More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cphy_0898 on replicon NC_010001
Organism: Clostridium phytofermentans ISDg



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010001  Cphy_0898  XRE family transcriptional regulator  100 
 
 		 179 aa  371  1e-102  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0751  XRE family transcriptional regulator  64.25 
 
 		 179 aa  264  4e-70  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000000101746  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3684  transcriptional regulator, XRE family  62.78 
 
 		 180 aa  238  2e-62  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  unclonable  0.0000000000437538  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0888  transcriptional regulator, XRE family  60.89 
 
 		 179 aa  234  4e-61  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  decreased coverage  0.0000000118183  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2222  DNA-binding protein  62.01 
 
 		 179 aa  226  2e-58  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1934  DNA-binding protein  60.89 
 
 		 179 aa  222  3e-57  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0980  XRE family transcriptional regulator  49.16 
 
 		 181 aa  188  4e-47  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000294477  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0901  XRE family transcriptional regulator  48.6 
 
 		 181 aa  180  1e-44  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000108423 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2540  Cro/CI family transcriptional regulator  48.04 
 
 		 181 aa  178  4e-44  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2919  transcriptional regulator, XRE family  49.7 
 
 		 170 aa  177  5.999999999999999e-44  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1306  transcriptional regulator, XRE family  49.7 
 
 		 170 aa  177  5.999999999999999e-44  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000000237827 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2094  transcriptional regulator Cro/CI family protein  46.93 
 
 		 188 aa  176  2e-43  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0273  XRE family transcriptional regulator  47.4 
 
 		 176 aa  174  8e-43  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  decreased coverage  0.0000144131  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0275  cupin 2 domain-containing protein  46.82 
 
 		 188 aa  171  3.9999999999999995e-42  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000000353927  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1419  XRE family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 178 aa  152  2e-36  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1325  cupin 2 domain-containing protein  41.71 
 
 		 175 aa  151  4e-36  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1180  helix-turn-helix domain-containing protein  37.71 
 
 		 179 aa  131  3.9999999999999996e-30  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  unclonable  0.000000150819  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1158  XRE family transcriptional regulator  37.71 
 
 		 179 aa  131  3.9999999999999996e-30  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  decreased coverage  0.00000119717  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0572  cupin 2 domain-containing protein  41.71 
 
 		 178 aa  129  2.0000000000000002e-29  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0685  Cro/CI family transcriptional regulator  33.9 
 
 		 179 aa  120  9e-27  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2821  XRE family transcriptional regulator  32.24 
 
 		 199 aa  105  4e-22  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4838  transcriptional regulator, XRE family  38.33 
 
 		 193 aa  105  4e-22  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0168811  hitchhiker  0.0000750229 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2868  Cro/CI family transcriptional regulator  31.69 
 
 		 199 aa  103  1e-21  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_65950  putative transcriptional regulator  32.42 
 
 		 199 aa  103  2e-21  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5722  putative transcriptional regulator  31.87 
 
 		 199 aa  102  3e-21  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2913  XRE family transcriptional regulator  31.69 
 
 		 199 aa  102  3e-21  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3262  XRE family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 193 aa  99.8  2e-20  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0174683 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1539  MerR family transcriptional regulator  31.11 
 
 		 292 aa  100  2e-20  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0172454  normal  0.655759 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4439  transcriptional regulator, XRE family  32.97 
 
 		 190 aa  98.6  4e-20  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.957299  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0758  XRE family transcriptional regulator  32.97 
 
 		 190 aa  98.6  4e-20  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5414  XRE family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 192 aa  98.2  6e-20  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4867  XRE family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 192 aa  98.2  6e-20  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3020  DNA-binding protein  32.97 
 
 		 179 aa  97.8  7e-20  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0350  DNA-binding protein  32.97 
 
 		 179 aa  97.8  7e-20  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1533  DNA-binding protein  32.97 
 
 		 179 aa  97.8  7e-20  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2904  DNA-binding protein  32.97 
 
 		 179 aa  97.8  7e-20  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.311354  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0384  DNA-binding protein  32.97 
 
 		 179 aa  97.8  7e-20  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1723  DNA-binding protein  32.97 
 
 		 179 aa  97.8  7e-20  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0900931  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5543  XRE family transcriptional regulator  32.42 
 
 		 192 aa  97.4  9e-20  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.827143  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5317  XRE family transcriptional regulator  32.42 
 
 		 192 aa  97.4  9e-20  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.221767  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4729  XRE family transcriptional regulator  32.42 
 
 		 192 aa  97.4  9e-20  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1254  DNA-binding protein  32.42 
 
 		 236 aa  95.5  3e-19  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2220  DNA-binding protein  32.42 
 
 		 236 aa  95.5  3e-19  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4506  XRE family transcriptional regulator  32.42 
 
 		 189 aa  95.5  4e-19  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.690344  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0114  XRE family transcriptional regulator  32.22 
 
 		 193 aa  95.1  5e-19  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4679  putative transcriptional regulator  34.62 
 
 		 180 aa  94.4  8e-19  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0485  transcriptional regulator, XRE family  34.59 
 
 		 197 aa  94  1e-18  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00000244144  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2819  MerR family transcriptional regulator  30.65 
 
 		 192 aa  92.4  3e-18  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  0.142376 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2948  transcriptional regulator, XRE family  32.22 
 
 		 225 aa  92  4e-18  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0211039  hitchhiker  0.000112709 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1034  transcriptional regulator, XRE family  31.69 
 
 		 181 aa  91.3  7e-18  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000342515  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1446  transcriptional regulator, XRE family  31.67 
 
