More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene GSU0079 on replicon NC_002939
Organism: Geobacter sulfurreducens PCA



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002939  GSU0079  Cro/CI family transcriptional regulator  100 
 
 		 196 aa  400  1e-111  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3438  XRE family transcriptional regulator  88.66 
 
 		 198 aa  364  1e-100  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0878  cupin 2 domain-containing protein  72.96 
 
 		 196 aa  300  7.000000000000001e-81  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000206175  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3393  transcriptional regulator, XRE family  67.51 
 
 		 199 aa  275  4e-73  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.000124891  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3456  transcriptional regulator, XRE family  67.01 
 
 		 199 aa  273  1.0000000000000001e-72  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0485  transcriptional regulator, XRE family  61.42 
 
 		 197 aa  246  2e-64  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00000244144  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2946  transcriptional regulator  54.77 
 
 		 197 aa  223  2e-57  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1154  XRE family transcriptional regulator  42 
 
 		 204 aa  160  1e-38  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0376883  normal  0.48606 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0524  XRE family transcriptional regulator  41.32 
 
 		 187 aa  123  2e-27  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  unclonable  0.0000000000827128  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2819  MerR family transcriptional regulator  39.15 
 
 		 192 aa  122  3e-27  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  0.142376 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2320  transcriptional regulator, XRE family  39.46 
 
 		 188 aa  121  8e-27  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0650  XRE family transcriptional regulator  38.59 
 
 		 187 aa  120  1.9999999999999998e-26  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1889  transcriptional regulator, XRE family  38.92 
 
 		 188 aa  120  1.9999999999999998e-26  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3298  Cro/CI family transcriptional regulator  37.23 
 
 		 187 aa  117  9.999999999999999e-26  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3247  XRE family transcriptional regulator  37.23 
 
 		 187 aa  117  9.999999999999999e-26  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000592797 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3489  XRE family transcriptional regulator  35.52 
 
 		 187 aa  113  1.0000000000000001e-24  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3263  transcriptional regulator, XRE family  38.71 
 
 		 188 aa  113  2.0000000000000002e-24  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3301  XRE family transcriptional regulator  32.2 
 
 		 234 aa  110  1.0000000000000001e-23  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1668  transcriptional regulator, XRE family  32.97 
 
 		 188 aa  110  2.0000000000000002e-23  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.580406  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0869  XRE family transcriptional regulator  33.52 
 
 		 209 aa  109  2.0000000000000002e-23  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0805  DNA-binding protein  33.33 
 
 		 224 aa  108  7.000000000000001e-23  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.602444  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0556  MerR family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 189 aa  106  2e-22  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1139  transcriptional regulator  36.69 
 
 		 232 aa  106  2e-22  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.483755  normal  0.0958639 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1871  putative HTH-type transcriptional regulator  31.96 
 
 		 215 aa  105  5e-22  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0589891  normal  0.573197 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0311  cupin 2 domain-containing protein  31.32 
 
 		 189 aa  105  6e-22  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0661  MerR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 192 aa  105  6e-22  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3046  transcriptional regulator  34.9 
 
 		 201 aa  104  7e-22  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.948594  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0402  transcriptional regulator, XRE family  31.32 
 
 		 189 aa  104  1e-21  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.699228  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0474  XRE family transcriptional regulator  33.15 
 
 		 192 aa  103  1e-21  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.554508  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_09060  predicted transcriptional regulator  32.62 
 
 		 192 aa  102  4e-21  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.391815  normal  0.265834 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6574  transcriptional regulator, XRE family  33.33 
 
 		 227 aa  102  5e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0448941 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5637  transcriptional regulator, XRE family  33.33 
 
 		 227 aa  101  6e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.76756  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4811  XRE family transcriptional regulator  33.73 
 
 		 201 aa  101  6e-21  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00213383 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1039  MerR family transcriptional regulator  31.89 
 
 		 192 aa  100  1e-20  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1444  cupin 2 domain-containing protein  34.39 
 
 		 192 aa  100  1e-20  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1956  DNA-binding protein  32.2 
 
 		 187 aa  100  1e-20  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1162  DNA-binding protein  32.2 
 
 		 187 aa  100  1e-20  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2356  transcriptional regulator, XRE family  30.77 
 
 		 188 aa  100  1e-20  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.190302 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1941  transcriptional regulator  33.72 
 
 		 225 aa  100  1e-20  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0325  XRE family transcriptional regulator  31.89 
 
 		 192 aa  100  1e-20  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0958  DNA-binding protein  32.2 
 
 		 187 aa  100  1e-20  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.704462  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0281  DNA-binding protein  32.2 
 
 		 187 aa  100  1e-20  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0867  DNA-binding protein  32.2 
 
 		 187 aa  100  1e-20  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1507  transcriptional regulator, XRE family  31.67 
 
 		 211 aa  99.8  2e-20  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1001  DNA-binding protein  32.2 
 
 		 187 aa  100  2e-20  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1008  DNA-binding protein  32.2 
 
 		 187 aa  100  2e-20  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2517  transcriptional regulator, XRE family  33.53 
 
 		 201 aa  99  4e-20  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2242  helix-turn-helix domain-containing protein  33.53 
 
 		 201 aa  99  4e-20  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.453871 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5748  transcriptional regulator  30.18 
 
 		 219 aa  99  4e-20  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0950  transcriptional regulator  34.38 
 
 		 207 aa  97.8  8e-20  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4448  XRE family transcriptional regulator  31.05 
 
 		 193 aa  97.4  1e-19  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0311191  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1338  XRE family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 198 aa  97.8  1e-19  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2004  MerR family transcriptional regulator  37.57 
 
