More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swoo_4320 on replicon NC_010506
Organism: Shewanella woodyi ATCC 51908



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010506  Swoo_4320  XRE family transcriptional regulator  100 
 
 		 181 aa  375  1e-103  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.810122  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0632  DNA-binding protein  95.03 
 
 		 181 aa  361  3e-99  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.404047  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3286  DNA-binding protein  73.18 
 
 		 179 aa  276  1e-73  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.414425  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0831  XRE family transcriptional regulator  36.26 
 
 		 183 aa  112  2.0000000000000002e-24  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.000078794  normal  0.173113 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4773  transcriptional regulator, XRE family  29.24 
 
 		 187 aa  97.8  7e-20  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0282623  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1787  Cro/CI family transcriptional regulator  30.91 
 
 		 200 aa  86.3  2e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0263563  normal  0.220225 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1789  transcriptional regulator, Cro/CI family  30.91 
 
 		 200 aa  85.9  3e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.225 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1487  transcriptional regulator, Cro/CI family  30.91 
 
 		 200 aa  85.5  3e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.335106  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1668  Cro/CI family transcriptional regulator  30.91 
 
 		 200 aa  85.9  3e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.118403 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1849  Cro/CI family transcriptional regulator  30.91 
 
 		 200 aa  85.5  4e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.646761  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4938  XRE family transcriptional regulator  28.02 
 
 		 206 aa  85.1  5e-16  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.839761  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4967  transcriptional regulator, XRE family  28.02 
 
 		 218 aa  84  0.000000000000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.454469  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4983  transcriptional regulator, XRE family  28.57 
 
 		 209 aa  84  0.000000000000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0953387  normal  0.300371 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2770  XRE family transcriptional regulator  30.86 
 
 		 192 aa  80.5  0.00000000000001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.169539 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4933  transcriptional regulator, XRE family  27.47 
 
 		 209 aa  79  0.00000000000004  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.131947  normal  0.360863 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4469  helix-turn-helix domain-containing protein  27.47 
 
 		 209 aa  78.6  0.00000000000005  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0872  transcriptional regulator  28.65 
 
 		 192 aa  78.2  0.00000000000006  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.62802  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4454  XRE family transcriptional regulator  26.4 
 
 		 203 aa  76.3  0.0000000000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.561636  normal  0.472987 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0929  XRE family transcriptional regulator  29.88 
 
 		 224 aa  76.3  0.0000000000002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.145461  normal  0.153472 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0116  XRE family transcriptional regulator  25.27 
 
 		 205 aa  76.3  0.0000000000002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.0574196 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1509  putative DNA-binding protein  25 
 
 		 202 aa  75.9  0.0000000000003  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.221821  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0744  XRE family transcriptional regulator  26.7 
 
 		 209 aa  75.9  0.0000000000003  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.541206  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0004  DNA-binding cupin domain-containing protein  25 
 
 		 202 aa  75.9  0.0000000000003  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0004  DNA-binding protein  25 
 
 		 202 aa  75.9  0.0000000000003  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.278794  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5322  XRE family transcriptional regulator  25.57 
 
 		 203 aa  75.1  0.0000000000005  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.869737  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3114  XRE family transcriptional regulator  25 
 
 		 203 aa  75.1  0.0000000000005  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.935644  normal  0.475898 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0005  DNA-binding protein  25 
 
 		 202 aa  74.7  0.0000000000006  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.792058  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1150  DNA-binding protein  25 
 
 		 202 aa  74.7  0.0000000000006  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.129822  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0004  DNA-binding protein  25 
 
 		 202 aa  74.7  0.0000000000006  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1430  DNA-binding protein  25 
 
 		 202 aa  74.7  0.0000000000006  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1211  helix-turn-helix domain-containing protein  26.44 
 
 		 200 aa  74.7  0.0000000000006  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  0.924879 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0921  transcriptional regulator, XRE family  27.53 
 
 		 260 aa  74.7  0.0000000000007  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.746837  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0004  DNA-binding protein  25 
 
