More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Spro_3217 on replicon NC_009832
Organism: Serratia proteamaculans 568



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009832  Spro_3217  DNA-binding transcriptional repressor PuuR  100 
 
 		 185 aa  376  1e-104  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00931444 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2066  DNA-binding transcriptional repressor PuuR  84.32 
 
 		 185 aa  330  5e-90  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01276  DNA-binding transcriptional repressor  83.24 
 
 		 185 aa  318  3e-86  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2347  transcriptional regulator, XRE family  83.24 
 
 		 185 aa  318  3e-86  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.204857  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1414  DNA-binding transcriptional repressor PuuR  83.24 
 
 		 185 aa  318  3e-86  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1941  DNA-binding transcriptional repressor PuuR  83.24 
 
 		 185 aa  318  3e-86  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.385308 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1823  DNA-binding transcriptional repressor PuuR  83.24 
 
 		 185 aa  318  3e-86  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0706879 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2326  DNA-binding transcriptional repressor PuuR  83.24 
 
 		 185 aa  318  3e-86  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1535  DNA-binding transcriptional repressor PuuR  83.24 
 
 		 185 aa  318  3e-86  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1509  DNA-binding transcriptional repressor PuuR  83.24 
 
 		 185 aa  318  3e-86  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01287  hypothetical protein  83.24 
 
 		 185 aa  318  3e-86  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4679  putative transcriptional regulator  47.75 
 
 		 180 aa  172  1.9999999999999998e-42  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1128  XRE family transcriptional regulator  43.58 
 
 		 182 aa  150  1e-35  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1104  cupin 2 domain-containing protein  41.9 
 
 		 182 aa  147  7e-35  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.183758  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3195  transcriptional regulator, XRE family  41.9 
 
 		 182 aa  147  7e-35  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.0639399 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1163  cupin 2 domain-containing protein  41.9 
 
 		 182 aa  147  7e-35  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.967119  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1195  XRE family transcriptional regulator  41.9 
 
 		 182 aa  147  7e-35  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.152731  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1058  XRE family transcriptional regulator  43.02 
 
 		 184 aa  147  8e-35  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3100  XRE family transcriptional regulator  41.53 
 
 		 208 aa  147  9e-35  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.510523  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2921  XRE family transcriptional regulator  41.53 
 
 		 208 aa  147  9e-35  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.899455  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3003  XRE family transcriptional regulator  41.53 
 
 		 208 aa  147  9e-35  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.252662  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1091  XRE family transcriptional regulator  41.34 
 
 		 182 aa  146  2.0000000000000003e-34  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.158888  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_69980  putative transcriptional regulator  43.58 
 
 		 182 aa  146  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1265  transcriptional regulator, putative  41.9 
 
 		 182 aa  145  3e-34  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0970  XRE family transcriptional regulator  40.78 
 
 		 182 aa  144  6e-34  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6075  putative transcriptional regulator  43.02 
 
 		 182 aa  144  8.000000000000001e-34  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0943  XRE family transcriptional regulator  40.78 
 
 		 182 aa  142  2e-33  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0202  XRE family transcriptional regulator  43.02 
 
 		 182 aa  141  5e-33  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.614203  hitchhiker  0.00167713 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0238  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  43.01 
 
 		 199 aa  140  9e-33  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5523  transcriptional regulator  42.46 
 
 		 182 aa  140  9.999999999999999e-33  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.22086 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0544  XRE family transcriptional regulator  41.9 
 
 		 203 aa  139  1.9999999999999998e-32  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0105  DNA-binding protein  43.01 
 
 		 199 aa  139  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2646  XRE family transcriptional regulator  40.78 
 
 		 182 aa  139  1.9999999999999998e-32  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5320  XRE family transcriptional regulator  41.99 
 
 		 182 aa  138  3.9999999999999997e-32  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.8166  normal  0.310919 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5268  Cro/CI family transcriptional regulator  41.9 
 
 		 182 aa  138  4.999999999999999e-32  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5178  XRE family transcriptional regulator  41.9 
 
 		 199 aa  138  4.999999999999999e-32  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.174471  normal  0.155373 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2387  XRE family transcriptional regulator  41.01 
 
 		 181 aa  137  7.999999999999999e-32  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0248  XRE family transcriptional regulator  41.34 
 
 		 182 aa  136  2e-31  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2884  XRE family transcriptional regulator  41.01 
 
 		 181 aa  135  3.0000000000000003e-31  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0819457  normal  0.480487 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2898  XRE family transcriptional regulator  41.01 
 
 		 181 aa  135  3.0000000000000003e-31  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2806  XRE family transcriptional regulator  41.01 
 
 		 181 aa  135  3.0000000000000003e-31  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.675672 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2087  XRE family transcriptional regulator  43.82 
 
 		 195 aa  134  8e-31  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1943  Cro/CI family transcriptional regulator putative  40.11 
 
 		 189 aa  133  9.999999999999999e-31  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.693839  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0944  transcriptional regulator  40 
 
 		 189 aa  132  3e-30  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4668  transcriptional regulator, XRE family  39.67 
 
 		 183 aa  132  3e-30  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.443743  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2025  aldehyde dehydrogenase-like protein  39.55 
 
 		 189 aa  131  5e-30  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0733  aldehyde dehydrogenase-like protein  39.55 
 
 		 183 aa  131  5e-30  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.126553  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0641  aldehyde dehydrogenase-like protein  39.55 
 
 		 183 aa  131  5e-30  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2901  DNA-binding protein  38.55 
 
 		 182 aa  129  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  decreased coverage  0.00299352  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2985  XRE family transcriptional regulator  38.76 
 
