More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PC1_3484 on replicon NC_012917
Organism: Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012917  PC1_3484  transcriptional regulator, XRE family  100 
 
 
200 aa  404  1.0000000000000001e-112  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2487  XRE family transcriptional regulator  77.2 
 
 
189 aa  296  1e-79  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3725  DNA-binding protein  72.32 
 
 
258 aa  266  1e-70  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0678  transcriptional regulator, XRE family  62.71 
 
 
188 aa  237  8e-62  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4079  XRE family transcriptional regulator  55.06 
 
 
182 aa  203  1e-51  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4371  XRE family transcriptional regulator  54.49 
 
 
182 aa  202  3e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4325  XRE family transcriptional regulator  54.49 
 
 
182 aa  202  3e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.735671  normal  0.293625 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4256  transcriptional regulator, XRE family  54.49 
 
 
182 aa  202  3e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.949593  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4437  XRE family transcriptional regulator  54.49 
 
 
182 aa  202  3e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4285  transcriptional regulator, XRE family  54.49 
 
 
182 aa  202  3e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_15000  predicted transcriptional regulator  52.2 
 
 
184 aa  199  3e-50  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.904149  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2054  transcriptional regulator, XRE family  55.75 
 
 
186 aa  198  3.9999999999999996e-50  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.388224 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3184  transcriptional regulator, XRE family  52.81 
 
 
183 aa  196  2.0000000000000003e-49  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1459  helix-turn-helix domain protein  53.63 
 
 
182 aa  191  5e-48  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4544  transcriptional regulator, XRE family  56.17 
 
 
215 aa  191  7e-48  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.796901 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4106  transcriptional regulator, XRE family  36.42 
 
 
207 aa  109  3e-23  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0938506  normal 
 
 
-
 
NC_013207  Aaci_3063  transcriptional regulator, XRE family  32.54 
 
 
201 aa  99.8  2e-20  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009430  Rsph17025_4229  hypothetical protein  34.3 
 
 
652 aa  99.8  3e-20  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.60873 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0073  helix-turn-helix domain-containing protein  33.52 
 
 
210 aa  99  4e-20  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2877  transcriptional regulator, XRE family  34.71 
 
 
207 aa  97.8  9e-20  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0410  putative transcriptional regulator, XRE family  32.84 
 
 
189 aa  95.5  4e-19  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0872  transcriptional regulator  29.67 
 
 
192 aa  90.5  1e-17  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.62802  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0921  transcriptional regulator, XRE family  30.17 
 
 
260 aa  91.3  1e-17  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.746837  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7277  transcriptional regulator, XRE family  34.12 
 
 
189 aa  90.1  2e-17  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0917  transcriptional regulator, XRE family  30.77 
 
 
192 aa  90.1  2e-17  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0389  XRE family transcriptional regulator  32.2 
 
 
178 aa  86.3  3e-16  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.762812  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1957  XRE family transcriptional regulator  29.95 
 
 
208 aa  83.6  0.000000000000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.210401  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4032  transcriptional regulator, XRE family  33.71 
 
 
187 aa  83.6  0.000000000000002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.45676  normal  0.0335955 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1453  transcriptional regulator, XRE family  30.95 
 
 
171 aa  82.4  0.000000000000004  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0929  XRE family transcriptional regulator  29.82 
 
 
224 aa  82.4  0.000000000000004  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.145461  normal  0.153472 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1520  XRE family transcriptional regulator  31.43 
 
 
176 aa  82.4  0.000000000000004  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0757766  normal  0.0239869 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0791  XRE family transcriptional regulator  30.99 
 
 
528 aa  82  0.000000000000005  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_003296  RS02293  putative transcription regulator protein  30.51 
 
 
182 aa  81.6  0.000000000000006  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.40687 
 
 
-
 
NC_004310  BR1852  Cro/CI family transcriptional regulator  31.18 
 
 
642 aa  81.6  0.000000000000006  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0662  XRE family transcriptional regulator  29.41 
 
 
259 aa  81.6  0.000000000000007  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4806  putative DNA-binding transcriptional regulator  32.08 
 
 
203 aa  80.5  0.00000000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.852816 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03313  transcriptional regulator, Cro/CI family protein  29.71 
 
 
175 aa  80.1  0.00000000000002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5123  hypothetical protein  30.77 
 
 
198 aa  78.6  0.00000000000006  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.635702  normal  0.639471 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2453  XRE family transcriptional regulator  30.95 
 
 
175 aa  77.4  0.0000000000001  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.68554  normal 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0004  DNA-binding protein  28.26 
 
 
202 aa  76.6  0.0000000000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.278794  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1509  putative DNA-binding protein  28.26 
 
 
202 aa  76.6  0.0000000000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.221821  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0950  transcriptional regulator, XRE family  27.27 
 
 
205 aa  77  0.0000000000002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00163253 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0004  DNA-binding cupin domain-containing protein  28.26 
 
 
202 aa  76.6  0.0000000000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4804  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  29.45 
 
 
198 aa  76.3  0.0000000000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4158  XRE family transcriptional regulator  28.34 
 
 
204 aa  76.3  0.0000000000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0004  DNA-binding protein  27.84 
 
 
202 aa  76.3  0.0000000000003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0004  DNA-binding protein  28.26 
 
 
202 aa  75.9  0.0000000000004  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0005  DNA-binding protein  28.26 
 
 
202 aa  75.9  0.0000000000004  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.792058  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4875  HTH-type transcriptional regulator  26.88 
 
 
214 aa  75.9  0.0000000000004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.256136  normal  0.0946557 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1430  DNA-binding protein  28.26 
 
 
202 aa  75.9  0.0000000000004  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1150  DNA-binding protein  28.26 
 
