222 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_7013 on replicon NC_011981
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011981  Avi_7013  transcriptional regulator  100 
 
 		 150 aa  307  4e-83  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3309  XRE family transcriptional regulator  55.41 
 
 		 209 aa  186  1e-46  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3886  XRE family transcriptional regulator  47.33 
 
 		 210 aa  149  1e-35  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3227  transcriptional regulator  49.3 
 
 		 201 aa  149  1e-35  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.792428  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6754  transcriptional regulator, XRE family  46.94 
 
 		 210 aa  148  2e-35  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.36173  normal  0.846385 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2769  XRE family transcriptional regulator  46.94 
 
 		 276 aa  146  9e-35  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2314  XRE family transcriptional regulator  48.59 
 
 		 208 aa  144  6e-34  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.059917  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1345  XRE family transcriptional regulator  47.18 
 
 		 209 aa  140  8e-33  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.200207  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1555  putative transcriptional regulator  44.37 
 
 		 208 aa  135  2e-31  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.602269  normal  0.341998 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1906  XRE family transcriptional regulator  46.53 
 
 		 210 aa  134  5e-31  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2727  DNA-binding transcriptional regulator  40.85 
 
 		 208 aa  133  7.000000000000001e-31  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.118237 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1466  XRE family transcriptional regulator  41.61 
 
 		 206 aa  132  9.999999999999999e-31  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.609185  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3843  DNA-binding protein  43.66 
 
 		 209 aa  132  1.9999999999999998e-30  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000231  predicted transcriptional regulator  41.96 
 
 		 207 aa  131  3e-30  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05970  hypothetical protein  41.96 
 
 		 207 aa  131  3e-30  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2601  XRE family transcriptional regulator  41.96 
 
 		 203 aa  129  2.0000000000000002e-29  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.512754  hitchhiker  0.000000366247 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0950  transcriptional regulator  40.56 
 
 		 207 aa  127  8.000000000000001e-29  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4798  transcriptional regulator  38.06 
 
 		 222 aa  126  1.0000000000000001e-28  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.124269  normal  1 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0763  putative DNA-binding protein  39.16 
 
 		 215 aa  125  2.0000000000000002e-28  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2483  DNA-binding protein  42.66 
 
 		 198 aa  124  4.0000000000000003e-28  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4037  DNA-binding protein  41.96 
 
 		 199 aa  124  5e-28  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4610  XRE family transcriptional regulator  37.84 
 
 		 252 aa  122  2e-27  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.985679  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1430  XRE family transcriptional regulator  36.24 
 
 		 259 aa  112  1.0000000000000001e-24  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00776927 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4870  XRE family transcriptional regulator  37.59 
 
 		 211 aa  108  3e-23  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.523431 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8486  transcriptional regulator, XRE family  34.04 
 
 		 204 aa  99.8  1e-20  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5469  XRE family transcriptional regulator  34.75 
 
 		 215 aa  90.1  8e-18  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0381278  normal  0.011752 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2158  XRE family transcriptional regulator  39.58 
 
 		 239 aa  90.1  9e-18  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.233392  normal  0.181964 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0062  transcriptional regulator  32.61 
 
 		 211 aa  84.7  4e-16  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5085  XRE family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 251 aa  84.3  5e-16  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00667568  normal  0.553791 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1559  transcriptional regulator, XRE family  35.42 
 
 		 262 aa  82  0.000000000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.682713  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0168  XRE family transcriptional regulator  33.8 
 
 		 227 aa  81.6  0.000000000000003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1876  XRE family transcriptional regulator  29.63 
 
 		 197 aa  72.8  0.000000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0154  XRE family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 182 aa  72.4  0.000000000002  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2245  Cro/CI family transcriptional regulator  29.63 
 
 		 197 aa  71.6  0.000000000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.492638  normal  0.683994 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3493  XRE family transcriptional regulator  29.63 
 
 		 197 aa  71.6  0.000000000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.499359  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1227  transcriptional regulator  33.33 
 
 		 220 aa  70.9  0.000000000005  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.222447  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2007  DNA-binding protein  30.61 
 
 		 205 aa  70.1  0.000000000009  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.347316  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0477  XRE family transcriptional regulator  27.97 
 
 		 204 aa  66.2  0.0000000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.566181  normal  1 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0609  cupin sensor transcriptional regulator  33.96 
 
 		 184 aa  65.9  0.0000000002  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.176567  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2819  MerR family transcriptional regulator  33.12 
 
 		 192 aa  65.1  0.0000000003  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  0.142376 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5244  XRE family transcriptional regulator  31.03 
 
 		 180 aa  64.7  0.0000000004  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.664792  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5615  XRE family transcriptional regulator  31.03 
 
 		 180 aa  64.7  0.0000000004  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.322287  normal  0.0794813 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4613  XRE family transcriptional regulator  31.03 
 
 		 180 aa  64.7  0.0000000004  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.101875  hitchhiker  0.00323798 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0552  transcriptional regulator  31.34 
 
 		 183 aa  63.5  0.0000000009  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  decreased coverage  0.0032692  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3151  Cupin 2 conserved barrel domain protein  35.56 
 
 		 503 aa  63.5  0.0000000009  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2171  transcriptional regulator  32.85 
 
 		 184 aa  63.2  0.000000001  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  0.809699 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0076  XRE family transcriptional regulator  31.03 
 
 		 180 aa  63.2  0.000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.196991  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1469  XRE family transcriptional regulator  30 
 
 		 201 aa  63.5  0.000000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.978322 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5444  XRE family transcriptional regulator  30.34 
 
