More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mnod_3411 on replicon NC_011894
Organism: Methylobacterium nodulans ORS 2060



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011894  Mnod_3411  transcriptional regulator, XRE family  100 
 
 
183 aa  367  1e-101  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0766  XRE family transcriptional regulator  87.98 
 
 
183 aa  338  4e-92  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3869  XRE family transcriptional regulator  86.34 
 
 
183 aa  333  1e-90  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3161  XRE family transcriptional regulator  79.78 
 
 
182 aa  302  2.0000000000000002e-81  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4834  transcriptional regulator, XRE family  78.65 
 
 
182 aa  298  4e-80  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.197047  normal  0.0345523 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1077  XRE family transcriptional regulator  79.67 
 
 
186 aa  296  1e-79  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4784  transcriptional regulator, XRE family  77.53 
 
 
182 aa  293  1e-78  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.0510271 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1443  XRE family transcriptional regulator  75.84 
 
 
182 aa  290  7e-78  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0925  transcriptional regulator, putative  75.84 
 
 
182 aa  288  3e-77  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0867  putative transcriptional regulator  75.84 
 
 
182 aa  288  3e-77  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.0318952  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3261  XRE family transcriptional regulator  64.64 
 
 
190 aa  246  1e-64  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.957848  normal  0.179215 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2366  transcriptional regulator, XRE family  61.83 
 
 
184 aa  214  5.9999999999999996e-55  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0544  XRE family transcriptional regulator  55.56 
 
 
203 aa  195  3e-49  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0277  XRE family transcriptional regulator  56.74 
 
 
204 aa  194  7e-49  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.128046  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2042  transcriptional regulator  53.01 
 
 
188 aa  188  4e-47  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3100  XRE family transcriptional regulator  47.57 
 
 
208 aa  178  4.999999999999999e-44  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.510523  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2921  XRE family transcriptional regulator  47.57 
 
 
208 aa  178  4.999999999999999e-44  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.899455  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3003  XRE family transcriptional regulator  47.57 
 
 
208 aa  178  4.999999999999999e-44  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.252662  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1943  Cro/CI family transcriptional regulator putative  48.37 
 
 
189 aa  177  5.999999999999999e-44  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.693839  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2991  XRE family transcriptional regulator  50.84 
 
 
183 aa  177  8e-44  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3011  XRE family transcriptional regulator  50.84 
 
 
183 aa  177  8e-44  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2377  XRE family transcriptional regulator  50.84 
 
 
183 aa  177  8e-44  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_69980  putative transcriptional regulator  48.89 
 
 
182 aa  177  1e-43  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2985  XRE family transcriptional regulator  50.28 
 
 
183 aa  176  2e-43  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6340  XRE family transcriptional regulator  50.84 
 
 
183 aa  176  2e-43  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1104  cupin 2 domain-containing protein  47.78 
 
 
182 aa  175  3e-43  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.183758  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3195  transcriptional regulator, XRE family  47.78 
 
 
182 aa  175  3e-43  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal  0.0639399 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1163  cupin 2 domain-containing protein  47.78 
 
 
182 aa  175  3e-43  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.967119  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0970  XRE family transcriptional regulator  47.22 
 
 
182 aa  175  3e-43  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1195  XRE family transcriptional regulator  47.78 
 
 
182 aa  175  3e-43  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.152731  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1265  transcriptional regulator, putative  48.33 
 
 
182 aa  174  5e-43  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2901  XRE family transcriptional regulator  49.72 
 
 
183 aa  174  5e-43  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6075  putative transcriptional regulator  48.33 
 
 
182 aa  174  5e-43  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1128  XRE family transcriptional regulator  48.89 
 
 
182 aa  174  5e-43  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3038  XRE family transcriptional regulator  49.72 
 
 
183 aa  174  5e-43  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0733  aldehyde dehydrogenase-like protein  47.83 
 
 
183 aa  174  6e-43  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.126553  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2025  aldehyde dehydrogenase-like protein  47.83 
 
 
189 aa  174  6e-43  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0641  aldehyde dehydrogenase-like protein  47.83 
 
 
183 aa  174  6e-43  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1091  XRE family transcriptional regulator  47.22 
 
 
182 aa  174  6e-43  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.158888  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5320  XRE family transcriptional regulator  48.33 
 
 
182 aa  172  1.9999999999999998e-42  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.8166  normal  0.310919 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0105  DNA-binding protein  46.67 
 
 
199 aa  172  2.9999999999999996e-42  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_5268  Cro/CI family transcriptional regulator  47.78 
 
 
182 aa  171  3.9999999999999995e-42  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5178  XRE family transcriptional regulator  47.78 
 
 
199 aa  171  3.9999999999999995e-42  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.174471  normal  0.155373 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0944  transcriptional regulator  46.37 
 
 
189 aa  171  6.999999999999999e-42  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0238  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  46.11 
 
 
199 aa  170  9e-42  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1058  XRE family transcriptional regulator  46.67 
 
 
184 aa  170  1e-41  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2646  XRE family transcriptional regulator  47.22 
 
 
182 aa  168  3e-41  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0202  XRE family transcriptional regulator  47.22 
 
 
182 aa  168  4e-41  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.614203  hitchhiker  0.00167713 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0943  XRE family transcriptional regulator  45.56 
 
 
182 aa  167  6e-41  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4668  transcriptional regulator, XRE family  45.81 
 
 
183 aa  167  7e-41  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.443743  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0248  XRE family transcriptional regulator  46.67 
 
 
182 aa  165  2.9999999999999998e-40  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5523  transcriptional regulator  46.11 
 
