More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sde_1604 on replicon NC_007912
Organism: Saccharophagus degradans 2-40



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007912  Sde_1604  XRE family transcriptional regulator  100 
 
 		 175 aa  357  7e-98  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000175154  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0202  XRE family transcriptional regulator  38.55 
 
 		 182 aa  120  9.999999999999999e-27  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.614203  hitchhiker  0.00167713 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5268  Cro/CI family transcriptional regulator  37.99 
 
 		 182 aa  119  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0943  XRE family transcriptional regulator  39.33 
 
 		 182 aa  119  1.9999999999999998e-26  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5320  XRE family transcriptional regulator  37.99 
 
 		 182 aa  119  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.8166  normal  0.310919 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5178  XRE family transcriptional regulator  37.99 
 
 		 199 aa  119  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.174471  normal  0.155373 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0105  DNA-binding protein  38.55 
 
 		 199 aa  117  7e-26  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_69980  putative transcriptional regulator  36.31 
 
 		 182 aa  117  9e-26  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0970  XRE family transcriptional regulator  38.2 
 
 		 182 aa  116  9.999999999999999e-26  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0238  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  37.43 
 
 		 199 aa  115  3e-25  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3195  transcriptional regulator, XRE family  37.08 
 
 		 182 aa  115  3e-25  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.0639399 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1163  cupin 2 domain-containing protein  37.08 
 
 		 182 aa  115  3e-25  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.967119  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1104  cupin 2 domain-containing protein  37.08 
 
 		 182 aa  115  3e-25  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.183758  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1195  XRE family transcriptional regulator  37.08 
 
 		 182 aa  115  3e-25  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.152731  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1091  XRE family transcriptional regulator  37.64 
 
 		 182 aa  114  5e-25  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.158888  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6075  putative transcriptional regulator  35.75 
 
 		 182 aa  114  5e-25  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1265  transcriptional regulator, putative  37.08 
 
 		 182 aa  114  8.999999999999998e-25  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3100  XRE family transcriptional regulator  37.08 
 
 		 208 aa  112  2.0000000000000002e-24  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.510523  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2921  XRE family transcriptional regulator  37.08 
 
 		 208 aa  112  2.0000000000000002e-24  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.899455  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3003  XRE family transcriptional regulator  37.08 
 
 		 208 aa  112  2.0000000000000002e-24  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.252662  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2646  XRE family transcriptional regulator  37.08 
 
 		 182 aa  112  3e-24  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5523  transcriptional regulator  34.83 
 
 		 182 aa  111  5e-24  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.22086 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0248  XRE family transcriptional regulator  36.31 
 
 		 182 aa  110  7.000000000000001e-24  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1058  XRE family transcriptional regulator  35.39 
 
 		 184 aa  107  7.000000000000001e-23  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1128  XRE family transcriptional regulator  35.75 
 
 		 182 aa  105  3e-22  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2087  XRE family transcriptional regulator  35.03 
 
 		 195 aa  103  1e-21  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2042  transcriptional regulator  33.15 
 
 		 188 aa  102  4e-21  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0944  transcriptional regulator  36.84 
 
 		 189 aa  101  4e-21  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4668  transcriptional regulator, XRE family  36.26 
 
 		 183 aa  100  1e-20  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.443743  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2991  XRE family transcriptional regulator  36.05 
 
 		 183 aa  100  1e-20  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2377  XRE family transcriptional regulator  36.05 
 
 		 183 aa  100  1e-20  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3011  XRE family transcriptional regulator  36.05 
 
 		 183 aa  100  1e-20  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6340  XRE family transcriptional regulator  36.69 
 
 		 183 aa  99.4  3e-20  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0766  XRE family transcriptional regulator  35.03 
 
 		 183 aa  99  3e-20  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3411  transcriptional regulator, XRE family  34.66 
 
 		 183 aa  98.6  4e-20  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47950  Cupin, RmlC-type protein  35.2 
 
 		 182 aa  98.6  4e-20  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3161  XRE family transcriptional regulator  35.96 
 
 		 182 aa  98.2  5e-20  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3869  XRE family transcriptional regulator  34.46 
 
 		 183 aa  97.4  8e-20  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2025  aldehyde dehydrogenase-like protein  36.31 
 
 		 189 aa  96.7  1e-19  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3013  XRE family transcriptional regulator  33.71 
 
 		 182 aa  97.1  1e-19  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0273  XRE family transcriptional regulator  33.53 
 
 		 176 aa  95.9  2e-19  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  decreased coverage  0.0000144131  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0641  aldehyde dehydrogenase-like protein  36.31 
 
 		 183 aa  96.7  2e-19  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0544  XRE family transcriptional regulator  35.75 
 
 		 203 aa  96.3  2e-19  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1943  Cro/CI family transcriptional regulator putative  36.57 
 
 		 189 aa  95.9  2e-19  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.693839  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2985  XRE family transcriptional regulator  35.5 
 
 		 183 aa  96.7  2e-19  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0733  aldehyde dehydrogenase-like protein  36.31 
 
 		 183 aa  96.7  2e-19  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.126553  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0275  cupin 2 domain-containing protein  33.53 
 
 		 188 aa  95.9  3e-19  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000000353927  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2387  XRE family transcriptional regulator  34.09 
 
 		 181 aa  94.4  8e-19  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2901  XRE family transcriptional regulator  34.91 
 
 		 183 aa  94.4  8e-19  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3038  XRE family transcriptional regulator  34.91 
 
 		 183 aa  94.4  8e-19  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2884  XRE family transcriptional regulator  34.66 
 
 		 181 aa  94  1e-18  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0819457  normal  0.480487 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2898  XRE family transcriptional regulator  34.66 
 
