More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_0230 on replicon NC_007908
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007908  Rfer_0230  transcriptional regulator  100 
 
 
197 aa  398  9.999999999999999e-111  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3867  XRE family transcriptional regulator  44.27 
 
 
201 aa  157  9e-38  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0641  XRE family transcriptional regulator  42.7 
 
 
211 aa  140  9.999999999999999e-33  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.199173  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2294  XRE family transcriptional regulator  42.7 
 
 
211 aa  140  9.999999999999999e-33  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.328361 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2571  transcriptional regulator, XRE family  42.61 
 
 
192 aa  136  2e-31  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  decreased coverage  0.00000000481124  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_65950  putative transcriptional regulator  39.46 
 
 
199 aa  135  4e-31  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5722  putative transcriptional regulator  39.46 
 
 
199 aa  134  6.0000000000000005e-31  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2913  XRE family transcriptional regulator  40.56 
 
 
199 aa  134  9e-31  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2868  Cro/CI family transcriptional regulator  40 
 
 
199 aa  133  9.999999999999999e-31  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3586  XRE family transcriptional regulator  43.55 
 
 
207 aa  134  9.999999999999999e-31  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.101767 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2821  XRE family transcriptional regulator  40 
 
 
199 aa  133  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0188  XRE family transcriptional regulator  39.89 
 
 
229 aa  129  2.0000000000000002e-29  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.054457 
 
 
-
 
NC_009672  Oant_4841  cupin 2 domain-containing protein  40.43 
 
 
202 aa  126  2.0000000000000002e-28  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1441  XRE family transcriptional regulator  38.89 
 
 
227 aa  121  8e-27  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.0636175 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1027  XRE family transcriptional regulator  40.66 
 
 
223 aa  119  1.9999999999999998e-26  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.944907 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0361  XRE family transcriptional regulator  41.92 
 
 
205 aa  117  9.999999999999999e-26  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2004  MerR family transcriptional regulator  33.52 
 
 
178 aa  114  7.999999999999999e-25  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00158357  normal 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4917  XRE family transcriptional regulator  36.81 
 
 
184 aa  112  2.0000000000000002e-24  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1539  MerR family transcriptional regulator  36.46 
 
 
292 aa  110  2.0000000000000002e-23  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0172454  normal  0.655759 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2948  transcriptional regulator, XRE family  37.29 
 
 
225 aa  109  3e-23  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0211039  hitchhiker  0.000112709 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0772  transcriptional regulator  35.33 
 
 
204 aa  109  3e-23  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.855503 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2635  XRE family transcriptional regulator  38.2 
 
 
185 aa  108  5e-23  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.362634  normal 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2836  DNA-binding protein  31.11 
 
 
184 aa  107  9.000000000000001e-23  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000716748  hitchhiker  0.00000000374058 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2181  Cro/CI family transcriptional regulator  38.46 
 
 
184 aa  106  3e-22  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3556  XRE family transcriptional regulator  38.46 
 
 
184 aa  105  3e-22  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.427188  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1480  XRE family transcriptional regulator  37.91 
 
 
198 aa  104  7e-22  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1788  XRE family transcriptional regulator  37.22 
 
 
184 aa  103  1e-21  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3313  transcriptional regulator, XRE family  31.87 
 
 
201 aa  103  2e-21  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0970  XRE family transcriptional regulator  33.69 
 
 
182 aa  102  3e-21  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1083  XRE family transcriptional regulator  32.97 
 
 
199 aa  102  3e-21  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0846857  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4807  XRE family transcriptional regulator  34.83 
 
 
185 aa  102  3e-21  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.730727  normal 
 
 
-
 
NC_005945  BAS1650  DNA-binding protein  31.76 
 
 
181 aa  102  5e-21  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.000412674  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1629  MerR family transcriptional regulator  30.39 
 
 
181 aa  102  5e-21  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  decreased coverage  0.000044317  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1781  DNA-binding protein  31.76 
 
 
181 aa  102  5e-21  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1854  DNA-binding protein  29.83 
 
 
181 aa  101  7e-21  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.653009  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1906  DNA-binding protein  29.83 
 
 
181 aa  101  7e-21  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.0011859  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4279  XRE family transcriptional regulator  34.83 
 
 
185 aa  101  7e-21  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.195081 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1795  DNA-binding protein  29.83 
 
 
181 aa  101  8e-21  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3546  DNA-binding protein  29.83 
 
 
181 aa  101  8e-21  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3100  XRE family transcriptional regulator  32.8 
 
 
208 aa  100  1e-20  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.510523  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1128  XRE family transcriptional regulator  32.97 
 
 
182 aa  100  1e-20  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2921  XRE family transcriptional regulator  32.8 
 
 
208 aa  100  1e-20  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.899455  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3003  XRE family transcriptional regulator  32.8 
 
 
208 aa  100  1e-20  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.252662  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1046  XRE family transcriptional regulator  35.36 
 
 
186 aa  100  2e-20  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1649  XRE family transcriptional regulator  30.94 
 
 
181 aa  99.8  2e-20  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.176921  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1195  XRE family transcriptional regulator  32.97 
 
 
182 aa  99.8  2e-20  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.152731  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1091  XRE family transcriptional regulator  32.97 
 
 
182 aa  99.8  2e-20  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.158888  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1831  DNA-binding protein  29.83 
 
 
181 aa  100  2e-20  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1163  cupin 2 domain-containing protein  32.97 
 
 
182 aa  99.8  2e-20  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.967119  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3195  transcriptional regulator, XRE family  32.97 
 
