More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bamb_1025 on replicon NC_008390
Organism: Burkholderia ambifaria AMMD



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008390  Bamb_1025  XRE family transcriptional regulator  100 
 
 		 219 aa  435  1e-121  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.976587  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1029  XRE family transcriptional regulator  97.72 
 
 		 219 aa  423  1e-117  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.289543  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1123  XRE family transcriptional regulator  88.35 
 
 		 221 aa  363  1e-99  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0106313  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0668  XRE family transcriptional regulator  87.86 
 
 		 206 aa  361  4e-99  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1147  XRE family transcriptional regulator  87.86 
 
 		 206 aa  361  4e-99  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4259  XRE family transcriptional regulator  86.96 
 
 		 206 aa  361  6e-99  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.655976  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3132  putative transcription regulator protein  81.73 
 
 		 209 aa  339  2e-92  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.25062  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2158  XRE family transcriptional regulator  85.28 
 
 		 224 aa  339  2e-92  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.00315318  normal  0.41098 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1428  DNA-binding protein  66.48 
 
 		 192 aa  229  4e-59  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2085  XRE family transcriptional regulator  57.29 
 
 		 207 aa  220  9.999999999999999e-57  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.323846  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1033  transcriptional regulator, XRE family  57.87 
 
 		 195 aa  218  5e-56  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3174  DNA-binding protein  62.36 
 
 		 195 aa  214  8e-55  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.9176  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2019  DNA-binding protein  61.8 
 
 		 195 aa  212  2.9999999999999995e-54  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.649802  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3191  DNA-binding protein  61.8 
 
 		 195 aa  212  2.9999999999999995e-54  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.479355  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1881  DNA-binding protein  61.8 
 
 		 195 aa  212  2.9999999999999995e-54  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0895  DNA-binding protein  61.8 
 
 		 195 aa  212  2.9999999999999995e-54  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.955987  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0127  transcriptional regulator, XRE family  61.75 
 
 		 193 aa  212  2.9999999999999995e-54  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.116873  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3137  DNA-binding protein  61.45 
 
 		 195 aa  212  3.9999999999999995e-54  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0099  transcriptional regulator, XRE family  57.89 
 
 		 194 aa  212  3.9999999999999995e-54  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.798061 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2728  DNA-binding protein  61.24 
 
 		 195 aa  209  3e-53  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4180  XRE family transcriptional regulator  53.66 
 
 		 199 aa  206  2e-52  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4768  XRE family transcriptional regulator  63.1 
 
 		 193 aa  192  4e-48  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.2486  normal  0.289686 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3471  XRE family transcriptional regulator  46.45 
 
 		 197 aa  167  1e-40  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4522  transcriptional regulator, XRE family  45.05 
 
 		 188 aa  165  4e-40  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0681879  normal  0.0291061 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4257  transcriptional regulator, XRE family  45.05 
 
 		 189 aa  163  2.0000000000000002e-39  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.166003  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0115  transcriptional regulatory protein  46.15 
 
 		 194 aa  150  1e-35  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6405  XRE family transcriptional regulator  41.62 
 
 		 189 aa  138  6e-32  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.146143  normal  0.496408 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_40150  putative transcriptional regulator  46.45 
 
 		 183 aa  135  7.000000000000001e-31  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2210  transcriptional regulator, XRE family  40.51 
 
 		 195 aa  134  9.999999999999999e-31  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.949814  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5130  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  44.38 
 
 		 188 aa  130  2.0000000000000002e-29  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.87177  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0503  transcriptional regulator, XRE family  40.31 
 
 		 194 aa  127  9.000000000000001e-29  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.0483553 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3403  putative transcriptional regulator  43.17 
 
 		 183 aa  126  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2039  transcriptional regulator, XRE family  43.58 
 
 		 187 aa  126  2.0000000000000002e-28  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.558818 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5472  putative transcriptional regulator, XRE family  41.21 
 
 		 198 aa  125  6e-28  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.0377247 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5030  transcriptional regulator, XRE family  39.56 
 
 		 189 aa  122  4e-27  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.938239  normal  0.565327 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5267  transcriptional regulator, XRE family  38.5 
 
 		 190 aa  122  6e-27  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.782951 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1454  XRE family transcriptional regulator  35.64 
 
 		 189 aa  119  3e-26  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.513852  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1354  XRE family transcriptional regulator  37.57 
 
 		 190 aa  119  3e-26  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0758784  decreased coverage  0.00460659 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1655  helix-turn-helix domain protein  36.07 
 
 		 194 aa  116  1.9999999999999998e-25  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  0.00000000652652  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3726  transcriptional regulator, XRE family  35.71 
 
 		 195 aa  115  5e-25  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3563  transcriptional regulator, XRE family  34.97 
 
 		 189 aa  114  1.0000000000000001e-24  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2103  XRE family transcriptional regulator  38.33 
 
 		 191 aa  112  3e-24  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4478  transcriptional regulator  41.36 
 
 		 188 aa  112  4.0000000000000004e-24  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5929  XRE family transcriptional regulator  36.27 
 
 		 202 aa  97.8  1e-19  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.828276  normal  0.0967353 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1265  XRE family transcriptional regulator  35.98 
 
 		 203 aa  84  0.000000000000002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.509144  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5143  putative transcriptional regulator, XRE family  35.36 
 
 		 192 aa  83.6  0.000000000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0117731  normal  1 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0981  DNA-binding protein  31.67 
 
