More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PSPA7_2007 on replicon NC_009656
Organism: Pseudomonas aeruginosa PA7



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009656  PSPA7_2007  DNA-binding protein  100 
 
 		 205 aa  416  9.999999999999999e-116  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.347316  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2245  Cro/CI family transcriptional regulator  70.31 
 
 		 197 aa  267  8e-71  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.492638  normal  0.683994 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3493  XRE family transcriptional regulator  70.31 
 
 		 197 aa  267  8e-71  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.499359  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1876  XRE family transcriptional regulator  70.16 
 
 		 197 aa  266  2e-70  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1469  XRE family transcriptional regulator  57.75 
 
 		 201 aa  202  4e-51  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.978322 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0168  XRE family transcriptional regulator  48.84 
 
 		 227 aa  166  2e-40  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0062  transcriptional regulator  42.65 
 
 		 211 aa  153  2e-36  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5469  XRE family transcriptional regulator  39.8 
 
 		 215 aa  145  4.0000000000000006e-34  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0381278  normal  0.011752 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1559  transcriptional regulator, XRE family  40.68 
 
 		 262 aa  122  4e-27  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.682713  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1555  putative transcriptional regulator  37.16 
 
 		 208 aa  118  7.999999999999999e-26  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.602269  normal  0.341998 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2727  DNA-binding transcriptional regulator  33.15 
 
 		 208 aa  117  1.9999999999999998e-25  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.118237 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1466  XRE family transcriptional regulator  36.9 
 
 		 206 aa  115  3.9999999999999997e-25  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.609185  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1345  XRE family transcriptional regulator  35.64 
 
 		 209 aa  114  6.9999999999999995e-25  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.200207  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2314  XRE family transcriptional regulator  35.33 
 
 		 208 aa  110  1.0000000000000001e-23  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.059917  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1430  XRE family transcriptional regulator  34.66 
 
 		 259 aa  109  2.0000000000000002e-23  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00776927 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4037  DNA-binding protein  32.43 
 
 		 199 aa  108  5e-23  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3227  transcriptional regulator  34.01 
 
 		 201 aa  108  8.000000000000001e-23  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.792428  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0763  putative DNA-binding protein  32.99 
 
 		 215 aa  107  9.000000000000001e-23  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2483  DNA-binding protein  32.61 
 
 		 198 aa  107  1e-22  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3843  DNA-binding protein  31.22 
 
 		 209 aa  107  1e-22  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05970  hypothetical protein  32.11 
 
 		 207 aa  107  1e-22  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5085  XRE family transcriptional regulator  34.17 
 
 		 251 aa  107  1e-22  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00667568  normal  0.553791 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000231  predicted transcriptional regulator  32.47 
 
 		 207 aa  107  2e-22  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0950  transcriptional regulator  31.55 
 
 		 207 aa  102  3e-21  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3309  XRE family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 209 aa  102  3e-21  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4798  transcriptional regulator  34.21 
 
 		 222 aa  100  2e-20  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.124269  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1906  XRE family transcriptional regulator  28.71 
 
 		 210 aa  97.4  1e-19  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2601  XRE family transcriptional regulator  31.52 
 
 		 203 aa  96.3  3e-19  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.512754  hitchhiker  0.000000366247 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8486  transcriptional regulator, XRE family  30.86 
 
 		 204 aa  95.1  6e-19  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3886  XRE family transcriptional regulator  31.89 
 
 		 210 aa  93.6  2e-18  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6754  transcriptional regulator, XRE family  31.87 
 
 		 210 aa  89.4  3e-17  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.36173  normal  0.846385 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4610  XRE family transcriptional regulator  31.18 
 
 		 252 aa  87.8  9e-17  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.985679  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2769  XRE family transcriptional regulator  31.52 
 
 		 276 aa  87.8  1e-16  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4870  XRE family transcriptional regulator  27.96 
 