 		 181 aa  94  1e-18  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2705  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  33.9 
 
 		 203 aa  93.6  1e-18  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.847169  normal  0.058179 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0277  XRE family transcriptional regulator  32.77 
 
 		 204 aa  93.6  1e-18  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.128046  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2806  XRE family transcriptional regulator  34.66 
 
 		 181 aa  94  1e-18  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.675672 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4784  transcriptional regulator, XRE family  34.46 
 
 		 182 aa  93.2  2e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0510271 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1325  cupin 2 domain-containing protein  33.53 
 
 		 175 aa  92.8  2e-18  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4834  transcriptional regulator, XRE family  34.46 
 
 		 182 aa  92.8  2e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.197047  normal  0.0345523 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4679  putative transcriptional regulator  31.64 
 
 		 180 aa  92  3e-18  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2901  DNA-binding protein  33.9 
 
 		 182 aa  91.3  6e-18  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  decreased coverage  0.00299352  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2366  transcriptional regulator, XRE family  32.95 
 
 		 184 aa  90.9  8e-18  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1077  XRE family transcriptional regulator  31.32 
 
 		 186 aa  89.4  2e-17  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2125  transcriptional regulator  35.59 
 
 		 182 aa  89.4  3e-17  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.318777 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0925  transcriptional regulator, putative  31.64 
 
 		 182 aa  88.2  6e-17  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0867  putative transcriptional regulator  31.64 
 
 		 182 aa  88.2  6e-17  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.0318952  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1443  XRE family transcriptional regulator  31.28 
 
 		 182 aa  87.4  9e-17  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3261  XRE family transcriptional regulator  29.78 
 
 		 190 aa  80.1  0.00000000000001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.957848  normal  0.179215 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0572  cupin 2 domain-containing protein  29.14 
 
 		 178 aa  78.6  0.00000000000004  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2540  Cro/CI family transcriptional regulator  27.66 
 
 		 181 aa  76.6  0.0000000000001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0751  XRE family transcriptional regulator  28 
 
 		 179 aa  75.9  0.0000000000003  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000000101746  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1419  XRE family transcriptional regulator  29.63 
 
 		 178 aa  74.7  0.0000000000006  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0980  XRE family transcriptional regulator  26.67 
 
 		 181 aa  73.9  0.000000000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000294477  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2094  transcriptional regulator Cro/CI family protein  27.57 
 
 		 188 aa  72.8  0.000000000002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0898  XRE family transcriptional regulator  28.25 
 
 		 179 aa  72.8  0.000000000002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1034  transcriptional regulator, XRE family  28.09 
 
 		 181 aa  72.8  0.000000000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000342515  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0901  XRE family transcriptional regulator  26.06 
 
 		 181 aa  71.2  0.000000000006  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000108423 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01276  DNA-binding transcriptional repressor  30.17 
 
 		 185 aa  70.1  0.00000000001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2347  transcriptional regulator, XRE family  30.17 
 
 		 185 aa  70.1  0.00000000001  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.204857  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1823  DNA-binding transcriptional repressor PuuR  30.17 
 
 		 185 aa  70.1  0.00000000001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0706879 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1535  DNA-binding transcriptional repressor PuuR  30.17 
 
 		 185 aa  70.1  0.00000000001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1414  DNA-binding transcriptional repressor PuuR  30.17 
 
 		 185 aa  70.1  0.00000000001  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2326  DNA-binding transcriptional repressor PuuR  30.17 
 
 		 185 aa  70.1  0.00000000001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01287  hypothetical protein  30.17 
 
 		 185 aa  70.1  0.00000000001  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1509  DNA-binding transcriptional repressor PuuR  30.17 
 
 		 185 aa  70.1  0.00000000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1941  DNA-binding transcriptional repressor PuuR  30.17 
 
 		 185 aa  70.1  0.00000000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.385308 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1306  transcriptional regulator, XRE family  26.67 
 
 		 170 aa  69.3  0.00000000003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000000237827 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2919  transcriptional regulator, XRE family  26.67 
 
 		 170 aa  69.3  0.00000000003  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3217  DNA-binding transcriptional repressor PuuR  27.27 
 
 		 185 aa  68.6  0.00000000004  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00931444 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1507  transcriptional regulator, XRE family  29.65 
 
 		 211 aa  68.6  0.00000000005  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2066  DNA-binding transcriptional repressor PuuR  28.49 
 
 		 185 aa  67.8  0.00000000007  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_4068  XRE family transcriptional regulator  25.99 
 
 		 432 aa  66.2  0.0000000002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.231317 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2571  transcriptional regulator, XRE family  25.15 
 
 		 192 aa  66.6  0.0000000002  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  decreased coverage  0.00000000481124  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1428  DNA-binding protein  27.75 
 
 		 192 aa  66.6  0.0000000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4415  XRE family transcriptional regulator  25.54 
 
 		 213 aa  64.7  0.0000000006  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4257  transcriptional regulator, XRE family  26.88 
 
 		 189 aa  64.7  0.0000000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.166003  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0099  transcriptional regulator, XRE family  29.21 
 
 		 194 aa  64.7  0.0000000006  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.798061 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0230  transcriptional regulator  28.89 
 
 		 197 aa  64.3  0.0000000008  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0888  transcriptional regulator, XRE family  27.61 
 
 		 179 aa  63.9  0.000000001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  decreased coverage  0.0000000118183  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2148  DNA-binding protein, putative  30.54 
 
 		 181 aa  63.5  0.000000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2004  MerR family transcriptional regulator  24.69 
 
 		 178 aa  63.2  0.000000002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00158357  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>