More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Caci_7277 on replicon NC_013131
Organism: Catenulispora acidiphila DSM 44928



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013131  Caci_7277  transcriptional regulator, XRE family  100 
 
 		 189 aa  371  1e-102  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0410  putative transcriptional regulator, XRE family  53.49 
 
 		 189 aa  166  2e-40  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0766  helix-turn-helix domain protein  47.31 
 
 		 182 aa  126  2.0000000000000002e-28  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.494379  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0678  transcriptional regulator, XRE family  39.78 
 
 		 188 aa  108  6e-23  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4032  transcriptional regulator, XRE family  35.91 
 
 		 187 aa  105  4e-22  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.45676  normal  0.0335955 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4106  transcriptional regulator, XRE family  38.42 
 
 		 207 aa  104  9e-22  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0938506  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1453  transcriptional regulator, XRE family  41.62 
 
 		 171 aa  103  2e-21  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2487  XRE family transcriptional regulator  34.1 
 
 		 189 aa  100  1e-20  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0073  helix-turn-helix domain-containing protein  38.86 
 
 		 210 aa  97.8  8e-20  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4079  XRE family transcriptional regulator  34.48 
 
 		 182 aa  94.7  7e-19  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3484  transcriptional regulator, XRE family  34.12 
 
 		 200 aa  90.1  1e-17  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1459  helix-turn-helix domain protein  36.36 
 
 		 182 aa  88.6  5e-17  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4544  transcriptional regulator, XRE family  37.75 
 
 		 215 aa  87.8  1e-16  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.796901 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0389  XRE family transcriptional regulator  37.2 
 
 		 178 aa  86.7  2e-16  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.762812  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3184  transcriptional regulator, XRE family  35.12 
 
 		 183 aa  85.5  4e-16  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03313  transcriptional regulator, Cro/CI family protein  32.35 
 
 		 175 aa  85.1  6e-16  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2770  XRE family transcriptional regulator  36.76 
 
 		 192 aa  83.6  0.000000000000001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.169539 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1555  transcriptional regulator  29.07 
 
 		 181 aa  83.6  0.000000000000002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1520  XRE family transcriptional regulator  31.36 
 
 		 176 aa  83.6  0.000000000000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0757766  normal  0.0239869 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3725  DNA-binding protein  34.15 
 
 		 258 aa  80.5  0.00000000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009430  Rsph17025_4229  hypothetical protein  35.19 
 
 		 652 aa  80.9  0.00000000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.60873 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0872  transcriptional regulator  30.94 
 
 		 192 aa  80.5  0.00000000000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.62802  n/a   
 
 
-
 
NC_013207  Aaci_3063  transcriptional regulator, XRE family  32.2 
 
 		 201 aa  79.7  0.00000000000002  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4325  XRE family transcriptional regulator  32.34 
 
 		 182 aa  79.3  0.00000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.735671  normal  0.293625 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4437  XRE family transcriptional regulator  32.34 
 
 		 182 aa  79.3  0.00000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4256  transcriptional regulator, XRE family  32.34 
 
 		 182 aa  79.3  0.00000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.949593  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4285  transcriptional regulator, XRE family  32.34 
 
 		 182 aa  79.3  0.00000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4371  XRE family transcriptional regulator  32.34 
 
 		 182 aa  79.3  0.00000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_15000  predicted transcriptional regulator  33.94 
 
 		 184 aa  78.2  0.00000000000006  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.904149  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0929  XRE family transcriptional regulator  32.97 
 
 		 224 aa  78.2  0.00000000000006  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.145461  normal  0.153472 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2054  transcriptional regulator, XRE family  33.86 
 
 		 186 aa  78.2  0.00000000000008  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.388224 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0662  XRE family transcriptional regulator  31.25 
 
 		 259 aa  77.8  0.00000000000009  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2346  transcriptional regulator  30.43 
 
 		 215 aa  75.5  0.0000000000005  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.958774 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0921  transcriptional regulator, XRE family  30 
 
