More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbro_0766 on replicon NC_013441
Organism: Gordonia bronchialis DSM 43247



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013441  Gbro_0766  helix-turn-helix domain protein  100 
 
 		 182 aa  357  5e-98  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.494379  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1453  transcriptional regulator, XRE family  46.99 
 
 		 171 aa  129  2.0000000000000002e-29  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7277  transcriptional regulator, XRE family  47.31 
 
 		 189 aa  126  2.0000000000000002e-28  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4032  transcriptional regulator, XRE family  44.77 
 
 		 187 aa  126  2.0000000000000002e-28  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.45676  normal  0.0335955 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0410  putative transcriptional regulator, XRE family  46.71 
 
 		 189 aa  117  7e-26  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0389  XRE family transcriptional regulator  38.79 
 
 		 178 aa  92  4e-18  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.762812  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0872  transcriptional regulator  31.11 
 
 		 192 aa  91.3  7e-18  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.62802  n/a   
 
 
-
 
NC_013207  Aaci_3063  transcriptional regulator, XRE family  36.75 
 
 		 201 aa  89.7  2e-17  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03313  transcriptional regulator, Cro/CI family protein  33.95 
 
 		 175 aa  89.7  2e-17  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1520  XRE family transcriptional regulator  29.88 
 
 		 176 aa  89  4e-17  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0757766  normal  0.0239869 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4106  transcriptional regulator, XRE family  36.16 
 
 		 207 aa  88.6  5e-17  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0938506  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0073  helix-turn-helix domain-containing protein  36.78 
 
 		 210 aa  86.7  2e-16  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009430  Rsph17025_4229  hypothetical protein  32.37 
 
 		 652 aa  86.3  3e-16  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.60873 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0921  transcriptional regulator, XRE family  30 
 
 		 260 aa  85.1  5e-16  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.746837  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0917  transcriptional regulator, XRE family  30 
 
 		 192 aa  84.7  6e-16  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0929  XRE family transcriptional regulator  30.22 
 
 		 224 aa  82.4  0.000000000000003  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.145461  normal  0.153472 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4544  transcriptional regulator, XRE family  35.81 
 
 		 215 aa  82.8  0.000000000000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.796901 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4079  XRE family transcriptional regulator  32.52 
 
 		 182 aa  82.4  0.000000000000003  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_15000  predicted transcriptional regulator  33.72 
 
 		 184 aa  79.7  0.00000000000002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.904149  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2487  XRE family transcriptional regulator  32.96 
 
 		 189 aa  79.3  0.00000000000003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1459  helix-turn-helix domain protein  33.14 
 
 		 182 aa  78.2  0.00000000000006  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3184  transcriptional regulator, XRE family  34.1 
 
 		 183 aa  77  0.0000000000001  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0678  transcriptional regulator, XRE family  33.71 
 
 		 188 aa  77  0.0000000000002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2039  DNA-binding protein  30.68 
 
 		 178 aa  76.6  0.0000000000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.0000824446  hitchhiker  5.01479e-19 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0410  XRE family transcriptional regulator  30.67 
 
 		 516 aa  75.9  0.0000000000003  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2484  XRE family transcriptional regulator  32 
 
 		 187 aa  75.5  0.0000000000004  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.0499056 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4848  transcriptional regulator, XRE family  32.78 
 
 		 198 aa  74.3  0.0000000000009  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3771  transcriptional regulator, XRE family  32.78 
 
 		 198 aa  74.3  0.0000000000009  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.471902  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2614  transcriptional regulator  28.96 
 
 		 248 aa  73.6  0.000000000001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.325655  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4983  transcriptional regulator, XRE family  33.13 
 
 		 209 aa  73.9  0.000000000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0953387  normal  0.300371 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1642  XRE family transcriptional regulator  30.98 
 
 		 186 aa  73.6  0.000000000002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.065261  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4967  transcriptional regulator, XRE family  32.12 
 
 		 218 aa  73.6  0.000000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.454469  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1852  Cro/CI family transcriptional regulator  32.1 
 
