More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene CPS_4037 on replicon NC_003910
Organism: Colwellia psychrerythraea 34H



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003910  CPS_4037  DNA-binding protein  100 
 
 		 199 aa  416  1e-116  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2483  DNA-binding protein  91.96 
 
 		 198 aa  383  1e-106  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3843  DNA-binding protein  69.19 
 
 		 209 aa  289  2e-77  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0763  putative DNA-binding protein  63.16 
 
 		 215 aa  260  1e-68  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0950  transcriptional regulator  63.64 
 
 		 207 aa  255  3e-67  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000231  predicted transcriptional regulator  60.1 
 
 		 207 aa  251  4.0000000000000004e-66  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05970  hypothetical protein  60.1 
 
 		 207 aa  250  9.000000000000001e-66  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2727  DNA-binding transcriptional regulator  58.88 
 
 		 208 aa  245  3e-64  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.118237 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2601  XRE family transcriptional regulator  53.57 
 
 		 203 aa  223  1e-57  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.512754  hitchhiker  0.000000366247 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1555  putative transcriptional regulator  53.72 
 
 		 208 aa  218  3.9999999999999997e-56  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.602269  normal  0.341998 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1906  XRE family transcriptional regulator  53.23 
 
 		 210 aa  214  9.999999999999999e-55  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1345  XRE family transcriptional regulator  52.04 
 
 		 209 aa  211  4.9999999999999996e-54  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.200207  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2314  XRE family transcriptional regulator  51.38 
 
 		 208 aa  204  7e-52  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.059917  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3227  transcriptional regulator  50.56 
 
 		 201 aa  184  7e-46  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.792428  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3886  XRE family transcriptional regulator  43.5 
 
 		 210 aa  172  1.9999999999999998e-42  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6754  transcriptional regulator, XRE family  42.94 
 
 		 210 aa  171  7.999999999999999e-42  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.36173  normal  0.846385 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2769  XRE family transcriptional regulator  42.94 
 
 		 276 aa  169  2e-41  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3309  XRE family transcriptional regulator  43.09 
 
 		 209 aa  162  3e-39  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8486  transcriptional regulator, XRE family  39.23 
 
 		 204 aa  141  5e-33  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4870  XRE family transcriptional regulator  38.89 
 
 		 211 aa  133  1.9999999999999998e-30  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.523431 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1430  XRE family transcriptional regulator  34.41 
 
 		 259 aa  129  3e-29  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00776927 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1466  XRE family transcriptional regulator  36.07 
 
 		 206 aa  128  5.0000000000000004e-29  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.609185  normal  1 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7013  transcriptional regulator  41.96 
 
 		 150 aa  124  1e-27  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4798  transcriptional regulator  38.98 
 
 		 222 aa  123  2e-27  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.124269  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0062  transcriptional regulator  33.52 
 
 		 211 aa  117  7.999999999999999e-26  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4610  XRE family transcriptional regulator  34.62 
 
 		 252 aa  115  6e-25  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.985679  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0168  XRE family transcriptional regulator  32.97 
 
 		 227 aa  108  7.000000000000001e-23  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5469  XRE family transcriptional regulator  32.22 
 
 		 215 aa  103  2e-21  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0381278  normal  0.011752 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2007  DNA-binding protein  32.43 
 
 		 205 aa  100  1e-20  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.347316  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1876  XRE family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 197 aa  99.8  3e-20  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2245  Cro/CI family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 197 aa  97.8  9e-20  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.492638  normal  0.683994 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3493  XRE family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 197 aa  97.8  9e-20  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.499359  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2158  XRE family transcriptional regulator  36.67 
 
 		 239 aa  95.1  7e-19  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.233392  normal  0.181964 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1469  XRE family transcriptional regulator  28.65 
 
 		 201 aa  94.7  8e-19  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.978322 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1559  transcriptional regulator, XRE family  29.53 
 
 		 262 aa  91.3  8e-18  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.682713  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1227  transcriptional regulator  30.65 
 
 		 220 aa  87  2e-16  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.222447  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5085  XRE family transcriptional regulator  30.56 
 
 		 251 aa  86.7  2e-16  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00667568  normal  0.553791 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3247  XRE family transcriptional regulator  27.96 
 
 		 187 aa  85.9  4e-16  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000592797 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3298  Cro/CI family transcriptional regulator  28.49 
 
 		 187 aa  85.5  5e-16  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0485  transcriptional regulator, XRE family  32.47 
 
 		 197 aa  84.3  9e-16  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00000244144  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0079  Cro/CI family transcriptional regulator  28.72 
 
 		 196 aa  83.6  0.000000000000002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3263  transcriptional regulator, XRE family  27.89 
 
 		 188 aa  82.4  0.000000000000004  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0878  cupin 2 domain-containing protein  28.57 
 
 		 196 aa  82  0.000000000000005  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000206175  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3438  XRE family transcriptional regulator  28.93 
 
 		 198 aa  82  0.000000000000005  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3489  XRE family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 187 aa  80.9  0.00000000000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2320  transcriptional regulator, XRE family  28.34 
 
 		 188 aa  80.5  0.00000000000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0650  XRE family transcriptional regulator  26.46 
 
 		 187 aa  79.3  0.00000000000003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1889  transcriptional regulator, XRE family  27.81 
 
 		 188 aa  79.3  0.00000000000003  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0751  XRE family transcriptional regulator  29.67 
 
 		 179 aa  79  0.00000000000004  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000000101746  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0524  XRE family transcriptional regulator  25.39 
 
 		 187 aa  77  0.0000000000002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  unclonable  0.0000000000827128  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3456  transcriptional regulator, XRE family  27.04 
 
