More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SERP0685 on replicon NC_002976
Organism: Staphylococcus epidermidis RP62A



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002976  SERP0685  Cro/CI family transcriptional regulator  100 
 
 
179 aa  367  1e-101  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1180  helix-turn-helix domain-containing protein  75.98 
 
 
179 aa  294  4e-79  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  unclonable  0.000000150819  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1158  XRE family transcriptional regulator  75.98 
 
 
179 aa  294  4e-79  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  decreased coverage  0.00000119717  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0888  transcriptional regulator, XRE family  40 
 
 
179 aa  140  9.999999999999999e-33  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  decreased coverage  0.0000000118183  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3684  transcriptional regulator, XRE family  41.48 
 
 
180 aa  136  2e-31  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  unclonable  0.0000000000437538  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2222  DNA-binding protein  40.57 
 
 
179 aa  135  3.0000000000000003e-31  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1934  DNA-binding protein  40 
 
 
179 aa  135  5e-31  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0751  XRE family transcriptional regulator  34.29 
 
 
179 aa  128  4.0000000000000003e-29  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000000101746  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0980  XRE family transcriptional regulator  36.57 
 
 
181 aa  122  3e-27  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000294477  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0273  XRE family transcriptional regulator  38.51 
 
 
176 aa  122  4e-27  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  decreased coverage  0.0000144131  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2540  Cro/CI family transcriptional regulator  36 
 
 
181 aa  120  7e-27  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0898  XRE family transcriptional regulator  33.9 
 
 
179 aa  120  9e-27  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0275  cupin 2 domain-containing protein  38.37 
 
 
188 aa  120  9.999999999999999e-27  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000000353927  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0901  XRE family transcriptional regulator  34.86 
 
 
181 aa  119  1.9999999999999998e-26  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000108423 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2094  transcriptional regulator Cro/CI family protein  33.71 
 
 
188 aa  114  6.9999999999999995e-25  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1419  XRE family transcriptional regulator  36.21 
 
 
178 aa  110  2.0000000000000002e-23  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2919  transcriptional regulator, XRE family  33.13 
 
 
170 aa  108  5e-23  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1306  transcriptional regulator, XRE family  33.13 
 
 
170 aa  108  5e-23  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000000237827 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1325  cupin 2 domain-containing protein  35.03 
 
 
175 aa  105  5e-22  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0572  cupin 2 domain-containing protein  33.9 
 
 
178 aa  93.6  1e-18  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0115  transcriptional regulatory protein  25.56 
 
 
194 aa  82.8  0.000000000000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1034  transcriptional regulator, XRE family  32.78 
 
 
181 aa  82.4  0.000000000000003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000342515  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4257  transcriptional regulator, XRE family  26.14 
 
 
189 aa  81.3  0.000000000000007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.166003  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1507  transcriptional regulator, XRE family  29.14 
 
 
211 aa  80.9  0.000000000000008  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4522  transcriptional regulator, XRE family  25.71 
 
 
188 aa  80.1  0.00000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0681879  normal  0.0291061 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3489  XRE family transcriptional regulator  30.22 
 
 
187 aa  78.6  0.00000000000004  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0847  XRE family transcriptional regulator  30.06 
 
 
191 aa  77.4  0.00000000000009  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0650  XRE family transcriptional regulator  29.67 
 
 
187 aa  77  0.0000000000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3247  XRE family transcriptional regulator  29.12 
 
 
187 aa  77  0.0000000000001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000592797 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0524  XRE family transcriptional regulator  27.87 
 
 
187 aa  77.4  0.0000000000001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  unclonable  0.0000000000827128  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3298  Cro/CI family transcriptional regulator  29.67 
 
 
187 aa  76.3  0.0000000000002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1889  transcriptional regulator, XRE family  28.57 
 
 
188 aa  76.6  0.0000000000002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2320  transcriptional regulator, XRE family  28.57 
 
 
188 aa  76.3  0.0000000000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0965  transcriptional regulator, XRE family  29.48 
 
 
191 aa  75.9  0.0000000000003  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0485  transcriptional regulator, XRE family  25.27 
 
 
197 aa  75.9  0.0000000000003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00000244144  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4506  XRE family transcriptional regulator  25.14 
 
 
189 aa  75.9  0.0000000000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.690344  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3301  XRE family transcriptional regulator  29.27 
 
 
234 aa  75.1  0.0000000000006  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4439  transcriptional regulator, XRE family  24 
 
 
190 aa  74.3  0.0000000000008  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.957299  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1159  putative transcription regulator protein  24.71 
 
 
182 aa  74.3  0.0000000000009  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.109435 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_65950  putative transcriptional regulator  27.53 
 
 
199 aa  74.3  0.0000000000009  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1721  XRE family transcriptional regulator  28 
 
 
201 aa  73.6  0.000000000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0758  XRE family transcriptional regulator  24 
 
 
190 aa  73.9  0.000000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008244  Meso_4609  XRE family transcriptional regulator  26.97 
 
 
229 aa  73.6  0.000000000001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_5268  Cro/CI family transcriptional regulator  29.35 
 
 
182 aa  72.8  0.000000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0970  XRE family transcriptional regulator  26.92 
 
 
182 aa  73.2  0.000000000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3393  transcriptional regulator, XRE family  28.4 
 
 
199 aa  72.8  0.000000000002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.000124891  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4838  transcriptional regulator, XRE family  28.33 
 
 
193 aa  73.6  0.000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0168811  hitchhiker  0.0000750229 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5414  XRE family transcriptional regulator  24.86 
 
 
192 aa  72.8  0.000000000003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1533  DNA-binding protein  24.57 
 
