More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_4415 on replicon NC_008687
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008687  Pden_4415  XRE family transcriptional regulator  100 
 
 		 213 aa  436  1e-121  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2042  transcriptional regulator  56.32 
 
 		 188 aa  210  1e-53  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2366  transcriptional regulator, XRE family  47.34 
 
 		 184 aa  174  7e-43  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0277  XRE family transcriptional regulator  45.02 
 
 		 204 aa  167  8e-41  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.128046  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0925  transcriptional regulator, putative  46.32 
 
 		 182 aa  166  2e-40  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0867  putative transcriptional regulator  46.32 
 
 		 182 aa  166  2e-40  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.0318952  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1443  XRE family transcriptional regulator  45.79 
 
 		 182 aa  166  2e-40  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3261  XRE family transcriptional regulator  46.91 
 
 		 190 aa  166  2e-40  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.957848  normal  0.179215 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0544  XRE family transcriptional regulator  47.64 
 
 		 203 aa  165  5e-40  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3411  transcriptional regulator, XRE family  45.03 
 
 		 183 aa  164  8e-40  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1077  XRE family transcriptional regulator  47.34 
 
 		 186 aa  163  2.0000000000000002e-39  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4784  transcriptional regulator, XRE family  45.5 
 
 		 182 aa  163  2.0000000000000002e-39  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0510271 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3161  XRE family transcriptional regulator  44.92 
 
 		 182 aa  160  1e-38  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0766  XRE family transcriptional regulator  42.93 
 
 		 183 aa  160  1e-38  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4834  transcriptional regulator, XRE family  44.44 
 
 		 182 aa  160  1e-38  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.197047  normal  0.0345523 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3869  XRE family transcriptional regulator  42.41 
 
 		 183 aa  160  2e-38  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_69980  putative transcriptional regulator  44.97 
 
 		 182 aa  155  5.0000000000000005e-37  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0105  DNA-binding protein  46.03 
 
 		 199 aa  154  8e-37  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5523  transcriptional regulator  45.21 
 
 		 182 aa  153  1e-36  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.22086 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0238  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  45.5 
 
 		 199 aa  153  2e-36  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6075  putative transcriptional regulator  44.44 
 
 		 182 aa  152  2.9999999999999998e-36  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0248  XRE family transcriptional regulator  43.09 
 
 		 182 aa  150  1e-35  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5268  Cro/CI family transcriptional regulator  44.68 
 
 		 182 aa  149  2e-35  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5178  XRE family transcriptional regulator  44.44 
 
 		 199 aa  150  2e-35  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.174471  normal  0.155373 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5320  XRE family transcriptional regulator  43.62 
 
 		 182 aa  147  8e-35  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.8166  normal  0.310919 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0970  XRE family transcriptional regulator  39.68 
 
 		 182 aa  144  1e-33  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0202  XRE family transcriptional regulator  43.09 
 
 		 182 aa  143  2e-33  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.614203  hitchhiker  0.00167713 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2087  XRE family transcriptional regulator  45.77 
 
 		 195 aa  142  5e-33  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4679  putative transcriptional regulator  41.18 
 
 		 180 aa  141  6e-33  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1128  XRE family transcriptional regulator  40.96 
 
 		 182 aa  141  6e-33  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3100  XRE family transcriptional regulator  39.06 
 
 		 208 aa  140  1.9999999999999998e-32  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.510523  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2921  XRE family transcriptional regulator  39.06 
 
 		 208 aa  140  1.9999999999999998e-32  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.899455  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3003  XRE family transcriptional regulator  39.06 
 
 		 208 aa  140  1.9999999999999998e-32  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.252662  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1195  XRE family transcriptional regulator  39.89 
 
 		 182 aa  137  1e-31  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.152731  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3195  transcriptional regulator, XRE family  39.89 
 
 		 182 aa  137  1e-31  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.0639399 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1104  cupin 2 domain-containing protein  39.89 
 
 		 182 aa  137  1e-31  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.183758  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1163  cupin 2 domain-containing protein  39.89 
 
 		 182 aa  137  1e-31  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.967119  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1058  XRE family transcriptional regulator  39.68 
 
 		 184 aa  135  4e-31  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2646  XRE family transcriptional regulator  42.02 
 
 		 182 aa  135  5e-31  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1091  XRE family transcriptional regulator  38.83 
 
 		 182 aa  134  7.000000000000001e-31  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.158888  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1265  transcriptional regulator, putative  39.25 
 
 		 182 aa  134  9.999999999999999e-31  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47950  Cupin, RmlC-type protein  39.58 
 
 		 182 aa  132  3.9999999999999996e-30  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2025  aldehyde dehydrogenase-like protein  41.05 
 
 		 189 aa  130  1.0000000000000001e-29  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0641  aldehyde dehydrogenase-like protein  41.05 
 
 		 183 aa  130  1.0000000000000001e-29  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0733  aldehyde dehydrogenase-like protein  41.05 
 
 		 183 aa  130  1.0000000000000001e-29  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.126553  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2387  XRE family transcriptional regulator  38.95 
 
 		 181 aa  130  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1943  Cro/CI family transcriptional regulator putative  41.21 
 
 		 189 aa  130  2.0000000000000002e-29  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.693839  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2985  XRE family transcriptional regulator  42.25 
 
 		 183 aa  128  5.0000000000000004e-29  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2901  DNA-binding protein  40.31 
 
 		 182 aa  128  5.0000000000000004e-29  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  decreased coverage  0.00299352  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2705  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  38.69 
 
 		 203 aa  128  8.000000000000001e-29  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.847169  normal  0.058179 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4668  transcriptional regulator, XRE family  40.31 
 
 		 183 aa  127  1.0000000000000001e-28  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.443743  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2991  XRE family transcriptional regulator  42.47 
 