 		 191 aa  90.1  1e-17  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008244  Meso_4609  XRE family transcriptional regulator  25.7 
 
 		 229 aa  89  3e-17  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2571  transcriptional regulator, XRE family  31.28 
 
 		 192 aa  88.6  4e-17  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  decreased coverage  0.00000000481124  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1727  XRE family transcriptional regulator  31.02 
 
 		 191 aa  87.8  8e-17  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.170715  normal  0.149129 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6366  XRE family transcriptional regulator  31.02 
 
 		 191 aa  87.8  8e-17  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0311191  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1712  XRE family transcriptional regulator  31.02 
 
 		 191 aa  87.8  8e-17  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.526366  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0970  XRE family transcriptional regulator  31.89 
 
 		 182 aa  87.4  9e-17  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2004  MerR family transcriptional regulator  29.05 
 
 		 178 aa  87  1e-16  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00158357  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2995  transcriptional regulator  31.11 
 
 		 191 aa  87  1e-16  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0735878  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5003  XRE family transcriptional regulator  29.67 
 
 		 191 aa  86.3  2e-16  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.10951 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0556  MerR family transcriptional regulator  31.52 
 
 		 189 aa  85.9  3e-16  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0230  transcriptional regulator  28.18 
 
 		 197 aa  85.9  3e-16  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3329  transcriptional regulator  27.42 
 
 		 201 aa  85.9  3e-16  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.855836  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3867  XRE family transcriptional regulator  29.51 
 
 		 201 aa  84.7  6e-16  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_69980  putative transcriptional regulator  29.19 
 
 		 182 aa  84.7  7e-16  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2148  DNA-binding protein, putative  31.82 
 
 		 181 aa  84.3  8e-16  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6084  XRE family transcriptional regulator  27.37 
 
 		 234 aa  84.3  8e-16  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.207069 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1806  transcriptional regulator, XRE family  31.82 
 
 		 181 aa  84.3  8e-16  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4110  XRE family transcriptional regulator  30.34 
 
 		 212 aa  84.3  9e-16  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.595211  normal  1 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0325  XRE family transcriptional regulator  32.8 
 
 		 192 aa  83.6  0.000000000000001  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1039  MerR family transcriptional regulator  32.28 
 
 		 192 aa  84  0.000000000000001  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0105  DNA-binding protein  28.8 
 
 		 199 aa  83.6  0.000000000000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0869  XRE family transcriptional regulator  29.44 
 
 		 209 aa  83.6  0.000000000000001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2042  transcriptional regulator  30.6 
 
 		 188 aa  83.6  0.000000000000001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6075  putative transcriptional regulator  29.19 
 
 		 182 aa  84  0.000000000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0544  XRE family transcriptional regulator  32.22 
 
 		 203 aa  83.2  0.000000000000002  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1729  transcriptional regulator, XRE family  27.93 
 
 		 195 aa  83.2  0.000000000000002  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.114176  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3025  XRE family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 281 aa  83.2  0.000000000000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.925102 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1587  helix-turn-helix domain-containing protein  32.43 
 
 		 192 aa  82.8  0.000000000000002  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.494606  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3049  XRE family transcriptional regulator  29.67 
 
 		 259 aa  82.4  0.000000000000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0258201 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3030  XRE family transcriptional regulator  29.67 
 
 		 259 aa  82  0.000000000000004  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2416  XRE family transcriptional regulator  29.67 
 
 		 259 aa  82  0.000000000000004  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0079  Cro/CI family transcriptional regulator  29.51 
 
 		 196 aa  81.6  0.000000000000005  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1987  transcriptional regulator, XRE family  31.1 
 
 		 187 aa  81.6  0.000000000000005  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.144245  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0474  XRE family transcriptional regulator  28.72 
 
 		 192 aa  81.3  0.000000000000007  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.554508  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2356  transcriptional regulator, XRE family  31.32 
 
 		 188 aa  80.9  0.000000000000009  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.190302 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0238  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  27.72 
 
 		 199 aa  80.9  0.000000000000009  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6377  XRE family transcriptional regulator  29.67 
 
 		 286 aa  80.9  0.000000000000009  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.739753  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1128  XRE family transcriptional regulator  30.81 
 
 		 182 aa  80.9  0.00000000000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2366  transcriptional regulator, XRE family  27.78 
 
 		 184 aa  80.5  0.00000000000001  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0943  XRE family transcriptional regulator  30.27 
 
 		 182 aa  80.5  0.00000000000001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1985  transcriptional regulator, XRE family  30.12 
 
 		 190 aa  80.5  0.00000000000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.127285  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0661  MerR family transcriptional regulator  29.19 
 
 		 192 aa  79.7  0.00000000000002  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1444  cupin 2 domain-containing protein  31.18 
 
 		 192 aa  79.3  0.00000000000002  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0248  XRE family transcriptional regulator  29.19 
 
 		 182 aa  79.3  0.00000000000003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3438  XRE family transcriptional regulator  28.8 
 
 		 198 aa  79  0.00000000000003  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1668  transcriptional regulator, XRE family  26.26 
 
 		 188 aa  79.3  0.00000000000003  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.580406  normal  1 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7693  transcriptional regulator MerR family  28.89 
 
 		 271 aa  79  0.00000000000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.56372  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5954  transcriptional regulator, XRE family  28.92 
 
 		 187 aa  79.3  0.00000000000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0878  cupin 2 domain-containing protein  28.96 
 
 		 196 aa  78.6  0.00000000000004  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000206175  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>