 		 260 aa  74.7  0.0000000000007  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.746837  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0917  transcriptional regulator, XRE family  29.83 
 
 		 192 aa  74.7  0.0000000000007  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_34730  XRE family transcriptional regulator  31.38 
 
 		 193 aa  74.7  0.0000000000007  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0210921  normal  0.262574 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3086  transcriptional regulator, putative  30.41 
 
 		 212 aa  74.7  0.0000000000008  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0196484  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2877  transcriptional regulator, XRE family  31.72 
 
 		 207 aa  74.3  0.0000000000009  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0323  XRE family transcriptional regulator  31.67 
 
 		 191 aa  73.6  0.000000000001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.00000000737434  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2453  XRE family transcriptional regulator  33.75 
 
 		 175 aa  74.3  0.000000000001  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.68554  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0327  XRE family transcriptional regulator  31.11 
 
 		 191 aa  73.2  0.000000000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00000523898  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0321  XRE family transcriptional regulator  31.11 
 
 		 191 aa  73.2  0.000000000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000000250107  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0328  transcriptional regulator, XRE family  31.11 
 
 		 191 aa  73.2  0.000000000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.000000000353964  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2330  helix-turn-helix domain-containing protein  34.73 
 
 		 203 aa  72.8  0.000000000003  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.699676  decreased coverage  0.000887341 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0410  XRE family transcriptional regulator  31.48 
 
 		 516 aa  72  0.000000000005  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4931  transcriptional regulator, XRE family  33.93 
 
 		 187 aa  70.9  0.000000000009  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1719  XRE family transcriptional regulator  31.21 
 
 		 178 aa  67.8  0.00000000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.499876  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1737  XRE family transcriptional regulator  29.67 
 
 		 185 aa  67.4  0.0000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR1852  Cro/CI family transcriptional regulator  29.8 
 
 		 642 aa  67.4  0.0000000001  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1783  XRE family transcriptional regulator  31.21 
 
 		 178 aa  67  0.0000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0424  XRE family transcriptional regulator  29.14 
 
 		 188 aa  67.4  0.0000000001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3140  transcriptional regulator, XRE family  32.16 
 
 		 206 aa  67  0.0000000001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1722  transcriptional regulator, XRE family  29.67 
 
 		 185 aa  67  0.0000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.185673  normal  1 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0791  XRE family transcriptional regulator  33.55 
 
 		 528 aa  66.2  0.0000000002  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1556  transcriptional regulator, XRE family  30.64 
 
 		 178 aa  66.6  0.0000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2075  helix-turn-helix domain protein  30.53 
 
 		 196 aa  66.2  0.0000000002  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.241547  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4158  XRE family transcriptional regulator  29.78 
 
 		 204 aa  65.9  0.0000000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006365  plpp0134  hypothetical protein  28.57 
 
 		 191 aa  65.9  0.0000000003  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2039  DNA-binding protein  29.21 
 
 		 178 aa  65.9  0.0000000003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.0000824446  hitchhiker  5.01479e-19 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7005  transcriptional regulator, XRE family  29.19 
 
 		 212 aa  65.9  0.0000000004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.89282 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1003  XRE family transcriptional regulator  45.95 
 
 		 107 aa  65.5  0.0000000004  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.77905  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2614  transcriptional regulator  32.04 
 
 		 248 aa  65.1  0.0000000006  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.325655  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4967  transcriptional regulator, XRE family  27.53 
 
 		 218 aa  64.7  0.0000000007  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.454469  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2924  XRE family transcriptional regulator  29.79 
 
 		 204 aa  64.3  0.0000000009  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.705469  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2928  DNA-binding protein  27.16 
 
 		 185 aa  64.3  0.000000001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00384603 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B3022  XRE family transcriptional regulator  29.19 
 
 		 208 aa  63.9  0.000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1435  transcriptional regulator SinR  45.31 
 
