More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BamMC406_4807 on replicon NC_010552
Organism: Burkholderia ambifaria MC40-6



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010552  BamMC406_4807  XRE family transcriptional regulator  100 
 
 		 185 aa  377  1e-104  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.730727  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4279  XRE family transcriptional regulator  98.38 
 
 		 185 aa  368  1e-101  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.195081 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0803  XRE family transcriptional regulator  96.22 
 
 		 185 aa  363  1e-100  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.215741  normal  0.130979 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4902  XRE family transcriptional regulator  95.68 
 
 		 185 aa  358  2e-98  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.634753 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3464  XRE family transcriptional regulator  95.68 
 
 		 185 aa  358  2e-98  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5384  XRE family transcriptional regulator  95.14 
 
 		 185 aa  358  3e-98  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.840154  normal  0.424249 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3720  XRE family transcriptional regulator  92.97 
 
 		 200 aa  354  5e-97  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.310668  normal  0.0265405 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2181  Cro/CI family transcriptional regulator  69.19 
 
 		 184 aa  262  2e-69  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2635  XRE family transcriptional regulator  65.41 
 
 		 185 aa  262  2e-69  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.362634  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1846  XRE family transcriptional regulator  69.44 
 
 		 183 aa  262  2e-69  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.677123  hitchhiker  0.00632075 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3556  XRE family transcriptional regulator  68.65 
 
 		 184 aa  260  8e-69  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.427188  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1788  XRE family transcriptional regulator  68.11 
 
 		 184 aa  258  3e-68  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1784  XRE family transcriptional regulator  66.3 
 
 		 184 aa  252  3e-66  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3560  XRE family transcriptional regulator  66.85 
 
 		 184 aa  248  3e-65  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.444346  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2177  transcriptional regulator, putative  66.85 
 
 		 184 aa  248  4e-65  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0638  putative transcriptional regulator  55.25 
 
 		 184 aa  202  3e-51  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_06970  Cro/CI family transcriptional regulator  54.14 
 
 		 184 aa  199  1.9999999999999998e-50  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_65950  putative transcriptional regulator  33.51 
 
 		 199 aa  105  5e-22  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3867  XRE family transcriptional regulator  37.23 
 
 		 201 aa  103  9e-22  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2913  XRE family transcriptional regulator  33.52 
 
 		 199 aa  103  1e-21  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4917  XRE family transcriptional regulator  38.29 
 
 		 184 aa  103  1e-21  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2821  XRE family transcriptional regulator  32.96 
 
 		 199 aa  102  3e-21  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0230  transcriptional regulator  34.83 
 
 		 197 aa  102  3e-21  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2868  Cro/CI family transcriptional regulator  32.96 
 
 		 199 aa  101  5e-21  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3586  XRE family transcriptional regulator  35.37 
 
 		 207 aa  100  1e-20  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.101767 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5722  putative transcriptional regulator  32.43 
 
 		 199 aa  100  1e-20  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1480  XRE family transcriptional regulator  36.31 
 
 		 198 aa  96.3  3e-19  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009672  Oant_4841  cupin 2 domain-containing protein  34.48 
 
 		 202 aa  90.1  2e-17  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2004  MerR family transcriptional regulator  36.03 
 
 		 178 aa  85.5  4e-16  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00158357  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1729  transcriptional regulator, XRE family  32.24 
 
 		 195 aa  85.1  5e-16  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.114176  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2578  transcriptional regulator, XRE family  31.28 
 
 		 182 aa  83.2  0.000000000000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2294  XRE family transcriptional regulator  29.55 
 
 		 211 aa  80.1  0.00000000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.328361 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0641  XRE family transcriptional regulator  29.55 
 
 		 211 aa  80.1  0.00000000000002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.199173  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2571  transcriptional regulator, XRE family  29.65 
 
 		 192 aa  79.3  0.00000000000003  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  decreased coverage  0.00000000481124  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1539  MerR family transcriptional regulator  30.22 
 
 		 292 aa  73.9  0.000000000001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0172454  normal  0.655759 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2432  DNA-binding protein  25.58 
 
 		 186 aa  73.2  0.000000000002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.164998 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2250  DNA-binding protein  25.58 
 
 		 186 aa  73.2  0.000000000002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2170  MerR family transcriptional regulator  25.58 
 
 		 186 aa  73.2  0.000000000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.22299  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2414  DNA-binding protein  25.58 
 
 		 186 aa  73.2  0.000000000002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0273  XRE family transcriptional regulator  27.37 
 
 		 176 aa  71.2  0.000000000008  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  decreased coverage  0.0000144131  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2770  XRE family transcriptional regulator  31.11 
 
 		 192 aa  70.9  0.00000000001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.169539 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2380  DNA-binding protein  25 
 
 		 186 aa  70.5  0.00000000001  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.801132  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0275  cupin 2 domain-containing protein  27.37 
 
 		 188 aa  70.9  0.00000000001  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000000353927  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2951  DNA-binding protein  25 
 
 		 186 aa  70.1  0.00000000002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000726653  hitchhiker  0.00000000446905 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0274  transcriptional regulator, XRE family  31.03 
 
 		 205 aa  69.7  0.00000000003  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.64998  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1721  XRE family transcriptional regulator  30.39 
 
 		 201 aa  69.3  0.00000000003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008244  Meso_4609  XRE family transcriptional regulator  28 
 
 		 229 aa  69.3  0.00000000003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1558  cupin 2 domain-containing protein  31.03 
 
 		 180 aa  68.2  0.00000000006  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2228  XRE family transcriptional regulator  25 
 
 		 197 aa  68.2  0.00000000007  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.386344  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2836  DNA-binding protein  24.56 
 
