More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dbac_0108 on replicon NC_013173
Organism: Desulfomicrobium baculatum DSM 4028



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013173  Dbac_0108  transcriptional regulator, XRE family  100 
 
 		 186 aa  382  1e-105  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0817  transcriptional regulator, XRE family  70 
 
 		 184 aa  270  9e-72  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0992  cupin 2 domain-containing protein  64.32 
 
 		 186 aa  252  3e-66  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  decreased coverage  0.00214756  normal  0.392819 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0002  transcriptional regulator, XRE family  63.19 
 
 		 184 aa  238  2.9999999999999997e-62  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.138514 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2318  transcriptional regulator  61.96 
 
 		 188 aa  234  7e-61  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.00466136  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0495  transcriptional regulator, XRE family  45.25 
 
 		 184 aa  171  3.9999999999999995e-42  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0552  transcriptional regulator  43.26 
 
 		 183 aa  170  9e-42  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  decreased coverage  0.0032692  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1398  XRE family transcriptional regulator  43.02 
 
 		 184 aa  160  1e-38  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.365461  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0316  cupin 2 domain-containing protein  41.9 
 
 		 184 aa  158  4e-38  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0521  cupin 2 domain-containing protein  42.46 
 
 		 184 aa  158  4e-38  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0609  cupin sensor transcriptional regulator  41.53 
 
 		 184 aa  157  6e-38  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.176567  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1468  transcriptional regulator, XRE family  43.26 
 
 		 182 aa  153  2e-36  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0100935  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2171  transcriptional regulator  42.02 
 
 		 184 aa  151  5.9999999999999996e-36  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  0.809699 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0587  cupin 2 domain-containing protein  39.89 
 
 		 184 aa  149  2e-35  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0154  XRE family transcriptional regulator  40.45 
 
 		 182 aa  148  4e-35  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1243  transcriptional regulator  39.34 
 
 		 184 aa  146  2.0000000000000003e-34  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_17340  cupin domain-containing protein  35.03 
 
 		 186 aa  125  3e-28  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.224659  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1702  transcriptional regulator, XRE family  34.66 
 
 		 183 aa  119  1.9999999999999998e-26  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1709  transcriptional regulator, XRE family  29.73 
 
 		 193 aa  111  5e-24  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_07930  cupin domain-containing protein  32.04 
 
 		 194 aa  110  1.0000000000000001e-23  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.211936  normal  0.409576 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_17550  putative transcriptional regulator with cupin domain  32.43 
 
 		 200 aa  104  6e-22  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.0466174  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1819  transcriptional regulator, XRE family  32.04 
 
 		 191 aa  94.4  9e-19  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.0201582  normal  0.3413 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_09060  predicted transcriptional regulator  30.86 
 
 		 192 aa  90.9  1e-17  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.391815  normal  0.265834 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0474  XRE family transcriptional regulator  27.72 
 
 		 192 aa  89.4  2e-17  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.554508  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3151  Cupin 2 conserved barrel domain protein  38.71 
 
 		 503 aa  88.6  4e-17  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2505  XRE family transcriptional regulator  33.71 
 
 		 220 aa  88.6  5e-17  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3298  Cro/CI family transcriptional regulator  28.96 
 
 		 187 aa  87  1e-16  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1154  XRE family transcriptional regulator  27.17 
 
 		 204 aa  84.7  8e-16  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0376883  normal  0.48606 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5912  XRE family transcriptional regulator  33.72 
 
 		 213 aa  83.6  0.000000000000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0165  XRE family transcriptional regulator  30.22 
 
 		 200 aa  84.3  0.000000000000001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3247  XRE family transcriptional regulator  28.42 
 
 		 187 aa  83.2  0.000000000000002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000592797 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1444  cupin 2 domain-containing protein  29.89 
 
 		 192 aa  83.6  0.000000000000002  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1110  Phosphate butyryltransferase  36.59 
 