 		 202 aa  74.7  0.0000000000007  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0917  transcriptional regulator, XRE family  28.16 
 
 		 192 aa  74.3  0.0000000000008  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5700  XRE family transcriptional regulator  25 
 
 		 203 aa  73.9  0.000000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00441066 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4931  transcriptional regulator, XRE family  28.3 
 
 		 187 aa  73.6  0.000000000001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4537  XRE family transcriptional regulator  25 
 
 		 203 aa  73.9  0.000000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1957  XRE family transcriptional regulator  25.27 
 
 		 208 aa  73.6  0.000000000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.210401  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5159  XRE family transcriptional regulator  25 
 
 		 203 aa  73.9  0.000000000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4971  XRE family transcriptional regulator  24.43 
 
 		 203 aa  73.9  0.000000000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.110875  normal  0.347082 
 
 
-
 
NC_003296  RS04780  putative transcription regulator protein  26.63 
 
 		 205 aa  72.8  0.000000000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS05657  putative DNA-binding transcriptional regulatory transcription regulator protein  26.63 
 
 		 205 aa  72.8  0.000000000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3180  XRE family transcriptional regulator  24.43 
 
 		 203 aa  72.8  0.000000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0950  transcriptional regulator, XRE family  23.63 
 
 		 205 aa  72.4  0.000000000003  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00163253 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7005  transcriptional regulator, XRE family  25 
 
 		 212 aa  72  0.000000000005  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.89282 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0197  XRE family transcriptional regulator  29.19 
 
 		 190 aa  71.2  0.000000000008  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0555347  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_01840  transcriptional regulator, XRE family  26.44 
 
 		 182 aa  69.7  0.00000000002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4158  XRE family transcriptional regulator  24.43 
 
 		 204 aa  69.3  0.00000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1158  XRE family transcriptional regulator  23.84 
 
 		 179 aa  69.3  0.00000000002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  decreased coverage  0.00000119717  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1180  helix-turn-helix domain-containing protein  23.84 
 
 		 179 aa  69.3  0.00000000002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  unclonable  0.000000150819  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2254  XRE family transcriptional regulator  24.84 
 
 		 185 aa  68.9  0.00000000003  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0575156  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2197  transcriptional regulator  24.68 
 
 		 185 aa  67.8  0.00000000007  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.26325  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2542  DNA-binding protein  25.93 
 
 		 185 aa  67.8  0.00000000007  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2877  transcriptional regulator, XRE family  26.38 
 
 		 207 aa  67.8  0.00000000008  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0273  XRE family transcriptional regulator  25.14 
 
 		 176 aa  67.8  0.00000000009  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  decreased coverage  0.0000144131  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2463  DNA-binding protein  24.05 
 
 		 185 aa  67.4  0.0000000001  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2279  DNA-binding protein  24.05 
 
 		 185 aa  67.4  0.0000000001  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.268468  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0943  XRE family transcriptional regulator  29.14 
 
 		 182 aa  67.4  0.0000000001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0275  cupin 2 domain-containing protein  25.14 
 
 		 188 aa  67.4  0.0000000001  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000000353927  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2448  DNA-binding protein  24.05 
 
 		 185 aa  67.4  0.0000000001  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.191992  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2239  transcriptional regulator  24.05 
 
 		 185 aa  66.6  0.0000000002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.0224117  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1943  Cro/CI family transcriptional regulator putative  24.86 
 
 		 189 aa  66.2  0.0000000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.693839  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B3022  XRE family transcriptional regulator  23.3 
 
 		 208 aa  66.6  0.0000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_46710  putative transcriptional regulator  27.88 
 
 		 216 aa  66.6  0.0000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0037508  decreased coverage  0.000000167672 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3161  XRE family transcriptional regulator  25.41 
 
 		 182 aa  65.9  0.0000000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3529  XRE family transcriptional regulator  29.81 
 
 		 200 aa  65.5  0.0000000004  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.295271 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3046  transcriptional regulator  26.67 
 