 
182 aa  164  5.9999999999999996e-40  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.22086 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4415  XRE family transcriptional regulator  45.03 
 
 
213 aa  164  5.9999999999999996e-40  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2087  XRE family transcriptional regulator  52.15 
 
 
195 aa  164  5.9999999999999996e-40  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2705  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  44.2 
 
 
203 aa  155  2e-37  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.847169  normal  0.058179 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2901  DNA-binding protein  43.09 
 
 
182 aa  155  3e-37  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  decreased coverage  0.00299352  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47950  Cupin, RmlC-type protein  45.56 
 
 
182 aa  154  5.0000000000000005e-37  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2884  XRE family transcriptional regulator  43.33 
 
 
181 aa  150  7e-36  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0819457  normal  0.480487 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2898  XRE family transcriptional regulator  43.33 
 
 
181 aa  150  7e-36  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2806  XRE family transcriptional regulator  43.33 
 
 
181 aa  150  7e-36  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.675672 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4679  putative transcriptional regulator  41.57 
 
 
180 aa  149  3e-35  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2125  transcriptional regulator  41.67 
 
 
182 aa  148  4e-35  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.318777 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2387  XRE family transcriptional regulator  42.22 
 
 
181 aa  147  7e-35  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3013  XRE family transcriptional regulator  46.67 
 
 
182 aa  147  1.0000000000000001e-34  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1714  XRE family transcriptional regulator  48.17 
 
 
182 aa  141  5e-33  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.510937  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3217  DNA-binding transcriptional repressor PuuR  34.83 
 
 
185 aa  114  1.0000000000000001e-24  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00931444 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01276  DNA-binding transcriptional repressor  33.16 
 
 
185 aa  109  3e-23  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2347  transcriptional regulator, XRE family  33.16 
 
 
185 aa  109  3e-23  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.204857  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1823  DNA-binding transcriptional repressor PuuR  33.16 
 
 
185 aa  109  3e-23  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.0706879 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1535  DNA-binding transcriptional repressor PuuR  33.16 
 
 
185 aa  109  3e-23  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01287  hypothetical protein  33.16 
 
 
185 aa  109  3e-23  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2326  DNA-binding transcriptional repressor PuuR  33.16 
 
 
185 aa  109  3e-23  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1941  DNA-binding transcriptional repressor PuuR  33.16 
 
 
185 aa  108  3e-23  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.385308 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1509  DNA-binding transcriptional repressor PuuR  33.16 
 
 
185 aa  109  3e-23  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1414  DNA-binding transcriptional repressor PuuR  33.16 
 
 
185 aa  109  3e-23  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2066  DNA-binding transcriptional repressor PuuR  33.52 
 
 
185 aa  103  1e-21  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1604  XRE family transcriptional regulator  34.66 
 
 
175 aa  98.6  5e-20  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000175154  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2004  MerR family transcriptional regulator  29.78 
 
 
178 aa  93.6  1e-18  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00158357  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3329  transcriptional regulator  36.87 
 
 
201 aa  93.2  2e-18  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.855836  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2094  transcriptional regulator Cro/CI family protein  30.77 
 
 
188 aa  90.1  2e-17  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0980  XRE family transcriptional regulator  27.78 
 
 
181 aa  89.7  2e-17  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000294477  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1507  transcriptional regulator, XRE family  31.16 
 
 
211 aa  88.2  6e-17  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3586  XRE family transcriptional regulator  36.18 
 
 
207 aa  86.7  2e-16  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.101767 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2540  Cro/CI family transcriptional regulator  29.17 
 
 
181 aa  85.9  3e-16  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0273  XRE family transcriptional regulator  34.32 
 
 
176 aa  85.9  3e-16  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  decreased coverage  0.0000144131  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0275  cupin 2 domain-containing protein  34.32 
 
 
188 aa  85.9  3e-16  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000000353927  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6084  XRE family transcriptional regulator  33.16 
 
 
234 aa  84.7  7e-16  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.207069 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2919  transcriptional regulator, XRE family  27.53 
 
 
170 aa  83.6  0.000000000000001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1306  transcriptional regulator, XRE family  27.53 
 
 
170 aa  83.6  0.000000000000001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000000237827 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1457  transcriptional regulator  28.96 
 
 
188 aa  82  0.000000000000004  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  2.96188e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2571  transcriptional regulator, XRE family  29.05 
 
 
192 aa  82  0.000000000000004  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  decreased coverage  0.00000000481124  normal 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2836  DNA-binding protein  29.73 
 
 
184 aa  79.7  0.00000000000002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000716748  hitchhiker  0.00000000374058 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0751  XRE family transcriptional regulator  28.26 
 
 
179 aa  80.1  0.00000000000002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000000101746  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0901  XRE family transcriptional regulator  27.22 
 
 
181 aa  79  0.00000000000004  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000108423 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2913  XRE family transcriptional regulator  31.02 
 
 
199 aa  79  0.00000000000004  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2868  Cro/CI family transcriptional regulator  31.02 
 
 
199 aa  78.2  0.00000000000006  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0230  transcriptional regulator  31.46 
 
 
197 aa  77.8  0.00000000000009  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2821  XRE family transcriptional regulator  30.48 
 
 
199 aa  77  0.0000000000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1539  MerR family transcriptional regulator  31.05 
 
 
292 aa  77.4  0.0000000000001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0172454  normal  0.655759 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0165  transcriptional regulator, XRE family  31.67 
 
 
201 aa  77.4  0.0000000000001  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>