More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dfer_3096 on replicon NC_013037
Organism: Dyadobacter fermentans DSM 18053



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013037  Dfer_3096  transcriptional regulator, XRE family  100 
 
 		 192 aa  392  1e-108  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.00124629  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4838  transcriptional regulator, XRE family  52.13 
 
 		 193 aa  205  3e-52  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0168811  hitchhiker  0.0000750229 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0842  cupin 2 domain-containing protein  32.58 
 
 		 188 aa  92.8  2e-18  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_58380  putative transcriptional regulator  31.67 
 
 		 187 aa  87.4  1e-16  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5113  putative transcriptional regulator  31.67 
 
 		 187 aa  86.7  2e-16  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3489  XRE family transcriptional regulator  30.22 
 
 		 187 aa  84.7  8e-16  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2946  transcriptional regulator  31.4 
 
 		 197 aa  83.6  0.000000000000002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0273  XRE family transcriptional regulator  30 
 
 		 176 aa  82.8  0.000000000000003  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  decreased coverage  0.0000144131  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0275  cupin 2 domain-containing protein  30.17 
 
 		 188 aa  82.4  0.000000000000004  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000000353927  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0115  transcriptional regulatory protein  26.7 
 
 		 194 aa  82  0.000000000000004  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2320  transcriptional regulator, XRE family  30.6 
 
 		 188 aa  81.3  0.000000000000008  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3075  XRE family transcriptional regulator  30.54 
 
 		 269 aa  81.3  0.000000000000008  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1889  transcriptional regulator, XRE family  28.72 
 
 		 188 aa  81.3  0.000000000000009  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2941  XRE family transcriptional regulator  30.12 
 
 		 271 aa  79.3  0.00000000000003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0631546  normal  0.420407 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1457  transcriptional regulator  31.76 
 
 		 188 aa  79.7  0.00000000000003  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  2.96188e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6377  XRE family transcriptional regulator  30.54 
 
 		 286 aa  79.7  0.00000000000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.739753  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1446  transcriptional regulator, XRE family  26.37 
 
 		 191 aa  79  0.00000000000004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3025  XRE family transcriptional regulator  29.65 
 
 		 281 aa  78.6  0.00000000000005  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.925102 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0485  transcriptional regulator, XRE family  28.74 
 
 		 197 aa  78.6  0.00000000000006  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00000244144  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0661  MerR family transcriptional regulator  26.32 
 
 		 192 aa  78.6  0.00000000000006  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4811  XRE family transcriptional regulator  28.24 
 
 		 201 aa  77.4  0.0000000000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00213383 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3049  XRE family transcriptional regulator  29.94 
 
 		 259 aa  76.6  0.0000000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0258201 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3438  XRE family transcriptional regulator  25.65 
 
 		 198 aa  76.6  0.0000000000002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1941  transcriptional regulator  30.81 
 
 		 225 aa  76.6  0.0000000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2416  XRE family transcriptional regulator  29.94 
 
 		 259 aa  76.6  0.0000000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3030  XRE family transcriptional regulator  29.94 
 
 		 259 aa  76.6  0.0000000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2858  transcriptional regulator, XRE family  24.86 
 
 		 215 aa  76.3  0.0000000000003  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.0000622832  normal  0.0374075 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3035  XRE family transcriptional regulator  23.53 
 
 		 208 aa  75.9  0.0000000000004  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.348685 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0898  XRE family transcriptional regulator  29.28 
 
 		 179 aa  75.5  0.0000000000004  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0878  cupin 2 domain-containing protein  26.01 
 
 		 196 aa  75.5  0.0000000000004  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000206175  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0079  Cro/CI family transcriptional regulator  26.32 
 
 		 196 aa  75.5  0.0000000000005  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1154  XRE family transcriptional regulator  27.75 
 
 		 204 aa  75.1  0.0000000000005  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0376883  normal  0.48606 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2625  transcriptional regulator, XRE family  30.41 
 
