More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_1987 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012791  Vapar_1987  transcriptional regulator, XRE family  100 
 
 		 187 aa  371  1e-102  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.144245  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1985  transcriptional regulator, XRE family  87.7 
 
 		 190 aa  333  9e-91  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.127285  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2247  transcriptional regulator, XRE family  85.56 
 
 		 190 aa  328  4e-89  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5954  transcriptional regulator, XRE family  85.56 
 
 		 187 aa  325  2.0000000000000001e-88  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5931  transcriptional regulator, XRE family  85.56 
 
 		 190 aa  323  7e-88  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4828  transcriptional regulator, XRE family  88.44 
 
 		 173 aa  313  7e-85  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0464638  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4528  transcriptional regulator, XRE family  87.28 
 
 		 173 aa  311  4.999999999999999e-84  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4562  transcriptional regulator, XRE family  87.86 
 
 		 173 aa  310  1e-83  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5833  transcriptional regulator, XRE family  87.28 
 
 		 173 aa  310  1e-83  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4533  transcriptional regulator, XRE family  86.71 
 
 		 173 aa  308  4e-83  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1879  transcriptional regulator, XRE family  69.61 
 
 		 182 aa  258  3e-68  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1139  transcriptional regulator  44.75 
 
 		 232 aa  173  9.999999999999999e-43  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.483755  normal  0.0958639 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4694  XRE family transcriptional regulator  45.05 
 
 		 224 aa  167  6e-41  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.607677 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1941  transcriptional regulator  44.81 
 
 		 225 aa  164  5e-40  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2625  transcriptional regulator, XRE family  44.38 
 
 		 217 aa  164  1.0000000000000001e-39  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4811  XRE family transcriptional regulator  43.41 
 
 		 201 aa  159  2e-38  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00213383 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3301  XRE family transcriptional regulator  44.26 
 
 		 234 aa  148  4e-35  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6009  XRE family transcriptional regulator  43.58 
 
 		 219 aa  147  7e-35  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.285081  hitchhiker  0.00726065 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2198  transcriptional regulator, XRE family  39.23 
 
 		 201 aa  146  2.0000000000000003e-34  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.351873  normal  1 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5637  transcriptional regulator, XRE family  43.09 
 
 		 227 aa  146  2.0000000000000003e-34  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.76756  normal  1 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6574  transcriptional regulator, XRE family  43.09 
 
 		 227 aa  145  3e-34  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0448941 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0551  transcriptional regulator, XRE family  39.55 
 
 		 198 aa  145  4.0000000000000006e-34  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2517  transcriptional regulator, XRE family  39.23 
 
 		 201 aa  143  1e-33  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2242  helix-turn-helix domain-containing protein  39.23 
 
 		 201 aa  143  1e-33  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.453871 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5748  transcriptional regulator  42.46 
 
 		 219 aa  141  7e-33  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1871  putative HTH-type transcriptional regulator  40.33 
 
 		 215 aa  136  2e-31  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0589891  normal  0.573197 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3519  transcriptional regulator, XRE family  40.11 
 
 		 210 aa  128  5.0000000000000004e-29  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.0116433 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3469  XRE family transcriptional regulator  37.99 
 
 		 197 aa  120  8e-27  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3035  XRE family transcriptional regulator  36.26 
 
 		 208 aa  120  9.999999999999999e-27  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.348685 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2581  DNA-binding protein  36.87 
 
 		 209 aa  119  3e-26  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.449808  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2272  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  36.31 
 
 		 201 aa  117  7.999999999999999e-26  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.306888  normal  0.104106 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5912  XRE family transcriptional regulator  34.08 
 
 		 213 aa  117  9.999999999999999e-26  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2246  XRE family transcriptional regulator  35.75 
 
 		 197 aa  115  3e-25  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2505  XRE family transcriptional regulator  33.71 
 
 		 220 aa  113  1.0000000000000001e-24  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2858  transcriptional regulator, XRE family  37.99 
 
 		 215 aa  111  5e-24  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.0000622832  normal  0.0374075 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0165  XRE family transcriptional regulator  33.15 
 
 		 200 aa  110  1.0000000000000001e-23  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1702  transcriptional regulator, XRE family  34.83 
 
 		 218 aa  110  1.0000000000000001e-23  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1338  XRE family transcriptional regulator  35 
 
 		 198 aa  109  2.0000000000000002e-23  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2038  transcriptional regulator  32.78 
 
 		 230 aa  107  9.000000000000001e-23  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.547476  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0437  transcriptional regulator  32.04 
 
 		 212 aa  102  3e-21  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.686873 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1295  XRE family transcriptional regulator  36.11 
 
 		 222 aa  102  4e-21  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.419553 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4986  XRE family transcriptional regulator  35.71 
 
 		 219 aa  102  4e-21  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4897  XRE family transcriptional regulator  35.71 
 
 		 219 aa  102  4e-21  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5265  XRE family transcriptional regulator  35.71 
 
 		 219 aa  102  4e-21  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.223709 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5514  XRE family transcriptional regulator  36.26 
 
 		 222 aa  101  6e-21  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.388539 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4802  helix-turn-helix domain protein  37.02 
 
 		 233 aa  101  7e-21  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.329061  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3247  XRE family transcriptional regulator  30.65 
 
 		 187 aa  94.4  9e-19  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000592797 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0878  cupin 2 domain-containing protein  30.43 
 
 		 196 aa  93.6  1e-18  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000206175  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0817  transcriptional regulator, XRE family  33.52 
 
 		 184 aa  94  1e-18  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3298  Cro/CI family transcriptional regulator  29.57 
 
