More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene CPF_2222 on replicon NC_008261
Organism: Clostridium perfringens ATCC 13124



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008261  CPF_2222  DNA-binding protein  100 
 
 
179 aa  369  1e-101  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1934  DNA-binding protein  98.32 
 
 
179 aa  365  1e-100  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3684  transcriptional regulator, XRE family  64.44 
 
 
180 aa  250  9.000000000000001e-66  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  unclonable  0.0000000000437538  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0898  XRE family transcriptional regulator  62.01 
 
 
179 aa  243  9.999999999999999e-64  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0888  transcriptional regulator, XRE family  61.45 
 
 
179 aa  235  3e-61  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  decreased coverage  0.0000000118183  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0751  XRE family transcriptional regulator  59.22 
 
 
179 aa  233  8e-61  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000000101746  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0980  XRE family transcriptional regulator  51.96 
 
 
181 aa  200  8e-51  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000294477  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0901  XRE family transcriptional regulator  49.72 
 
 
181 aa  190  7e-48  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000108423 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1306  transcriptional regulator, XRE family  53.05 
 
 
170 aa  189  2.9999999999999997e-47  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000000237827 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2919  transcriptional regulator, XRE family  53.05 
 
 
170 aa  189  2.9999999999999997e-47  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2540  Cro/CI family transcriptional regulator  49.16 
 
 
181 aa  187  8e-47  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2094  transcriptional regulator Cro/CI family protein  46.93 
 
 
188 aa  182  2.0000000000000003e-45  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0273  XRE family transcriptional regulator  46.82 
 
 
176 aa  167  8e-41  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  decreased coverage  0.0000144131  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0275  cupin 2 domain-containing protein  46.24 
 
 
188 aa  165  4e-40  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000000353927  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1325  cupin 2 domain-containing protein  42.29 
 
 
175 aa  151  5.9999999999999996e-36  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1180  helix-turn-helix domain-containing protein  40.57 
 
 
179 aa  146  2.0000000000000003e-34  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  unclonable  0.000000150819  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1158  XRE family transcriptional regulator  40.57 
 
 
179 aa  146  2.0000000000000003e-34  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  decreased coverage  0.00000119717  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0685  Cro/CI family transcriptional regulator  40.57 
 
 
179 aa  142  3e-33  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1419  XRE family transcriptional regulator  42.86 
 
 
178 aa  140  9.999999999999999e-33  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0572  cupin 2 domain-containing protein  48.85 
 
 
178 aa  136  2e-31  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2821  XRE family transcriptional regulator  33.88 
 
 
199 aa  106  1e-22  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2913  XRE family transcriptional regulator  33.88 
 
 
199 aa  105  3e-22  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2868  Cro/CI family transcriptional regulator  33.33 
 
 
199 aa  104  5e-22  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_65950  putative transcriptional regulator  32.97 
 
 
199 aa  102  2e-21  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5722  putative transcriptional regulator  32.78 
 
 
199 aa  101  5e-21  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3020  DNA-binding protein  32.78 
 
 
179 aa  98.6  4e-20  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0350  DNA-binding protein  32.78 
 
 
179 aa  98.6  4e-20  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0384  DNA-binding protein  32.78 
 
 
179 aa  98.6  4e-20  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2904  DNA-binding protein  32.78 
 
 
179 aa  98.6  4e-20  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.311354  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1533  DNA-binding protein  32.78 
 
 
179 aa  98.6  4e-20  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1723  DNA-binding protein  32.78 
 
 
179 aa  98.6  4e-20  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0900931  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0758  XRE family transcriptional regulator  32.22 
 
 
190 aa  98.2  6e-20  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2220  DNA-binding protein  32.22 
 
 
236 aa  97.1  1e-19  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0544  XRE family transcriptional regulator  33.33 
 
 
203 aa  97.1  1e-19  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4439  transcriptional regulator, XRE family  32.22 
 
 
190 aa  97.1  1e-19  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.957299  normal 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1254  DNA-binding protein  32.22 
 
 
236 aa  96.3  2e-19  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1539  MerR family transcriptional regulator  31.11 
 
 
292 aa  95.1  5e-19  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0172454  normal  0.655759 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3262  XRE family transcriptional regulator  30.9 
 
 
193 aa  93.6  1e-18  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.0174683 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5543  XRE family transcriptional regulator  30.56 
 
 
192 aa  93.2  2e-18  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.827143  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4729  XRE family transcriptional regulator  30.56 
 
 
192 aa  93.2  2e-18  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6084  XRE family transcriptional regulator  30 
 
 
234 aa  93.2  2e-18  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.207069 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5317  XRE family transcriptional regulator  30.56 
 
 
192 aa  93.2  2e-18  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.221767  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5414  XRE family transcriptional regulator  30.9 
 
 
192 aa  92  4e-18  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4679  putative transcriptional regulator  31.69 
 
 
180 aa  92  4e-18  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4867  XRE family transcriptional regulator  30.9 
 
 
192 aa  92  4e-18  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4506  XRE family transcriptional regulator  31.02 
 
 
189 aa  91.7  5e-18  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.690344  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2320  transcriptional regulator, XRE family  34.07 
 
 
188 aa  91.3  6e-18  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1558  cupin 2 domain-containing protein  30.56 
 
 
180 aa  91.3  7e-18  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0114  XRE family transcriptional regulator  30.34 
 
 
193 aa  90.9  8e-18  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3867  XRE family transcriptional regulator  30.73 
 
 
201 aa  90.9  8e-18  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1889  transcriptional regulator, XRE family  33.52 
 