 		 184 aa  68.2  0.00000000007  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000716748  hitchhiker  0.00000000374058 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1533  DNA-binding protein  31.15 
 
 		 179 aa  67.8  0.0000000001  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0350  DNA-binding protein  31.15 
 
 		 179 aa  67.8  0.0000000001  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1254  DNA-binding protein  31.15 
 
 		 236 aa  67.4  0.0000000001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1795  DNA-binding protein  23.84 
 
 		 181 aa  67.4  0.0000000001  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1723  DNA-binding protein  31.15 
 
 		 179 aa  67.8  0.0000000001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0900931  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2220  DNA-binding protein  31.15 
 
 		 236 aa  67  0.0000000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2046  XRE family transcriptional regulator  29.89 
 
 		 205 aa  67  0.0000000001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.298774  normal  1 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2904  DNA-binding protein  31.15 
 
 		 179 aa  67.8  0.0000000001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.311354  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0384  DNA-binding protein  31.15 
 
 		 179 aa  67.8  0.0000000001  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3020  DNA-binding protein  31.15 
 
 		 179 aa  67.8  0.0000000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0165  transcriptional regulator, XRE family  30.06 
 
 		 201 aa  66.6  0.0000000002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5414  XRE family transcriptional regulator  30.17 
 
 		 192 aa  67  0.0000000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0751  XRE family transcriptional regulator  26.29 
 
 		 179 aa  66.6  0.0000000002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000000101746  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1649  XRE family transcriptional regulator  24.42 
 
 		 181 aa  66.2  0.0000000002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.176921  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5543  XRE family transcriptional regulator  30.17 
 
 		 192 aa  67  0.0000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.827143  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2042  transcriptional regulator  27.07 
 
 		 188 aa  67  0.0000000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4506  XRE family transcriptional regulator  30.46 
 
 		 189 aa  66.6  0.0000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.690344  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5317  XRE family transcriptional regulator  30.17 
 
 		 192 aa  67  0.0000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.221767  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4729  XRE family transcriptional regulator  30.17 
 
 		 192 aa  67  0.0000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4867  XRE family transcriptional regulator  30.17 
 
 		 192 aa  67  0.0000000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2540  Cro/CI family transcriptional regulator  26.74 
 
 		 181 aa  65.5  0.0000000004  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3262  XRE family transcriptional regulator  29.61 
 
 		 193 aa  65.5  0.0000000004  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0174683 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2714  XRE family transcriptional regulator  32.96 
 
 		 204 aa  65.5  0.0000000004  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS1650  DNA-binding protein  23.84 
 
 		 181 aa  65.1  0.0000000005  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.000412674  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0114  XRE family transcriptional regulator  29.61 
 
 		 193 aa  65.5  0.0000000005  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1781  DNA-binding protein  23.84 
 
 		 181 aa  65.1  0.0000000005  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1629  MerR family transcriptional regulator  23.84 
 
 		 181 aa  65.1  0.0000000006  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  decreased coverage  0.000044317  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6084  XRE family transcriptional regulator  29.9 
 
 		 234 aa  65.1  0.0000000006  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.207069 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3546  DNA-binding protein  23.26 
 
 		 181 aa  65.1  0.0000000006  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0758  XRE family transcriptional regulator  29.89 
 
 		 190 aa  65.1  0.0000000006  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2948  transcriptional regulator, XRE family  30.65 
 
 		 225 aa  65.1  0.0000000006  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0211039  hitchhiker  0.000112709 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1854  DNA-binding protein  24.42 
 
 		 181 aa  64.7  0.0000000007  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.653009  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1906  DNA-binding protein  24.42 
 
 		 181 aa  64.7  0.0000000007  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.0011859  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2278  MerR family transcriptional regulator  26.46 
 
 		 273 aa  63.9  0.000000001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.408305  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1831  DNA-binding protein  23.26 
 
 		 181 aa  63.2  0.000000002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1599  MerR family transcriptional regulator  23.26 
 
 		 181 aa  63.5  0.000000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4439  transcriptional regulator, XRE family  29.31 
 
 		 190 aa  63.5  0.000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.957299  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0679  transcriptional regulator, XRE family  37.8 
 
 		 105 aa  63.5  0.000000002  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0970  XRE family transcriptional regulator  24.86 
 
 		 182 aa  62.8  0.000000003  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2387  XRE family transcriptional regulator  26.44 
 
 		 181 aa  62.8  0.000000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1457  transcriptional regulator  25.84 
 
 		 188 aa  62.4  0.000000003  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  2.96188e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4784  transcriptional regulator, XRE family  27.47 
 
 		 182 aa  62.8  0.000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0510271 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0361  XRE family transcriptional regulator  29.7 
 
 		 205 aa  62.4  0.000000004  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1456  xenobiotic response element family transcriptional regulator  24.59 
 
 		 188 aa  62.4  0.000000004  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  1.01823e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0772  transcriptional regulator  29.38 
 
 		 204 aa  62  0.000000005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.855503 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4589  transcriptional regulator, XRE family  32.95 
 
 		 188 aa  61.6  0.000000006  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2884  XRE family transcriptional regulator  26.97 
 
 		 181 aa  61.2  0.000000007  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0819457  normal  0.480487 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2806  XRE family transcriptional regulator  26.97 
 
 		 181 aa  61.2  0.000000007  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.675672 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0901  XRE family transcriptional regulator  26.16 
 
 		 181 aa  61.2  0.000000007  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000108423 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3025  XRE family transcriptional regulator  31.72 
 
 		 281 aa  61.2  0.000000007  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.925102 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>