More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bphy_5912 on replicon NC_010625
Organism: Burkholderia phymatum STM815



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010625  Bphy_5912  XRE family transcriptional regulator  100 
 
 		 213 aa  438  9.999999999999999e-123  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1702  transcriptional regulator, XRE family  65.24 
 
 		 218 aa  268  5e-71  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0165  XRE family transcriptional regulator  59.28 
 
 		 200 aa  258  3e-68  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2505  XRE family transcriptional regulator  57.07 
 
 		 220 aa  243  9.999999999999999e-64  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3035  XRE family transcriptional regulator  52.66 
 
 		 208 aa  241  3.9999999999999997e-63  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.348685 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1338  XRE family transcriptional regulator  56.08 
 
 		 198 aa  240  1e-62  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0437  transcriptional regulator  60.43 
 
 		 212 aa  236  1e-61  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.686873 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3469  XRE family transcriptional regulator  54.05 
 
 		 197 aa  219  1.9999999999999999e-56  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2246  XRE family transcriptional regulator  51.89 
 
 		 197 aa  215  2.9999999999999998e-55  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2272  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  50.79 
 
 		 201 aa  211  3.9999999999999995e-54  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.306888  normal  0.104106 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2581  DNA-binding protein  50.26 
 
 		 209 aa  211  5.999999999999999e-54  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.449808  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2038  transcriptional regulator  50.53 
 
 		 230 aa  195  3e-49  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.547476  normal  1 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6574  transcriptional regulator, XRE family  44.97 
 
 		 227 aa  180  1e-44  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0448941 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5637  transcriptional regulator, XRE family  44.97 
 
 		 227 aa  179  2.9999999999999997e-44  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.76756  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5748  transcriptional regulator  45.5 
 
 		 219 aa  178  7e-44  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6009  XRE family transcriptional regulator  41.83 
 
 		 219 aa  177  1e-43  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.285081  hitchhiker  0.00726065 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2858  transcriptional regulator, XRE family  45.95 
 
 		 215 aa  177  1e-43  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.0000622832  normal  0.0374075 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3301  XRE family transcriptional regulator  45.74 
 
 		 234 aa  176  3e-43  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2625  transcriptional regulator, XRE family  45.7 
 
 		 217 aa  176  3e-43  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4811  XRE family transcriptional regulator  45.26 
 
 		 201 aa  175  6e-43  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00213383 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4897  XRE family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 219 aa  172  1.9999999999999998e-42  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5265  XRE family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 219 aa  172  1.9999999999999998e-42  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.223709 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4986  XRE family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 219 aa  172  1.9999999999999998e-42  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1941  transcriptional regulator  46.24 
 
 		 225 aa  171  5e-42  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1295  XRE family transcriptional regulator  43.28 
 
 		 222 aa  171  7.999999999999999e-42  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.419553 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1871  putative HTH-type transcriptional regulator  42.42 
 
 		 215 aa  169  4e-41  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0589891  normal  0.573197 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2198  transcriptional regulator, XRE family  45.7 
 
 		 201 aa  167  1e-40  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.351873  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5514  XRE family transcriptional regulator  42.29 
 
 		 222 aa  167  1e-40  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.388539 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2517  transcriptional regulator, XRE family  46.24 
 
 		 201 aa  166  2e-40  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2242  helix-turn-helix domain-containing protein  46.24 
 
 		 201 aa  166  2e-40  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.453871 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1139  transcriptional regulator  42.33 
 
 		 232 aa  164  1.0000000000000001e-39  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.483755  normal  0.0958639 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4694  XRE family transcriptional regulator  43.85 
 
 		 224 aa  162  5.0000000000000005e-39  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.607677 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4802  helix-turn-helix domain protein  41.71 
 
 		 233 aa  161  8.000000000000001e-39  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.329061  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3519  transcriptional regulator, XRE family  40.88 
 
 		 210 aa  155  5.0000000000000005e-37  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.0116433 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0551  transcriptional regulator, XRE family  39.18 
 