 		 217 aa  74.7  0.0000000000007  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0751  XRE family transcriptional regulator  29.17 
 
 		 179 aa  74.7  0.0000000000008  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000000101746  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3301  XRE family transcriptional regulator  29.31 
 
 		 234 aa  74.3  0.0000000000009  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1702  transcriptional regulator, XRE family  27.71 
 
 		 218 aa  73.9  0.000000000001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5929  XRE family transcriptional regulator  28.09 
 
 		 202 aa  73.9  0.000000000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.828276  normal  0.0967353 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1325  cupin 2 domain-containing protein  28.89 
 
 		 175 aa  73.9  0.000000000001  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5912  XRE family transcriptional regulator  26.88 
 
 		 213 aa  73.2  0.000000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2819  MerR family transcriptional regulator  24.06 
 
 		 192 aa  73.2  0.000000000002  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  0.142376 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0165  transcriptional regulator, XRE family  27.47 
 
 		 201 aa  73.6  0.000000000002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2995  transcriptional regulator  25.27 
 
 		 191 aa  73.2  0.000000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0735878  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1727  XRE family transcriptional regulator  26.34 
 
 		 191 aa  73.6  0.000000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.170715  normal  0.149129 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6366  XRE family transcriptional regulator  26.34 
 
 		 191 aa  73.6  0.000000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0311191  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4802  helix-turn-helix domain protein  25.44 
 
 		 233 aa  73.6  0.000000000002  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.329061  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1712  XRE family transcriptional regulator  26.34 
 
 		 191 aa  73.6  0.000000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.526366  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3298  Cro/CI family transcriptional regulator  27.96 
 
 		 187 aa  72.4  0.000000000004  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1046  XRE family transcriptional regulator  27.87 
 
 		 186 aa  72.4  0.000000000004  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5003  XRE family transcriptional regulator  25.82 
 
 		 191 aa  72.4  0.000000000004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.10951 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1444  cupin 2 domain-containing protein  26.84 
 
 		 192 aa  72  0.000000000005  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4986  XRE family transcriptional regulator  25 
 
 		 219 aa  72  0.000000000005  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5265  XRE family transcriptional regulator  25 
 
 		 219 aa  72  0.000000000005  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.223709 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4897  XRE family transcriptional regulator  25 
 
 		 219 aa  72  0.000000000005  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3407  transcriptional regulator, XRE family  24.62 
 
 		 192 aa  72  0.000000000005  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5748  transcriptional regulator  29.14 
 
 		 219 aa  71.6  0.000000000006  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0474  XRE family transcriptional regulator  23.53 
 
 		 192 aa  71.6  0.000000000006  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.554508  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1180  helix-turn-helix domain-containing protein  27.78 
 
 		 179 aa  70.9  0.00000000001  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  unclonable  0.000000150819  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6009  XRE family transcriptional regulator  27.6 
 
 		 219 aa  70.9  0.00000000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.285081  hitchhiker  0.00726065 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1158  XRE family transcriptional regulator  27.78 
 
 		 179 aa  70.9  0.00000000001  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  decreased coverage  0.00000119717  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6574  transcriptional regulator, XRE family  27.01 
 
 		 227 aa  70.9  0.00000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0448941 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3247  XRE family transcriptional regulator  27.42 
 
 		 187 aa  70.9  0.00000000001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000592797 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1338  XRE family transcriptional regulator  24.46 
 
 		 198 aa  70.5  0.00000000001  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1139  transcriptional regulator  25.29 
 
 		 232 aa  70.9  0.00000000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.483755  normal  0.0958639 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4506  XRE family transcriptional regulator  25.27 
 
 		 189 aa  70.9  0.00000000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.690344  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0715  transcriptional regulator, XRE family  28.65 
 
 		 187 aa  70.1  0.00000000002  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.39864  normal  0.0327391 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0572  cupin 2 domain-containing protein  26.47 
 
