33.54 
 
 		 180 aa  77.8  0.0000000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.101875  hitchhiker  0.00323798 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5244  XRE family transcriptional regulator  33.54 
 
 		 180 aa  78.2  0.0000000000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.664792  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5615  XRE family transcriptional regulator  33.54 
 
 		 180 aa  78.2  0.0000000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.322287  normal  0.0794813 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1956  DNA-binding protein  30.89 
 
 		 187 aa  77  0.0000000000003  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0958  DNA-binding protein  30.89 
 
 		 187 aa  77  0.0000000000003  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.704462  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0281  DNA-binding protein  30.89 
 
 		 187 aa  77  0.0000000000003  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0867  DNA-binding protein  30.89 
 
 		 187 aa  77  0.0000000000003  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1444  cupin 2 domain-containing protein  27.08 
 
 		 192 aa  75.9  0.0000000000005  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1227  transcriptional regulator  29.95 
 
 		 220 aa  75.9  0.0000000000006  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.222447  normal  1 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0154  XRE family transcriptional regulator  30.22 
 
 		 182 aa  75.5  0.0000000000007  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3438  XRE family transcriptional regulator  30.53 
 
 		 198 aa  75.5  0.0000000000008  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0474  XRE family transcriptional regulator  30.21 
 
 		 192 aa  75.5  0.0000000000008  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.554508  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1039  MerR family transcriptional regulator  25.64 
 
 		 192 aa  75.1  0.0000000000009  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1587  helix-turn-helix domain-containing protein  26.53 
 
 		 192 aa  74.7  0.000000000001  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.494606  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0878  cupin 2 domain-containing protein  30 
 
 		 196 aa  75.1  0.000000000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000206175  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3313  transcriptional regulator, XRE family  29.28 
 
 		 201 aa  73.9  0.000000000002  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1083  XRE family transcriptional regulator  27.57 
 
 		 199 aa  73.9  0.000000000002  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0846857  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5113  putative transcriptional regulator  31.38 
 
 		 187 aa  73.9  0.000000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0079  Cro/CI family transcriptional regulator  30.27 
 
 		 196 aa  73.6  0.000000000003  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_58380  putative transcriptional regulator  31.77 
 
 		 187 aa  73.6  0.000000000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2171  transcriptional regulator  31.64 
 
 		 184 aa  72.4  0.000000000006  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  0.809699 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2946  transcriptional regulator  29.1 
 
 		 197 aa  72  0.00000000001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3489  XRE family transcriptional regulator  28.41 
 
 		 187 aa  70.9  0.00000000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1110  Phosphate butyryltransferase  34.16 
 
 		 503 aa  71.2  0.00000000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0108  transcriptional regulator, XRE family  29.83 
 
 		 186 aa  70.9  0.00000000002  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0992  cupin 2 domain-containing protein  29.63 
 
 		 186 aa  70.1  0.00000000003  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  decreased coverage  0.00214756  normal  0.392819 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3151  Cupin 2 conserved barrel domain protein  33.33 
 
 		 503 aa  70.5  0.00000000003  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0842  cupin 2 domain-containing protein  32.45 
 
 		 188 aa  70.5  0.00000000003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2732  XRE family transcriptional regulator  32.22 
 
 		 180 aa  69.7  0.00000000004  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3125  Cro/CI family transcriptional regulator  32.22 
 
 		 180 aa  69.7  0.00000000005  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.888864  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0311  putative transcriptional regulator  32.22 
 
 		 179 aa  69.7  0.00000000005  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008244  Meso_4609  XRE family transcriptional regulator  28.19 
 
 		 229 aa  69.3  0.00000000006  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1243  transcriptional regulator  29.01 
 
 		 184 aa  68.9  0.00000000007  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4110  XRE family transcriptional regulator  28.49 
 
 		 212 aa  68.9  0.00000000007  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.595211  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2318  transcriptional regulator  28.4 
 
 		 188 aa  68.6  0.00000000008  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.00466136  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_02750  putative transcriptional regulator  31.67 
 
 		 179 aa  68.6  0.00000000009  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.549892  normal  0.0746214 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1309  transcriptional regulator  31.69 
 
 		 180 aa  68.2  0.0000000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0002  transcriptional regulator, XRE family  29.01 
 
 		 184 aa  67.4  0.0000000002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.138514 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5814  transcriptional regulator, XRE family  30.14 
 
 		 193 aa  67.4  0.0000000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2591  XRE family transcriptional regulator  33.13 
 
 		 180 aa  67.4  0.0000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0450  XRE family transcriptional regulator  31.03 
 
 		 180 aa  67.4  0.0000000002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2158  XRE family transcriptional regulator  32.24 
 
 		 239 aa  67.8  0.0000000002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.233392  normal  0.181964 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0521  cupin 2 domain-containing protein  27.84 
 
 		 184 aa  67  0.0000000003  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0650  XRE family transcriptional regulator  26.49 
 
 		 187 aa  66.6  0.0000000004  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0817  transcriptional regulator, XRE family  29.28 
 
 		 184 aa  66.2  0.0000000004  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0552  transcriptional regulator  28.42 
 
 		 183 aa  66.2  0.0000000004  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  decreased coverage  0.0032692  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2320  transcriptional regulator, XRE family  29.26 
 
 		 188 aa  66.2  0.0000000005  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0587  cupin 2 domain-containing protein  25.57 
 
 		 184 aa  65.9  0.0000000006  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0316  cupin 2 domain-containing protein  26.14 
 
 		 184 aa  65.9  0.0000000006  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>