 		 198 aa  150  1e-35  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1987  transcriptional regulator, XRE family  34.08 
 
 		 187 aa  117  1.9999999999999998e-25  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.144245  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5931  transcriptional regulator, XRE family  34.08 
 
 		 190 aa  115  3.9999999999999997e-25  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1879  transcriptional regulator, XRE family  32.4 
 
 		 182 aa  115  3.9999999999999997e-25  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2247  transcriptional regulator, XRE family  34.64 
 
 		 190 aa  115  6e-25  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5954  transcriptional regulator, XRE family  35.2 
 
 		 187 aa  115  6e-25  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4533  transcriptional regulator, XRE family  37.04 
 
 		 173 aa  114  1.0000000000000001e-24  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4562  transcriptional regulator, XRE family  36.42 
 
 		 173 aa  113  2.0000000000000002e-24  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4528  transcriptional regulator, XRE family  36.42 
 
 		 173 aa  112  4.0000000000000004e-24  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1985  transcriptional regulator, XRE family  34.08 
 
 		 190 aa  112  5e-24  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.127285  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4828  transcriptional regulator, XRE family  35.8 
 
 		 173 aa  110  2.0000000000000002e-23  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0464638  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5833  transcriptional regulator, XRE family  35.8 
 
 		 173 aa  110  2.0000000000000002e-23  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0878  cupin 2 domain-containing protein  33.53 
 
 		 196 aa  88.6  7e-17  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000206175  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2902  Cupin 2 conserved barrel domain protein  32.72 
 
 		 189 aa  87.8  1e-16  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0108  transcriptional regulator, XRE family  33.72 
 
 		 186 aa  83.6  0.000000000000002  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0817  transcriptional regulator, XRE family  32.34 
 
 		 184 aa  82.4  0.000000000000004  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3298  Cro/CI family transcriptional regulator  28.92 
 
 		 187 aa  82  0.000000000000006  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3438  XRE family transcriptional regulator  30.91 
 
 		 198 aa  82  0.000000000000006  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0079  Cro/CI family transcriptional regulator  30.72 
 
 		 196 aa  81.6  0.000000000000008  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4110  XRE family transcriptional regulator  27.03 
 
 		 212 aa  81.6  0.000000000000008  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.595211  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0230  transcriptional regulator  37.06 
 
 		 197 aa  81.3  0.00000000000001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3247  XRE family transcriptional regulator  28.92 
 
 		 187 aa  80.1  0.00000000000002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000592797 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2318  transcriptional regulator  29.82 
 
 		 188 aa  80.1  0.00000000000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.00466136  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2946  transcriptional regulator  30 
 
 		 197 aa  79.7  0.00000000000003  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0485  transcriptional regulator, XRE family  30.11 
 
 		 197 aa  79.3  0.00000000000004  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00000244144  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1154  XRE family transcriptional regulator  29 
 
 		 204 aa  78.6  0.00000000000006  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0376883  normal  0.48606 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0992  cupin 2 domain-containing protein  30.23 
 
 		 186 aa  78.6  0.00000000000007  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  decreased coverage  0.00214756  normal  0.392819 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4610  XRE family transcriptional regulator  29.47 
 
 		 252 aa  76.6  0.0000000000003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.985679  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3393  transcriptional regulator, XRE family  28.42 
 
 		 199 aa  75.9  0.0000000000004  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.000124891  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1039  MerR family transcriptional regulator  30.11 
 
 		 192 aa  75.5  0.0000000000005  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0650  XRE family transcriptional regulator  26.06 
 
 		 187 aa  75.9  0.0000000000005  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3456  transcriptional regulator, XRE family  28.42 
 
 		 199 aa  75.5  0.0000000000006  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3227  transcriptional regulator  29.89 
 
 		 201 aa  74.7  0.0000000000009  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.792428  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1035  transcriptional regulator, XRE family  31.58 
 
 		 179 aa  73.9  0.000000000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000017846  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3096  transcriptional regulator, XRE family  26.88 
 
