More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PSPTO_2581 on replicon NC_004578
Organism: Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004578  PSPTO_2581  DNA-binding protein  100 
 
 		 209 aa  432  1e-120  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.449808  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2272  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  98.51 
 
 		 201 aa  410  1e-114  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.306888  normal  0.104106 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3469  XRE family transcriptional regulator  87.69 
 
 		 197 aa  359  2e-98  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2246  XRE family transcriptional regulator  86.67 
 
 		 197 aa  353  7.999999999999999e-97  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1702  transcriptional regulator, XRE family  57.84 
 
 		 218 aa  236  3e-61  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1338  XRE family transcriptional regulator  55.43 
 
 		 198 aa  218  5e-56  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0165  XRE family transcriptional regulator  54.89 
 
 		 200 aa  214  8e-55  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2505  XRE family transcriptional regulator  51.85 
 
 		 220 aa  211  4.9999999999999996e-54  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5912  XRE family transcriptional regulator  50.26 
 
 		 213 aa  211  5.999999999999999e-54  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0437  transcriptional regulator  50 
 
 		 212 aa  203  2e-51  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.686873 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3035  XRE family transcriptional regulator  49.46 
 
 		 208 aa  192  3e-48  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.348685 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2858  transcriptional regulator, XRE family  48.11 
 
 		 215 aa  184  1.0000000000000001e-45  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.0000622832  normal  0.0374075 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2038  transcriptional regulator  48.9 
 
 		 230 aa  182  2.0000000000000003e-45  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.547476  normal  1 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5637  transcriptional regulator, XRE family  47.62 
 
 		 227 aa  180  1e-44  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.76756  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3301  XRE family transcriptional regulator  48.13 
 
 		 234 aa  178  5.999999999999999e-44  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6574  transcriptional regulator, XRE family  46.24 
 
 		 227 aa  176  2e-43  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0448941 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5748  transcriptional regulator  47.31 
 
 		 219 aa  176  2e-43  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6009  XRE family transcriptional regulator  44.97 
 
 		 219 aa  171  5.999999999999999e-42  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.285081  hitchhiker  0.00726065 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4694  XRE family transcriptional regulator  42.25 
 
 		 224 aa  163  2.0000000000000002e-39  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.607677 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1295  XRE family transcriptional regulator  42.49 
 
 		 222 aa  163  2.0000000000000002e-39  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.419553 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1871  putative HTH-type transcriptional regulator  41.88 
 
 		 215 aa  157  8e-38  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0589891  normal  0.573197 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3519  transcriptional regulator, XRE family  42.31 
 
 		 210 aa  157  8e-38  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.0116433 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4897  XRE family transcriptional regulator  40.93 
 
 		 219 aa  157  8e-38  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4986  XRE family transcriptional regulator  40.93 
 
 		 219 aa  157  8e-38  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5265  XRE family transcriptional regulator  40.93 
 
 		 219 aa  157  8e-38  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.223709 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5514  XRE family transcriptional regulator  41.45 
 
 		 222 aa  156  2e-37  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.388539 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2625  transcriptional regulator, XRE family  39.13 
 
 		 217 aa  155  3e-37  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1139  transcriptional regulator  40.22 
 
 		 232 aa  155  4e-37  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.483755  normal  0.0958639 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4802  helix-turn-helix domain protein  39.58 
 
 		 233 aa  153  2e-36  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.329061  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1941  transcriptional regulator  37.25 
 
 		 225 aa  153  2e-36  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4811  XRE family transcriptional regulator  37.95 
 
 		 201 aa  147  1.0000000000000001e-34  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00213383 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2517  transcriptional regulator, XRE family  38.04 
 
 		 201 aa  145  4.0000000000000006e-34  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2242  helix-turn-helix domain-containing protein  38.04 
 
 		 201 aa  145  4.0000000000000006e-34  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.453871 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2198  transcriptional regulator, XRE family  38.04 
 
