More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dhaf_1034 on replicon NC_011830
Organism: Desulfitobacterium hafniense DCB-2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011830  Dhaf_1034  transcriptional regulator, XRE family  100 
 
 
181 aa  372  1e-102  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000342515  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1035  transcriptional regulator, XRE family  37.02 
 
 
179 aa  133  9.999999999999999e-31  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000017846  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4811  XRE family transcriptional regulator  33.33 
 
 
201 aa  95.1  5e-19  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00213383 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1338  XRE family transcriptional regulator  32.96 
 
 
198 aa  94.7  6e-19  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2578  transcriptional regulator, XRE family  31.18 
 
 
182 aa  93.6  1e-18  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1831  DNA-binding protein  34.83 
 
 
181 aa  91.7  5e-18  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1599  MerR family transcriptional regulator  34.27 
 
 
181 aa  91.3  6e-18  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0898  XRE family transcriptional regulator  31.69 
 
 
179 aa  91.3  7e-18  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1854  DNA-binding protein  34.27 
 
 
181 aa  90.5  1e-17  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.653009  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1629  MerR family transcriptional regulator  33.71 
 
 
181 aa  90.1  1e-17  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  decreased coverage  0.000044317  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1906  DNA-binding protein  34.27 
 
 
181 aa  90.5  1e-17  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.0011859  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1650  DNA-binding protein  34.36 
 
 
181 aa  89.7  2e-17  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.000412674  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1781  DNA-binding protein  34.36 
 
 
181 aa  89.7  2e-17  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6574  transcriptional regulator, XRE family  32.62 
 
 
227 aa  89.7  2e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.0448941 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3301  XRE family transcriptional regulator  30.85 
 
 
234 aa  89.4  3e-17  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1941  transcriptional regulator  32.2 
 
 
225 aa  89  3e-17  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0551  transcriptional regulator, XRE family  32.02 
 
 
198 aa  89  3e-17  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3684  transcriptional regulator, XRE family  30.56 
 
 
180 aa  88.2  5e-17  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  unclonable  0.0000000000437538  n/a   
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5637  transcriptional regulator, XRE family  31.55 
 
 
227 aa  88.2  5e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.76756  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3247  XRE family transcriptional regulator  31.71 
 
 
187 aa  87.4  9e-17  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000592797 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3867  XRE family transcriptional regulator  34.24 
 
 
201 aa  87  1e-16  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2242  helix-turn-helix domain-containing protein  32.97 
 
 
201 aa  87.4  1e-16  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.453871 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1795  DNA-binding protein  34.57 
 
 
181 aa  87  1e-16  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3546  DNA-binding protein  34.57 
 
 
181 aa  87.4  1e-16  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1871  putative HTH-type transcriptional regulator  31.15 
 
 
215 aa  87.4  1e-16  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0589891  normal  0.573197 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0650  XRE family transcriptional regulator  30.22 
 
 
187 aa  87  1e-16  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1649  XRE family transcriptional regulator  33.7 
 
 
181 aa  87  1e-16  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.176921  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2517  transcriptional regulator, XRE family  32.97 
 
 
201 aa  87.4  1e-16  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5748  transcriptional regulator  29.95 
 
 
219 aa  86.3  2e-16  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6009  XRE family transcriptional regulator  29.95 
 
 
219 aa  86.7  2e-16  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.285081  hitchhiker  0.00726065 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2198  transcriptional regulator, XRE family  32.42 
 
 
201 aa  86.7  2e-16  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.351873  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2004  MerR family transcriptional regulator  29.44 
 
 
178 aa  85.5  3e-16  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00158357  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1139  transcriptional regulator  30.56 
 
 
232 aa  85.9  3e-16  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.483755  normal  0.0958639 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3046  transcriptional regulator  31.84 
 
 
201 aa  85.9  3e-16  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.948594  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3298  Cro/CI family transcriptional regulator  31.1 
 
 
187 aa  85.5  4e-16  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3075  XRE family transcriptional regulator  30.73 
 
 
269 aa  85.5  4e-16  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2625  transcriptional regulator, XRE family  32.2 
 
 
217 aa  85.1  5e-16  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0751  XRE family transcriptional regulator  30.39 
 
 
179 aa  85.1  6e-16  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000000101746  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5320  XRE family transcriptional regulator  31.15 
 
 
182 aa  84.7  7e-16  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.8166  normal  0.310919 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2941  XRE family transcriptional regulator  31.64 
 
 
271 aa  84.3  8e-16  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0631546  normal  0.420407 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5268  Cro/CI family transcriptional regulator  31.15 
 
 
182 aa  84.3  9e-16  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3100  XRE family transcriptional regulator  27.47 
 
 
208 aa  84.3  9e-16  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.510523  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2921  XRE family transcriptional regulator  27.47 
 
 
208 aa  84.3  9e-16  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.899455  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3003  XRE family transcriptional regulator  27.47 
 
 
208 aa  84.3  9e-16  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.252662  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5178  XRE family transcriptional regulator  31.15 
 
 
199 aa  84  0.000000000000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.174471  normal  0.155373 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1419  XRE family transcriptional regulator  31.71 
 
 
178 aa  84  0.000000000000001  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2320  transcriptional regulator, XRE family  29.83 
 
 
188 aa  83.2  0.000000000000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0524  XRE family transcriptional regulator  27.32 
 
 
187 aa  83.2  0.000000000000002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  unclonable  0.0000000000827128  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1889  transcriptional regulator, XRE family  29.83 
 
 
188 aa  83.2  0.000000000000002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4694  XRE family transcriptional regulator  32.02 
 
 
224 aa  83.2  0.000000000000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.607677 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1325  cupin 2 domain-containing protein  32.1 
 
