More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cthe_0751 on replicon NC_009012
Organism: Clostridium thermocellum ATCC 27405



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009012  Cthe_0751  XRE family transcriptional regulator  100 
 
 		 179 aa  374  1e-103  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000000101746  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0898  XRE family transcriptional regulator  64.25 
 
 		 179 aa  264  4e-70  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0888  transcriptional regulator, XRE family  56.42 
 
 		 179 aa  218  3e-56  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  decreased coverage  0.0000000118183  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2222  DNA-binding protein  59.22 
 
 		 179 aa  214  4e-55  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1934  DNA-binding protein  58.66 
 
 		 179 aa  213  9.999999999999999e-55  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3684  transcriptional regulator, XRE family  52.22 
 
 		 180 aa  209  1e-53  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  unclonable  0.0000000000437538  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0980  XRE family transcriptional regulator  45.81 
 
 		 181 aa  179  2e-44  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000294477  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1306  transcriptional regulator, XRE family  49.4 
 
 		 170 aa  178  2.9999999999999997e-44  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000000237827 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2919  transcriptional regulator, XRE family  49.4 
 
 		 170 aa  178  2.9999999999999997e-44  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0901  XRE family transcriptional regulator  44.13 
 
 		 181 aa  174  8e-43  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000108423 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2094  transcriptional regulator Cro/CI family protein  44.13 
 
 		 188 aa  171  3.9999999999999995e-42  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2540  Cro/CI family transcriptional regulator  43.02 
 
 		 181 aa  170  1e-41  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0273  XRE family transcriptional regulator  43.35 
 
 		 176 aa  166  1e-40  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  decreased coverage  0.0000144131  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0275  cupin 2 domain-containing protein  42.77 
 
 		 188 aa  164  5.9999999999999996e-40  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000000353927  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1325  cupin 2 domain-containing protein  41.71 
 
 		 175 aa  152  2e-36  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1419  XRE family transcriptional regulator  44 
 
 		 178 aa  151  4e-36  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0572  cupin 2 domain-containing protein  44.83 
 
 		 178 aa  139  3e-32  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1158  XRE family transcriptional regulator  35.43 
 
 		 179 aa  129  3e-29  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  decreased coverage  0.00000119717  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1180  helix-turn-helix domain-containing protein  35.43 
 
 		 179 aa  129  3e-29  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  unclonable  0.000000150819  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0685  Cro/CI family transcriptional regulator  34.29 
 
 		 179 aa  128  4.0000000000000003e-29  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2821  XRE family transcriptional regulator  38.25 
 
 		 199 aa  122  3e-27  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2868  Cro/CI family transcriptional regulator  37.7 
 
 		 199 aa  121  5e-27  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2913  XRE family transcriptional regulator  37.7 
 
 		 199 aa  120  7e-27  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5722  putative transcriptional regulator  35.71 
 
 		 199 aa  115  3e-25  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_65950  putative transcriptional regulator  36.26 
 
 		 199 aa  115  3.9999999999999997e-25  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6084  XRE family transcriptional regulator  32.11 
 
 		 234 aa  110  2.0000000000000002e-23  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.207069 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2819  MerR family transcriptional regulator  34.41 
 
 		 192 aa  105  3e-22  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  0.142376 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1539  MerR family transcriptional regulator  32.22 
 
 		 292 aa  105  4e-22  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0172454  normal  0.655759 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0384  DNA-binding protein  32.6 
 
 		 179 aa  102  2e-21  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0350  DNA-binding protein  32.6 
 
 		 179 aa  102  2e-21  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3020  DNA-binding protein  32.6 
 
 		 179 aa  102  2e-21  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2904  DNA-binding protein  32.6 
 
 		 179 aa  102  2e-21  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.311354  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1723  DNA-binding protein  32.6 
 
 		 179 aa  102  2e-21  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0900931  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1533  DNA-binding protein  32.6 
 
 		 179 aa  102  2e-21  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2004  MerR family transcriptional regulator  35.2 
 
 		 178 aa  102  3e-21  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00158357  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4506  XRE family transcriptional regulator  32.6 
 
 		 189 aa  101  5e-21  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.690344  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2220  DNA-binding protein  32.04 
 
 		 236 aa  100  9e-21  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4439  transcriptional regulator, XRE family  32.04 
 
 		 190 aa  100  9e-21  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.957299  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5414  XRE family transcriptional regulator  32.4 
 
 		 192 aa  100  1e-20  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1254  DNA-binding protein  32.04 
 
 		 236 aa  100  1e-20  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0758  XRE family transcriptional regulator  32.04 
 
 		 190 aa  100  1e-20  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4867  XRE family transcriptional regulator  32.4 
 
 		 192 aa  100  1e-20  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3262  XRE family transcriptional regulator  32.4 
 
 		 193 aa  100  2e-20  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0174683 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3030  XRE family transcriptional regulator  34.07 
 
 		 259 aa  98.6  4e-20  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3049  XRE family transcriptional regulator  34.07 
 
 		 259 aa  98.6  4e-20  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0258201 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2416  XRE family transcriptional regulator  34.07 
 
 		 259 aa  98.6  4e-20  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5543  XRE family transcriptional regulator  30.94 
 
 		 192 aa  97.8  7e-20  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.827143  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4729  XRE family transcriptional regulator  30.94 
 
 		 192 aa  97.8  7e-20  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5317  XRE family transcriptional regulator  30.94 
 
 		 192 aa  97.8  7e-20  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.221767  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3025  XRE family transcriptional regulator  35.16 
 