 		 211 aa  86.3  3e-16  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.523431 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0450  XRE family transcriptional regulator  35.75 
 
 		 180 aa  75.5  0.0000000000005  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7013  transcriptional regulator  30.61 
 
 		 150 aa  75.5  0.0000000000006  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0477  XRE family transcriptional regulator  27.22 
 
 		 204 aa  71.6  0.000000000007  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.566181  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2946  transcriptional regulator  29.26 
 
 		 197 aa  71.6  0.000000000008  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3438  XRE family transcriptional regulator  27.64 
 
 		 198 aa  71.6  0.000000000008  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1227  transcriptional regulator  29.63 
 
 		 220 aa  71.2  0.00000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.222447  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1558  cupin 2 domain-containing protein  27.57 
 
 		 180 aa  70.1  0.00000000002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0842  cupin 2 domain-containing protein  31.72 
 
 		 188 aa  68.2  0.00000000009  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2327  transcriptional regulator, XRE family  28.87 
 
 		 189 aa  67.8  0.0000000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2902  Cupin 2 conserved barrel domain protein  29.76 
 
 		 189 aa  67  0.0000000002  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0878  cupin 2 domain-containing protein  27.41 
 
 		 196 aa  66.2  0.0000000003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000206175  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0485  transcriptional regulator, XRE family  29.06 
 
 		 197 aa  65.9  0.0000000004  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00000244144  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2571  transcriptional regulator, XRE family  26.49 
 
 		 192 aa  65.1  0.0000000007  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  decreased coverage  0.00000000481124  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0079  Cro/CI family transcriptional regulator  26.26 
 
 		 196 aa  64.7  0.000000001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4894  XRE family transcriptional regulator  28.8 
 
 		 180 aa  64.3  0.000000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.0489002 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3456  transcriptional regulator, XRE family  25.38 
 
 		 199 aa  63.2  0.000000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0076  XRE family transcriptional regulator  28.8 
 
 		 180 aa  62.8  0.000000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.196991  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3393  transcriptional regulator, XRE family  25.38 
 
 		 199 aa  63.2  0.000000003  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.000124891  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2646  XRE family transcriptional regulator  28.14 
 
 		 182 aa  62.4  0.000000005  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2909  MerR family transcriptional regulator  28 
 
 		 292 aa  62  0.000000006  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5444  XRE family transcriptional regulator  28.26 
 
 		 180 aa  62  0.000000006  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  decreased coverage  0.00345676  normal  1 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0609  cupin sensor transcriptional regulator  23.46 
 
 		 184 aa  61.6  0.000000007  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.176567  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1566  transcriptional regulator, XRE family  30.77 
 
 		 202 aa  62  0.000000007  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.0862847 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5244  XRE family transcriptional regulator  28.26 
 
 		 180 aa  62  0.000000007  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.664792  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5615  XRE family transcriptional regulator  28.26 
 
 		 180 aa  62  0.000000007  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.322287  normal  0.0794813 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4613  XRE family transcriptional regulator  28.26 
 
 		 180 aa  61.2  0.000000009  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.101875  hitchhiker  0.00323798 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5358  putative transcriptional regulator, XRE family  30.34 
 
 		 201 aa  60.8  0.00000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.406538  normal  0.655587 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3551  transcriptional regulator, XRE family  29.32 
 
 		 196 aa  60.8  0.00000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2714  XRE family transcriptional regulator  27.38 
 
 		 204 aa  60.8  0.00000001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0165  XRE family transcriptional regulator  29.94 
 
 		 200 aa  60.8  0.00000001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2171  transcriptional regulator  27.59 
 
 		 184 aa  60.1  0.00000002  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  0.809699 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3652  XRE family transcriptional regulator  27.84 
 
 		 196 aa  60.5  0.00000002  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00533728 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1702  transcriptional regulator, XRE family  31.36 
 
