More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputW619_1846 on replicon NC_010501
Organism: Pseudomonas putida W619



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010501  PputW619_1846  XRE family transcriptional regulator  100 
 
 		 183 aa  372  1e-102  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.677123  hitchhiker  0.00632075 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3720  XRE family transcriptional regulator  72.22 
 
 		 200 aa  274  6e-73  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.310668  normal  0.0265405 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5384  XRE family transcriptional regulator  70 
 
 		 185 aa  266  8.999999999999999e-71  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.840154  normal  0.424249 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0803  XRE family transcriptional regulator  70 
 
 		 185 aa  266  1e-70  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.215741  normal  0.130979 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3464  XRE family transcriptional regulator  70 
 
 		 185 aa  266  1e-70  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4902  XRE family transcriptional regulator  70 
 
 		 185 aa  266  1e-70  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.634753 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4279  XRE family transcriptional regulator  69.44 
 
 		 185 aa  265  4e-70  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.195081 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4807  XRE family transcriptional regulator  69.44 
 
 		 185 aa  262  2e-69  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.730727  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1788  XRE family transcriptional regulator  70 
 
 		 184 aa  253  1.0000000000000001e-66  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2181  Cro/CI family transcriptional regulator  69.44 
 
 		 184 aa  252  3e-66  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1784  XRE family transcriptional regulator  67.03 
 
 		 184 aa  249  1e-65  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3556  XRE family transcriptional regulator  68.89 
 
 		 184 aa  249  1e-65  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.427188  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2177  transcriptional regulator, putative  66.48 
 
 		 184 aa  245  3e-64  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3560  XRE family transcriptional regulator  66.67 
 
 		 184 aa  243  9.999999999999999e-64  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.444346  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2635  XRE family transcriptional regulator  59.44 
 
 		 185 aa  226  2e-58  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.362634  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_06970  Cro/CI family transcriptional regulator  54.4 
 
 		 184 aa  193  1e-48  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0638  putative transcriptional regulator  54.4 
 
 		 184 aa  192  2e-48  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4917  XRE family transcriptional regulator  42.2 
 
 		 184 aa  114  8.999999999999998e-25  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2868  Cro/CI family transcriptional regulator  34.64 
 
 		 199 aa  104  6e-22  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_65950  putative transcriptional regulator  35.75 
 
 		 199 aa  103  1e-21  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2821  XRE family transcriptional regulator  34.08 
 
 		 199 aa  102  2e-21  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2913  XRE family transcriptional regulator  33.89 
 
 		 199 aa  102  2e-21  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3867  XRE family transcriptional regulator  36.57 
 
 		 201 aa  100  8e-21  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5722  putative transcriptional regulator  34.08 
 
 		 199 aa  97.8  7e-20  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0230  transcriptional regulator  36.22 
 
 		 197 aa  97.4  1e-19  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1480  XRE family transcriptional regulator  37.85 
 
 		 198 aa  97.4  1e-19  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3586  XRE family transcriptional regulator  37.95 
 
 		 207 aa  94  1e-18  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.101767 
 
 
-
 
NC_009672  Oant_4841  cupin 2 domain-containing protein  34.59 
 
 		 202 aa  83.2  0.000000000000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1795  DNA-binding protein  30.77 
 
 		 181 aa  82.4  0.000000000000003  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1649  XRE family transcriptional regulator  31.36 
 
 		 181 aa  82.8  0.000000000000003  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.176921  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1629  MerR family transcriptional regulator  31.36 
 
 		 181 aa  82  0.000000000000005  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  decreased coverage  0.000044317  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3546  DNA-binding protein  30.18 
 
 		 181 aa  80.5  0.00000000000001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS1650  DNA-binding protein  30.77 
 
 		 181 aa  80.5  0.00000000000001  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.000412674  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1781  DNA-binding protein  30.77 
 
 		 181 aa  80.5  0.00000000000001  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1854  DNA-binding protein  30.77 
 
 		 181 aa  80.1  0.00000000000002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.653009  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2004  MerR family transcriptional regulator  33.82 
 
 		 178 aa  80.1  0.00000000000002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00158357  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1906  DNA-binding protein  30.77 
 
 		 181 aa  80.1  0.00000000000002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.0011859  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1831  DNA-binding protein  30.77 
 
 		 181 aa  80.1  0.00000000000002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1599  MerR family transcriptional regulator  30.18 
 
 		 181 aa  79  0.00000000000003  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2836  DNA-binding protein  28.65 
 
 		 184 aa  77.8  0.00000000000008  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000716748  hitchhiker  0.00000000374058 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2578  transcriptional regulator, XRE family  34.48 
 
 		 182 aa  76.3  0.0000000000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1539  MerR family transcriptional regulator  31.11 
 
 		 292 aa  75.9  0.0000000000003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0172454  normal  0.655759 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0641  XRE family transcriptional regulator  28.74 
 
 		 211 aa  75.1  0.0000000000005  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.199173  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2294  XRE family transcriptional regulator  28.74 
 
 		 211 aa  75.1  0.0000000000005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.328361 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0772  transcriptional regulator  31.82 
 
 		 204 aa  74.7  0.0000000000007  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.855503 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1729  transcriptional regulator, XRE family  32.76 
 
 		 195 aa  70.1  0.00000000002  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.114176  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2714  XRE family transcriptional regulator  33.71 
 
 		 204 aa  70.1  0.00000000002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2046  XRE family transcriptional regulator  32.24 
 
 		 205 aa  66.6  0.0000000002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.298774  normal  1 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0274  transcriptional regulator, XRE family  31.46 
 
 		 205 aa  65.9  0.0000000003  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.64998  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2170  MerR family transcriptional regulator  26.16 
 
 		 186 aa  63.9  0.000000001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.22299  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2231  XRE family transcriptional regulator  32.09 
 
