More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputW619_3441 on replicon NC_010501
Organism: Pseudomonas putida W619



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010501  PputW619_3441  XRE family transcriptional regulator  100 
 
 		 187 aa  385  1e-106  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.404086 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3508  XRE family transcriptional regulator  84.49 
 
 		 187 aa  325  2.0000000000000001e-88  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.0510026 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1855  XRE family transcriptional regulator  85.88 
 
 		 177 aa  312  9.999999999999999e-85  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.21785 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2232  Cro/CI family transcriptional regulator  83.05 
 
 		 177 aa  303  1.0000000000000001e-81  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3308  transcriptional regulator  69.52 
 
 		 187 aa  256  2e-67  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.38656  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3469  DNA-binding protein  65.61 
 
 		 189 aa  239  2e-62  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.162788  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3250  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  64.55 
 
 		 189 aa  236  1e-61  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.653673  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4024  putative transcriptional regulator  57.07 
 
 		 195 aa  203  1e-51  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.181748  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0197  XRE family transcriptional regulator  54.84 
 
 		 190 aa  202  2e-51  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0555347  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_46710  putative transcriptional regulator  58.33 
 
 		 216 aa  201  5e-51  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0037508  decreased coverage  0.000000167672 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1816  XRE family transcriptional regulator  53.23 
 
 		 191 aa  178  4e-44  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00473491  hitchhiker  0.000617218 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3188  XRE family transcriptional regulator  42.31 
 
 		 189 aa  140  9.999999999999999e-33  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.549125 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2770  XRE family transcriptional regulator  40.35 
 
 		 192 aa  110  1.0000000000000001e-23  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.169539 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4931  transcriptional regulator, XRE family  38.67 
 
 		 187 aa  109  2.0000000000000002e-23  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5123  hypothetical protein  35.88 
 
 		 198 aa  105  4e-22  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.635702  normal  0.639471 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5072  transcriptional regulator, XRE family  33.87 
 
 		 207 aa  89.4  3e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1789  transcriptional regulator, Cro/CI family  31.79 
 
 		 200 aa  82.8  0.000000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.225 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1668  Cro/CI family transcriptional regulator  31.79 
 
 		 200 aa  82.8  0.000000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.118403 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1849  Cro/CI family transcriptional regulator  31.79 
 
 		 200 aa  83.2  0.000000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.646761  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3529  XRE family transcriptional regulator  31.75 
 
 		 200 aa  82.8  0.000000000000003  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.295271 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1787  Cro/CI family transcriptional regulator  31.79 
 
 		 200 aa  82.4  0.000000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0263563  normal  0.220225 
 
 
-
 
NC_003296  RS04780  putative transcription regulator protein  31.11 
 
 		 205 aa  82  0.000000000000005  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS05657  putative DNA-binding transcriptional regulatory transcription regulator protein  31.11 
 
 		 205 aa  82  0.000000000000005  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1487  transcriptional regulator, Cro/CI family  32.32 
 
 		 200 aa  80.5  0.00000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.335106  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0850  XRE family transcriptional regulator  31.18 
 
 		 182 aa  75.1  0.0000000000005  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.406298  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1579  transcriptional regulator  31.18 
 
 		 182 aa  74.7  0.0000000000007  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.168139  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1109  XRE family transcriptional regulator  29.17 
 
 		 183 aa  74.3  0.0000000000009  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0929  XRE family transcriptional regulator  33.74 
 
 		 224 aa  72.8  0.000000000003  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.145461  normal  0.153472 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2254  XRE family transcriptional regulator  31.14 
 
 		 185 aa  72  0.000000000004  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0575156  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0332  transcriptional regulator, XRE family  31.43 
 
 		 201 aa  71.6  0.000000000006  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.865127  normal  0.108372 
 
 
-
 
NC_013207  Aaci_3063  transcriptional regulator, XRE family  32.32 
 
 		 201 aa  70.9  0.000000000009  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1096  helix-turn-helix domain-containing protein  30.59 
 