 
175 aa  83.2  0.000000000000002  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_69980  putative transcriptional regulator  30.05 
 
 
182 aa  82.8  0.000000000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2571  transcriptional regulator, XRE family  32.91 
 
 
192 aa  82.4  0.000000000000003  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  decreased coverage  0.00000000481124  normal 
 
 
-
 
NC_002976  SERP0685  Cro/CI family transcriptional regulator  32.78 
 
 
179 aa  82.4  0.000000000000003  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1195  XRE family transcriptional regulator  27.32 
 
 
182 aa  82.8  0.000000000000003  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.152731  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1163  cupin 2 domain-containing protein  27.32 
 
 
182 aa  82.8  0.000000000000003  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.967119  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1104  cupin 2 domain-containing protein  27.32 
 
 
182 aa  82.8  0.000000000000003  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.183758  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0943  XRE family transcriptional regulator  27.37 
 
 
182 aa  82.4  0.000000000000003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3195  transcriptional regulator, XRE family  27.32 
 
 
182 aa  82.8  0.000000000000003  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal  0.0639399 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3489  XRE family transcriptional regulator  30.49 
 
 
187 aa  82  0.000000000000004  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1265  transcriptional regulator, putative  27.47 
 
 
182 aa  82  0.000000000000005  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1558  cupin 2 domain-containing protein  29.61 
 
 
180 aa  81.6  0.000000000000005  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3025  XRE family transcriptional regulator  30.56 
 
 
281 aa  81.6  0.000000000000005  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.925102 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3049  XRE family transcriptional regulator  30 
 
 
259 aa  82  0.000000000000005  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.0258201 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1158  XRE family transcriptional regulator  32.22 
 
 
179 aa  81.6  0.000000000000006  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  decreased coverage  0.00000119717  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1180  helix-turn-helix domain-containing protein  32.22 
 
 
179 aa  81.6  0.000000000000006  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  unclonable  0.000000150819  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2416  XRE family transcriptional regulator  30 
 
 
259 aa  81.6  0.000000000000006  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6075  putative transcriptional regulator  30.05 
 
 
182 aa  81.6  0.000000000000006  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0202  XRE family transcriptional regulator  29.51 
 
 
182 aa  81.6  0.000000000000006  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.614203  hitchhiker  0.00167713 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3030  XRE family transcriptional regulator  30 
 
 
259 aa  81.6  0.000000000000006  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3263  transcriptional regulator, XRE family  29.88 
 
 
188 aa  81.3  0.000000000000007  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0847  XRE family transcriptional regulator  31.36 
 
 
191 aa  81.3  0.000000000000007  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0485  transcriptional regulator, XRE family  34.94 
 
 
197 aa  81.3  0.000000000000008  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00000244144  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6377  XRE family transcriptional regulator  29.05 
 
 
286 aa  80.9  0.000000000000009  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.739753  normal 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0275  cupin 2 domain-containing protein  31.48 
 
 
188 aa  80.9  0.00000000000001  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000000353927  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1721  XRE family transcriptional regulator  31.25 
 
 
201 aa  80.5  0.00000000000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1091  XRE family transcriptional regulator  27.47 
 
 
182 aa  80.5  0.00000000000001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.158888  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0273  XRE family transcriptional regulator  31.68 
 
 
176 aa  80.5  0.00000000000001  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  decreased coverage  0.0000144131  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3456  transcriptional regulator, XRE family  31.36 
 
 
199 aa  80.1  0.00000000000001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0878  cupin 2 domain-containing protein  32.95 
 
 
196 aa  80.9  0.00000000000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000206175  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2646  XRE family transcriptional regulator  28.02 
 
 
182 aa  79.7  0.00000000000002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2836  DNA-binding protein  32.78 
 
 
184 aa  79.7  0.00000000000002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000716748  hitchhiker  0.00000000374058 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4679  putative transcriptional regulator  26.92 
 
 
180 aa  79.3  0.00000000000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0842  cupin 2 domain-containing protein  29.07 
 
 
188 aa  80.1  0.00000000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0238  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  28.96 
 
 
199 aa  79.7  0.00000000000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5523  transcriptional regulator  29.51 
 
 
182 aa  79.7  0.00000000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.22086 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3393  transcriptional regulator, XRE family  31.36 
 
 
199 aa  80.1  0.00000000000002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.000124891  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0965  transcriptional regulator, XRE family  29.44 
 
 
191 aa  79.7  0.00000000000002  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1159  putative transcription regulator protein  26.7 
 
 
182 aa  79.3  0.00000000000003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.109435 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0970  XRE family transcriptional regulator  26.37 
 
 
182 aa  79  0.00000000000003  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2046  XRE family transcriptional regulator  32.93 
 
 
205 aa  79  0.00000000000003  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.298774  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2821  XRE family transcriptional regulator  29.95 
 
 
199 aa  79.3  0.00000000000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4448  XRE family transcriptional regulator  31.1 
 
 
193 aa  78.6  0.00000000000004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0311191  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0248  XRE family transcriptional regulator  29.61 
 
 
182 aa  79  0.00000000000004  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3262  XRE family transcriptional regulator  32.72 
 
 
193 aa  79  0.00000000000004  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.0174683 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1987  transcriptional regulator, XRE family  31.52 
 
 
187 aa  78.6  0.00000000000004  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.144245  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0105  DNA-binding protein  28.96 
 
 
199 aa  78.2  0.00000000000006  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2913  XRE family transcriptional regulator  29.95 
 
 
199 aa  78.2  0.00000000000006  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4506  XRE family transcriptional regulator  30.36 
 
 
189 aa  78.2  0.00000000000007  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.690344  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0437  transcriptional regulator  28.25 
 
 
212 aa  77.8  0.00000000000007  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.686873 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>