 		 642 aa  72.8  0.000000000003  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1740  DNA-binding protein  30.68 
 
 		 178 aa  72.8  0.000000000003  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.0000189008  hitchhiker  2.35786e-17 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3484  transcriptional regulator, XRE family  31.29 
 
 		 200 aa  72.4  0.000000000003  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4285  transcriptional regulator, XRE family  30.38 
 
 		 182 aa  72  0.000000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4437  XRE family transcriptional regulator  30.38 
 
 		 182 aa  72  0.000000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2453  XRE family transcriptional regulator  33.54 
 
 		 175 aa  71.6  0.000000000005  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.68554  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4256  transcriptional regulator, XRE family  30.38 
 
 		 182 aa  72  0.000000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.949593  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4371  XRE family transcriptional regulator  30.38 
 
 		 182 aa  72  0.000000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4325  XRE family transcriptional regulator  30.38 
 
 		 182 aa  72  0.000000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.735671  normal  0.293625 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01392  predicted DNA-binding transcriptional regulator  30.11 
 
 		 178 aa  71.6  0.000000000006  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2212  transcriptional regulator, XRE family  30.11 
 
 		 178 aa  71.6  0.000000000006  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1517  DNA-binding protein  30.11 
 
 		 178 aa  71.6  0.000000000006  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01402  hypothetical protein  30.11 
 
 		 178 aa  71.6  0.000000000006  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4933  transcriptional regulator, XRE family  32 
 
 		 209 aa  71.6  0.000000000006  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.131947  normal  0.360863 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2225  XRE family transcriptional regulator  30.11 
 
 		 178 aa  71.6  0.000000000006  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.639128 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1613  DNA-binding protein  30.11 
 
 		 178 aa  71.6  0.000000000006  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1555  transcriptional regulator  30.13 
 
 		 181 aa  71.2  0.000000000007  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4938  XRE family transcriptional regulator  32.04 
 
 		 206 aa  71.2  0.000000000007  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.839761  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4469  helix-turn-helix domain-containing protein  32.52 
 
 		 209 aa  70.9  0.000000000009  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1783  XRE family transcriptional regulator  32.52 
 
 		 178 aa  69.7  0.00000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03443  transcriptional regulator, HTH_3 family protein  29.38 
 
 		 208 aa  70.1  0.00000000002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1722  transcriptional regulator, XRE family  31.9 
 
 		 185 aa  69.3  0.00000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.185673  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2330  helix-turn-helix domain-containing protein  33.95 
 
 		 203 aa  68.9  0.00000000003  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.699676  decreased coverage  0.000887341 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1737  XRE family transcriptional regulator  31.9 
 
 		 185 aa  69.3  0.00000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B3022  XRE family transcriptional regulator  31.25 
 
 		 208 aa  69.3  0.00000000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2346  transcriptional regulator  31.11 
 
 		 215 aa  68.9  0.00000000004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.958774 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2054  transcriptional regulator, XRE family  31.08 
 
 		 186 aa  68.9  0.00000000004  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.388224 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1556  transcriptional regulator, XRE family  31.29 
 
 		 178 aa  68.2  0.00000000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1719  XRE family transcriptional regulator  31.9 
 
 		 178 aa  67  0.0000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.499876  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2770  XRE family transcriptional regulator  32.72 
 
 		 192 aa  67.4  0.0000000001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.169539 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5123  hypothetical protein  33.52 
 
 		 198 aa  67.4  0.0000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.635702  normal  0.639471 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1982  XRE family transcriptional regulator  30.63 
 
 		 175 aa  67.4  0.0000000001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.623481  normal  0.364753 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_01840  transcriptional regulator, XRE family  29.52 
 
 		 182 aa  67  0.0000000001  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS04780  putative transcription regulator protein  29.78 
 
 		 205 aa  66.6  0.0000000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS05657  putative DNA-binding transcriptional regulatory transcription regulator protein  29.78 
 
