More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene DvMF_2356 on replicon NC_011769
Organism: Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011769  DvMF_2356  transcriptional regulator, XRE family  100 
 
 		 188 aa  385  1e-106  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.190302 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0311  cupin 2 domain-containing protein  86.17 
 
 		 189 aa  340  7e-93  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0556  MerR family transcriptional regulator  77.66 
 
 		 189 aa  300  1e-80  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1668  transcriptional regulator, XRE family  56.38 
 
 		 188 aa  235  4e-61  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.580406  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0869  XRE family transcriptional regulator  56.38 
 
 		 209 aa  234  4e-61  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0402  transcriptional regulator, XRE family  53.72 
 
 		 189 aa  221  6e-57  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.699228  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2327  transcriptional regulator, XRE family  55.61 
 
 		 189 aa  205  3e-52  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2819  MerR family transcriptional regulator  47.06 
 
 		 192 aa  175  4e-43  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  0.142376 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1444  cupin 2 domain-containing protein  45.99 
 
 		 192 aa  172  2.9999999999999996e-42  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1587  helix-turn-helix domain-containing protein  47.06 
 
 		 192 aa  166  1e-40  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.494606  normal  1 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0325  XRE family transcriptional regulator  45.99 
 
 		 192 aa  162  2.0000000000000002e-39  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1039  MerR family transcriptional regulator  44.92 
 
 		 192 aa  162  4.0000000000000004e-39  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0661  MerR family transcriptional regulator  46.11 
 
 		 192 aa  160  7e-39  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0474  XRE family transcriptional regulator  41.18 
 
 		 192 aa  146  2.0000000000000003e-34  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.554508  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_09060  predicted transcriptional regulator  40.11 
 
 		 192 aa  133  9.999999999999999e-31  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.391815  normal  0.265834 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1819  transcriptional regulator, XRE family  38.71 
 
 		 191 aa  127  9.000000000000001e-29  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.0201582  normal  0.3413 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2946  transcriptional regulator  34.97 
 
 		 197 aa  123  2e-27  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0485  transcriptional regulator, XRE family  33.7 
 
 		 197 aa  117  9.999999999999999e-26  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00000244144  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0878  cupin 2 domain-containing protein  31.87 
 
 		 196 aa  103  1e-21  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000206175  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0079  Cro/CI family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 196 aa  100  1e-20  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3438  XRE family transcriptional regulator  29.67 
 
 		 198 aa  99.4  3e-20  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1154  XRE family transcriptional regulator  32.09 
 
 		 204 aa  96.7  2e-19  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0376883  normal  0.48606 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0076  XRE family transcriptional regulator  30.6 
 
 		 180 aa  96.3  2e-19  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.196991  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5244  XRE family transcriptional regulator  31.15 
 
 		 180 aa  96.7  2e-19  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.664792  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4894  XRE family transcriptional regulator  31.15 
 
 		 180 aa  96.3  2e-19  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.0489002 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5615  XRE family transcriptional regulator  31.15 
 
 		 180 aa  96.7  2e-19  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.322287  normal  0.0794813 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4613  XRE family transcriptional regulator  31.15 
 
 		 180 aa  96.3  3e-19  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.101875  hitchhiker  0.00323798 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5444  XRE family transcriptional regulator  30.05 
 
 		 180 aa  95.1  5e-19  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  decreased coverage  0.00345676  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3456  transcriptional regulator, XRE family  31.35 
 
 		 199 aa  93.6  1e-18  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3393  transcriptional regulator, XRE family  31.35 
 
 		 199 aa  94  1e-18  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.000124891  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3263  transcriptional regulator, XRE family  28.02 
 
 		 188 aa  88.6  5e-17  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0524  XRE family transcriptional regulator  26.06 
 
 		 187 aa  88.2  6e-17  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  unclonable  0.0000000000827128  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3298  Cro/CI family transcriptional regulator  26.2 
 
