More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mbar_A2171 on replicon NC_007355
Organism: Methanosarcina barkeri str. Fusaro



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007355  Mbar_A2171  transcriptional regulator  100 
 
 
184 aa  379  1e-104  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal  0.809699 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1398  XRE family transcriptional regulator  72.28 
 
 
184 aa  285  2e-76  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.365461  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0521  cupin 2 domain-containing protein  71.74 
 
 
184 aa  283  1.0000000000000001e-75  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0316  cupin 2 domain-containing protein  70.65 
 
 
184 aa  282  1.0000000000000001e-75  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0587  cupin 2 domain-containing protein  70.65 
 
 
184 aa  279  1e-74  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1243  transcriptional regulator  67.39 
 
 
184 aa  266  8.999999999999999e-71  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0154  XRE family transcriptional regulator  63.59 
 
 
182 aa  253  1.0000000000000001e-66  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0609  cupin sensor transcriptional regulator  63.04 
 
 
184 aa  243  8e-64  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.176567  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0552  transcriptional regulator  54.35 
 
 
183 aa  209  2e-53  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  decreased coverage  0.0032692  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0495  transcriptional regulator, XRE family  50.54 
 
 
184 aa  207  5e-53  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0108  transcriptional regulator, XRE family  42.02 
 
 
186 aa  151  5.9999999999999996e-36  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1468  transcriptional regulator, XRE family  40.76 
 
 
182 aa  148  5e-35  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0100935  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0817  transcriptional regulator, XRE family  41.34 
 
 
184 aa  148  5e-35  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2318  transcriptional regulator  39.89 
 
 
188 aa  143  2e-33  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.00466136  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0992  cupin 2 domain-containing protein  40.45 
 
 
186 aa  138  3.9999999999999997e-32  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  decreased coverage  0.00214756  normal  0.392819 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0002  transcriptional regulator, XRE family  37.7 
 
 
184 aa  135  2e-31  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.138514 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_17340  cupin domain-containing protein  39.56 
 
 
186 aa  133  1.9999999999999998e-30  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.224659  normal 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1702  transcriptional regulator, XRE family  34.97 
 
 
183 aa  123  2e-27  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1709  transcriptional regulator, XRE family  34.39 
 
 
193 aa  118  4.9999999999999996e-26  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_07930  cupin domain-containing protein  37.77 
 
 
194 aa  117  9.999999999999999e-26  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.211936  normal  0.409576 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_17550  putative transcriptional regulator with cupin domain  32.26 
 
 
200 aa  106  2e-22  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.0466174  normal 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2819  MerR family transcriptional regulator  30.81 
 
 
192 aa  84.3  9e-16  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal  0.142376 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0878  cupin 2 domain-containing protein  30.6 
 
 
196 aa  80.5  0.00000000000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000206175  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0661  MerR family transcriptional regulator  31.77 
 
 
192 aa  79.7  0.00000000000002  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1558  cupin 2 domain-containing protein  30.95 
 
 
180 aa  79.7  0.00000000000002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0474  XRE family transcriptional regulator  29.19 
 
 
192 aa  75.9  0.0000000000003  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.554508  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1889  transcriptional regulator, XRE family  30.27 
 
 
188 aa  74.3  0.000000000001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2320  transcriptional regulator, XRE family  30.27 
 
 
188 aa  74.3  0.000000000001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1987  transcriptional regulator, XRE family  29.51 
 
 
187 aa  72.4  0.000000000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.144245  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5085  XRE family transcriptional regulator  31.64 
 
 
251 aa  72.4  0.000000000003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00667568  normal  0.553791 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0402  transcriptional regulator, XRE family  28.34 
 
 
189 aa  72  0.000000000005  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.699228  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1559  transcriptional regulator, XRE family  32.02 
 
 
262 aa  71.2  0.000000000008  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.682713  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0168  XRE family transcriptional regulator  27.47 
 
 
227 aa  71.2  0.000000000008  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1154  XRE family transcriptional regulator  30.85 
 
 
204 aa  70.9  0.000000000009  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0376883  normal  0.48606 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0325  XRE family transcriptional regulator  29.17 
 
 
192 aa  70.5  0.00000000001  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3298  Cro/CI family transcriptional regulator  26.23 
 
 
187 aa  70.1  0.00000000002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3309  XRE family transcriptional regulator  28.18 
 
 
209 aa  69.7  0.00000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1507  transcriptional regulator, XRE family  26.4 
 
 
211 aa  69.7  0.00000000002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1702  transcriptional regulator, XRE family  29.67 
 
 
218 aa  69.7  0.00000000002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3151  Cupin 2 conserved barrel domain protein  34.33 
 
 
503 aa  70.1  0.00000000002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2946  transcriptional regulator  27.08 
 
 
197 aa  69.3  0.00000000003  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3247  XRE family transcriptional regulator  26.78 
 
 
187 aa  69.3  0.00000000003  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000592797 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0650  XRE family transcriptional regulator  26.78 
 
 
187 aa  69.3  0.00000000003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1021  transcriptional regulator, XRE family  22.65 
 
 
191 aa  69.3  0.00000000003  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.438557  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3438  XRE family transcriptional regulator  28.27 
 
 
198 aa  68.6  0.00000000005  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1430  XRE family transcriptional regulator  27.08 
 
 
259 aa  68.2  0.00000000006  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00776927 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5931  transcriptional regulator, XRE family  28.02 
 
 
190 aa  68.2  0.00000000006  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_09060  predicted transcriptional regulator  27.03 
 
 
192 aa  67.8  0.00000000008  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.391815  normal  0.265834 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2247  transcriptional regulator, XRE family  29.12 
 