 		 187 aa  91.7  6e-18  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0524  XRE family transcriptional regulator  29.57 
 
 		 187 aa  90.9  9e-18  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  unclonable  0.0000000000827128  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1507  transcriptional regulator, XRE family  35.76 
 
 		 211 aa  90.9  9e-18  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0552  transcriptional regulator  29.83 
 
 		 183 aa  89.4  3e-17  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  decreased coverage  0.0032692  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0650  XRE family transcriptional regulator  29.03 
 
 		 187 aa  89.4  3e-17  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2320  transcriptional regulator, XRE family  30.18 
 
 		 188 aa  88.6  5e-17  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1558  cupin 2 domain-containing protein  34.57 
 
 		 180 aa  88.2  6e-17  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1889  transcriptional regulator, XRE family  30.18 
 
 		 188 aa  87.8  8e-17  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2946  transcriptional regulator  31.72 
 
 		 197 aa  86.3  2e-16  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3438  XRE family transcriptional regulator  28.8 
 
 		 198 aa  86.7  2e-16  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3263  transcriptional regulator, XRE family  27.57 
 
 		 188 aa  84  0.000000000000001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0485  transcriptional regulator, XRE family  30.48 
 
 		 197 aa  82.4  0.000000000000003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00000244144  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0079  Cro/CI family transcriptional regulator  30.36 
 
 		 196 aa  82  0.000000000000005  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3456  transcriptional regulator, XRE family  29.59 
 
 		 199 aa  82  0.000000000000005  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3393  transcriptional regulator, XRE family  29.59 
 
 		 199 aa  82  0.000000000000005  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.000124891  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0898  XRE family transcriptional regulator  31.1 
 
 		 179 aa  81.6  0.000000000000005  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3489  XRE family transcriptional regulator  28.82 
 
 		 187 aa  81.6  0.000000000000006  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1083  XRE family transcriptional regulator  33.92 
 
 		 199 aa  80.9  0.000000000000009  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0846857  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0108  transcriptional regulator, XRE family  32.22 
 
 		 186 aa  80.5  0.00000000000001  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2819  MerR family transcriptional regulator  30.48 
 
 		 192 aa  79.3  0.00000000000003  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  0.142376 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2902  Cupin 2 conserved barrel domain protein  28.31 
 
 		 189 aa  79.7  0.00000000000003  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1034  transcriptional regulator, XRE family  31.52 
 
 		 181 aa  78.6  0.00000000000004  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000342515  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3046  transcriptional regulator  30.16 
 
 		 201 aa  78.2  0.00000000000007  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.948594  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1649  XRE family transcriptional regulator  29.41 
 
 		 181 aa  76.3  0.0000000000002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.176921  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3313  transcriptional regulator, XRE family  32.14 
 
 		 201 aa  76.6  0.0000000000002  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5113  putative transcriptional regulator  32.02 
 
 		 187 aa  75.9  0.0000000000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_58380  putative transcriptional regulator  30.98 
 
 		 187 aa  75.9  0.0000000000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0154  XRE family transcriptional regulator  28.49 
 
 		 182 aa  76.3  0.0000000000003  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1831  DNA-binding protein  29.41 
 
 		 181 aa  75.9  0.0000000000004  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2318  transcriptional regulator  30.17 
 
 		 188 aa  75.1  0.0000000000005  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.00466136  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1650  DNA-binding protein  28.82 
 
 		 181 aa  74.7  0.0000000000007  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.000412674  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1629  MerR family transcriptional regulator  28.82 
 
 		 181 aa  74.7  0.0000000000007  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  decreased coverage  0.000044317  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1781  DNA-binding protein  28.82 
 
 		 181 aa  74.7  0.0000000000007  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1599  MerR family transcriptional regulator  28.82 
 
 		 181 aa  74.3  0.0000000000009  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1854  DNA-binding protein  28.82 
 
 		 181 aa  73.9  0.000000000001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.653009  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0521  cupin 2 domain-containing protein  28.42 
 
 		 184 aa  73.9  0.000000000001  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2327  transcriptional regulator, XRE family  26.46 
 
 		 189 aa  73.9  0.000000000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1795  DNA-binding protein  28.82 
 
 		 181 aa  73.9  0.000000000001  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0587  cupin 2 domain-containing protein  27.47 
 
 		 184 aa  73.9  0.000000000001  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3546  DNA-binding protein  28.82 
 
 		 181 aa  73.6  0.000000000001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1906  DNA-binding protein  28.82 
 
 		 181 aa  73.9  0.000000000001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.0011859  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3551  transcriptional regulator, XRE family  35.79 
 
 		 196 aa  73.6  0.000000000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4506  XRE family transcriptional regulator  30.41 
 
 		 189 aa  73.2  0.000000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.690344  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5414  XRE family transcriptional regulator  30.86 
 
 		 192 aa  73.2  0.000000000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1419  XRE family transcriptional regulator  27.44 
 
 		 178 aa  73.6  0.000000000002  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4867  XRE family transcriptional regulator  30.86 
 
 		 192 aa  73.2  0.000000000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2171  transcriptional regulator  29.51 
 
 		 184 aa  72.4  0.000000000003  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  0.809699 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2836  DNA-binding protein  28.57 
 
 		 184 aa  72.8  0.000000000003  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000716748  hitchhiker  0.00000000374058 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3262  XRE family transcriptional regulator  29.94 
 
 		 193 aa  72.4  0.000000000004  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0174683 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0273  XRE family transcriptional regulator  30.3 
 
 		 176 aa  72.4  0.000000000004  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  decreased coverage  0.0000144131  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0316  cupin 2 domain-containing protein  27.32 
 
 		 184 aa  72  0.000000000005  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>