 		 178 aa  69.7  0.00000000002  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5637  transcriptional regulator, XRE family  26.44 
 
 		 227 aa  70.1  0.00000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.76756  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0165  XRE family transcriptional regulator  23.98 
 
 		 200 aa  69.3  0.00000000003  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0650  XRE family transcriptional regulator  27.81 
 
 		 187 aa  69.3  0.00000000004  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2042  transcriptional regulator  25.73 
 
 		 188 aa  68.9  0.00000000004  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4257  transcriptional regulator, XRE family  26.14 
 
 		 189 aa  69.3  0.00000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.166003  normal  1 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1039  MerR family transcriptional regulator  29.26 
 
 		 192 aa  69.3  0.00000000004  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1871  putative HTH-type transcriptional regulator  27.75 
 
 		 215 aa  68.6  0.00000000005  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0589891  normal  0.573197 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0325  XRE family transcriptional regulator  27.81 
 
 		 192 aa  68.6  0.00000000005  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5086  putative transcriptional regulator, XRE family  22.75 
 
 		 192 aa  68.6  0.00000000006  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1295  XRE family transcriptional regulator  25 
 
 		 222 aa  68.2  0.00000000006  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.419553 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3262  XRE family transcriptional regulator  26.4 
 
 		 193 aa  68.6  0.00000000006  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0174683 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0758  XRE family transcriptional regulator  25.15 
 
 		 190 aa  68.6  0.00000000006  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1587  helix-turn-helix domain-containing protein  25.53 
 
 		 192 aa  68.2  0.00000000007  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.494606  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3046  transcriptional regulator  23.86 
 
 		 201 aa  68.2  0.00000000007  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.948594  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4439  transcriptional regulator, XRE family  25.15 
 
 		 190 aa  68.2  0.00000000007  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.957299  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3456  transcriptional regulator, XRE family  26.37 
 
 		 199 aa  68.2  0.00000000008  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0662  XRE family transcriptional regulator  24.34 
 
 		 259 aa  67.8  0.00000000009  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1668  transcriptional regulator, XRE family  24.47 
 
 		 188 aa  67.8  0.00000000009  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.580406  normal  1 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0384  DNA-binding protein  25.45 
 
 		 179 aa  67.4  0.0000000001  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0350  DNA-binding protein  25.45 
 
 		 179 aa  67.4  0.0000000001  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2904  DNA-binding protein  25.45 
 
 		 179 aa  67.4  0.0000000001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.311354  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1254  DNA-binding protein  25.45 
 
 		 236 aa  67  0.0000000001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2242  helix-turn-helix domain-containing protein  25.88 
 
 		 201 aa  67  0.0000000001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.453871 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1723  DNA-binding protein  25.45 
 
 		 179 aa  67.4  0.0000000001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0900931  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0888  transcriptional regulator, XRE family  25.41 
 
 		 179 aa  67.4  0.0000000001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  decreased coverage  0.0000000118183  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5414  XRE family transcriptional regulator  27.27 
 
 		 192 aa  67  0.0000000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0437  transcriptional regulator  24.26 
 
 		 212 aa  67.8  0.0000000001  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.686873 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2913  XRE family transcriptional regulator  23.46 
 
 		 199 aa  67.4  0.0000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0551  transcriptional regulator, XRE family  26.47 
 
 		 198 aa  67.4  0.0000000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2517  transcriptional regulator, XRE family  25.88 
 
 		 201 aa  67  0.0000000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1533  DNA-binding protein  25.45 
 
 		 179 aa  67.4  0.0000000001  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4867  XRE family transcriptional regulator  27.27 
 
 		 192 aa  67  0.0000000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_09060  predicted transcriptional regulator  22.46 
 
 		 192 aa  67  0.0000000001  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.391815  normal  0.265834 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3020  DNA-binding protein  25.45 
 
 		 179 aa  67.4  0.0000000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>