 
202 aa  75.9  0.0000000000004  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.129822  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2075  helix-turn-helix domain protein  30.43 
 
 
196 aa  75.1  0.0000000000006  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.241547  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7005  transcriptional regulator, XRE family  28.34 
 
 
212 aa  75.5  0.0000000000006  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.89282 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4971  XRE family transcriptional regulator  28.18 
 
 
203 aa  75.1  0.0000000000006  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.110875  normal  0.347082 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2330  helix-turn-helix domain-containing protein  30.48 
 
 
203 aa  75.5  0.0000000000006  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.699676  decreased coverage  0.000887341 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_16550  predicted transcriptional regulator  32.53 
 
 
204 aa  75.1  0.0000000000007  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.45133 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3114  XRE family transcriptional regulator  28.18 
 
 
203 aa  74.7  0.0000000000008  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.935644  normal  0.475898 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2924  XRE family transcriptional regulator  31.65 
 
 
204 aa  74.3  0.000000000001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.705469  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_01840  transcriptional regulator, XRE family  26.29 
 
 
182 aa  74.3  0.000000000001  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4931  transcriptional regulator, XRE family  31.48 
 
 
187 aa  73.2  0.000000000002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5322  XRE family transcriptional regulator  27.84 
 
 
203 aa  73.2  0.000000000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.869737  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2231  XRE family transcriptional regulator  28.83 
 
 
187 aa  73.6  0.000000000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000245077 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4537  XRE family transcriptional regulator  27.84 
 
 
203 aa  73.2  0.000000000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5159  XRE family transcriptional regulator  27.84 
 
 
203 aa  73.2  0.000000000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4983  transcriptional regulator, XRE family  27.43 
 
 
209 aa  72.8  0.000000000003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0953387  normal  0.300371 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5700  XRE family transcriptional regulator  27.84 
 
 
203 aa  73.2  0.000000000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00441066 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2928  DNA-binding protein  27.33 
 
 
185 aa  72.4  0.000000000004  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00384603 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3551  transcriptional regulator, XRE family  29.59 
 
 
196 aa  72.4  0.000000000004  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0766  helix-turn-helix domain protein  31.29 
 
 
182 aa  72.4  0.000000000004  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.494379  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0116  XRE family transcriptional regulator  27.13 
 
 
205 aa  72.4  0.000000000004  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.0574196 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4938  XRE family transcriptional regulator  28.24 
 
 
206 aa  72  0.000000000006  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.839761  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4589  transcriptional regulator, XRE family  29.19 
 
 
188 aa  71.2  0.000000000009  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4454  XRE family transcriptional regulator  29.14 
 
 
203 aa  70.9  0.00000000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.561636  normal  0.472987 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3180  XRE family transcriptional regulator  26.7 
 
 
203 aa  70.9  0.00000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B3022  XRE family transcriptional regulator  26.56 
 
 
208 aa  70.5  0.00000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4967  transcriptional regulator, XRE family  25.41 
 
 
218 aa  70.9  0.00000000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.454469  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3771  transcriptional regulator, XRE family  30.34 
 
 
198 aa  70.1  0.00000000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.471902  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4848  transcriptional regulator, XRE family  30.34 
 
 
198 aa  70.1  0.00000000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4469  helix-turn-helix domain-containing protein  26.86 
 
 
209 aa  70.1  0.00000000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4933  transcriptional regulator, XRE family  26.88 
 
 
209 aa  70.5  0.00000000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.131947  normal  0.360863 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2239  transcriptional regulator  26.71 
 
 
185 aa  69.3  0.00000000003  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.0224117  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2279  DNA-binding protein  26.71 
 
 
185 aa  68.9  0.00000000004  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.268468  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2448  DNA-binding protein  26.71 
 
 
185 aa  68.9  0.00000000004  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.191992  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2463  DNA-binding protein  26.71 
 
 
185 aa  68.9  0.00000000004  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2254  XRE family transcriptional regulator  28.57 
 
 
185 aa  68.9  0.00000000005  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0575156  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2197  transcriptional regulator  26.09 
 
 
185 aa  68.6  0.00000000007  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.26325  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2346  transcriptional regulator  29.14 
 
 
215 aa  68.2  0.00000000007  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.958774 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2542  DNA-binding protein  27.33 
 
 
185 aa  68.2  0.00000000008  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_3025  XRE family transcriptional regulator  28.76 
 
 
188 aa  68.2  0.00000000009  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.314698  normal  0.932142 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4613  DNA-binding protein  27.07 
 
 
190 aa  67.4  0.0000000001  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0622  DNA-binding protein  27.07 
 
 
190 aa  67.4  0.0000000001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.475485  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0321  XRE family transcriptional regulator  26.71 
 
 
191 aa  67.4  0.0000000001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000000250107  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0424  XRE family transcriptional regulator  25.9 
 
 
188 aa  66.6  0.0000000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0327  XRE family transcriptional regulator  26.51 
 
 
191 aa  66.6  0.0000000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00000523898  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2039  DNA-binding protein  27.33 
 
 
178 aa  67  0.0000000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.0000824446  hitchhiker  5.01479e-19 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1982  XRE family transcriptional regulator  25.62 
 
 
175 aa  67  0.0000000002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.623481  normal  0.364753 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0328  transcriptional regulator, XRE family  26.51 
 
 
191 aa  67  0.0000000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.000000000353964  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2770  XRE family transcriptional regulator  29.63 
 
 
192 aa  66.6  0.0000000003  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.169539 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4252  DNA-binding protein  28.33 
 
 
190 aa  65.9  0.0000000004  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4633  DNA-binding protein  28.33 
 
 
190 aa  65.9  0.0000000004  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>