 		 503 aa  83.2  0.000000000000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4802  helix-turn-helix domain protein  33.52 
 
 		 233 aa  82.4  0.000000000000004  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.329061  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0958  DNA-binding protein  31.25 
 
 		 187 aa  81.6  0.000000000000005  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.704462  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1956  DNA-binding protein  31.25 
 
 		 187 aa  81.6  0.000000000000005  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0867  DNA-binding protein  31.25 
 
 		 187 aa  81.6  0.000000000000005  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0281  DNA-binding protein  31.25 
 
 		 187 aa  81.6  0.000000000000005  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0311  putative transcriptional regulator  31.25 
 
 		 179 aa  80.5  0.00000000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1987  transcriptional regulator, XRE family  32.22 
 
 		 187 aa  80.5  0.00000000000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.144245  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1001  DNA-binding protein  31.25 
 
 		 187 aa  80.5  0.00000000000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1008  DNA-binding protein  31.25 
 
 		 187 aa  80.5  0.00000000000001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_02750  putative transcriptional regulator  31.25 
 
 		 179 aa  80.1  0.00000000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.549892  normal  0.0746214 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3035  XRE family transcriptional regulator  29.67 
 
 		 208 aa  79.3  0.00000000000003  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.348685 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2819  MerR family transcriptional regulator  28.96 
 
 		 192 aa  79.3  0.00000000000003  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  0.142376 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2625  transcriptional regulator, XRE family  28.19 
 
 		 217 aa  78.2  0.00000000000006  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0450  XRE family transcriptional regulator  30.86 
 
 		 180 aa  78.2  0.00000000000006  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0650  XRE family transcriptional regulator  26.78 
 
 		 187 aa  78.2  0.00000000000007  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1039  MerR family transcriptional regulator  27.72 
 
 		 192 aa  77.8  0.00000000000008  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1702  transcriptional regulator, XRE family  33.15 
 
 		 218 aa  77.8  0.00000000000008  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1587  helix-turn-helix domain-containing protein  27.72 
 
 		 192 aa  77.4  0.0000000000001  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.494606  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1162  DNA-binding protein  30.68 
 
 		 187 aa  77.4  0.0000000000001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2946  transcriptional regulator  26.92 
 
 		 197 aa  77  0.0000000000001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5748  transcriptional regulator  28.73 
 
 		 219 aa  77  0.0000000000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2732  XRE family transcriptional regulator  29.48 
 
 		 180 aa  77  0.0000000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0325  XRE family transcriptional regulator  27.72 
 
 		 192 aa  77.4  0.0000000000001  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3125  Cro/CI family transcriptional regulator  29.48 
 
 		 180 aa  77  0.0000000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.888864  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1941  transcriptional regulator  30.37 
 
 		 225 aa  76.3  0.0000000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2591  XRE family transcriptional regulator  28.9 
 
 		 180 aa  75.9  0.0000000000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2320  transcriptional regulator, XRE family  30.05 
 
 		 188 aa  75.9  0.0000000000003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1889  transcriptional regulator, XRE family  30.05 
 
 		 188 aa  75.9  0.0000000000004  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0437  transcriptional regulator  29.73 
 
 		 212 aa  75.5  0.0000000000004  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.686873 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1139  transcriptional regulator  26.46 
 
 		 232 aa  75.1  0.0000000000005  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.483755  normal  0.0958639 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0878  cupin 2 domain-containing protein  26.52 
 
 		 196 aa  75.1  0.0000000000005  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000206175  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2327  transcriptional regulator, XRE family  27.57 
 
 		 189 aa  75.5  0.0000000000005  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0556  MerR family transcriptional regulator  27.08 
 
 		 189 aa  74.3  0.0000000000009  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0311  cupin 2 domain-containing protein  25.53 
 
 		 189 aa  73.2  0.000000000002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4811  XRE family transcriptional regulator  29.28 
 
