More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pput_2806 on replicon NC_009512
Organism: Pseudomonas putida F1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002947  PP_2884  XRE family transcriptional regulator  100 
 
 
181 aa  368  1e-101  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0819457  normal  0.480487 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2806  XRE family transcriptional regulator  100 
 
 
181 aa  368  1e-101  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.675672 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2898  XRE family transcriptional regulator  100 
 
 
181 aa  368  1e-101  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2387  XRE family transcriptional regulator  96.69 
 
 
181 aa  358  2e-98  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2705  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  78.57 
 
 
203 aa  296  1e-79  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.847169  normal  0.058179 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2901  DNA-binding protein  77.47 
 
 
182 aa  293  9e-79  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  decreased coverage  0.00299352  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2125  transcriptional regulator  82.97 
 
 
182 aa  288  3e-77  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.318777 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4668  transcriptional regulator, XRE family  52.2 
 
 
183 aa  183  1.0000000000000001e-45  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.443743  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0970  XRE family transcriptional regulator  50 
 
 
182 aa  181  6e-45  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2646  XRE family transcriptional regulator  51.65 
 
 
182 aa  179  1e-44  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2985  XRE family transcriptional regulator  53.04 
 
 
183 aa  180  1e-44  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0944  transcriptional regulator  51.1 
 
 
189 aa  180  1e-44  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6340  XRE family transcriptional regulator  55.49 
 
 
183 aa  178  2.9999999999999997e-44  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1104  cupin 2 domain-containing protein  48.9 
 
 
182 aa  177  1e-43  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.183758  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1195  XRE family transcriptional regulator  48.9 
 
 
182 aa  177  1e-43  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.152731  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1163  cupin 2 domain-containing protein  48.9 
 
 
182 aa  177  1e-43  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.967119  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1128  XRE family transcriptional regulator  50 
 
 
182 aa  176  1e-43  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2901  XRE family transcriptional regulator  53.85 
 
 
183 aa  176  1e-43  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3038  XRE family transcriptional regulator  53.85 
 
 
183 aa  176  1e-43  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3195  transcriptional regulator, XRE family  48.9 
 
 
182 aa  177  1e-43  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal  0.0639399 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3011  XRE family transcriptional regulator  54.4 
 
 
183 aa  175  2e-43  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2991  XRE family transcriptional regulator  54.4 
 
 
183 aa  175  2e-43  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2377  XRE family transcriptional regulator  54.4 
 
 
183 aa  175  2e-43  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1091  XRE family transcriptional regulator  49.45 
 
 
182 aa  175  3e-43  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.158888  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3100  XRE family transcriptional regulator  48.35 
 
 
208 aa  174  5e-43  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.510523  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2921  XRE family transcriptional regulator  48.35 
 
 
208 aa  174  5e-43  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.899455  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3003  XRE family transcriptional regulator  48.35 
 
 
208 aa  174  5e-43  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.252662  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1058  XRE family transcriptional regulator  50 
 
 
184 aa  174  7e-43  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0248  XRE family transcriptional regulator  49.45 
 
 
182 aa  174  8e-43  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0641  aldehyde dehydrogenase-like protein  51.65 
 
 
183 aa  173  9.999999999999999e-43  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2025  aldehyde dehydrogenase-like protein  51.65 
 
 
189 aa  173  9.999999999999999e-43  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0733  aldehyde dehydrogenase-like protein  51.65 
 
 
183 aa  173  9.999999999999999e-43  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.126553  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1265  transcriptional regulator, putative  48.35 
 
 
182 aa  172  1.9999999999999998e-42  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6075  putative transcriptional regulator  49.45 
 
 
182 aa  171  3.9999999999999995e-42  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47950  Cupin, RmlC-type protein  51.1 
 
 
182 aa  171  3.9999999999999995e-42  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_69980  putative transcriptional regulator  49.45 
 
 
182 aa  171  3.9999999999999995e-42  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5268  Cro/CI family transcriptional regulator  48.35 
 
 
182 aa  171  5e-42  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5320  XRE family transcriptional regulator  47.8 
 
 
182 aa  170  9e-42  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.8166  normal  0.310919 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0238  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  49.45 
 
 
199 aa  169  1e-41  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5178  XRE family transcriptional regulator  47.8 
 
 
199 aa  169  1e-41  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.174471  normal  0.155373 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0105  DNA-binding protein  48.9 
 
 
199 aa  169  2e-41  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0943  XRE family transcriptional regulator  49.45 
 
 
182 aa  169  2e-41  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5523  transcriptional regulator  48.63 
 
 
182 aa  168  3e-41  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.22086 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1943  Cro/CI family transcriptional regulator putative  50.55 
 
 
189 aa  168  3e-41  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.693839  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0202  XRE family transcriptional regulator  47.8 
 
 
182 aa  168  4e-41  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.614203  hitchhiker  0.00167713 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3161  XRE family transcriptional regulator  47.25 
 
 
182 aa  166  2e-40  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4679  putative transcriptional regulator  46.96 
 
 
180 aa  164  5e-40  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0925  transcriptional regulator, putative  44.75 
 
 
182 aa  163  1.0000000000000001e-39  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4834  transcriptional regulator, XRE family  46.7 
 
 
182 aa  163  1.0000000000000001e-39  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.197047  normal  0.0345523 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1443  XRE family transcriptional regulator  44.75 
 
 
182 aa  163  1.0000000000000001e-39  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0867  putative transcriptional regulator  44.75 
 
 
182 aa  163  1.0000000000000001e-39  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.0318952  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4784  transcriptional regulator, XRE family  46.15 
 