 		 183 aa  128  5.0000000000000004e-29  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2705  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  36.22 
 
 		 203 aa  126  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.847169  normal  0.058179 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0277  XRE family transcriptional regulator  37.02 
 
 		 204 aa  124  6e-28  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.128046  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1443  XRE family transcriptional regulator  36.41 
 
 		 182 aa  123  1e-27  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2125  transcriptional regulator  37.99 
 
 		 182 aa  123  2e-27  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.318777 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2901  XRE family transcriptional regulator  38.2 
 
 		 183 aa  122  3e-27  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3038  XRE family transcriptional regulator  38.2 
 
 		 183 aa  122  3e-27  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0823  cupin 2, barrel  45.31 
 
 		 132 aa  120  8e-27  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.221172  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6340  XRE family transcriptional regulator  37.64 
 
 		 183 aa  120  9e-27  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0925  transcriptional regulator, putative  35.33 
 
 		 182 aa  120  9.999999999999999e-27  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1077  XRE family transcriptional regulator  36.17 
 
 		 186 aa  120  9.999999999999999e-27  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0867  putative transcriptional regulator  35.33 
 
 		 182 aa  120  9.999999999999999e-27  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.0318952  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3011  XRE family transcriptional regulator  36.87 
 
 		 183 aa  119  1.9999999999999998e-26  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47950  Cupin, RmlC-type protein  39.66 
 
 		 182 aa  119  1.9999999999999998e-26  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2377  XRE family transcriptional regulator  36.87 
 
 		 183 aa  119  1.9999999999999998e-26  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2991  XRE family transcriptional regulator  36.87 
 
 		 183 aa  119  1.9999999999999998e-26  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3261  XRE family transcriptional regulator  39.66 
 
 		 190 aa  118  4.9999999999999996e-26  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.957848  normal  0.179215 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3161  XRE family transcriptional regulator  35.33 
 
 		 182 aa  117  9.999999999999999e-26  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4834  transcriptional regulator, XRE family  35.87 
 
 		 182 aa  115  3e-25  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.197047  normal  0.0345523 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4784  transcriptional regulator, XRE family  35.87 
 
 		 182 aa  115  3e-25  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0510271 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3411  transcriptional regulator, XRE family  34.83 
 
 		 183 aa  114  1.0000000000000001e-24  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4415  XRE family transcriptional regulator  36.98 
 
 		 213 aa  112  2.0000000000000002e-24  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3869  XRE family transcriptional regulator  35.96 
 
 		 183 aa  112  4.0000000000000004e-24  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2366  transcriptional regulator, XRE family  33.52 
 
 		 184 aa  111  6e-24  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1714  XRE family transcriptional regulator  34.97 
 
 		 182 aa  109  3e-23  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.510937  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3013  XRE family transcriptional regulator  37.99 
 
 		 182 aa  108  5e-23  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0766  XRE family transcriptional regulator  34.27 
 
 		 183 aa  105  3e-22  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2042  transcriptional regulator  34.97 
 
 		 188 aa  102  2e-21  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0275  cupin 2 domain-containing protein  30.72 
 
 		 188 aa  95.1  5e-19  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000000353927  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0273  XRE family transcriptional regulator  30.72 
 
 		 176 aa  95.1  5e-19  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  decreased coverage  0.0000144131  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0901  XRE family transcriptional regulator  29.67 
 
 		 181 aa  92  4e-18  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000108423 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1539  MerR family transcriptional regulator  33.15 
 
 		 292 aa  90.9  9e-18  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0172454  normal  0.655759 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2540  Cro/CI family transcriptional regulator  29.67 
 
 		 181 aa  90.5  1e-17  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1325  cupin 2 domain-containing protein  25.14 
 
 		 175 aa  88.2  6e-17  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0980  XRE family transcriptional regulator  28.02 
 
 		 181 aa  88.2  6e-17  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000294477  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2094  transcriptional regulator Cro/CI family protein  28.65 
 
 		 188 aa  88.2  7e-17  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2919  transcriptional regulator, XRE family  28.14 
 
 		 170 aa  86.7  2e-16  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1306  transcriptional regulator, XRE family  28.14 
 
 		 170 aa  86.7  2e-16  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000000237827 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3684  transcriptional regulator, XRE family  27.78 
 
 		 180 aa  84.7  7e-16  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  unclonable  0.0000000000437538  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2004  MerR family transcriptional regulator  28.09 
 
 		 178 aa  83.6  0.000000000000001  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00158357  normal  1 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1419  XRE family transcriptional regulator  29.09 
 
 		 178 aa  82  0.000000000000004  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0641  XRE family transcriptional regulator  28.02 
 
 		 211 aa  79.7  0.00000000000002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.199173  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2294  XRE family transcriptional regulator  28.02 
 
 		 211 aa  79.7  0.00000000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.328361 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0772  transcriptional regulator  28.42 
 
 		 204 aa  79.3  0.00000000000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.855503 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1507  transcriptional regulator, XRE family  34.57 
 
 		 211 aa  78.2  0.00000000000006  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0898  XRE family transcriptional regulator  28.49 
 
 		 179 aa  77.8  0.00000000000008  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0165  transcriptional regulator, XRE family  30.34 
 
 		 201 aa  77.4  0.0000000000001  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3329  transcriptional regulator  28.81 
 
 		 201 aa  77  0.0000000000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.855836  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4506  XRE family transcriptional regulator  27.57 
 
 		 189 aa  77  0.0000000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.690344  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS1650  DNA-binding protein  27.53 
 
 		 181 aa  75.9  0.0000000000003  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.000412674  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1781  DNA-binding protein  27.53 
 
 		 181 aa  75.9  0.0000000000003  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>