More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_4562 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012791  Vapar_4562  transcriptional regulator, XRE family  100 
 
 		 173 aa  346  8e-95  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4533  transcriptional regulator, XRE family  98.27 
 
 		 173 aa  341  2e-93  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4528  transcriptional regulator, XRE family  97.11 
 
 		 173 aa  336  8e-92  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2247  transcriptional regulator, XRE family  94.8 
 
 		 190 aa  332  2e-90  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5833  transcriptional regulator, XRE family  94.22 
 
 		 173 aa  326  1.0000000000000001e-88  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4828  transcriptional regulator, XRE family  93.64 
 
 		 173 aa  324  4.0000000000000003e-88  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0464638  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1985  transcriptional regulator, XRE family  93.64 
 
 		 190 aa  324  4.0000000000000003e-88  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.127285  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5954  transcriptional regulator, XRE family  92.49 
 
 		 187 aa  322  1e-87  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1987  transcriptional regulator, XRE family  87.86 
 
 		 187 aa  310  9e-84  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.144245  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5931  transcriptional regulator, XRE family  88.44 
 
 		 190 aa  308  2e-83  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1879  transcriptional regulator, XRE family  70.35 
 
 		 182 aa  245  2e-64  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1139  transcriptional regulator  44.97 
 
 		 232 aa  157  5e-38  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.483755  normal  0.0958639 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1941  transcriptional regulator  48.17 
 
 		 225 aa  155  2e-37  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2625  transcriptional regulator, XRE family  45.18 
 
 		 217 aa  154  6e-37  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4694  XRE family transcriptional regulator  46.67 
 
 		 224 aa  153  1e-36  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.607677 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4811  XRE family transcriptional regulator  41.76 
 
 		 201 aa  143  1e-33  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00213383 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6009  XRE family transcriptional regulator  45.18 
 
 		 219 aa  143  1e-33  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.285081  hitchhiker  0.00726065 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5637  transcriptional regulator, XRE family  45.06 
 
 		 227 aa  142  3e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.76756  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3301  XRE family transcriptional regulator  45.78 
 
 		 234 aa  141  5e-33  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6574  transcriptional regulator, XRE family  45.06 
 
 		 227 aa  141  6e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0448941 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1871  putative HTH-type transcriptional regulator  43.83 
 
 		 215 aa  135  2e-31  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0589891  normal  0.573197 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5748  transcriptional regulator  44.05 
 
 		 219 aa  133  9.999999999999999e-31  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2198  transcriptional regulator, XRE family  38.46 
 
 		 201 aa  133  9.999999999999999e-31  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.351873  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0551  transcriptional regulator, XRE family  38.18 
 
 		 198 aa  132  3e-30  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2242  helix-turn-helix domain-containing protein  38.46 
 
 		 201 aa  131  5e-30  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.453871 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2517  transcriptional regulator, XRE family  38.46 
 
 		 201 aa  131  5e-30  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3469  XRE family transcriptional regulator  39.05 
 
 		 197 aa  115  3.9999999999999997e-25  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3519  transcriptional regulator, XRE family  39.16 
 
 		 210 aa  114  6.9999999999999995e-25  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.0116433 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5912  XRE family transcriptional regulator  36.42 
 
 		 213 aa  113  1.0000000000000001e-24  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2581  DNA-binding protein  38.46 
 
 		 209 aa  113  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.449808  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2272  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  37.87 
 
 		 201 aa  112  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.306888  normal  0.104106 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3035  XRE family transcriptional regulator  38.18 
 
 		 208 aa  112  3e-24  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.348685 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2246  XRE family transcriptional regulator  37.28 
 
 		 197 aa  111  6e-24  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2505  XRE family transcriptional regulator  36.02 
 
 		 220 aa  107  6e-23  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1338  XRE family transcriptional regulator  36.2 
 
 		 198 aa  107  7.000000000000001e-23  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0165  XRE family transcriptional regulator  35.76 
 
 		 200 aa  105  3e-22  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2858  transcriptional regulator, XRE family  37.13 
 
 		 215 aa  104  5e-22  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.0000622832  normal  0.0374075 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1702  transcriptional regulator, XRE family  34.91 
 
 		 218 aa  103  9e-22  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2038  transcriptional regulator  35.54 
 
 		 230 aa  103  1e-21  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.547476  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0437  transcriptional regulator  37.89 
 
 		 212 aa  102  3e-21  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.686873 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4802  helix-turn-helix domain protein  37.58 
 
 		 233 aa  92.8  2e-18  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.329061  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5265  XRE family transcriptional regulator  36.2 
 
 		 219 aa  90.9  8e-18  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.223709 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4897  XRE family transcriptional regulator  36.2 
 
 		 219 aa  90.9  8e-18  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4986  XRE family transcriptional regulator  36.2 
 
 		 219 aa  90.9  8e-18  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1295  XRE family transcriptional regulator  36.2 
 
 		 222 aa  90.5  1e-17  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.419553 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5514  XRE family transcriptional regulator  36.2 
 
 		 222 aa  88.6  4e-17  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.388539 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0552  transcriptional regulator  31.14 
 
 		 183 aa  85.5  3e-16  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  decreased coverage  0.0032692  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0878  cupin 2 domain-containing protein  31.93 
 
 		 196 aa  84.3  7e-16  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000206175  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1159  putative transcription regulator protein  33.74 
 
 		 182 aa  80.9  0.000000000000009  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.109435 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1507  transcriptional regulator, XRE family  34.34 
 
 		 211 aa  79.3  0.00000000000003  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2902  Cupin 2 conserved barrel domain protein  29.7 
 
