More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_1139 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007778  RPB_1139  transcriptional regulator  100 
 
 		 232 aa  475  1e-133  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.483755  normal  0.0958639 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4694  XRE family transcriptional regulator  67 
 
 		 224 aa  289  3e-77  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.607677 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4811  XRE family transcriptional regulator  64.97 
 
 		 201 aa  277  1e-73  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00213383 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2242  helix-turn-helix domain-containing protein  64.65 
 
 		 201 aa  271  4.0000000000000004e-72  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.453871 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2517  transcriptional regulator, XRE family  64.65 
 
 		 201 aa  271  4.0000000000000004e-72  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1941  transcriptional regulator  58.82 
 
 		 225 aa  270  1e-71  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2198  transcriptional regulator, XRE family  64.14 
 
 		 201 aa  268  7e-71  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.351873  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2625  transcriptional regulator, XRE family  59.62 
 
 		 217 aa  264  1e-69  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0551  transcriptional regulator, XRE family  57.73 
 
 		 198 aa  238  5e-62  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6574  transcriptional regulator, XRE family  52.88 
 
 		 227 aa  227  1e-58  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0448941 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5637  transcriptional regulator, XRE family  55.26 
 
 		 227 aa  224  7e-58  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.76756  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3301  XRE family transcriptional regulator  53.81 
 
 		 234 aa  222  4e-57  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5748  transcriptional regulator  54.55 
 
 		 219 aa  216  4e-55  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6009  XRE family transcriptional regulator  54.26 
 
 		 219 aa  214  8e-55  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.285081  hitchhiker  0.00726065 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1871  putative HTH-type transcriptional regulator  54.21 
 
 		 215 aa  210  1e-53  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0589891  normal  0.573197 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1987  transcriptional regulator, XRE family  44.75 
 
 		 187 aa  173  1.9999999999999998e-42  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.144245  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2247  transcriptional regulator, XRE family  45.3 
 
 		 190 aa  173  1.9999999999999998e-42  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5954  transcriptional regulator, XRE family  44.2 
 
 		 187 aa  170  2e-41  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1985  transcriptional regulator, XRE family  44.68 
 
 		 190 aa  166  2e-40  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.127285  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2858  transcriptional regulator, XRE family  42.78 
 
 		 215 aa  165  5.9999999999999996e-40  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.0000622832  normal  0.0374075 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4986  XRE family transcriptional regulator  43.14 
 
 		 219 aa  164  1.0000000000000001e-39  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5265  XRE family transcriptional regulator  43.14 
 
 		 219 aa  164  1.0000000000000001e-39  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.223709 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4897  XRE family transcriptional regulator  43.14 
 
 		 219 aa  164  1.0000000000000001e-39  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5912  XRE family transcriptional regulator  42.33 
 
 		 213 aa  164  1.0000000000000001e-39  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0165  XRE family transcriptional regulator  43.09 
 
 		 200 aa  162  4.0000000000000004e-39  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2505  XRE family transcriptional regulator  38.84 
 
 		 220 aa  162  4.0000000000000004e-39  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5931  transcriptional regulator, XRE family  43.62 
 
 		 190 aa  162  6e-39  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1338  XRE family transcriptional regulator  39.68 
 
 		 198 aa  160  2e-38  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1295  XRE family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 222 aa  160  2e-38  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.419553 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5833  transcriptional regulator, XRE family  45.56 
 
 		 173 aa  159  4e-38  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4528  transcriptional regulator, XRE family  44.97 
 
 		 173 aa  158  6e-38  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4533  transcriptional regulator, XRE family  44.64 
 
 		 173 aa  158  8e-38  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4562  transcriptional regulator, XRE family  44.97 
 
 		 173 aa  157  1e-37  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4828  transcriptional regulator, XRE family  45.56 
 
 		 173 aa  156  2e-37  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0464638  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3035  XRE family transcriptional regulator  41.58 
 
 		 208 aa  157  2e-37  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.348685 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4802  helix-turn-helix domain protein  41.75 
 
 		 233 aa  155  4e-37  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.329061  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2581  DNA-binding protein  40.22 
 
 		 209 aa  155  6e-37  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.449808  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1702  transcriptional regulator, XRE family  39.57 
 
 		 218 aa  155  7e-37  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2272  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  39.67 
 
 		 201 aa  154  1e-36  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.306888  normal  0.104106 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5514  XRE family transcriptional regulator  42.33 
 
 		 222 aa  154  1e-36  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.388539 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3469  XRE family transcriptional regulator  39.67 
 
 		 197 aa  152  2.9999999999999998e-36  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2246  XRE family transcriptional regulator  39.67 
 
 		 197 aa  151  8e-36  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0437  transcriptional regulator  40.1 
 
 		 212 aa  150  2e-35  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.686873 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1879  transcriptional regulator, XRE family  38.42 
 
 		 182 aa  147  1.0000000000000001e-34  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2038  transcriptional regulator  42.62 
 
 		 230 aa  145  4.0000000000000006e-34  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.547476  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3519  transcriptional regulator, XRE family  38.33 
 
 		 210 aa  144  1e-33  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.0116433 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0079  Cro/CI family transcriptional regulator  36.69 
 
 		 196 aa  106  3e-22  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3438  XRE family transcriptional regulator  36.09 
 
 		 198 aa  106  4e-22  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0878  cupin 2 domain-containing protein  35.5 
 
 		 196 aa  105  8e-22  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000206175  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2946  transcriptional regulator  33.52 
 
 		 197 aa  96.7  3e-19  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3456  transcriptional regulator, XRE family  32.16 
 