 		 192 aa  73.2  0.000000000003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.00124629  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2320  transcriptional regulator, XRE family  26.9 
 
 		 188 aa  72.4  0.000000000005  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0524  XRE family transcriptional regulator  26.51 
 
 		 187 aa  72.4  0.000000000005  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  unclonable  0.0000000000827128  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0325  XRE family transcriptional regulator  29.57 
 
 		 192 aa  72  0.000000000006  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1819  transcriptional regulator, XRE family  27.81 
 
 		 191 aa  72  0.000000000006  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.0201582  normal  0.3413 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1507  transcriptional regulator, XRE family  31.14 
 
 		 211 aa  72  0.000000000006  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1889  transcriptional regulator, XRE family  26.9 
 
 		 188 aa  72  0.000000000006  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3263  transcriptional regulator, XRE family  29.52 
 
 		 188 aa  72  0.000000000007  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1587  helix-turn-helix domain-containing protein  28.11 
 
 		 192 aa  72  0.000000000007  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.494606  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1457  transcriptional regulator  28.34 
 
 		 188 aa  71.6  0.000000000009  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  2.96188e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4838  transcriptional regulator, XRE family  28.05 
 
 		 193 aa  70.9  0.00000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0168811  hitchhiker  0.0000750229 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0552  transcriptional regulator  26.11 
 
 		 183 aa  70.5  0.00000000002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  decreased coverage  0.0032692  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5469  XRE family transcriptional regulator  29.52 
 
 		 215 aa  70.5  0.00000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0381278  normal  0.011752 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_09060  predicted transcriptional regulator  27.37 
 
 		 192 aa  70.9  0.00000000002  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.391815  normal  0.265834 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1558  cupin 2 domain-containing protein  30.12 
 
 		 180 aa  69.7  0.00000000003  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2819  MerR family transcriptional regulator  29.55 
 
 		 192 aa  69.7  0.00000000003  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  0.142376 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4257  transcriptional regulator, XRE family  29.32 
 
 		 189 aa  69.7  0.00000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.166003  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0002  transcriptional regulator, XRE family  28.49 
 
 		 184 aa  70.1  0.00000000003  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.138514 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2571  transcriptional regulator, XRE family  26.06 
 
 		 192 aa  69.7  0.00000000003  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  decreased coverage  0.00000000481124  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3489  XRE family transcriptional regulator  26.35 
 
 		 187 aa  69.3  0.00000000004  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0474  XRE family transcriptional regulator  26.63 
 
 		 192 aa  68.9  0.00000000005  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.554508  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1668  transcriptional regulator, XRE family  26.4 
 
 		 188 aa  68.6  0.00000000007  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.580406  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1468  transcriptional regulator, XRE family  28.25 
 
 		 182 aa  68.2  0.00000000009  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0100935  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0076  XRE family transcriptional regulator  29.03 
 
 		 180 aa  68.2  0.00000000009  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.196991  normal  1 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1444  cupin 2 domain-containing protein  28.4 
 
 		 192 aa  68.2  0.00000000009  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4894  XRE family transcriptional regulator  29.68 
 
 		 180 aa  68.2  0.00000000009  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.0489002 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4613  XRE family transcriptional regulator  29.03 
 
 		 180 aa  67.4  0.0000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.101875  hitchhiker  0.00323798 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5244  XRE family transcriptional regulator  29.03 
 
 		 180 aa  67.8  0.0000000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.664792  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5444  XRE family transcriptional regulator  29.68 
 
 		 180 aa  67.8  0.0000000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  decreased coverage  0.00345676  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5615  XRE family transcriptional regulator  29.03 
 
 		 180 aa  67.8  0.0000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.322287  normal  0.0794813 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3313  transcriptional regulator, XRE family  25.93 
 
 		 201 aa  67.4  0.0000000002  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0661  MerR family transcriptional regulator  26.74 
 
 		 192 aa  67.4  0.0000000002  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>