 		 201 aa  65.5  0.0000000004  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.948594  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2928  DNA-binding protein  22.36 
 
 		 185 aa  65.1  0.0000000005  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00384603 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4110  XRE family transcriptional regulator  28.8 
 
 		 212 aa  65.1  0.0000000005  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.595211  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2346  transcriptional regulator  27.07 
 
 		 215 aa  64.7  0.0000000006  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.958774 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4784  transcriptional regulator, XRE family  25.97 
 
 		 182 aa  64.7  0.0000000007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0510271 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2614  transcriptional regulator  23.46 
 
 		 248 aa  64.3  0.0000000009  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.325655  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3551  transcriptional regulator, XRE family  26.67 
 
 		 196 aa  63.9  0.000000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0678  transcriptional regulator, XRE family  28.98 
 
 		 188 aa  63.9  0.000000001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5143  putative transcriptional regulator, XRE family  24.14 
 
 		 192 aa  63.5  0.000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0117731  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2481  DNA-binding protein  24.05 
 
 		 185 aa  63.2  0.000000002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  decreased coverage  0.00193646  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0733  aldehyde dehydrogenase-like protein  23.73 
 
 		 183 aa  63.2  0.000000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.126553  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2025  aldehyde dehydrogenase-like protein  23.73 
 
 		 189 aa  63.2  0.000000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1457  transcriptional regulator  23.43 
 
 		 188 aa  62.8  0.000000002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  2.96188e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0641  aldehyde dehydrogenase-like protein  23.73 
 
 		 183 aa  63.2  0.000000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5123  hypothetical protein  24.42 
 
 		 198 aa  63.2  0.000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.635702  normal  0.639471 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_34730  XRE family transcriptional regulator  27.56 
 
 		 193 aa  62.8  0.000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0210921  normal  0.262574 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2487  XRE family transcriptional regulator  29.38 
 
 		 189 aa  62.4  0.000000003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0944  transcriptional regulator  25.6 
 
 		 189 aa  62.8  0.000000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3250  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  22.67 
 
 		 189 aa  62.4  0.000000004  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.653673  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2995  transcriptional regulator  28.07 
 
 		 191 aa  62  0.000000004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0735878  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3262  XRE family transcriptional regulator  26.7 
 
 		 193 aa  61.6  0.000000005  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0174683 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2985  XRE family transcriptional regulator  22.86 
 
 		 183 aa  61.6  0.000000006  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2004  MerR family transcriptional regulator  24.69 
 
 		 178 aa  61.6  0.000000006  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00158357  normal  1 
 
 
-
 
NC_002976  SERP0685  Cro/CI family transcriptional regulator  20.93 
 
 		 179 aa  61.2  0.000000008  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4806  putative DNA-binding transcriptional regulator  23.6 
 
 		 203 aa  61.2  0.000000008  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.852816 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6340  XRE family transcriptional regulator  26.14 
 
 		 183 aa  60.8  0.000000009  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2075  helix-turn-helix domain protein  22.99 
 
 		 196 aa  60.8  0.00000001  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.241547  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1816  XRE family transcriptional regulator  27.59 
 
 		 191 aa  60.8  0.00000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00473491  hitchhiker  0.000617218 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3771  transcriptional regulator, XRE family  24.16 
 
 		 198 aa  60.5  0.00000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.471902  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1083  XRE family transcriptional regulator  21.59 
 
 		 199 aa  60.5  0.00000001  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0846857  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4834  transcriptional regulator, XRE family  24.31 
 
 		 182 aa  60.8  0.00000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.197047  normal  0.0345523 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4848  transcriptional regulator, XRE family  24.16 
 
 		 198 aa  60.5  0.00000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2028  transcriptional regulator, XRE family  26.37 
 
 		 194 aa  60.5  0.00000001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.165285  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0980  XRE family transcriptional regulator  26.29 
 
 		 181 aa  60.1  0.00000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000294477  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>