 		 201 aa  73.6  0.000000000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00213383 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5358  putative transcriptional regulator, XRE family  29.19 
 
 		 201 aa  73.2  0.000000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.406538  normal  0.655587 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6574  transcriptional regulator, XRE family  28.18 
 
 		 227 aa  73.6  0.000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0448941 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0485  transcriptional regulator, XRE family  26.09 
 
 		 197 aa  73.2  0.000000000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00000244144  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0869  XRE family transcriptional regulator  28.49 
 
 		 209 aa  73.6  0.000000000002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0524  XRE family transcriptional regulator  26.78 
 
 		 187 aa  73.6  0.000000000002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  unclonable  0.0000000000827128  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3263  transcriptional regulator, XRE family  26.06 
 
 		 188 aa  72.8  0.000000000003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5444  XRE family transcriptional regulator  28.41 
 
 		 180 aa  72.4  0.000000000003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  decreased coverage  0.00345676  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0076  XRE family transcriptional regulator  28.98 
 
 		 180 aa  72.4  0.000000000004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.196991  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3261  XRE family transcriptional regulator  29.94 
 
 		 190 aa  72.4  0.000000000004  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.957848  normal  0.179215 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5244  XRE family transcriptional regulator  28 
 
 		 180 aa  72  0.000000000004  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.664792  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4897  XRE family transcriptional regulator  30.17 
 
 		 219 aa  72.4  0.000000000004  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5265  XRE family transcriptional regulator  30.17 
 
 		 219 aa  72.4  0.000000000004  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.223709 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4894  XRE family transcriptional regulator  28.98 
 
 		 180 aa  72  0.000000000004  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.0489002 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4986  XRE family transcriptional regulator  30.17 
 
 		 219 aa  72.4  0.000000000004  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5615  XRE family transcriptional regulator  28 
 
 		 180 aa  72  0.000000000004  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.322287  normal  0.0794813 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6009  XRE family transcriptional regulator  29.28 
 
 		 219 aa  72  0.000000000005  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.285081  hitchhiker  0.00726065 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3046  transcriptional regulator  27.37 
 
 		 201 aa  71.6  0.000000000006  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.948594  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4613  XRE family transcriptional regulator  28 
 
 		 180 aa  71.6  0.000000000006  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.101875  hitchhiker  0.00323798 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1295  XRE family transcriptional regulator  30.17 
 
 		 222 aa  71.6  0.000000000006  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.419553 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1128  XRE family transcriptional regulator  28.66 
 
 		 182 aa  71.2  0.000000000007  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3301  XRE family transcriptional regulator  27.62 
 
 		 234 aa  71.6  0.000000000007  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0079  Cro/CI family transcriptional regulator  27.71 
 
 		 196 aa  71.2  0.000000000008  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0805  DNA-binding protein  28.57 
 
 		 224 aa  71.2  0.000000000008  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.602444  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0661  MerR family transcriptional regulator  28.19 
 
 		 192 aa  71.2  0.000000000008  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5637  transcriptional regulator, XRE family  27.07 
 
 		 227 aa  70.9  0.000000000009  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.76756  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1879  transcriptional regulator, XRE family  28.98 
 
 		 182 aa  70.9  0.00000000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3438  XRE family transcriptional regulator  25.41 
 
 		 198 aa  70.9  0.00000000001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1668  transcriptional regulator, XRE family  27.37 
 
 		 188 aa  70.9  0.00000000001  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.580406  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5085  XRE family transcriptional regulator  29.83 
 
 		 251 aa  70.9  0.00000000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00667568  normal  0.553791 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0943  XRE family transcriptional regulator  28.33 
 
 		 182 aa  70.9  0.00000000001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2356  transcriptional regulator, XRE family  26.92 
 
 		 188 aa  70.9  0.00000000001  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.190302 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5514  XRE family transcriptional regulator  30.73 
 
 		 222 aa  70.5  0.00000000002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.388539 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>