 		 187 aa  63.5  0.000000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000245077 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2951  DNA-binding protein  26.16 
 
 		 186 aa  63.2  0.000000002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000726653  hitchhiker  0.00000000446905 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2250  DNA-binding protein  26.16 
 
 		 186 aa  63.5  0.000000002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2432  DNA-binding protein  26.16 
 
 		 186 aa  63.5  0.000000002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.164998 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2414  DNA-binding protein  26.16 
 
 		 186 aa  63.5  0.000000002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008244  Meso_4609  XRE family transcriptional regulator  26.59 
 
 		 229 aa  62.4  0.000000003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4506  XRE family transcriptional regulator  30.39 
 
 		 189 aa  62.4  0.000000004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.690344  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2571  transcriptional regulator, XRE family  25.73 
 
 		 192 aa  62  0.000000005  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  decreased coverage  0.00000000481124  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1558  cupin 2 domain-containing protein  32 
 
 		 180 aa  61.6  0.000000005  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0273  XRE family transcriptional regulator  30.06 
 
 		 176 aa  61.6  0.000000006  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  decreased coverage  0.0000144131  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0275  cupin 2 domain-containing protein  30.06 
 
 		 188 aa  61.2  0.000000007  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000000353927  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2228  XRE family transcriptional regulator  26.16 
 
 		 197 aa  61.2  0.000000007  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.386344  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3329  transcriptional regulator  28.16 
 
 		 201 aa  61.2  0.000000008  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.855836  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2884  XRE family transcriptional regulator  28.3 
 
 		 181 aa  60.8  0.000000009  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0819457  normal  0.480487 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2948  transcriptional regulator, XRE family  28.65 
 
 		 225 aa  60.8  0.000000009  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0211039  hitchhiker  0.000112709 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2806  XRE family transcriptional regulator  28.3 
 
 		 181 aa  60.8  0.000000009  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.675672 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0188  XRE family transcriptional regulator  29.38 
 
 		 229 aa  60.8  0.000000009  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.054457 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2380  DNA-binding protein  25 
 
 		 186 aa  61.2  0.000000009  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.801132  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2898  XRE family transcriptional regulator  28.3 
 
 		 181 aa  60.8  0.000000009  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3025  XRE family transcriptional regulator  29.79 
 
 		 281 aa  60.8  0.00000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.925102 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2042  transcriptional regulator  29.07 
 
 		 188 aa  59.3  0.00000003  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0888  transcriptional regulator, XRE family  30.51 
 
 		 179 aa  59.3  0.00000003  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  decreased coverage  0.0000000118183  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1721  XRE family transcriptional regulator  27.33 
 
 		 201 aa  59.3  0.00000003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3313  transcriptional regulator, XRE family  25 
 
 		 201 aa  58.5  0.00000004  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4589  transcriptional regulator, XRE family  30.59 
 
 		 188 aa  58.5  0.00000005  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5414  XRE family transcriptional regulator  31.35 
 
 		 192 aa  58.5  0.00000005  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3075  XRE family transcriptional regulator  30.85 
 
 		 269 aa  58.5  0.00000005  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4867  XRE family transcriptional regulator  31.35 
 
 		 192 aa  58.5  0.00000005  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1083  XRE family transcriptional regulator  25.14 
 
 		 199 aa  58.5  0.00000005  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0846857  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2770  XRE family transcriptional regulator  29.83 
 
 		 192 aa  58.2  0.00000007  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.169539 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0165  transcriptional regulator, XRE family  28.32 
 
 		 201 aa  58.2  0.00000007  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1806  transcriptional regulator, XRE family  31.1 
 
 		 181 aa  57.8  0.0000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1457  transcriptional regulator  25.58 
 
 		 188 aa  57  0.0000001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  2.96188e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2148  DNA-binding protein, putative  31.1 
 
 		 181 aa  57.8  0.0000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6377  XRE family transcriptional regulator  31.38 
 
 		 286 aa  57.8  0.0000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.739753  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5244  XRE family transcriptional regulator  41.56 
 
 		 180 aa  57  0.0000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.664792  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5615  XRE family transcriptional regulator  41.56 
 
 		 180 aa  57  0.0000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.322287  normal  0.0794813 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4613  XRE family transcriptional regulator  41.56 
 
 		 180 aa  57  0.0000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.101875  hitchhiker  0.00323798 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2941  XRE family transcriptional regulator  31.64 
 
 		 271 aa  56.6  0.0000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0631546  normal  0.420407 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2387  XRE family transcriptional regulator  25.75 
 
 		 181 aa  57  0.0000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1456  xenobiotic response element family transcriptional regulator  22.47 
 
 		 188 aa  56.6  0.0000002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  1.01823e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0076  XRE family transcriptional regulator  41.56 
 
 		 180 aa  56.6  0.0000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.196991  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3262  XRE family transcriptional regulator  31.32 
 
 		 193 aa  56.6  0.0000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0174683 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1441  XRE family transcriptional regulator  28.49 
 
 		 227 aa  57  0.0000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.0636175 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5317  XRE family transcriptional regulator  31.35 
 
 		 192 aa  56.6  0.0000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.221767  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4894  XRE family transcriptional regulator  40.26 
 
 		 180 aa  56.2  0.0000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.0489002 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4729  XRE family transcriptional regulator  31.35 
 
 		 192 aa  56.6  0.0000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5543  XRE family transcriptional regulator  31.35 
 
 		 192 aa  56.6  0.0000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.827143  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5444  XRE family transcriptional regulator  40.26 
 
 		 180 aa  56.2  0.0000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  decreased coverage  0.00345676  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4679  putative transcriptional regulator  23.67 
 
 		 180 aa  55.8  0.0000003  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>