 
182 aa  162  2.0000000000000002e-39  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.0510271 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1077  XRE family transcriptional regulator  44.32 
 
 
186 aa  162  4.0000000000000004e-39  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2087  XRE family transcriptional regulator  49.17 
 
 
195 aa  161  4.0000000000000004e-39  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0544  XRE family transcriptional regulator  46.7 
 
 
203 aa  160  7e-39  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0277  XRE family transcriptional regulator  44.44 
 
 
204 aa  160  1e-38  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.128046  normal 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3261  XRE family transcriptional regulator  43.33 
 
 
190 aa  158  4e-38  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.957848  normal  0.179215 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2366  transcriptional regulator, XRE family  43.65 
 
 
184 aa  154  6e-37  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3869  XRE family transcriptional regulator  43.65 
 
 
183 aa  154  9e-37  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0766  XRE family transcriptional regulator  43.65 
 
 
183 aa  153  1e-36  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3013  XRE family transcriptional regulator  47.8 
 
 
182 aa  152  2e-36  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3411  transcriptional regulator, XRE family  43.33 
 
 
183 aa  150  7e-36  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2042  transcriptional regulator  46.24 
 
 
188 aa  141  6e-33  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3217  DNA-binding transcriptional repressor PuuR  41.01 
 
 
185 aa  135  3.0000000000000003e-31  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00931444 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01276  DNA-binding transcriptional repressor  43.26 
 
 
185 aa  134  9.999999999999999e-31  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2347  transcriptional regulator, XRE family  43.26 
 
 
185 aa  134  9.999999999999999e-31  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.204857  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1941  DNA-binding transcriptional repressor PuuR  43.26 
 
 
185 aa  133  9.999999999999999e-31  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.385308 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2326  DNA-binding transcriptional repressor PuuR  43.26 
 
 
185 aa  134  9.999999999999999e-31  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1414  DNA-binding transcriptional repressor PuuR  43.26 
 
 
185 aa  134  9.999999999999999e-31  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1509  DNA-binding transcriptional repressor PuuR  43.26 
 
 
185 aa  134  9.999999999999999e-31  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1823  DNA-binding transcriptional repressor PuuR  43.26 
 
 
185 aa  134  9.999999999999999e-31  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.0706879 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1535  DNA-binding transcriptional repressor PuuR  43.26 
 
 
185 aa  134  9.999999999999999e-31  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01287  hypothetical protein  43.26 
 
 
185 aa  134  9.999999999999999e-31  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2066  DNA-binding transcriptional repressor PuuR  42.13 
 
 
185 aa  130  1.0000000000000001e-29  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4415  XRE family transcriptional regulator  38.1 
 
 
213 aa  124  7e-28  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1714  XRE family transcriptional regulator  39.63 
 
 
182 aa  117  6e-26  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.510937  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2540  Cro/CI family transcriptional regulator  35.87 
 
 
181 aa  101  6e-21  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0901  XRE family transcriptional regulator  34.78 
 
 
181 aa  100  2e-20  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000108423 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0980  XRE family transcriptional regulator  34.59 
 
 
181 aa  95.5  4e-19  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000294477  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0273  XRE family transcriptional regulator  33.14 
 
 
176 aa  94.7  6e-19  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  decreased coverage  0.0000144131  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1604  XRE family transcriptional regulator  34.66 
 
 
175 aa  94  1e-18  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000175154  normal 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0275  cupin 2 domain-containing protein  33.73 
 
 
188 aa  93.6  1e-18  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000000353927  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0751  XRE family transcriptional regulator  31.69 
 
 
179 aa  92.8  2e-18  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000000101746  n/a   
 
 
-
 
NC_009672  Oant_4841  cupin 2 domain-containing protein  33.33 
 
 
202 aa  92  4e-18  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2094  transcriptional regulator Cro/CI family protein  32.07 
 
 
188 aa  89.7  2e-17  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1325  cupin 2 domain-containing protein  30.17 
 
 
175 aa  89.7  2e-17  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2004  MerR family transcriptional regulator  30.73 
 
 
178 aa  89.7  2e-17  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00158357  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1306  transcriptional regulator, XRE family  30.95 
 
 
170 aa  87.8  7e-17  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000000237827 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2919  transcriptional regulator, XRE family  30.95 
 
 
170 aa  87.8  7e-17  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0772  transcriptional regulator  32.74 
 
 
204 aa  86.7  2e-16  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.855503 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1539  MerR family transcriptional regulator  32.04 
 
 
292 aa  86.3  2e-16  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0172454  normal  0.655759 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2571  transcriptional regulator, XRE family  30.22 
 
 
192 aa  85.1  5e-16  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  decreased coverage  0.00000000481124  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3551  transcriptional regulator, XRE family  30.77 
 
 
196 aa  84.3  9e-16  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0230  transcriptional regulator  31.35 
 
 
197 aa  82.8  0.000000000000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2821  XRE family transcriptional regulator  32.04 
 
 
199 aa  80.9  0.000000000000008  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2868  Cro/CI family transcriptional regulator  31.49 
 
 
199 aa  80.5  0.00000000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5003  XRE family transcriptional regulator  29.51 
 
 
191 aa  80.5  0.00000000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.10951 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6084  XRE family transcriptional regulator  30.05 
 
 
234 aa  80.1  0.00000000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.207069 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1507  transcriptional regulator, XRE family  32.4 
 
 
211 aa  80.1  0.00000000000002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2913  XRE family transcriptional regulator  30.94 
 
 
199 aa  78.2  0.00000000000005  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>