 		 189 aa  78.6  0.00000000000004  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0817  transcriptional regulator, XRE family  31.18 
 
 		 184 aa  78.6  0.00000000000004  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1558  cupin 2 domain-containing protein  34.72 
 
 		 180 aa  75.1  0.0000000000005  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0485  transcriptional regulator, XRE family  31.36 
 
 		 197 aa  74.7  0.0000000000006  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00000244144  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3438  XRE family transcriptional regulator  29.52 
 
 		 198 aa  74.7  0.0000000000006  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2946  transcriptional regulator  31.74 
 
 		 197 aa  73.9  0.000000000001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2320  transcriptional regulator, XRE family  28.49 
 
 		 188 aa  71.6  0.000000000005  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0524  XRE family transcriptional regulator  28.83 
 
 		 187 aa  71.6  0.000000000005  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  unclonable  0.0000000000827128  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0650  XRE family transcriptional regulator  27.33 
 
 		 187 aa  71.2  0.000000000007  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1889  transcriptional regulator, XRE family  28.49 
 
 		 188 aa  71.2  0.000000000007  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3298  Cro/CI family transcriptional regulator  27.33 
 
 		 187 aa  70.1  0.00000000001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3247  XRE family transcriptional regulator  27.33 
 
 		 187 aa  70.1  0.00000000001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000592797 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0079  Cro/CI family transcriptional regulator  28.74 
 
 		 196 aa  69.3  0.00000000002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2318  transcriptional regulator  29.7 
 
 		 188 aa  69.3  0.00000000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.00466136  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4110  XRE family transcriptional regulator  30.07 
 
 		 212 aa  70.1  0.00000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.595211  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3263  transcriptional regulator, XRE family  26.74 
 
 		 188 aa  68.9  0.00000000003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3046  transcriptional regulator  31.1 
 
 		 201 aa  68.6  0.00000000004  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.948594  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3456  transcriptional regulator, XRE family  28.14 
 
 		 199 aa  68.6  0.00000000004  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3393  transcriptional regulator, XRE family  28.14 
 
 		 199 aa  68.6  0.00000000004  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.000124891  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2819  MerR family transcriptional regulator  30.11 
 
 		 192 aa  68.2  0.00000000006  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  0.142376 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4506  XRE family transcriptional regulator  34.25 
 
 		 189 aa  68.2  0.00000000006  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.690344  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3489  XRE family transcriptional regulator  27.33 
 
 		 187 aa  67.4  0.00000000009  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1649  XRE family transcriptional regulator  31.79 
 
 		 181 aa  67  0.0000000001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.176921  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3313  transcriptional regulator, XRE family  31.03 
 
 		 201 aa  66.6  0.0000000002  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1831  DNA-binding protein  30.92 
 
 		 181 aa  66.6  0.0000000002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0898  XRE family transcriptional regulator  29.73 
 
 		 179 aa  66.6  0.0000000002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1083  XRE family transcriptional regulator  32.45 
 
 		 199 aa  66.6  0.0000000002  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0846857  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1650  DNA-binding protein  30.26 
 
 		 181 aa  65.5  0.0000000004  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.000412674  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1629  MerR family transcriptional regulator  30.26 
 
 		 181 aa  65.5  0.0000000004  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  decreased coverage  0.000044317  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1599  MerR family transcriptional regulator  30.26 
 
 		 181 aa  65.5  0.0000000004  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1781  DNA-binding protein  30.26 
 
 		 181 aa  65.5  0.0000000004  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0154  XRE family transcriptional regulator  26.79 
 
 		 182 aa  65.5  0.0000000004  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1854  DNA-binding protein  30.26 
 
 		 181 aa  65.1  0.0000000005  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.653009  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1906  DNA-binding protein  30.26 
 
 		 181 aa  65.1  0.0000000005  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.0011859  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1795  DNA-binding protein  30.26 
 
 		 181 aa  64.7  0.0000000006  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5929  XRE family transcriptional regulator  31.68 
 
 		 202 aa  64.7  0.0000000007  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.828276  normal  0.0967353 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3546  DNA-binding protein  30.26 
 
 		 181 aa  64.3  0.0000000008  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1034  transcriptional regulator, XRE family  30.46 
 
 		 181 aa  64.3  0.0000000009  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000342515  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4613  XRE family transcriptional regulator  29.45 
 
 		 180 aa  64.3  0.0000000009  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.101875  hitchhiker  0.00323798 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0587  cupin 2 domain-containing protein  26.9 
 
 		 184 aa  63.9  0.000000001  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0758  XRE family transcriptional regulator  34.25 
 
 		 190 aa  63.5  0.000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1468  transcriptional regulator, XRE family  29.63 
 
 		 182 aa  63.5  0.000000001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0100935  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1154  XRE family transcriptional regulator  29.7 
 
 		 204 aa  63.9  0.000000001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0376883  normal  0.48606 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2327  transcriptional regulator, XRE family  25.73 
 
 		 189 aa  63.5  0.000000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0495  transcriptional regulator, XRE family  29.41 
 
 		 184 aa  62.8  0.000000002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5244  XRE family transcriptional regulator  28.83 
 
 		 180 aa  63.2  0.000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.664792  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_58380  putative transcriptional regulator  29.34 
 
 		 187 aa  62.8  0.000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5615  XRE family transcriptional regulator  28.83 
 
 		 180 aa  63.2  0.000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.322287  normal  0.0794813 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0521  cupin 2 domain-containing protein  26.9 
 
 		 184 aa  62.4  0.000000003  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3262  XRE family transcriptional regulator  30.32 
 
 		 193 aa  62.4  0.000000003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0174683 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>