 
188 aa  90.5  1e-17  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4784  transcriptional regulator, XRE family  29.51 
 
 
182 aa  89.7  2e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.0510271 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0474  XRE family transcriptional regulator  30.32 
 
 
192 aa  89.7  2e-17  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.554508  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_69980  putative transcriptional regulator  29.19 
 
 
182 aa  89  3e-17  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4834  transcriptional regulator, XRE family  29.51 
 
 
182 aa  88.6  4e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.197047  normal  0.0345523 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6075  putative transcriptional regulator  29.19 
 
 
182 aa  88.2  5e-17  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3161  XRE family transcriptional regulator  29.51 
 
 
182 aa  88.2  5e-17  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0943  XRE family transcriptional regulator  30.81 
 
 
182 aa  87.8  8e-17  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2042  transcriptional regulator  30.6 
 
 
188 aa  87  1e-16  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1128  XRE family transcriptional regulator  31.89 
 
 
182 aa  87  1e-16  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1443  XRE family transcriptional regulator  28.26 
 
 
182 aa  86.3  2e-16  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0230  transcriptional regulator  30.94 
 
 
197 aa  86.7  2e-16  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0772  transcriptional regulator  30.11 
 
 
204 aa  86.3  2e-16  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.855503 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2995  transcriptional regulator  31.02 
 
 
191 aa  85.9  3e-16  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0735878  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4110  XRE family transcriptional regulator  29.21 
 
 
212 aa  85.9  3e-16  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.595211  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0277  XRE family transcriptional regulator  28.57 
 
 
204 aa  85.1  4e-16  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.128046  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5003  XRE family transcriptional regulator  28.18 
 
 
191 aa  85.5  4e-16  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.10951 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1446  transcriptional regulator, XRE family  31.55 
 
 
191 aa  85.5  4e-16  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008244  Meso_4609  XRE family transcriptional regulator  26.26 
 
 
229 aa  85.1  5e-16  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3393  transcriptional regulator, XRE family  29.57 
 
 
199 aa  84.7  6e-16  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.000124891  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2571  transcriptional regulator, XRE family  30.22 
 
 
192 aa  84.7  7e-16  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  decreased coverage  0.00000000481124  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3456  transcriptional regulator, XRE family  29.57 
 
 
199 aa  84.3  8e-16  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0970  XRE family transcriptional regulator  28.65 
 
 
182 aa  84  0.000000000000001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3329  transcriptional regulator  28.42 
 
 
201 aa  83.6  0.000000000000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.855836  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1727  XRE family transcriptional regulator  28.18 
 
 
191 aa  83.6  0.000000000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.170715  normal  0.149129 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6366  XRE family transcriptional regulator  28.18 
 
 
191 aa  83.6  0.000000000000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0311191  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1058  XRE family transcriptional regulator  30.27 
 
 
184 aa  84  0.000000000000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1712  XRE family transcriptional regulator  28.18 
 
 
191 aa  83.6  0.000000000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.526366  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01276  DNA-binding transcriptional repressor  30.56 
 
 
185 aa  83.2  0.000000000000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2347  transcriptional regulator, XRE family  30.56 
 
 
185 aa  83.2  0.000000000000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.204857  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1265  transcriptional regulator, putative  29.73 
 
 
182 aa  82.8  0.000000000000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01287  hypothetical protein  30.56 
 
 
185 aa  83.2  0.000000000000002  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1104  cupin 2 domain-containing protein  28.11 
 
 
182 aa  83.2  0.000000000000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.183758  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3195  transcriptional regulator, XRE family  28.11 
 
 
182 aa  83.2  0.000000000000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal  0.0639399 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1823  DNA-binding transcriptional repressor PuuR  30.56 
 
 
185 aa  83.2  0.000000000000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.0706879 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2819  MerR family transcriptional regulator  30.27 
 
 
192 aa  83.2  0.000000000000002  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal  0.142376 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1535  DNA-binding transcriptional repressor PuuR  30.56 
 
 
185 aa  83.2  0.000000000000002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1941  DNA-binding transcriptional repressor PuuR  30.56 
 
 
185 aa  83.2  0.000000000000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.385308 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1195  XRE family transcriptional regulator  28.11 
 
 
182 aa  83.2  0.000000000000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.152731  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1163  cupin 2 domain-containing protein  28.11 
 
 
182 aa  83.2  0.000000000000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.967119  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1414  DNA-binding transcriptional repressor PuuR  30.56 
 
 
185 aa  83.2  0.000000000000002  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1509  DNA-binding transcriptional repressor PuuR  30.56 
 
 
185 aa  83.2  0.000000000000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2326  DNA-binding transcriptional repressor PuuR  30.56 
 
 
185 aa  83.2  0.000000000000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0925  transcriptional regulator, putative  27.72 
 
 
182 aa  82.8  0.000000000000003  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0867  putative transcriptional regulator  27.72 
 
 
182 aa  82.8  0.000000000000003  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.0318952  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2004  MerR family transcriptional regulator  31.11 
 
 
178 aa  82.4  0.000000000000003  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00158357  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3771  transcriptional regulator, XRE family  29.78 
 
 
198 aa  82  0.000000000000004  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.471902  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1091  XRE family transcriptional regulator  30.81 
 
 
182 aa  82  0.000000000000004  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.158888  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4848  transcriptional regulator, XRE family  29.78 
 
 
198 aa  82  0.000000000000004  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3100  XRE family transcriptional regulator  29.19 
 
 
208 aa  81.6  0.000000000000005  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.510523  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>