 
182 aa  99.8  2e-20  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal  0.0639399 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1784  XRE family transcriptional regulator  34.46 
 
 
184 aa  100  2e-20  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1104  cupin 2 domain-containing protein  32.97 
 
 
182 aa  99.8  2e-20  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.183758  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4679  putative transcriptional regulator  30.94 
 
 
180 aa  99.4  3e-20  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1599  MerR family transcriptional regulator  29.28 
 
 
181 aa  99.4  3e-20  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1265  transcriptional regulator, putative  33.51 
 
 
182 aa  99  4e-20  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1729  transcriptional regulator, XRE family  37.99 
 
 
195 aa  97.8  8e-20  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.114176  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2646  XRE family transcriptional regulator  32.43 
 
 
182 aa  97.1  1e-19  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1846  XRE family transcriptional regulator  36.22 
 
 
183 aa  97.4  1e-19  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.677123  hitchhiker  0.00632075 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5384  XRE family transcriptional regulator  33.71 
 
 
185 aa  97.1  1e-19  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.840154  normal  0.424249 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2177  transcriptional regulator, putative  34.46 
 
 
184 aa  96.3  2e-19  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3720  XRE family transcriptional regulator  34.83 
 
 
200 aa  97.1  2e-19  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.310668  normal  0.0265405 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4902  XRE family transcriptional regulator  33.71 
 
 
185 aa  97.1  2e-19  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.634753 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0273  XRE family transcriptional regulator  32.58 
 
 
176 aa  96.3  2e-19  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  decreased coverage  0.0000144131  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2714  XRE family transcriptional regulator  35 
 
 
204 aa  96.7  2e-19  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3464  XRE family transcriptional regulator  33.71 
 
 
185 aa  97.1  2e-19  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5320  XRE family transcriptional regulator  32.78 
 
 
182 aa  95.9  3e-19  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.8166  normal  0.310919 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3560  XRE family transcriptional regulator  34.46 
 
 
184 aa  96.3  3e-19  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.444346  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5178  XRE family transcriptional regulator  32.07 
 
 
199 aa  95.5  4e-19  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.174471  normal  0.155373 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5268  Cro/CI family transcriptional regulator  32.78 
 
 
182 aa  95.1  5e-19  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0638  putative transcriptional regulator  34.5 
 
 
184 aa  94.7  7e-19  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1446  transcriptional regulator, XRE family  33.33 
 
 
191 aa  94.7  7e-19  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0248  XRE family transcriptional regulator  31.72 
 
 
182 aa  94.7  8e-19  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0275  cupin 2 domain-containing protein  32.39 
 
 
188 aa  94.7  8e-19  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000000353927  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0803  XRE family transcriptional regulator  33.15 
 
 
185 aa  94.4  9e-19  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.215741  normal  0.130979 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1058  XRE family transcriptional regulator  31.55 
 
 
184 aa  94  1e-18  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_06970  Cro/CI family transcriptional regulator  35.09 
 
 
184 aa  93.6  2e-18  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0202  XRE family transcriptional regulator  32.22 
 
 
182 aa  93.2  2e-18  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.614203  hitchhiker  0.00167713 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2046  XRE family transcriptional regulator  31.32 
 
 
205 aa  93.6  2e-18  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.298774  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0943  XRE family transcriptional regulator  32.62 
 
 
182 aa  93.6  2e-18  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0751  XRE family transcriptional regulator  30.94 
 
 
179 aa  93.2  2e-18  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000000101746  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2578  transcriptional regulator, XRE family  36.22 
 
 
182 aa  92  5e-18  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0350  DNA-binding protein  33.15 
 
 
179 aa  91.7  6e-18  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0384  DNA-binding protein  33.15 
 
 
179 aa  91.7  6e-18  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1533  DNA-binding protein  33.15 
 
 
179 aa  91.7  6e-18  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1723  DNA-binding protein  33.15 
 
 
179 aa  91.7  6e-18  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0900931  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3020  DNA-binding protein  33.15 
 
 
179 aa  91.7  6e-18  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4506  XRE family transcriptional regulator  33.33 
 
 
189 aa  92  6e-18  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.690344  normal 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2904  DNA-binding protein  33.15 
 
 
179 aa  91.7  6e-18  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.311354  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1558  cupin 2 domain-containing protein  34.76 
 
 
180 aa  91.7  7e-18  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0715  transcriptional regulator, XRE family  32.63 
 
 
187 aa  91.3  8e-18  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.39864  normal  0.0327391 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4729  XRE family transcriptional regulator  32.46 
 
 
192 aa  90.9  1e-17  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5003  XRE family transcriptional regulator  32.77 
 
 
191 aa  90.9  1e-17  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.10951 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0901  XRE family transcriptional regulator  30.73 
 
 
181 aa  90.9  1e-17  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000108423 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5543  XRE family transcriptional regulator  32.46 
 
 
192 aa  90.9  1e-17  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.827143  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3329  transcriptional regulator  33.33 
 
 
201 aa  90.5  1e-17  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.855836  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5317  XRE family transcriptional regulator  32.46 
 
 
192 aa  90.9  1e-17  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.221767  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_16550  predicted transcriptional regulator  37.85 
 
 
204 aa  90.1  2e-17  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.45133 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5414  XRE family transcriptional regulator  32.46 
 
 
192 aa  90.1  2e-17  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1254  DNA-binding protein  32.58 
 
 
236 aa  90.1  2e-17  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4867  XRE family transcriptional regulator  32.46 
 
 
192 aa  90.1  2e-17  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>