More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_5954 on replicon NC_012792
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012792  Vapar_5954  transcriptional regulator, XRE family  100 
 
 		 187 aa  374  1e-103  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2247  transcriptional regulator, XRE family  93.58 
 
 		 190 aa  353  6.999999999999999e-97  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5931  transcriptional regulator, XRE family  90.37 
 
 		 190 aa  338  2e-92  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1985  transcriptional regulator, XRE family  87.7 
 
 		 190 aa  330  1e-89  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.127285  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1987  transcriptional regulator, XRE family  85.56 
 
 		 187 aa  325  2.0000000000000001e-88  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.144245  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4533  transcriptional regulator, XRE family  93.06 
 
 		 173 aa  322  1e-87  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4562  transcriptional regulator, XRE family  92.49 
 
 		 173 aa  322  2e-87  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4528  transcriptional regulator, XRE family  91.91 
 
 		 173 aa  318  3e-86  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5833  transcriptional regulator, XRE family  89.6 
 
 		 173 aa  311  2.9999999999999996e-84  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4828  transcriptional regulator, XRE family  89.02 
 
 		 173 aa  309  2e-83  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0464638  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1879  transcriptional regulator, XRE family  69.61 
 
 		 182 aa  256  1e-67  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1139  transcriptional regulator  44.2 
 
 		 232 aa  170  1e-41  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.483755  normal  0.0958639 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1941  transcriptional regulator  45.9 
 
 		 225 aa  162  3e-39  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4694  XRE family transcriptional regulator  44.51 
 
 		 224 aa  161  5.0000000000000005e-39  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.607677 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2625  transcriptional regulator, XRE family  43.82 
 
 		 217 aa  159  3e-38  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4811  XRE family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 201 aa  151  7e-36  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00213383 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5637  transcriptional regulator, XRE family  42.46 
 
 		 227 aa  146  2.0000000000000003e-34  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.76756  normal  1 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6574  transcriptional regulator, XRE family  42.46 
 
 		 227 aa  145  4.0000000000000006e-34  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0448941 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0551  transcriptional regulator, XRE family  39.55 
 
 		 198 aa  143  2e-33  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3301  XRE family transcriptional regulator  43.02 
 
 		 234 aa  142  2e-33  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2198  transcriptional regulator, XRE family  39.78 
 
 		 201 aa  142  3e-33  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.351873  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6009  XRE family transcriptional regulator  41.9 
 
 		 219 aa  142  3e-33  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.285081  hitchhiker  0.00726065 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2242  helix-turn-helix domain-containing protein  39.78 
 
 		 201 aa  139  1.9999999999999998e-32  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.453871 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2517  transcriptional regulator, XRE family  39.78 
 
 		 201 aa  139  1.9999999999999998e-32  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1871  putative HTH-type transcriptional regulator  40.33 
 
 		 215 aa  135  3.0000000000000003e-31  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0589891  normal  0.573197 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5748  transcriptional regulator  41.44 
 
 		 219 aa  134  5e-31  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3035  XRE family transcriptional regulator  37.36 
 
 		 208 aa  119  3e-26  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.348685 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2581  DNA-binding protein  36.87 
 
 		 209 aa  118  6e-26  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.449808  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3519  transcriptional regulator, XRE family  37.5 
 
 		 210 aa  117  7.999999999999999e-26  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.0116433 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2272  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  36.31 
 
 		 201 aa  117  9.999999999999999e-26  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.306888  normal  0.104106 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3469  XRE family transcriptional regulator  36.87 
 
 		 197 aa  116  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5912  XRE family transcriptional regulator  35.2 
 
 		 213 aa  115  5e-25  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2246  XRE family transcriptional regulator  35.75 
 
 		 197 aa  114  7.999999999999999e-25  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1338  XRE family transcriptional regulator  33.89 
 
 		 198 aa  110  2.0000000000000002e-23  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2505  XRE family transcriptional regulator  33.71 
 
 		 220 aa  110  2.0000000000000002e-23  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2858  transcriptional regulator, XRE family  37.29 
 
 		 215 aa  109  3e-23  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.0000622832  normal  0.0374075 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0165  XRE family transcriptional regulator  33.71 
 
 		 200 aa  107  9.000000000000001e-23  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2038  transcriptional regulator  33.52 
 
 		 230 aa  107  1e-22  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.547476  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0437  transcriptional regulator  35.36 
 
 		 212 aa  106  2e-22  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.686873 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1702  transcriptional regulator, XRE family  33.71 
 
 		 218 aa  104  6e-22  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4802  helix-turn-helix domain protein  36.67 
 
 		 233 aa  95.9  3e-19  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.329061  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0552  transcriptional regulator  30.94 
 
 		 183 aa  95.5  4e-19  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  decreased coverage  0.0032692  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4897  XRE family transcriptional regulator  34.25 
 
 		 219 aa  93.2  2e-18  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5265  XRE family transcriptional regulator  34.25 
 
 		 219 aa  93.2  2e-18  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.223709 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4986  XRE family transcriptional regulator  34.25 
 
 		 219 aa  93.2  2e-18  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1295  XRE family transcriptional regulator  34.08 
 
 		 222 aa  91.7  5e-18  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.419553 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0524  XRE family transcriptional regulator  30.65 
 
 		 187 aa  92  5e-18  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  unclonable  0.0000000000827128  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0650  XRE family transcriptional regulator  29.57 
 
 		 187 aa  91.7  6e-18  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5514  XRE family transcriptional regulator  34.25 
 
 		 222 aa  91.3  7e-18  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.388539 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3247  XRE family transcriptional regulator  31.18 
 
 		 187 aa  91.3  8e-18  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000592797 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3298  Cro/CI family transcriptional regulator  31.18 
 