 		 178 aa  97.1  2e-19  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00158357  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4613  XRE family transcriptional regulator  30.39 
 
 		 180 aa  96.3  2e-19  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.101875  hitchhiker  0.00323798 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5244  XRE family transcriptional regulator  30.39 
 
 		 180 aa  96.7  2e-19  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.664792  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5615  XRE family transcriptional regulator  30.39 
 
 		 180 aa  96.7  2e-19  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.322287  normal  0.0794813 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2198  transcriptional regulator, XRE family  32.94 
 
 		 201 aa  96.3  3e-19  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.351873  normal  1 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1587  helix-turn-helix domain-containing protein  30.81 
 
 		 192 aa  96.3  3e-19  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.494606  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5444  XRE family transcriptional regulator  29.83 
 
 		 180 aa  95.5  4e-19  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  decreased coverage  0.00345676  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6009  XRE family transcriptional regulator  32.95 
 
 		 219 aa  95.5  4e-19  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.285081  hitchhiker  0.00726065 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1159  putative transcription regulator protein  32.02 
 
 		 182 aa  95.1  5e-19  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.109435 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0751  XRE family transcriptional regulator  31.72 
 
 		 179 aa  95.5  5e-19  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000000101746  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4894  XRE family transcriptional regulator  28.73 
 
 		 180 aa  95.5  5e-19  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.0489002 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0551  transcriptional regulator, XRE family  31.18 
 
 		 198 aa  95.1  6e-19  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2571  transcriptional regulator, XRE family  33.16 
 
 		 192 aa  93.6  1e-18  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  decreased coverage  0.00000000481124  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0450  XRE family transcriptional regulator  33.14 
 
 		 180 aa  94  1e-18  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5003  XRE family transcriptional regulator  33.51 
 
 		 191 aa  93.2  2e-18  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.10951 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0076  XRE family transcriptional regulator  29.28 
 
 		 180 aa  93.2  2e-18  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.196991  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05970  hypothetical protein  33.33 
 
 		 207 aa  93.6  2e-18  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1110  Phosphate butyryltransferase  32.24 
 
 		 503 aa  93.2  2e-18  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1819  transcriptional regulator, XRE family  29.89 
 
 		 191 aa  93.2  2e-18  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.0201582  normal  0.3413 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4694  XRE family transcriptional regulator  33.73 
 
 		 224 aa  92.8  3e-18  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.607677 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000231  predicted transcriptional regulator  33.16 
 
 		 207 aa  92.4  4e-18  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4257  transcriptional regulator, XRE family  35.11 
 
 		 189 aa  91.7  6e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.166003  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4986  XRE family transcriptional regulator  31.72 
 
 		 219 aa  91.3  8e-18  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5265  XRE family transcriptional regulator  31.72 
 
 		 219 aa  91.3  8e-18  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.223709 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1906  XRE family transcriptional regulator  31.44 
 
 		 210 aa  91.3  8e-18  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4897  XRE family transcriptional regulator  31.72 
 
 		 219 aa  91.3  8e-18  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4110  XRE family transcriptional regulator  30.11 
 
 		 212 aa  90.9  9e-18  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.595211  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3519  transcriptional regulator, XRE family  34.73 
 
 		 210 aa  90.5  1e-17  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.0116433 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2858  transcriptional regulator, XRE family  31.58 
 
 		 215 aa  90.5  1e-17  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.0000622832  normal  0.0374075 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1727  XRE family transcriptional regulator  30.48 
 
 		 191 aa  90.5  1e-17  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.170715  normal  0.149129 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6366  XRE family transcriptional regulator  30.48 
 
 		 191 aa  90.5  1e-17  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0311191  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1712  XRE family transcriptional regulator  30.48 
 
 		 191 aa  90.5  1e-17  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.526366  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0273  XRE family transcriptional regulator  29.67 
 
 		 176 aa  89.7  2e-17  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  decreased coverage  0.0000144131  n/a   
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8486  transcriptional regulator, XRE family  31.38 
 
 		 204 aa  90.1  2e-17  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2727  DNA-binding transcriptional regulator  30.85 
 
 		 208 aa  89.7  2e-17  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.118237 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0275  cupin 2 domain-containing protein  29.67 
 
 		 188 aa  89.4  3e-17  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000000353927  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3151  Cupin 2 conserved barrel domain protein  31.15 
 
 		 503 aa  89.4  3e-17  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4522  transcriptional regulator, XRE family  33.16 
 
 		 188 aa  88.6  6e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0681879  normal  0.0291061 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0763  putative DNA-binding protein  32.62 
 
 		 215 aa  88.2  7e-17  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2327  transcriptional regulator, XRE family  29.51 
 
 		 189 aa  88.2  7e-17  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2505  XRE family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 220 aa  87.8  9e-17  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2902  Cupin 2 conserved barrel domain protein  27.17 
 
 		 189 aa  87.4  1e-16  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1702  transcriptional regulator, XRE family  33.86 
 
 		 218 aa  86.7  2e-16  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1555  putative transcriptional regulator  30.93 
 
 		 208 aa  87  2e-16  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.602269  normal  0.341998 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2714  XRE family transcriptional regulator  31.89 
 
 		 204 aa  87  2e-16  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1325  cupin 2 domain-containing protein  29.28 
 
 		 175 aa  85.5  4e-16  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6754  transcriptional regulator, XRE family  31.96 
 
 		 210 aa  85.5  4e-16  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.36173  normal  0.846385 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3313  transcriptional regulator, XRE family  31.49 
 
 		 201 aa  85.5  5e-16  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>