 
179 aa  72.8  0.000000000003  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2902  Cupin 2 conserved barrel domain protein  24.86 
 
 
189 aa  72.4  0.000000000003  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3262  XRE family transcriptional regulator  24.86 
 
 
193 aa  72.4  0.000000000003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.0174683 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0350  DNA-binding protein  24.57 
 
 
179 aa  72.8  0.000000000003  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1723  DNA-binding protein  24.57 
 
 
179 aa  72.8  0.000000000003  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0900931  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0384  DNA-binding protein  24.57 
 
 
179 aa  72.8  0.000000000003  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3020  DNA-binding protein  24.57 
 
 
179 aa  72.8  0.000000000003  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5320  XRE family transcriptional regulator  27.87 
 
 
182 aa  72.4  0.000000000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.8166  normal  0.310919 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1154  XRE family transcriptional regulator  30.05 
 
 
204 aa  72.4  0.000000000003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0376883  normal  0.48606 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0437  transcriptional regulator  28.66 
 
 
212 aa  72.4  0.000000000003  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.686873 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2904  DNA-binding protein  24.57 
 
 
179 aa  72.8  0.000000000003  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.311354  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4867  XRE family transcriptional regulator  24.86 
 
 
192 aa  72.8  0.000000000003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3456  transcriptional regulator, XRE family  28.4 
 
 
199 aa  72.4  0.000000000004  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3263  transcriptional regulator, XRE family  28.11 
 
 
188 aa  72  0.000000000005  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2042  transcriptional regulator  25.41 
 
 
188 aa  72  0.000000000005  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6009  XRE family transcriptional regulator  30.41 
 
 
219 aa  71.6  0.000000000005  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.285081  hitchhiker  0.00726065 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2714  XRE family transcriptional regulator  26.52 
 
 
204 aa  71.6  0.000000000005  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2821  XRE family transcriptional regulator  25.84 
 
 
199 aa  72  0.000000000005  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0079  Cro/CI family transcriptional regulator  27.07 
 
 
196 aa  71.6  0.000000000006  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5178  XRE family transcriptional regulator  28.8 
 
 
199 aa  71.2  0.000000000007  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.174471  normal  0.155373 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3049  XRE family transcriptional regulator  26.52 
 
 
259 aa  71.2  0.000000000007  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.0258201 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47950  Cupin, RmlC-type protein  26.63 
 
 
182 aa  70.9  0.000000000008  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3030  XRE family transcriptional regulator  26.52 
 
 
259 aa  71.2  0.000000000008  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0114  XRE family transcriptional regulator  24.28 
 
 
193 aa  71.2  0.000000000008  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2416  XRE family transcriptional regulator  26.52 
 
 
259 aa  71.2  0.000000000008  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2868  Cro/CI family transcriptional regulator  25.28 
 
 
199 aa  70.9  0.000000000009  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1446  transcriptional regulator, XRE family  27.03 
 
 
191 aa  70.9  0.000000000009  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5543  XRE family transcriptional regulator  24 
 
 
192 aa  70.5  0.00000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.827143  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4729  XRE family transcriptional regulator  24 
 
 
192 aa  70.5  0.00000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0878  cupin 2 domain-containing protein  27.07 
 
 
196 aa  70.5  0.00000000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000206175  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1254  DNA-binding protein  24 
 
 
236 aa  70.5  0.00000000001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2220  DNA-binding protein  23.43 
 
 
236 aa  70.1  0.00000000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5722  putative transcriptional regulator  26.4 
 
 
199 aa  70.5  0.00000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5637  transcriptional regulator, XRE family  30.36 
 
 
227 aa  70.5  0.00000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.76756  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1539  MerR family transcriptional regulator  28.57 
 
 
292 aa  70.1  0.00000000001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0172454  normal  0.655759 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5317  XRE family transcriptional regulator  24 
 
 
192 aa  70.5  0.00000000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.221767  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3075  XRE family transcriptional regulator  26.55 
 
 
269 aa  70.5  0.00000000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2913  XRE family transcriptional regulator  25.28 
 
 
199 aa  70.5  0.00000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6574  transcriptional regulator, XRE family  30.36 
 
 
227 aa  70.1  0.00000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.0448941 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2941  XRE family transcriptional regulator  26.55 
 
 
271 aa  70.1  0.00000000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0631546  normal  0.420407 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0165  transcriptional regulator, XRE family  26.44 
 
 
201 aa  70.1  0.00000000002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1712  XRE family transcriptional regulator  20.57 
 
 
191 aa  69.7  0.00000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.526366  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1128  XRE family transcriptional regulator  27.47 
 
 
182 aa  69.7  0.00000000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6366  XRE family transcriptional regulator  20.57 
 
 
191 aa  69.7  0.00000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0311191  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1727  XRE family transcriptional regulator  20.57 
 
 
191 aa  69.7  0.00000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.170715  normal  0.149129 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2004  MerR family transcriptional regulator  24.26 
 
 
178 aa  68.9  0.00000000003  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00158357  normal 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4678  MerR family transcriptional regulator  26.55 
 
 
276 aa  68.6  0.00000000004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.825044  normal  0.111013 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2995  transcriptional regulator  25.56 
 
 
191 aa  68.6  0.00000000005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0735878  normal 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5748  transcriptional regulator  28.99 
 
 
219 aa  68.6  0.00000000005  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2578  transcriptional regulator, XRE family  26.92 
 
 
182 aa  68.2  0.00000000006  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3025  XRE family transcriptional regulator  26.82 
 
 
281 aa  68.2  0.00000000006  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.925102 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3438  XRE family transcriptional regulator  28.99 
 
 
198 aa  67.8  0.00000000007  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>