 		 218 aa  60.5  0.00000002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0992  cupin 2 domain-containing protein  29.59 
 
 		 186 aa  60.1  0.00000002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  decreased coverage  0.00214756  normal  0.392819 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2948  transcriptional regulator, XRE family  27.08 
 
 		 225 aa  60.1  0.00000002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0211039  hitchhiker  0.000112709 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4666  transcriptional regulator, XRE family  29.17 
 
 		 197 aa  59.7  0.00000003  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.223091  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3404  cupin 2 domain-containing protein  28.28 
 
 		 215 aa  59.7  0.00000003  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0311  cupin 2 domain-containing protein  27.75 
 
 		 189 aa  59.7  0.00000003  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1941  transcriptional regulator  31.36 
 
 		 225 aa  59.7  0.00000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1104  cupin 2 domain-containing protein  26.35 
 
 		 182 aa  59.3  0.00000004  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.183758  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1163  cupin 2 domain-containing protein  26.35 
 
 		 182 aa  59.3  0.00000004  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.967119  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1265  transcriptional regulator, putative  26.95 
 
 		 182 aa  59.3  0.00000004  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3195  transcriptional regulator, XRE family  26.35 
 
 		 182 aa  59.3  0.00000004  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.0639399 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2028  transcriptional regulator, XRE family  27.27 
 
 		 194 aa  59.3  0.00000004  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.165285  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1195  XRE family transcriptional regulator  26.35 
 
 		 182 aa  59.3  0.00000004  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.152731  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2158  XRE family transcriptional regulator  30.6 
 
 		 239 aa  59.3  0.00000004  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.233392  normal  0.181964 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0970  XRE family transcriptional regulator  27.81 
 
 		 182 aa  58.9  0.00000004  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0154  XRE family transcriptional regulator  26.95 
 
 		 182 aa  59.3  0.00000004  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2046  XRE family transcriptional regulator  27.06 
 
 		 205 aa  58.9  0.00000005  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.298774  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2921  XRE family transcriptional regulator  26.16 
 
 		 208 aa  58.9  0.00000005  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.899455  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3003  XRE family transcriptional regulator  26.16 
 
 		 208 aa  58.9  0.00000005  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.252662  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3100  XRE family transcriptional regulator  26.16 
 
 		 208 aa  58.9  0.00000005  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.510523  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4448  XRE family transcriptional regulator  27.46 
 
 		 193 aa  58.5  0.00000006  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0311191  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2318  transcriptional regulator  28.65 
 
 		 188 aa  58.2  0.00000008  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.00466136  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1668  transcriptional regulator, XRE family  27.13 
 
 		 188 aa  58.2  0.00000008  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.580406  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7925  putative transcriptional regulator, XRE family  28.74 
 
 		 199 aa  58.2  0.00000008  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.421089 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3341  XRE family transcriptional regulator  26.63 
 
 		 193 aa  58.2  0.00000009  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.272722  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3403  XRE family transcriptional regulator  26.63 
 
 		 193 aa  58.2  0.00000009  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.234277 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3352  XRE family transcriptional regulator  26.63 
 
 		 193 aa  58.2  0.00000009  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.236659 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3050  transcriptional regulator, XRE family  30.73 
 
 		 195 aa  57.4  0.0000001  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.0215158  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1507  transcriptional regulator, XRE family  25.26 
 
 		 211 aa  57.8  0.0000001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5113  putative transcriptional regulator  28.26 
 
 		 187 aa  58.2  0.0000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_58380  putative transcriptional regulator  28.26 
 
 		 187 aa  57.8  0.0000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4811  XRE family transcriptional regulator  29.19 
 
 		 201 aa  56.6  0.0000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00213383 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5912  XRE family transcriptional regulator  28.31 
 
 		 213 aa  57  0.0000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_17550  putative transcriptional regulator with cupin domain  26.11 
 
 		 200 aa  57.4  0.0000002  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.0466174  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>