 		 281 aa  97.4  8e-20  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.925102 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0114  XRE family transcriptional regulator  31.28 
 
 		 193 aa  97.8  8e-20  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0238  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  31.52 
 
 		 199 aa  96.7  2e-19  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5003  XRE family transcriptional regulator  31.49 
 
 		 191 aa  95.9  2e-19  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.10951 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5268  Cro/CI family transcriptional regulator  31.52 
 
 		 182 aa  95.9  3e-19  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6377  XRE family transcriptional regulator  33.52 
 
 		 286 aa  95.9  3e-19  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.739753  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5320  XRE family transcriptional regulator  31.52 
 
 		 182 aa  95.9  3e-19  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.8166  normal  0.310919 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0970  XRE family transcriptional regulator  32.97 
 
 		 182 aa  95.9  3e-19  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0079  Cro/CI family transcriptional regulator  31.72 
 
 		 196 aa  95.5  4e-19  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2387  XRE family transcriptional regulator  31.69 
 
 		 181 aa  95.1  4e-19  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0105  DNA-binding protein  30.98 
 
 		 199 aa  94.7  6e-19  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5178  XRE family transcriptional regulator  30.98 
 
 		 199 aa  94.7  7e-19  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.174471  normal  0.155373 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1727  XRE family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 191 aa  94.4  8e-19  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.170715  normal  0.149129 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3438  XRE family transcriptional regulator  31.69 
 
 		 198 aa  94.4  8e-19  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6366  XRE family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 191 aa  94.4  8e-19  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0311191  n/a   
 
 
-
 
NC_008244  Meso_4609  XRE family transcriptional regulator  29.67 
 
 		 229 aa  94.4  8e-19  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1712  XRE family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 191 aa  94.4  8e-19  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.526366  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4834  transcriptional regulator, XRE family  33.33 
 
 		 182 aa  94.4  9e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.197047  normal  0.0345523 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2042  transcriptional regulator  32.43 
 
 		 188 aa  94  9e-19  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2571  transcriptional regulator, XRE family  29.83 
 
 		 192 aa  94  1e-18  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  decreased coverage  0.00000000481124  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0202  XRE family transcriptional regulator  30.98 
 
 		 182 aa  93.6  1e-18  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.614203  hitchhiker  0.00167713 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3075  XRE family transcriptional regulator  33.52 
 
 		 269 aa  93.6  1e-18  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2884  XRE family transcriptional regulator  31.69 
 
 		 181 aa  92.8  2e-18  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0819457  normal  0.480487 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2806  XRE family transcriptional regulator  31.69 
 
 		 181 aa  92.8  2e-18  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.675672 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3393  transcriptional regulator, XRE family  31.35 
 
 		 199 aa  93.2  2e-18  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.000124891  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1128  XRE family transcriptional regulator  30.98 
 
 		 182 aa  93.2  2e-18  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2941  XRE family transcriptional regulator  33.52 
 
 		 271 aa  93.2  2e-18  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0631546  normal  0.420407 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5523  transcriptional regulator  30.98 
 
 		 182 aa  93.2  2e-18  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.22086 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2898  XRE family transcriptional regulator  31.69 
 
 		 181 aa  92.8  2e-18  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0230  transcriptional regulator  30.94 
 
 		 197 aa  93.2  2e-18  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4784  transcriptional regulator, XRE family  33.33 
 
 		 182 aa  92.8  2e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0510271 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0485  transcriptional regulator, XRE family  32.97 
 
 		 197 aa  92.4  3e-18  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00000244144  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_69980  putative transcriptional regulator  31.89 
 
 		 182 aa  92  4e-18  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7693  transcriptional regulator MerR family  31.11 
 
 		 271 aa  92  4e-18  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.56372  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2995  transcriptional regulator  32.04 
 
 		 191 aa  91.7  5e-18  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0735878  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3456  transcriptional regulator, XRE family  30.81 
 
 		 199 aa  91.7  5e-18  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3298  Cro/CI family transcriptional regulator  32.04 
 
 		 187 aa  91.7  6e-18  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0544  XRE family transcriptional regulator  31.58 
 
 		 203 aa  91.7  6e-18  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6075  putative transcriptional regulator  31.89 
 
 		 182 aa  91.3  6e-18  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4838  transcriptional regulator, XRE family  31.15 
 
 		 193 aa  90.5  1e-17  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0168811  hitchhiker  0.0000750229 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0943  XRE family transcriptional regulator  32.43 
 
 		 182 aa  90.1  1e-17  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3247  XRE family transcriptional regulator  30.94 
 
 		 187 aa  90.1  1e-17  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000592797 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0277  XRE family transcriptional regulator  30.22 
 
 		 204 aa  90.5  1e-17  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.128046  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1265  transcriptional regulator, putative  32.97 
 
 		 182 aa  89.4  2e-17  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3161  XRE family transcriptional regulator  32.79 
 
 		 182 aa  89.7  2e-17  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2946  transcriptional regulator  33.33 
 
 		 197 aa  89.4  2e-17  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0248  XRE family transcriptional regulator  30.43 
 
 		 182 aa  90.1  2e-17  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4110  XRE family transcriptional regulator  32.02 
 
 		 212 aa  89.7  2e-17  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.595211  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1446  transcriptional regulator, XRE family  33.15 
 
 		 191 aa  89.4  3e-17  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0650  XRE family transcriptional regulator  30.94 
 
 		 187 aa  89  3e-17  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3867  XRE family transcriptional regulator  30.11 
 
 		 201 aa  88.6  4e-17  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>