 		 182 aa  70.9  0.00000000001  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2481  DNA-binding protein  32.34 
 
 		 185 aa  70.9  0.00000000001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  decreased coverage  0.00193646  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2928  DNA-binding protein  31.14 
 
 		 185 aa  70.5  0.00000000001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00384603 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_05910  predicted transcriptional regulator  30.41 
 
 		 190 aa  70.9  0.00000000001  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.848221  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2877  transcriptional regulator, XRE family  33.73 
 
 		 207 aa  70.9  0.00000000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2039  DNA-binding protein  31.76 
 
 		 178 aa  69.7  0.00000000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.0000824446  hitchhiker  5.01479e-19 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2542  DNA-binding protein  30.54 
 
 		 185 aa  68.9  0.00000000004  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2484  XRE family transcriptional regulator  29.63 
 
 		 187 aa  68.9  0.00000000005  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.0499056 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_01840  transcriptional regulator, XRE family  28.32 
 
 		 182 aa  67.8  0.00000000008  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2279  DNA-binding protein  31.14 
 
 		 185 aa  67.4  0.0000000001  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.268468  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2197  transcriptional regulator  31.14 
 
 		 185 aa  67.4  0.0000000001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.26325  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2448  DNA-binding protein  31.14 
 
 		 185 aa  67.4  0.0000000001  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.191992  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2463  DNA-binding protein  31.14 
 
 		 185 aa  67.4  0.0000000001  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2239  transcriptional regulator  31.14 
 
 		 185 aa  66.2  0.0000000002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.0224117  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0662  XRE family transcriptional regulator  33.14 
 
 		 259 aa  67  0.0000000002  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3942  transcriptional regulator, XRE family  37.61 
 
 		 197 aa  66.6  0.0000000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.534044  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01392  predicted DNA-binding transcriptional regulator  31.18 
 
 		 178 aa  66.2  0.0000000003  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2212  transcriptional regulator, XRE family  31.18 
 
 		 178 aa  66.2  0.0000000003  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1517  DNA-binding protein  31.18 
 
 		 178 aa  66.2  0.0000000003  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01402  hypothetical protein  31.18 
 
 		 178 aa  66.2  0.0000000003  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2225  XRE family transcriptional regulator  31.18 
 
 		 178 aa  66.2  0.0000000003  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.639128 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1613  DNA-binding protein  31.18 
 
 		 178 aa  66.2  0.0000000003  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1740  DNA-binding protein  31.18 
 
 		 178 aa  66.2  0.0000000003  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.0000189008  hitchhiker  2.35786e-17 
 
 
-
 
NC_004310  BR1852  Cro/CI family transcriptional regulator  29.41 
 
 		 642 aa  65.1  0.0000000005  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1556  transcriptional regulator, XRE family  29.34 
 
 		 178 aa  65.5  0.0000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0389  XRE family transcriptional regulator  31.82 
 
 		 178 aa  65.1  0.0000000005  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.762812  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0678  transcriptional regulator, XRE family  32.39 
 
 		 188 aa  65.1  0.0000000005  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0099  transcriptional regulator, XRE family  29.38 
 
 		 194 aa  64.7  0.0000000007  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.798061 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0424  XRE family transcriptional regulator  27.65 
 
 		 188 aa  63.9  0.000000001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0327  XRE family transcriptional regulator  27.65 
 
 		 191 aa  63.5  0.000000001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00000523898  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0321  XRE family transcriptional regulator  27.65 
 
 		 191 aa  64.3  0.000000001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000000250107  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0328  transcriptional regulator, XRE family  27.65 
 
 		 191 aa  63.9  0.000000001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.000000000353964  normal  1 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1211  helix-turn-helix domain-containing protein  30.06 
 
 		 200 aa  63.2  0.000000002  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  0.924879 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1982  XRE family transcriptional regulator  29.71 
 
 		 175 aa  63.5  0.000000002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.623481  normal  0.364753 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0872  transcriptional regulator  31.79 
 