 		 107 aa  63.9  0.000000001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000395729  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5322  XRE family transcriptional regulator  28.81 
 
 		 203 aa  63.9  0.000000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.869737  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01392  predicted DNA-binding transcriptional regulator  28.65 
 
 		 178 aa  63.2  0.000000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2212  transcriptional regulator, XRE family  28.65 
 
 		 178 aa  63.2  0.000000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1517  DNA-binding protein  28.65 
 
 		 178 aa  63.2  0.000000002  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1393  transcriptional regulator SinR  45.31 
 
 		 107 aa  63.5  0.000000002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.111718  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1195  transcriptional regulator SinR  45.31 
 
 		 107 aa  63.5  0.000000002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  decreased coverage  0.00148794  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1174  transcriptional regulator  45.31 
 
 		 107 aa  63.5  0.000000002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1176  transcriptional regulator  45.31 
 
 		 107 aa  63.5  0.000000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.0000910939  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1197  XRE family transcriptional regulator  45.31 
 
 		 107 aa  63.5  0.000000002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0325651  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01402  hypothetical protein  28.65 
 
 		 178 aa  63.2  0.000000002  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1292  transcriptional regulator SinR  45.31 
 
 		 107 aa  63.5  0.000000002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  decreased coverage  0.00598951  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1371  transcriptional regulator SinR  45.31 
 
 		 107 aa  63.5  0.000000002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000000100854 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1333  transcriptional regulator SinR  45.31 
 
 		 107 aa  63.5  0.000000002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.248023  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0324  XRE family transcriptional regulator  30.98 
 
 		 191 aa  63.2  0.000000002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000421536  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3700  XRE family transcriptional regulator  30.98 
 
 		 191 aa  63.5  0.000000002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00000696836  normal  0.275941 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2225  XRE family transcriptional regulator  28.65 
 
 		 178 aa  63.2  0.000000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.639128 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1613  DNA-binding protein  28.65 
 
 		 178 aa  63.2  0.000000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1109  XRE family transcriptional regulator  28.32 
 
 		 183 aa  62.8  0.000000003  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4011  transcriptional regulator SinR  45.31 
 
 		 107 aa  62.8  0.000000003  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.0025622  hitchhiker  0.000000000000530943 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_01840  transcriptional regulator, XRE family  25.27 
 
 		 182 aa  62.4  0.000000004  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4875  HTH-type transcriptional regulator  30.49 
 
 		 214 aa  62  0.000000005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.256136  normal  0.0946557 
 
 
-
 
NC_003296  RS04780  putative transcription regulator protein  31.29 
 
 		 205 aa  61.6  0.000000006  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS05657  putative DNA-binding transcriptional regulatory transcription regulator protein  31.29 
 
 		 205 aa  61.6  0.000000006  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1740  DNA-binding protein  28.09 
 
 		 178 aa  61.6  0.000000006  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.0000189008  hitchhiker  2.35786e-17 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1096  helix-turn-helix domain-containing protein  29.17 
 
 		 182 aa  61.6  0.000000006  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5159  XRE family transcriptional regulator  28.25 
 
 		 203 aa  61.6  0.000000006  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5700  XRE family transcriptional regulator  28.25 
 
 		 203 aa  61.6  0.000000006  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00441066 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0319  XRE family transcriptional regulator  30.43 
 
 		 191 aa  61.6  0.000000006  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.00000000379854  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4537  XRE family transcriptional regulator  28.25 
 
 		 203 aa  61.6  0.000000006  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0850  XRE family transcriptional regulator  29.48 
 
 		 182 aa  61.2  0.000000009  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.406298  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1579  transcriptional regulator  28.32 
 
 		 182 aa  61.2  0.000000009  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.168139  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1982  XRE family transcriptional regulator  28.74 
 
 		 175 aa  60.8  0.00000001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.623481  normal  0.364753 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4971  XRE family transcriptional regulator  29.12 
 
 		 203 aa  60.5  0.00000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.110875  normal  0.347082 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>