 
190 aa  67.8  0.00000000009  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1819  transcriptional regulator, XRE family  28.49 
 
 
191 aa  67.8  0.00000000009  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.0201582  normal  0.3413 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5748  transcriptional regulator  31.72 
 
 
219 aa  67.4  0.0000000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0485  transcriptional regulator, XRE family  26.56 
 
 
197 aa  67  0.0000000001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00000244144  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5912  XRE family transcriptional regulator  29.38 
 
 
213 aa  67.4  0.0000000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2571  transcriptional regulator, XRE family  29.09 
 
 
192 aa  66.2  0.0000000002  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  decreased coverage  0.00000000481124  normal 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1039  MerR family transcriptional regulator  26.84 
 
 
192 aa  66.6  0.0000000002  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5358  putative transcriptional regulator, XRE family  25.4 
 
 
201 aa  65.9  0.0000000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.406538  normal  0.655587 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3489  XRE family transcriptional regulator  25.93 
 
 
187 aa  66.2  0.0000000003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1941  transcriptional regulator  30.32 
 
 
225 aa  65.9  0.0000000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4802  helix-turn-helix domain protein  29.73 
 
 
233 aa  65.9  0.0000000003  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.329061  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0524  XRE family transcriptional regulator  25.68 
 
 
187 aa  66.2  0.0000000003  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  unclonable  0.0000000000827128  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1110  Phosphate butyryltransferase  33.09 
 
 
503 aa  65.9  0.0000000003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1444  cupin 2 domain-containing protein  28.12 
 
 
192 aa  65.5  0.0000000004  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5637  transcriptional regulator, XRE family  30.11 
 
 
227 aa  65.5  0.0000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.76756  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0437  transcriptional regulator  27.47 
 
 
212 aa  65.9  0.0000000004  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.686873 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3886  XRE family transcriptional regulator  29.31 
 
 
210 aa  65.5  0.0000000004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1587  helix-turn-helix domain-containing protein  26.84 
 
 
192 aa  65.1  0.0000000005  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.494606  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1139  transcriptional regulator  28.65 
 
 
232 aa  65.1  0.0000000005  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.483755  normal  0.0958639 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3035  XRE family transcriptional regulator  27.32 
 
 
208 aa  65.1  0.0000000005  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.348685 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1906  XRE family transcriptional regulator  27.22 
 
 
210 aa  65.1  0.0000000005  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5265  XRE family transcriptional regulator  31.89 
 
 
219 aa  65.1  0.0000000006  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.223709 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4897  XRE family transcriptional regulator  31.89 
 
 
219 aa  65.1  0.0000000006  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4986  XRE family transcriptional regulator  31.89 
 
 
219 aa  65.1  0.0000000006  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4694  XRE family transcriptional regulator  29.57 
 
 
224 aa  64.7  0.0000000007  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.607677 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6574  transcriptional regulator, XRE family  30.11 
 
 
227 aa  64.7  0.0000000007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.0448941 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1985  transcriptional regulator, XRE family  26.78 
 
 
190 aa  64.7  0.0000000007  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.127285  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0165  XRE family transcriptional regulator  28.18 
 
 
200 aa  63.9  0.000000001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5954  transcriptional regulator, XRE family  27.32 
 
 
187 aa  63.5  0.000000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2601  XRE family transcriptional regulator  27.78 
 
 
203 aa  63.9  0.000000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.512754  hitchhiker  0.000000366247 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3019  transcriptional regulator, XRE family  25.27 
 
 
198 aa  63.9  0.000000001  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7013  transcriptional regulator  32.85 
 
 
150 aa  63.2  0.000000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3456  transcriptional regulator, XRE family  26.53 
 
 
199 aa  63.2  0.000000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3301  XRE family transcriptional regulator  30.41 
 
 
234 aa  63.2  0.000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3393  transcriptional regulator, XRE family  26.53 
 
 
199 aa  63.5  0.000000002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.000124891  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2858  transcriptional regulator, XRE family  28.42 
 
 
215 aa  62.8  0.000000002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.0000622832  normal  0.0374075 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2505  XRE family transcriptional regulator  28.33 
 
 
220 aa  63.2  0.000000002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6009  XRE family transcriptional regulator  30.65 
 
 
219 aa  63.2  0.000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.285081  hitchhiker  0.00726065 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3407  transcriptional regulator, XRE family  23.78 
 
 
192 aa  63.2  0.000000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0079  Cro/CI family transcriptional regulator  26.7 
 
 
196 aa  62.8  0.000000003  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1956  DNA-binding protein  26.14 
 
 
187 aa  62.4  0.000000004  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0867  DNA-binding protein  26.14 
 
 
187 aa  62.4  0.000000004  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6754  transcriptional regulator, XRE family  28.49 
 
 
210 aa  62  0.000000004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.36173  normal  0.846385 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0281  DNA-binding protein  26.14 
 
 
187 aa  62.4  0.000000004  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0958  DNA-binding protein  26.14 
 
 
187 aa  62.4  0.000000004  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.704462  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0556  MerR family transcriptional regulator  27.17 
 
 
189 aa  62  0.000000005  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4666  transcriptional regulator, XRE family  23.76 
 
 
197 aa  61.6  0.000000005  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.223091  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4110  XRE family transcriptional regulator  25.7 
 
 
212 aa  61.6  0.000000006  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.595211  normal 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5833  transcriptional regulator, XRE family  26.9 
 
 
173 aa  61.6  0.000000006  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1008  DNA-binding protein  26.14 
 
 
187 aa  61.2  0.000000007  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3329  transcriptional regulator  29.7 
 
 
201 aa  61.6  0.000000007  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.855836  normal 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1001  DNA-binding protein  26.14 
 
 
187 aa  61.2  0.000000007  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>