 		 192 aa  63.2  0.000000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.62802  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1642  XRE family transcriptional regulator  29.71 
 
 		 186 aa  63.2  0.000000002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.065261  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2231  XRE family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 187 aa  63.2  0.000000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000245077 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5929  XRE family transcriptional regulator  34.09 
 
 		 202 aa  63.2  0.000000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.828276  normal  0.0967353 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2039  transcriptional regulator, XRE family  33.33 
 
 		 187 aa  63.2  0.000000002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.558818 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0921  transcriptional regulator, XRE family  31.79 
 
 		 260 aa  62.8  0.000000003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.746837  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0323  XRE family transcriptional regulator  27.65 
 
 		 191 aa  62.8  0.000000003  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.00000000737434  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0275  cupin 2 domain-containing protein  27.33 
 
 		 188 aa  62.4  0.000000004  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000000353927  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2614  transcriptional regulator  32.76 
 
 		 248 aa  62.4  0.000000004  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.325655  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0273  XRE family transcriptional regulator  27.33 
 
 		 176 aa  62.4  0.000000004  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  decreased coverage  0.0000144131  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0917  transcriptional regulator, XRE family  31.79 
 
 		 192 aa  62.4  0.000000004  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_34730  XRE family transcriptional regulator  31.43 
 
 		 193 aa  61.6  0.000000006  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0210921  normal  0.262574 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1737  XRE family transcriptional regulator  28.74 
 
 		 185 aa  61.2  0.000000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1722  transcriptional regulator, XRE family  28.74 
 
 		 185 aa  61.2  0.000000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.185673  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4439  transcriptional regulator, XRE family  28.48 
 
 		 190 aa  61.2  0.000000008  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.957299  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1783  XRE family transcriptional regulator  28.74 
 
 		 178 aa  61.2  0.000000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0758  XRE family transcriptional regulator  28.48 
 
 		 190 aa  60.5  0.00000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0945  transcriptional regulator, XRE family  28.66 
 
 		 184 aa  60.5  0.00000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000133489  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0744  XRE family transcriptional regulator  27.78 
 
 		 209 aa  60.8  0.00000001  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.541206  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4079  XRE family transcriptional regulator  28.66 
 
 		 182 aa  60.8  0.00000001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4589  transcriptional regulator, XRE family  31.74 
 
 		 188 aa  59.7  0.00000003  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4875  HTH-type transcriptional regulator  31.82 
 
 		 214 aa  59.3  0.00000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.256136  normal  0.0946557 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1507  transcriptional regulator, XRE family  29.21 
 
 		 211 aa  58.9  0.00000004  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2487  XRE family transcriptional regulator  32.06 
 
 		 189 aa  59.3  0.00000004  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4506  XRE family transcriptional regulator  30 
 
 		 189 aa  58.5  0.00000005  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.690344  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4106  transcriptional regulator, XRE family  27.78 
 
 		 207 aa  58.9  0.00000005  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0938506  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4773  transcriptional regulator, XRE family  27.12 
 
 		 187 aa  58.5  0.00000006  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0282623  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2042  transcriptional regulator  28.32 
 
 		 188 aa  58.5  0.00000006  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2158  XRE family transcriptional regulator  27.75 
 
 		 224 aa  58.2  0.00000007  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.00315318  normal  0.41098 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0437  transcriptional regulator  25.7 
 
 		 212 aa  58.2  0.00000007  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.686873 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0165  transcriptional regulator, XRE family  26.99 
 
 		 201 aa  58.2  0.00000007  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1719  XRE family transcriptional regulator  28.14 
 
 		 178 aa  58.2  0.00000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.499876  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3725  DNA-binding protein  34.92 
 
 		 258 aa  58.2  0.00000008  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1254  DNA-binding protein  28.05 
 
 		 236 aa  57.8  0.00000009  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0350  DNA-binding protein  26.54 
 
 		 179 aa  57  0.0000001  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>