 		 180 aa  62.4  0.000000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  decreased coverage  0.00345676  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1956  DNA-binding protein  30.34 
 
 		 187 aa  62.8  0.000000002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4894  XRE family transcriptional regulator  30.34 
 
 		 180 aa  62.8  0.000000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.0489002 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0958  DNA-binding protein  30.34 
 
 		 187 aa  62.8  0.000000002  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.704462  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0867  DNA-binding protein  30.34 
 
 		 187 aa  62.8  0.000000002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1001  DNA-binding protein  30.34 
 
 		 187 aa  62.4  0.000000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1008  DNA-binding protein  30.34 
 
 		 187 aa  62.4  0.000000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0281  DNA-binding protein  30.34 
 
 		 187 aa  62.8  0.000000002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1154  XRE family transcriptional regulator  30.61 
 
 		 204 aa  60.1  0.000000009  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0376883  normal  0.48606 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0587  cupin 2 domain-containing protein  33.33 
 
 		 184 aa  60.1  0.00000001  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1398  XRE family transcriptional regulator  32.38 
 
 		 184 aa  58.9  0.00000002  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.365461  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1162  DNA-binding protein  29.66 
 
 		 187 aa  59.3  0.00000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0521  cupin 2 domain-containing protein  33.33 
 
 		 184 aa  59.3  0.00000002  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1039  MerR family transcriptional regulator  30.61 
 
 		 192 aa  58.9  0.00000002  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0316  cupin 2 domain-containing protein  32.38 
 
 		 184 aa  59.3  0.00000002  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5003  XRE family transcriptional regulator  29.86 
 
 		 191 aa  58.2  0.00000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.10951 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3298  Cro/CI family transcriptional regulator  29.8 
 
 		 187 aa  57.4  0.00000007  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1306  transcriptional regulator, XRE family  29.37 
 
 		 170 aa  57.4  0.00000007  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000000237827 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3489  XRE family transcriptional regulator  29.93 
 
 		 187 aa  57.4  0.00000007  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2919  transcriptional regulator, XRE family  29.37 
 
 		 170 aa  57.4  0.00000007  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0002  transcriptional regulator, XRE family  33.33 
 
 		 184 aa  57  0.00000008  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.138514 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3247  XRE family transcriptional regulator  29.8 
 
 		 187 aa  57  0.00000009  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000592797 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0878  cupin 2 domain-containing protein  29.87 
 
 		 196 aa  57  0.00000009  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000206175  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1243  transcriptional regulator  30.56 
 
 		 184 aa  56.6  0.0000001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0805  DNA-binding protein  30.34 
 
 		 224 aa  56.2  0.0000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.602444  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0992  cupin 2 domain-containing protein  33.94 
 
 		 186 aa  56.2  0.0000001  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  decreased coverage  0.00214756  normal  0.392819 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1110  Phosphate butyryltransferase  32.35 
 
 		 503 aa  55.5  0.0000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2946  transcriptional regulator  28.19 
 
 		 197 aa  55.5  0.0000002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0817  transcriptional regulator, XRE family  32.71 
 
 		 184 aa  55.5  0.0000002  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0980  XRE family transcriptional regulator  31.94 
 
 		 181 aa  55.8  0.0000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000294477  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0450  XRE family transcriptional regulator  28.48 
 
 		 180 aa  56.2  0.0000002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4439  transcriptional regulator, XRE family  32.41 
 
 		 190 aa  55.1  0.0000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.957299  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4506  XRE family transcriptional regulator  31.72 
 
 		 189 aa  55.1  0.0000004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.690344  normal  1 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0325  XRE family transcriptional regulator  29.73 
 
 		 192 aa  54.7  0.0000004  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0350  DNA-binding protein  31.25 
 
 		 179 aa  54.3  0.0000005  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1254  DNA-binding protein  31.25 
 
 		 236 aa  54.3  0.0000005  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5414  XRE family transcriptional regulator  31.72 
 
 		 192 aa  54.3  0.0000005  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0485  transcriptional regulator, XRE family  29.41 
 
 		 197 aa  54.3  0.0000005  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00000244144  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4110  XRE family transcriptional regulator  27.97 
 
 		 212 aa  54.7  0.0000005  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.595211  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4867  XRE family transcriptional regulator  31.72 
 
 		 192 aa  54.3  0.0000005  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1533  DNA-binding protein  31.25 
 
 		 179 aa  54.3  0.0000005  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1723  DNA-binding protein  31.25 
 
 		 179 aa  54.3  0.0000005  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0900931  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3020  DNA-binding protein  31.25 
 
 		 179 aa  54.3  0.0000005  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2904  DNA-binding protein  31.25 
 
 		 179 aa  54.3  0.0000005  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.311354  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0384  DNA-binding protein  31.25 
 
 		 179 aa  54.3  0.0000005  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1558  cupin 2 domain-containing protein  29.08 
 
 		 180 aa  54.3  0.0000006  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0758  XRE family transcriptional regulator  31.03 
 
 		 190 aa  53.9  0.0000007  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0108  transcriptional regulator, XRE family  27.74 
 
 		 186 aa  53.9  0.0000007  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0114  XRE family transcriptional regulator  31.72 
 
 		 193 aa  53.5  0.0000009  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4729  XRE family transcriptional regulator  31.72 
 
 		 192 aa  53.1  0.000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0661  MerR family transcriptional regulator  29.77 
 
 		 192 aa  52.8  0.000001  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5317  XRE family transcriptional regulator  31.72 
 
 		 192 aa  53.1  0.000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.221767  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>