 		 205 aa  66.6  0.0000000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3086  transcriptional regulator, putative  29.44 
 
 		 212 aa  66.6  0.0000000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0196484  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3140  transcriptional regulator, XRE family  28.57 
 
 		 206 aa  66.6  0.0000000002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7005  transcriptional regulator, XRE family  30.68 
 
 		 212 aa  66.2  0.0000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.89282 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2231  XRE family transcriptional regulator  28.74 
 
 		 187 aa  65.9  0.0000000003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000245077 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7925  putative transcriptional regulator, XRE family  34.19 
 
 		 199 aa  66.2  0.0000000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.421089 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3725  DNA-binding protein  32.2 
 
 		 258 aa  65.5  0.0000000004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1957  XRE family transcriptional regulator  30.46 
 
 		 208 aa  65.1  0.0000000005  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.210401  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4158  XRE family transcriptional regulator  29.55 
 
 		 204 aa  65.1  0.0000000005  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0744  XRE family transcriptional regulator  23.6 
 
 		 209 aa  64.3  0.000000001  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.541206  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_34730  XRE family transcriptional regulator  28.12 
 
 		 193 aa  63.2  0.000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0210921  normal  0.262574 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0319  XRE family transcriptional regulator  29.52 
 
 		 191 aa  63.2  0.000000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.00000000379854  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4448  XRE family transcriptional regulator  29.71 
 
 		 193 aa  62.4  0.000000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0311191  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4804  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  33.33 
 
 		 198 aa  62.4  0.000000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0945  transcriptional regulator, XRE family  23.24 
 
 		 184 aa  62.8  0.000000003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000133489  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2435  transcriptional regulator, XRE family  42.62 
 
 		 105 aa  62.4  0.000000004  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1211  helix-turn-helix domain-containing protein  23.86 
 
 		 200 aa  62.4  0.000000004  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  0.924879 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4806  putative DNA-binding transcriptional regulator  27.98 
 
 		 203 aa  61.6  0.000000005  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.852816 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0116  XRE family transcriptional regulator  29.09 
 
 		 205 aa  61.6  0.000000006  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.0574196 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4971  XRE family transcriptional regulator  28.09 
 
 		 203 aa  61.2  0.000000007  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.110875  normal  0.347082 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0328  transcriptional regulator, XRE family  29.52 
 
 		 191 aa  61.2  0.000000008  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.000000000353964  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0327  XRE family transcriptional regulator  28 
 
 		 191 aa  61.2  0.000000009  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00000523898  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0321  XRE family transcriptional regulator  28 
 
 		 191 aa  61.2  0.000000009  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000000250107  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2877  transcriptional regulator, XRE family  29.89 
 
 		 207 aa  60.8  0.000000009  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS02293  putative transcription regulator protein  29.88 
 
 		 182 aa  60.5  0.00000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.40687 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3114  XRE family transcriptional regulator  28.09 
 
 		 203 aa  60.8  0.00000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.935644  normal  0.475898 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4454  XRE family transcriptional regulator  29.48 
 
 		 203 aa  60.5  0.00000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.561636  normal  0.472987 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0634  XRE family transcriptional regulator  29.83 
 
 		 229 aa  60.5  0.00000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.43558 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3325  transcriptional regulator, XRE family  29.51 
 
 		 229 aa  60.5  0.00000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.610712  normal  0.167348 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5322  XRE family transcriptional regulator  28.09 
 
 		 203 aa  60.5  0.00000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.869737  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3700  XRE family transcriptional regulator  28.92 
 
 		 191 aa  60.5  0.00000001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00000696836  normal  0.275941 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4365  XRE family transcriptional regulator  28.31 
 
 		 197 aa  59.7  0.00000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.00000321232  normal  0.264561 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3508  XRE family transcriptional regulator  26.88 
 
 		 187 aa  59.7  0.00000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.0510026 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2948  transcriptional regulator, XRE family  28.07 
 
 		 225 aa  59.7  0.00000002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0211039  hitchhiker  0.000112709 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>