 		 187 aa  85.9  3e-16  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3247  XRE family transcriptional regulator  26.74 
 
 		 187 aa  84.7  8e-16  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000592797 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3489  XRE family transcriptional regulator  25.27 
 
 		 187 aa  84.3  9e-16  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0867  DNA-binding protein  26.52 
 
 		 187 aa  81.6  0.000000000000005  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1956  DNA-binding protein  26.52 
 
 		 187 aa  81.6  0.000000000000005  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0958  DNA-binding protein  26.52 
 
 		 187 aa  81.6  0.000000000000005  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.704462  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0281  DNA-binding protein  26.52 
 
 		 187 aa  81.6  0.000000000000005  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0805  DNA-binding protein  27.62 
 
 		 224 aa  82  0.000000000000005  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.602444  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0650  XRE family transcriptional regulator  25.41 
 
 		 187 aa  82  0.000000000000005  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1001  DNA-binding protein  26.52 
 
 		 187 aa  81.6  0.000000000000006  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1008  DNA-binding protein  26.52 
 
 		 187 aa  81.6  0.000000000000006  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0898  XRE family transcriptional regulator  31.32 
 
 		 179 aa  80.9  0.00000000000001  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_4068  XRE family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 432 aa  79.7  0.00000000000002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.231317 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0751  XRE family transcriptional regulator  31.72 
 
 		 179 aa  79.7  0.00000000000002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000000101746  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1507  transcriptional regulator, XRE family  27.13 
 
 		 211 aa  79.7  0.00000000000002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1162  DNA-binding protein  25.97 
 
 		 187 aa  78.6  0.00000000000006  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1539  MerR family transcriptional regulator  29.12 
 
 		 292 aa  78.2  0.00000000000006  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0172454  normal  0.655759 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2902  Cupin 2 conserved barrel domain protein  26.98 
 
 		 189 aa  77  0.0000000000001  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2540  Cro/CI family transcriptional regulator  29.35 
 
 		 181 aa  77  0.0000000000002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2320  transcriptional regulator, XRE family  26.52 
 
 		 188 aa  76.3  0.0000000000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2571  transcriptional regulator, XRE family  27.33 
 
 		 192 aa  76.6  0.0000000000002  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  decreased coverage  0.00000000481124  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2042  transcriptional regulator  30.43 
 
 		 188 aa  75.5  0.0000000000004  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4110  XRE family transcriptional regulator  29.19 
 
 		 212 aa  75.9  0.0000000000004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.595211  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1889  transcriptional regulator, XRE family  26.52 
 
 		 188 aa  75.9  0.0000000000004  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2004  MerR family transcriptional regulator  27.87 
 
 		 178 aa  75.1  0.0000000000005  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00158357  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2318  transcriptional regulator  27.32 
 
 		 188 aa  74.7  0.0000000000007  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.00466136  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3025  XRE family transcriptional regulator  32.09 
 
 		 281 aa  74.3  0.0000000000009  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.925102 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2625  transcriptional regulator, XRE family  28.8 
 
 		 217 aa  74.3  0.0000000000009  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3075  XRE family transcriptional regulator  31.05 
 
 		 269 aa  74.3  0.0000000000009  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1159  putative transcription regulator protein  27.53 
 
 		 182 aa  73.9  0.000000000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.109435 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2941  XRE family transcriptional regulator  31.05 
 
 		 271 aa  73.9  0.000000000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0631546  normal  0.420407 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2714  XRE family transcriptional regulator  27.68 
 
 		 204 aa  73.9  0.000000000001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5086  putative transcriptional regulator, XRE family  25.56 
 
 		 192 aa  73.9  0.000000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0273  XRE family transcriptional regulator  27.62 
 
 		 176 aa  73.9  0.000000000001  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  decreased coverage  0.0000144131  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0275  cupin 2 domain-containing protein  27.62 
 