 		 201 aa  143  1e-33  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.351873  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0551  transcriptional regulator, XRE family  33.33 
 
 		 198 aa  130  1.0000000000000001e-29  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2247  transcriptional regulator, XRE family  37.99 
 
 		 190 aa  122  4e-27  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1987  transcriptional regulator, XRE family  36.87 
 
 		 187 aa  119  3.9999999999999996e-26  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.144245  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5954  transcriptional regulator, XRE family  36.87 
 
 		 187 aa  118  7.999999999999999e-26  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1879  transcriptional regulator, XRE family  33.15 
 
 		 182 aa  116  3e-25  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1985  transcriptional regulator, XRE family  36.87 
 
 		 190 aa  114  1.0000000000000001e-24  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.127285  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4533  transcriptional regulator, XRE family  37.28 
 
 		 173 aa  113  2.0000000000000002e-24  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4562  transcriptional regulator, XRE family  38.46 
 
 		 173 aa  113  2.0000000000000002e-24  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5931  transcriptional regulator, XRE family  35.75 
 
 		 190 aa  112  5e-24  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5833  transcriptional regulator, XRE family  37.87 
 
 		 173 aa  110  2.0000000000000002e-23  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4828  transcriptional regulator, XRE family  38.46 
 
 		 173 aa  109  3e-23  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0464638  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4528  transcriptional regulator, XRE family  37.28 
 
 		 173 aa  108  6e-23  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1889  transcriptional regulator, XRE family  32.54 
 
 		 188 aa  87  2e-16  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2320  transcriptional regulator, XRE family  32.54 
 
 		 188 aa  87  2e-16  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2902  Cupin 2 conserved barrel domain protein  28.11 
 
 		 189 aa  83.2  0.000000000000003  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3247  XRE family transcriptional regulator  29.17 
 
 		 187 aa  82.4  0.000000000000004  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000592797 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3298  Cro/CI family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 187 aa  80.9  0.00000000000001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0650  XRE family transcriptional regulator  27.88 
 
 		 187 aa  80.5  0.00000000000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2571  transcriptional regulator, XRE family  31.9 
 
 		 192 aa  80.1  0.00000000000002  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  decreased coverage  0.00000000481124  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0878  cupin 2 domain-containing protein  31.49 
 
 		 196 aa  78.6  0.00000000000006  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000206175  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1035  transcriptional regulator, XRE family  30.29 
 
 		 179 aa  78.2  0.00000000000008  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000017846  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2946  transcriptional regulator  27.57 
 
 		 197 aa  78.2  0.00000000000008  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3438  XRE family transcriptional regulator  31.18 
 
 		 198 aa  78.2  0.00000000000008  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0079  Cro/CI family transcriptional regulator  30.12 
 
 		 196 aa  78.2  0.00000000000009  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4257  transcriptional regulator, XRE family  29.59 
 
 		 189 aa  77.8  0.0000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.166003  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3263  transcriptional regulator, XRE family  31.33 
 
 		 188 aa  77  0.0000000000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4522  transcriptional regulator, XRE family  28.06 
 
 		 188 aa  73.9  0.000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0681879  normal  0.0291061 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0485  transcriptional regulator, XRE family  30.99 
 
 		 197 aa  74.3  0.000000000001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00000244144  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3489  XRE family transcriptional regulator  28.31 
 
 		 187 aa  73.6  0.000000000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0524  XRE family transcriptional regulator  28.31 
 
 		 187 aa  72.8  0.000000000003  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  unclonable  0.0000000000827128  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1154  XRE family transcriptional regulator  28.74 
 
 		 204 aa  71.6  0.000000000008  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0376883  normal  0.48606 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0230  transcriptional regulator  30.59 
 
 		 197 aa  71.2  0.00000000001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3551  transcriptional regulator, XRE family  29.17 
 