 		 199 aa  76.3  0.0000000000003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3393  transcriptional regulator, XRE family  27.04 
 
 		 199 aa  75.9  0.0000000000004  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.000124891  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5003  XRE family transcriptional regulator  27.78 
 
 		 191 aa  74.3  0.000000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.10951 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1154  XRE family transcriptional regulator  27.69 
 
 		 204 aa  73.6  0.000000000002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0376883  normal  0.48606 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4110  XRE family transcriptional regulator  30.1 
 
 		 212 aa  72.8  0.000000000003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.595211  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3075  XRE family transcriptional regulator  31.35 
 
 		 269 aa  71.6  0.000000000006  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2819  MerR family transcriptional regulator  26.98 
 
 		 192 aa  71.6  0.000000000007  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  0.142376 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2941  XRE family transcriptional regulator  31.35 
 
 		 271 aa  71.2  0.000000000009  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0631546  normal  0.420407 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1159  putative transcription regulator protein  32.96 
 
 		 182 aa  71.2  0.00000000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.109435 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2902  Cupin 2 conserved barrel domain protein  32.26 
 
 		 189 aa  70.1  0.00000000002  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4894  XRE family transcriptional regulator  32.79 
 
 		 180 aa  70.1  0.00000000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.0489002 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0556  MerR family transcriptional regulator  27.66 
 
 		 189 aa  70.1  0.00000000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1712  XRE family transcriptional regulator  27.22 
 
 		 191 aa  69.7  0.00000000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.526366  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1507  transcriptional regulator, XRE family  26.15 
 
 		 211 aa  69.7  0.00000000003  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1727  XRE family transcriptional regulator  27.22 
 
 		 191 aa  69.7  0.00000000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.170715  normal  0.149129 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6366  XRE family transcriptional regulator  27.22 
 
 		 191 aa  69.7  0.00000000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0311191  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0970  XRE family transcriptional regulator  31.18 
 
 		 182 aa  68.9  0.00000000004  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0477  XRE family transcriptional regulator  26.63 
 
 		 204 aa  69.3  0.00000000004  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.566181  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3025  XRE family transcriptional regulator  28.8 
 
 		 281 aa  68.9  0.00000000005  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.925102 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1039  MerR family transcriptional regulator  26.34 
 
 		 192 aa  68.9  0.00000000005  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5444  XRE family transcriptional regulator  31.69 
 
 		 180 aa  68.9  0.00000000005  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  decreased coverage  0.00345676  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1128  XRE family transcriptional regulator  29.35 
 
 		 182 aa  68.2  0.00000000008  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1254  DNA-binding protein  26.77 
 
 		 236 aa  68.2  0.00000000008  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0076  XRE family transcriptional regulator  31.15 
 
 		 180 aa  68.2  0.00000000008  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.196991  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4613  XRE family transcriptional regulator  30.6 
 
 		 180 aa  67.8  0.00000000009  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.101875  hitchhiker  0.00323798 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5615  XRE family transcriptional regulator  30.6 
 
 		 180 aa  67.8  0.00000000009  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.322287  normal  0.0794813 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5244  XRE family transcriptional regulator  30.6 
 
 		 180 aa  67.8  0.00000000009  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.664792  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2356  transcriptional regulator, XRE family  25.27 
 
 		 188 aa  67.8  0.0000000001  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.190302 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2220  DNA-binding protein  26.26 
 
 		 236 aa  67.4  0.0000000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0943  XRE family transcriptional regulator  28.11 
 
 		 182 aa  67  0.0000000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2646  XRE family transcriptional regulator  29.17 
 
 		 182 aa  66.6  0.0000000002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2946  transcriptional regulator  25.13 
 
 		 197 aa  66.6  0.0000000002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5543  XRE family transcriptional regulator  26.84 
 
 		 192 aa  66.2  0.0000000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.827143  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4729  XRE family transcriptional regulator  26.84 
 
 		 192 aa  66.2  0.0000000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2327  transcriptional regulator, XRE family  27.37 
 
 		 189 aa  65.9  0.0000000003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5317  XRE family transcriptional regulator  26.84 
 
 		 192 aa  66.2  0.0000000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.221767  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1243  transcriptional regulator  25.84 
 
 		 184 aa  65.5  0.0000000005  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3262  XRE family transcriptional regulator  26.02 
 
 		 193 aa  65.1  0.0000000006  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0174683 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0384  DNA-binding protein  27.03 
 
 		 179 aa  65.1  0.0000000006  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1163  cupin 2 domain-containing protein  29.59 
 
 		 182 aa  65.1  0.0000000006  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.967119  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1195  XRE family transcriptional regulator  29.59 
 
 		 182 aa  65.1  0.0000000006  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.152731  normal  1 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0867  DNA-binding protein  31.15 
 
 		 187 aa  65.1  0.0000000006  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0958  DNA-binding protein  31.15 
 
 		 187 aa  65.1  0.0000000006  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.704462  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2904  DNA-binding protein  27.03 
 
 		 179 aa  65.1  0.0000000006  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.311354  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1956  DNA-binding protein  31.15 
 
 		 187 aa  65.1  0.0000000006  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0350  DNA-binding protein  27.03 
 
 		 179 aa  65.1  0.0000000006  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1723  DNA-binding protein  27.03 
 
 		 179 aa  65.1  0.0000000006  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0900931  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1104  cupin 2 domain-containing protein  29.59 
 
 		 182 aa  65.1  0.0000000006  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.183758  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3195  transcriptional regulator, XRE family  29.59 
 
 		 182 aa  65.1  0.0000000006  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.0639399 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1533  DNA-binding protein  27.03 
 
 		 179 aa  65.1  0.0000000006  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>