 		 187 aa  90.1  1e-17  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2320  transcriptional regulator, XRE family  30.81 
 
 		 188 aa  89.7  2e-17  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1889  transcriptional regulator, XRE family  30.81 
 
 		 188 aa  89  3e-17  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3263  transcriptional regulator, XRE family  29.73 
 
 		 188 aa  86.7  2e-16  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1558  cupin 2 domain-containing protein  33.95 
 
 		 180 aa  85.9  3e-16  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2902  Cupin 2 conserved barrel domain protein  30.12 
 
 		 189 aa  85.9  3e-16  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1507  transcriptional regulator, XRE family  33.7 
 
 		 211 aa  84.3  0.000000000000001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3489  XRE family transcriptional regulator  29.57 
 
 		 187 aa  82  0.000000000000004  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0878  cupin 2 domain-containing protein  28.26 
 
 		 196 aa  82.4  0.000000000000004  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000206175  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3438  XRE family transcriptional regulator  27.72 
 
 		 198 aa  81.6  0.000000000000006  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1159  putative transcription regulator protein  34.36 
 
 		 182 aa  80.1  0.00000000000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.109435 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1083  XRE family transcriptional regulator  31.52 
 
 		 199 aa  79.7  0.00000000000002  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0846857  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0898  XRE family transcriptional regulator  28.92 
 
 		 179 aa  79.3  0.00000000000003  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3313  transcriptional regulator, XRE family  30.3 
 
 		 201 aa  78.6  0.00000000000005  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2946  transcriptional regulator  30.11 
 
 		 197 aa  78.2  0.00000000000007  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3046  transcriptional regulator  30.16 
 
 		 201 aa  78.2  0.00000000000007  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.948594  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0485  transcriptional regulator, XRE family  27.89 
 
 		 197 aa  77.8  0.00000000000009  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00000244144  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0079  Cro/CI family transcriptional regulator  28.11 
 
 		 196 aa  77.4  0.0000000000001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3456  transcriptional regulator, XRE family  27.96 
 
 		 199 aa  77.4  0.0000000000001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3393  transcriptional regulator, XRE family  27.96 
 
 		 199 aa  77.4  0.0000000000001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.000124891  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0817  transcriptional regulator, XRE family  27.78 
 
 		 184 aa  73.9  0.000000000001  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2836  DNA-binding protein  29.57 
 
 		 184 aa  73.9  0.000000000001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000716748  hitchhiker  0.00000000374058 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1649  XRE family transcriptional regulator  29.59 
 
 		 181 aa  73.2  0.000000000002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.176921  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0273  XRE family transcriptional regulator  28.66 
 
 		 176 aa  73.2  0.000000000002  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  decreased coverage  0.0000144131  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0495  transcriptional regulator, XRE family  29.83 
 
 		 184 aa  73.6  0.000000000002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2327  transcriptional regulator, XRE family  26.98 
 
 		 189 aa  73.2  0.000000000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0275  cupin 2 domain-containing protein  28.66 
 
 		 188 aa  73.2  0.000000000002  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000000353927  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4506  XRE family transcriptional regulator  29.55 
 
 		 189 aa  72.8  0.000000000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.690344  normal  1 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0572  cupin 2 domain-containing protein  27.07 
 
 		 178 aa  72.4  0.000000000003  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1831  DNA-binding protein  28.99 
 
 		 181 aa  72.4  0.000000000004  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1154  XRE family transcriptional regulator  29.41 
 
 		 204 aa  72.4  0.000000000004  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0376883  normal  0.48606 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1325  cupin 2 domain-containing protein  29.59 
 
 		 175 aa  72  0.000000000005  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0154  XRE family transcriptional regulator  26.82 
 
 		 182 aa  72  0.000000000005  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1650  DNA-binding protein  28.4 
 
 		 181 aa  70.9  0.000000000009  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.000412674  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1629  MerR family transcriptional regulator  28.4 
 
 		 181 aa  71.2  0.000000000009  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  decreased coverage  0.000044317  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1781  DNA-binding protein  28.4 
 
 		 181 aa  70.9  0.000000000009  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3684  transcriptional regulator, XRE family  26.88 
 
 		 180 aa  70.9  0.000000000009  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  unclonable  0.0000000000437538  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1854  DNA-binding protein  28.4 
 
 		 181 aa  70.9  0.00000000001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.653009  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1906  DNA-binding protein  28.4 
 
 		 181 aa  70.9  0.00000000001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.0011859  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1599  MerR family transcriptional regulator  28.4 
 
 		 181 aa  70.9  0.00000000001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0758  XRE family transcriptional regulator  30.29 
 
 		 190 aa  70.5  0.00000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5113  putative transcriptional regulator  28.57 
 
 		 187 aa  70.5  0.00000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1795  DNA-binding protein  28.4 
 
 		 181 aa  70.5  0.00000000001  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1419  XRE family transcriptional regulator  27.27 
 
 		 178 aa  70.9  0.00000000001  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5414  XRE family transcriptional regulator  30.86 
 
 		 192 aa  70.1  0.00000000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3546  DNA-binding protein  28.4 
 
 		 181 aa  69.7  0.00000000002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1457  transcriptional regulator  28.12 
 
 		 188 aa  70.1  0.00000000002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  2.96188e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3262  XRE family transcriptional regulator  29.94 
 
 		 193 aa  69.7  0.00000000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0174683 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4867  XRE family transcriptional regulator  30.86 
 
 		 192 aa  70.1  0.00000000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2571  transcriptional regulator, XRE family  29.17 
 
 		 192 aa  70.1  0.00000000002  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  decreased coverage  0.00000000481124  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>