 		 196 aa  71.2  0.00000000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3393  transcriptional regulator, XRE family  26.74 
 
 		 199 aa  69.7  0.00000000003  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.000124891  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3456  transcriptional regulator, XRE family  25.81 
 
 		 199 aa  69.7  0.00000000003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3313  transcriptional regulator, XRE family  26.59 
 
 		 201 aa  70.1  0.00000000003  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0154  XRE family transcriptional regulator  29.89 
 
 		 182 aa  69.7  0.00000000003  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1558  cupin 2 domain-containing protein  24.43 
 
 		 180 aa  67.8  0.0000000001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2819  MerR family transcriptional regulator  25.89 
 
 		 192 aa  67.8  0.0000000001  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  0.142376 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0552  transcriptional regulator  28.25 
 
 		 183 aa  67.4  0.0000000001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  decreased coverage  0.0032692  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1729  transcriptional regulator, XRE family  31.21 
 
 		 195 aa  67.8  0.0000000001  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.114176  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1668  transcriptional regulator, XRE family  30.91 
 
 		 188 aa  67  0.0000000002  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.580406  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2210  transcriptional regulator, XRE family  28.41 
 
 		 195 aa  67  0.0000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.949814  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1034  transcriptional regulator, XRE family  29.78 
 
 		 181 aa  66.6  0.0000000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000342515  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1083  XRE family transcriptional regulator  26.01 
 
 		 199 aa  67.4  0.0000000002  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0846857  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4110  XRE family transcriptional regulator  26.74 
 
 		 212 aa  66.2  0.0000000003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.595211  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4971  XRE family transcriptional regulator  29.38 
 
 		 203 aa  66.6  0.0000000003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.110875  normal  0.347082 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3114  XRE family transcriptional regulator  29.94 
 
 		 203 aa  65.9  0.0000000004  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.935644  normal  0.475898 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1039  MerR family transcriptional regulator  22.16 
 
 		 192 aa  65.9  0.0000000005  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5322  XRE family transcriptional regulator  30.12 
 
 		 203 aa  65.5  0.0000000005  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.869737  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0869  XRE family transcriptional regulator  24.59 
 
 		 209 aa  65.9  0.0000000005  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6754  transcriptional regulator, XRE family  29.71 
 
 		 210 aa  64.7  0.0000000009  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.36173  normal  0.846385 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2769  XRE family transcriptional regulator  29.71 
 
 		 276 aa  63.9  0.000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4537  XRE family transcriptional regulator  29.34 
 
 		 203 aa  63.5  0.000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3180  XRE family transcriptional regulator  29.34 
 
 		 203 aa  63.5  0.000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1441  XRE family transcriptional regulator  31.43 
 
 		 227 aa  63.5  0.000000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.0636175 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_09060  predicted transcriptional regulator  26.32 
 
 		 192 aa  63.5  0.000000002  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.391815  normal  0.265834 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0325  XRE family transcriptional regulator  22.16 
 
 		 192 aa  63.5  0.000000002  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5159  XRE family transcriptional regulator  29.34 
 
 		 203 aa  63.5  0.000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5700  XRE family transcriptional regulator  29.34 
 
 		 203 aa  63.5  0.000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00441066 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4448  XRE family transcriptional regulator  29.71 
 
 		 193 aa  63.5  0.000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0311191  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2948  transcriptional regulator, XRE family  27.68 
 
 		 225 aa  63.9  0.000000002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0211039  hitchhiker  0.000112709 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1507  transcriptional regulator, XRE family  25.77 
 
 		 211 aa  63.9  0.000000002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1587  helix-turn-helix domain-containing protein  22.99 
 
 		 192 aa  63.2  0.000000003  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.494606  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1027  XRE family transcriptional regulator  30.64 
 
 		 223 aa  63.2  0.000000003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.944907 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4729  XRE family transcriptional regulator  29.01 
 
 		 192 aa  63.2  0.000000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>