 		 183 aa  126  2.0000000000000002e-28  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2377  XRE family transcriptional regulator  42.47 
 
 		 183 aa  126  2.0000000000000002e-28  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3011  XRE family transcriptional regulator  42.47 
 
 		 183 aa  126  2.0000000000000002e-28  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0943  XRE family transcriptional regulator  37.77 
 
 		 182 aa  126  3e-28  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2901  XRE family transcriptional regulator  41.18 
 
 		 183 aa  125  4.0000000000000003e-28  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3038  XRE family transcriptional regulator  41.18 
 
 		 183 aa  125  4.0000000000000003e-28  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0944  transcriptional regulator  39.79 
 
 		 189 aa  125  6e-28  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2125  transcriptional regulator  39.04 
 
 		 182 aa  124  9e-28  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.318777 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1714  XRE family transcriptional regulator  41.27 
 
 		 182 aa  124  9e-28  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.510937  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2884  XRE family transcriptional regulator  38.1 
 
 		 181 aa  124  1e-27  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0819457  normal  0.480487 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2806  XRE family transcriptional regulator  38.1 
 
 		 181 aa  124  1e-27  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.675672 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6340  XRE family transcriptional regulator  42.25 
 
 		 183 aa  124  1e-27  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2898  XRE family transcriptional regulator  38.1 
 
 		 181 aa  124  1e-27  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3217  DNA-binding transcriptional repressor PuuR  36.98 
 
 		 185 aa  112  3e-24  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00931444 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2066  DNA-binding transcriptional repressor PuuR  37.5 
 
 		 185 aa  112  4.0000000000000004e-24  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3013  XRE family transcriptional regulator  38.3 
 
 		 182 aa  112  4.0000000000000004e-24  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01276  DNA-binding transcriptional repressor  38.04 
 
 		 185 aa  110  1.0000000000000001e-23  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2347  transcriptional regulator, XRE family  38.04 
 
 		 185 aa  110  1.0000000000000001e-23  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.204857  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2326  DNA-binding transcriptional repressor PuuR  38.04 
 
 		 185 aa  110  1.0000000000000001e-23  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1941  DNA-binding transcriptional repressor PuuR  38.04 
 
 		 185 aa  110  1.0000000000000001e-23  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.385308 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1535  DNA-binding transcriptional repressor PuuR  38.04 
 
 		 185 aa  110  1.0000000000000001e-23  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1414  DNA-binding transcriptional repressor PuuR  38.04 
 
 		 185 aa  110  1.0000000000000001e-23  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1823  DNA-binding transcriptional repressor PuuR  38.04 
 
 		 185 aa  110  1.0000000000000001e-23  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0706879 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1509  DNA-binding transcriptional repressor PuuR  38.04 
 
 		 185 aa  110  1.0000000000000001e-23  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01287  hypothetical protein  38.04 
 
 		 185 aa  110  1.0000000000000001e-23  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1507  transcriptional regulator, XRE family  38.95 
 
 		 211 aa  100  1e-20  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1539  MerR family transcriptional regulator  34.95 
 
 		 292 aa  89.4  4e-17  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0172454  normal  0.655759 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2571  transcriptional regulator, XRE family  28.57 
 
 		 192 aa  87.4  1e-16  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  decreased coverage  0.00000000481124  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2913  XRE family transcriptional regulator  32.26 
 
 		 199 aa  87.4  1e-16  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2868  Cro/CI family transcriptional regulator  31.72 
 
 		 199 aa  86.3  3e-16  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2821  XRE family transcriptional regulator  31.72 
 
 		 199 aa  86.3  3e-16  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3867  XRE family transcriptional regulator  32.12 
 
 		 201 aa  85.1  7e-16  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0275  cupin 2 domain-containing protein  27.32 
 
 		 188 aa  84.3  0.000000000000001  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000000353927  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_65950  putative transcriptional regulator  29.73 
 
 		 199 aa  84  0.000000000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2004  MerR family transcriptional regulator  27.57 
 
 		 178 aa  84  0.000000000000002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00158357  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0230  transcriptional regulator  32.12 
 
 		 197 aa  84  0.000000000000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0273  XRE family transcriptional regulator  27.93 
 
 		 176 aa  83.6  0.000000000000002  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  decreased coverage  0.0000144131  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0751  XRE family transcriptional regulator  27.66 
 
 		 179 aa  83.2  0.000000000000003  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000000101746  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0772  transcriptional regulator  32.82 
 
 		 204 aa  83.2  0.000000000000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.855503 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5722  putative transcriptional regulator  30.27 
 
 		 199 aa  82.4  0.000000000000005  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0165  transcriptional regulator, XRE family  32.8 
 
 		 201 aa  82  0.000000000000005  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3586  XRE family transcriptional regulator  35.64 
 
 		 207 aa  82.4  0.000000000000005  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.101767 
 
 
-
 
NC_008244  Meso_4609  XRE family transcriptional regulator  31.89 
 
 		 229 aa  82.4  0.000000000000005  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0416  XRE family transcriptional regulator  33.66 
 
 		 229 aa  81.6  0.000000000000008  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.387969 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0321  XRE family transcriptional regulator  32.6 
 
 		 191 aa  79.7  0.00000000000003  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000000250107  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5003  XRE family transcriptional regulator  30.53 
 
 		 191 aa  79.3  0.00000000000004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.10951 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2995  transcriptional regulator  29.89 
 
 		 191 aa  79  0.00000000000005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0735878  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2094  transcriptional regulator Cro/CI family protein  28.72 
 
 		 188 aa  78.6  0.00000000000006  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1446  transcriptional regulator, XRE family  31.58 
 
 		 191 aa  78.6  0.00000000000007  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>