More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bphyt_1446 on replicon NC_010681
Organism: Burkholderia phytofirmans PsJN



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010681  Bphyt_1446  transcriptional regulator, XRE family  100 
 
 
191 aa  388  1e-107  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2995  transcriptional regulator  95.29 
 
 
191 aa  375  1e-103  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0735878  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3262  XRE family transcriptional regulator  74.09 
 
 
193 aa  292  2e-78  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.0174683 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4506  XRE family transcriptional regulator  77.22 
 
 
189 aa  291  3e-78  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.690344  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5543  XRE family transcriptional regulator  72.92 
 
 
192 aa  289  2e-77  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.827143  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4729  XRE family transcriptional regulator  72.92 
 
 
192 aa  289  2e-77  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5317  XRE family transcriptional regulator  72.92 
 
 
192 aa  289  2e-77  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.221767  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4439  transcriptional regulator, XRE family  75.68 
 
 
190 aa  289  2e-77  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.957299  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0114  XRE family transcriptional regulator  72.54 
 
 
193 aa  287  6e-77  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5414  XRE family transcriptional regulator  72.4 
 
 
192 aa  287  6e-77  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0758  XRE family transcriptional regulator  74.59 
 
 
190 aa  287  6e-77  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4867  XRE family transcriptional regulator  72.4 
 
 
192 aa  287  6e-77  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1712  XRE family transcriptional regulator  70.68 
 
 
191 aa  283  1.0000000000000001e-75  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.526366  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1727  XRE family transcriptional regulator  70.68 
 
 
191 aa  283  1.0000000000000001e-75  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.170715  normal  0.149129 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6366  XRE family transcriptional regulator  70.68 
 
 
191 aa  283  1.0000000000000001e-75  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0311191  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1254  DNA-binding protein  73.22 
 
 
236 aa  280  1e-74  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5003  XRE family transcriptional regulator  70.68 
 
 
191 aa  280  1e-74  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.10951 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1723  DNA-binding protein  74.3 
 
 
179 aa  277  5e-74  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0900931  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2904  DNA-binding protein  74.3 
 
 
179 aa  277  5e-74  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.311354  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0350  DNA-binding protein  74.3 
 
 
179 aa  277  5e-74  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1533  DNA-binding protein  74.3 
 
 
179 aa  277  5e-74  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0384  DNA-binding protein  74.3 
 
 
179 aa  277  5e-74  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3020  DNA-binding protein  74.3 
 
 
179 aa  277  5e-74  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2220  DNA-binding protein  72.13 
 
 
236 aa  277  7e-74  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2046  XRE family transcriptional regulator  39.44 
 
 
205 aa  140  9.999999999999999e-33  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.298774  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1558  cupin 2 domain-containing protein  36.72 
 
 
180 aa  117  9e-26  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2714  XRE family transcriptional regulator  33.33 
 
 
204 aa  115  3.9999999999999997e-25  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5113  putative transcriptional regulator  34.46 
 
 
187 aa  110  1.0000000000000001e-23  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3025  XRE family transcriptional regulator  37.43 
 
 
281 aa  110  1.0000000000000001e-23  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.925102 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_58380  putative transcriptional regulator  34.46 
 
 
187 aa  109  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1721  XRE family transcriptional regulator  34.44 
 
 
201 aa  108  3e-23  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2913  XRE family transcriptional regulator  36.61 
 
 
199 aa  108  7.000000000000001e-23  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2868  Cro/CI family transcriptional regulator  36.61 
 
 
199 aa  107  1e-22  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2821  XRE family transcriptional regulator  36.61 
 
 
199 aa  107  1e-22  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5722  putative transcriptional regulator  35.52 
 
 
199 aa  106  2e-22  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_65950  putative transcriptional regulator  34.97 
 
 
199 aa  105  3e-22  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6377  XRE family transcriptional regulator  35.2 
 
 
286 aa  105  4e-22  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.739753  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3075  XRE family transcriptional regulator  34.64 
 
 
269 aa  105  4e-22  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2004  MerR family transcriptional regulator  34.27 
 
 
178 aa  105  5e-22  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00158357  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2941  XRE family transcriptional regulator  34.08 
 
 
271 aa  103  1e-21  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0631546  normal  0.420407 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1083  XRE family transcriptional regulator  32.43 
 
 
199 aa  103  2e-21  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0846857  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2571  transcriptional regulator, XRE family  35.2 
 
 
192 aa  102  3e-21  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  decreased coverage  0.00000000481124  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3313  transcriptional regulator, XRE family  31.32 
 
 
201 aa  102  4e-21  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3049  XRE family transcriptional regulator  33.52 
 
 
259 aa  101  7e-21  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.0258201 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3030  XRE family transcriptional regulator  33.52 
 
 
259 aa  101  7e-21  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0842  cupin 2 domain-containing protein  33.89 
 
 
188 aa  101  7e-21  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2416  XRE family transcriptional regulator  33.52 
 
 
259 aa  101  7e-21  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6084  XRE family transcriptional regulator  34.87 
 
 
234 aa  99.8  2e-20  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.207069 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1831  DNA-binding protein  34.62 
 
 
181 aa  97.4  1e-19  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1629  MerR family transcriptional regulator  34.07 
 
 
181 aa  96.3  2e-19  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  decreased coverage  0.000044317  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1154  XRE family transcriptional regulator  31.55 
 
 
204 aa  96.7  2e-19  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0376883  normal  0.48606 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1795  DNA-binding protein  35.16 
 