 		 199 aa  96.3  3e-19  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3393  transcriptional regulator, XRE family  32.16 
 
 		 199 aa  95.9  5e-19  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.000124891  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1507  transcriptional regulator, XRE family  32.34 
 
 		 211 aa  95.1  7e-19  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2320  transcriptional regulator, XRE family  29.41 
 
 		 188 aa  89.7  3e-17  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1889  transcriptional regulator, XRE family  29.41 
 
 		 188 aa  89  5e-17  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3489  XRE family transcriptional regulator  31.14 
 
 		 187 aa  86.7  3e-16  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1034  transcriptional regulator, XRE family  30.56 
 
 		 181 aa  85.9  4e-16  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000342515  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0524  XRE family transcriptional regulator  30.54 
 
 		 187 aa  85.5  7e-16  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  unclonable  0.0000000000827128  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3298  Cro/CI family transcriptional regulator  29.76 
 
 		 187 aa  84.3  0.000000000000002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0650  XRE family transcriptional regulator  27.88 
 
 		 187 aa  84.3  0.000000000000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3247  XRE family transcriptional regulator  29.76 
 
 		 187 aa  84  0.000000000000002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000592797 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2941  XRE family transcriptional regulator  30.68 
 
 		 271 aa  83.2  0.000000000000003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0631546  normal  0.420407 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3075  XRE family transcriptional regulator  30.68 
 
 		 269 aa  83.2  0.000000000000004  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0485  transcriptional regulator, XRE family  30.86 
 
 		 197 aa  82.8  0.000000000000005  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00000244144  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2902  Cupin 2 conserved barrel domain protein  28.57 
 
 		 189 aa  82  0.000000000000006  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4838  transcriptional regulator, XRE family  29.7 
 
 		 193 aa  81.3  0.00000000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0168811  hitchhiker  0.0000750229 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3049  XRE family transcriptional regulator  28.89 
 
 		 259 aa  80.5  0.00000000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0258201 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2416  XRE family transcriptional regulator  28.89 
 
 		 259 aa  80.5  0.00000000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3030  XRE family transcriptional regulator  28.89 
 
 		 259 aa  80.5  0.00000000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1154  XRE family transcriptional regulator  28.92 
 
 		 204 aa  80.5  0.00000000000002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0376883  normal  0.48606 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3263  transcriptional regulator, XRE family  30 
 
 		 188 aa  80.5  0.00000000000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0817  transcriptional regulator, XRE family  28.89 
 
 		 184 aa  79.7  0.00000000000003  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3025  XRE family transcriptional regulator  27.78 
 
 		 281 aa  80.1  0.00000000000003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.925102 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2571  transcriptional regulator, XRE family  32.75 
 
 		 192 aa  80.1  0.00000000000003  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  decreased coverage  0.00000000481124  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4522  transcriptional regulator, XRE family  29.9 
 
 		 188 aa  78.2  0.00000000000009  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0681879  normal  0.0291061 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2819  MerR family transcriptional regulator  30.57 
 
 		 192 aa  77.8  0.0000000000001  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  0.142376 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6377  XRE family transcriptional regulator  30.43 
 
 		 286 aa  78.2  0.0000000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.739753  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4257  transcriptional regulator, XRE family  29.84 
 
 		 189 aa  77  0.0000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.166003  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0552  transcriptional regulator  28.02 
 
 		 183 aa  77  0.0000000000003  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  decreased coverage  0.0032692  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3313  transcriptional regulator, XRE family  31.11 
 
 		 201 aa  75.9  0.0000000000005  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0108  transcriptional regulator, XRE family  26.46 
 
 		 186 aa  75.1  0.0000000000008  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5414  XRE family transcriptional regulator  30.93 
 
 		 192 aa  74.3  0.000000000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1558  cupin 2 domain-containing protein  29.11 
 
 		 180 aa  74.3  0.000000000001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4867  XRE family transcriptional regulator  30.93 
 
 		 192 aa  74.3  0.000000000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4506  XRE family transcriptional regulator  31.18 
 
 		 189 aa  73.6  0.000000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.690344  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS4258  DNA-binding protein  31.1 
 
 		 181 aa  73.2  0.000000000003  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4094  transcriptional regulator  31.1 
 
 		 181 aa  73.2  0.000000000003  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4105  transcriptional regulator  31.1 
 
 		 181 aa  73.2  0.000000000003  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0556  MerR family transcriptional regulator  28.72 
 
 		 189 aa  73.6  0.000000000003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4590  DNA-binding protein  31.1 
 
 		 181 aa  73.2  0.000000000003  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0230  transcriptional regulator  34.71 
 
 		 197 aa  73.6  0.000000000003  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3046  transcriptional regulator  29.78 
 
 		 201 aa  73.2  0.000000000003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.948594  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4442  DNA-binding protein  31.1 
 
 		 181 aa  73.2  0.000000000003  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4443  DNA-binding protein  31.1 
 
 		 181 aa  72.8  0.000000000004  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4729  XRE family transcriptional regulator  30.57 
 
 		 192 aa  72.8  0.000000000004  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_17550  putative transcriptional regulator with cupin domain  27.46 
 
 		 200 aa  73.2  0.000000000004  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.0466174  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5317  XRE family transcriptional regulator  30.57 
 
 		 192 aa  72.8  0.000000000004  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.221767  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4493  DNA-binding protein  31.1 
 
 		 181 aa  72.8  0.000000000004  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5543  XRE family transcriptional regulator  30.57 
 
 		 192 aa  72.8  0.000000000004  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.827143  normal  1 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0273  XRE family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 176 aa  72.4  0.000000000006  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  decreased coverage  0.0000144131  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>