 		 188 aa  73.9  0.000000000001  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000000353927  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3046  transcriptional regulator  29.7 
 
 		 201 aa  73.6  0.000000000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.948594  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1110  Phosphate butyryltransferase  26.37 
 
 		 503 aa  73.6  0.000000000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1941  transcriptional regulator  29.26 
 
 		 225 aa  73.6  0.000000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4666  transcriptional regulator, XRE family  27.17 
 
 		 197 aa  72.8  0.000000000003  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.223091  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0901  XRE family transcriptional regulator  28.26 
 
 		 181 aa  72.4  0.000000000004  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000108423 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0002  transcriptional regulator, XRE family  26.78 
 
 		 184 aa  71.6  0.000000000007  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.138514 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0733  aldehyde dehydrogenase-like protein  29.41 
 
 		 183 aa  70.5  0.00000000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.126553  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0108  transcriptional regulator, XRE family  26.92 
 
 		 186 aa  70.9  0.00000000001  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0925  transcriptional regulator, putative  26.78 
 
 		 182 aa  70.5  0.00000000001  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0641  aldehyde dehydrogenase-like protein  29.41 
 
 		 183 aa  70.5  0.00000000001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0867  putative transcriptional regulator  26.78 
 
 		 182 aa  70.5  0.00000000001  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.0318952  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2025  aldehyde dehydrogenase-like protein  29.41 
 
 		 189 aa  70.5  0.00000000001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1021  transcriptional regulator, XRE family  25.41 
 
 		 191 aa  70.5  0.00000000001  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.438557  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1325  cupin 2 domain-containing protein  26.11 
 
 		 175 aa  70.9  0.00000000001  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2909  MerR family transcriptional regulator  30.43 
 
 		 292 aa  70.9  0.00000000001  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0980  XRE family transcriptional regulator  27.17 
 
 		 181 aa  70.1  0.00000000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000294477  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1443  XRE family transcriptional regulator  26.23 
 
 		 182 aa  70.1  0.00000000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1871  putative HTH-type transcriptional regulator  27.17 
 
 		 215 aa  69.7  0.00000000002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0589891  normal  0.573197 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0428  transcriptional regulator, XRE family  27.07 
 
 		 197 aa  70.1  0.00000000002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2505  XRE family transcriptional regulator  26.8 
 
 		 220 aa  70.1  0.00000000002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1806  transcriptional regulator, XRE family  26.09 
 
 		 181 aa  70.1  0.00000000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4870  XRE family transcriptional regulator  28.72 
 
 		 211 aa  70.1  0.00000000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.523431 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2148  DNA-binding protein, putative  26.09 
 
 		 181 aa  70.1  0.00000000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_17340  cupin domain-containing protein  26.63 
 
 		 186 aa  69.7  0.00000000003  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.224659  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2901  DNA-binding protein  30.56 
 
 		 182 aa  68.9  0.00000000004  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  decreased coverage  0.00299352  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3080  XRE family transcriptional regulator  25.86 
 
 		 181 aa  68.9  0.00000000004  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.995144  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5003  XRE family transcriptional regulator  27.47 
 
 		 191 aa  68.9  0.00000000004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.10951 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2705  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  30.56 
 
 		 203 aa  68.6  0.00000000005  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.847169  normal  0.058179 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1265  XRE family transcriptional regulator  30.6 
 
 		 203 aa  68.6  0.00000000005  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.509144  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7925  putative transcriptional regulator, XRE family  25.28 
 
 		 199 aa  68.6  0.00000000006  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.421089 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1034  transcriptional regulator, XRE family  27.22 
 
 		 181 aa  68.6  0.00000000006  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000342515  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3313  transcriptional regulator, XRE family  28.14 
 
 		 201 aa  68.2  0.00000000007  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2046  XRE family transcriptional regulator  27.27 
 
 		 205 aa  68.2  0.00000000007  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.298774  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>