 
181 aa  96.3  2e-19  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4448  XRE family transcriptional regulator  31.46 
 
 
193 aa  96.3  2e-19  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0311191  normal 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7693  transcriptional regulator MerR family  33.33 
 
 
271 aa  95.9  3e-19  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.56372  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3546  DNA-binding protein  34.62 
 
 
181 aa  95.9  3e-19  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1539  MerR family transcriptional regulator  33.33 
 
 
292 aa  95.9  3e-19  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0172454  normal  0.655759 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1854  DNA-binding protein  34.07 
 
 
181 aa  95.5  4e-19  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.653009  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1906  DNA-binding protein  34.07 
 
 
181 aa  95.5  4e-19  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.0011859  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1599  MerR family transcriptional regulator  33.52 
 
 
181 aa  94.7  7e-19  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0230  transcriptional regulator  33.33 
 
 
197 aa  94.7  7e-19  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1650  DNA-binding protein  33.52 
 
 
181 aa  94  1e-18  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.000412674  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1649  XRE family transcriptional regulator  33.15 
 
 
181 aa  94  1e-18  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.176921  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1781  DNA-binding protein  33.52 
 
 
181 aa  94  1e-18  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0450  XRE family transcriptional regulator  32.61 
 
 
180 aa  94.4  1e-18  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2819  MerR family transcriptional regulator  31.49 
 
 
192 aa  92.4  4e-18  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal  0.142376 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1575  DNA-binding protein  35.37 
 
 
249 aa  91.3  9e-18  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.1565  n/a   
 
 
-
 
NC_008244  Meso_4609  XRE family transcriptional regulator  30.73 
 
 
229 aa  91.3  9e-18  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2836  DNA-binding protein  29.83 
 
 
184 aa  90.9  1e-17  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000716748  hitchhiker  0.00000000374058 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1456  xenobiotic response element family transcriptional regulator  29.44 
 
 
188 aa  90.9  1e-17  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  1.01823e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0898  XRE family transcriptional regulator  31.67 
 
 
179 aa  90.1  2e-17  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0751  XRE family transcriptional regulator  33.15 
 
 
179 aa  89.4  3e-17  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000000101746  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2909  MerR family transcriptional regulator  34.08 
 
 
292 aa  89  4e-17  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0275  cupin 2 domain-containing protein  29.89 
 
 
188 aa  88.6  5e-17  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000000353927  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0273  XRE family transcriptional regulator  29.89 
 
 
176 aa  88.2  6e-17  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  decreased coverage  0.0000144131  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0698  DNA-binding protein  34.15 
 
 
247 aa  87  1e-16  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0375351  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3684  transcriptional regulator, XRE family  30.94 
 
 
180 aa  87.4  1e-16  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  unclonable  0.0000000000437538  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2423  DNA-binding protein  34.15 
 
 
247 aa  87  1e-16  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0325  XRE family transcriptional regulator  30.89 
 
 
192 aa  87  1e-16  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1732  DNA-binding protein  34.15 
 
 
247 aa  87  1e-16  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1221  DNA-binding protein  34.15 
 
 
247 aa  87  2e-16  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0563936  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1668  transcriptional regulator, XRE family  31.28 
 
 
188 aa  86.3  2e-16  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.580406  normal 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0768  DNA-binding protein  34.15 
 
 
242 aa  87  2e-16  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.377611  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1039  MerR family transcriptional regulator  30.39 
 
 
192 aa  86.7  2e-16  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0661  MerR family transcriptional regulator  31.72 
 
 
192 aa  87  2e-16  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1146  DNA-binding protein  34.15 
 
 
247 aa  87  2e-16  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.112687  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1587  helix-turn-helix domain-containing protein  29.84 
 
 
192 aa  85.9  4e-16  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.494606  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3652  XRE family transcriptional regulator  32 
 
 
196 aa  85.1  6e-16  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00533728 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0888  transcriptional regulator, XRE family  27.37 
 
 
179 aa  84.7  7e-16  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  decreased coverage  0.0000000118183  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0965  transcriptional regulator, XRE family  31.32 
 
 
191 aa  84.7  8e-16  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0878  cupin 2 domain-containing protein  30.94 
 
 
196 aa  84  0.000000000000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000206175  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0847  XRE family transcriptional regulator  29.67 
 
 
191 aa  84  0.000000000000001  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0980  XRE family transcriptional regulator  28.02 
 
 
181 aa  83.2  0.000000000000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000294477  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0079  Cro/CI family transcriptional regulator  30.11 
 
 
196 aa  82.4  0.000000000000003  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2540  Cro/CI family transcriptional regulator  28.49 
 
 
181 aa  82.8  0.000000000000003  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0869  XRE family transcriptional regulator  31.87 
 
 
209 aa  82.8  0.000000000000003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1158  XRE family transcriptional regulator  29.28 
 
 
179 aa  82.4  0.000000000000004  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  decreased coverage  0.00000119717  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1180  helix-turn-helix domain-containing protein  29.28 
 
 
179 aa  82.4  0.000000000000004  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  unclonable  0.000000150819  n/a   
 
 
-
 
NC_009672  Oant_4841  cupin 2 domain-containing protein  31.34 
 
 
202 aa  82.4  0.000000000000004  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2951  DNA-binding protein  28.33 
 
 
186 aa  82  0.000000000000005  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000726653  hitchhiker  0.00000000446905 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2414  DNA-binding protein  28.33 
 
 
186 aa  81.6  0.000000000000005  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>