 		 183 aa  82.8  0.000000000000003  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1088  transcriptional regulator  31.11 
 
 		 183 aa  80.1  0.00000000000002  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1265  transcriptional regulator, putative  29.83 
 
 		 182 aa  77.8  0.0000000000001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1058  XRE family transcriptional regulator  29.28 
 
 		 184 aa  77.4  0.0000000000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2921  XRE family transcriptional regulator  29.35 
 
 		 208 aa  76.6  0.0000000000003  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.899455  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3003  XRE family transcriptional regulator  29.35 
 
 		 208 aa  76.6  0.0000000000003  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.252662  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1091  XRE family transcriptional regulator  28.18 
 
 		 182 aa  76.3  0.0000000000003  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.158888  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3100  XRE family transcriptional regulator  29.35 
 
 		 208 aa  76.6  0.0000000000003  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.510523  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1195  XRE family transcriptional regulator  28.73 
 
 		 182 aa  75.9  0.0000000000005  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.152731  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1163  cupin 2 domain-containing protein  28.73 
 
 		 182 aa  75.9  0.0000000000005  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.967119  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2770  XRE family transcriptional regulator  29.79 
 
 		 192 aa  75.9  0.0000000000005  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.169539 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1104  cupin 2 domain-containing protein  28.73 
 
 		 182 aa  75.9  0.0000000000005  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.183758  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3195  transcriptional regulator, XRE family  28.73 
 
 		 182 aa  75.9  0.0000000000005  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.0639399 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0970  XRE family transcriptional regulator  28.73 
 
 		 182 aa  75.5  0.0000000000006  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006365  plpp0134  hypothetical protein  30.34 
 
 		 191 aa  75.5  0.0000000000007  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0943  XRE family transcriptional regulator  28.09 
 
 		 182 aa  75.5  0.0000000000007  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0248  XRE family transcriptional regulator  29.28 
 
 		 182 aa  75.1  0.0000000000008  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_69980  putative transcriptional regulator  29.44 
 
 		 182 aa  74.7  0.0000000000009  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1128  XRE family transcriptional regulator  28.73 
 
 		 182 aa  73.9  0.000000000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47950  Cupin, RmlC-type protein  30.77 
 
 		 182 aa  73.9  0.000000000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6075  putative transcriptional regulator  28.89 
 
 		 182 aa  72.8  0.000000000004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2646  XRE family transcriptional regulator  29.73 
 
 		 182 aa  71.6  0.000000000008  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5320  XRE family transcriptional regulator  30.22 
 
 		 182 aa  71.6  0.000000000009  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.8166  normal  0.310919 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5268  Cro/CI family transcriptional regulator  29.28 
 
 		 182 aa  71.2  0.00000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0275  cupin 2 domain-containing protein  27.17 
 
 		 188 aa  71.2  0.00000000001  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000000353927  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2346  transcriptional regulator  31.02 
 
 		 215 aa  70.9  0.00000000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.958774 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0273  XRE family transcriptional regulator  27.17 
 
 		 176 aa  71.2  0.00000000001  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  decreased coverage  0.0000144131  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5178  XRE family transcriptional regulator  29.28 
 
 		 199 aa  71.6  0.00000000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.174471  normal  0.155373 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1787  Cro/CI family transcriptional regulator  26.02 
 
 		 200 aa  70.9  0.00000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0263563  normal  0.220225 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3586  XRE family transcriptional regulator  33.89 
 
 		 207 aa  70.9  0.00000000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.101767 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1849  Cro/CI family transcriptional regulator  26.02 
 
 		 200 aa  70.5  0.00000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.646761  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1789  transcriptional regulator, Cro/CI family  26.02 
 
 		 200 aa  70.9  0.00000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.225 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1668  Cro/CI family transcriptional regulator  26.02 
 
 		 200 aa  70.9  0.00000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.118403 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4829  cupin 2 domain-containing protein  35.86 
 
 		 182 aa  70.1  0.00000000003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0191257  normal  0.0141237 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3086  transcriptional regulator, putative  31.18 
 
 		 212 aa  69.3  0.00000000004  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0196484  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5523  transcriptional regulator  30.77 
 
 		 182 aa  69.3  0.00000000004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.22086 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0238  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  29.74 
 
 		 199 aa  68.6  0.00000000007  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0772  transcriptional regulator  28.96 
 
 		 204 aa  68.2  0.00000000008  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.855503 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1487  transcriptional regulator, Cro/CI family  25.51 
 
 		 200 aa  67.8  0.0000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.335106  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0105  DNA-binding protein  29.23 
 
 		 199 aa  68.2  0.0000000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0202  XRE family transcriptional regulator  28.73 
 
 		 182 aa  67.8  0.0000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.614203  hitchhiker  0.00167713 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3529  XRE family transcriptional regulator  24.87 
 
 		 200 aa  67.8  0.0000000001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.295271 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4589  transcriptional regulator, XRE family  25.84 
 
 		 188 aa  67.4  0.0000000002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2231  XRE family transcriptional regulator  28.09 
 
 		 187 aa  67  0.0000000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000245077 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2614  transcriptional regulator  29.67 
 
 		 248 aa  65.1  0.0000000008  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.325655  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2075  helix-turn-helix domain protein  29.78 
 
 		 196 aa  65.1  0.0000000008  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.241547  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2913  XRE family transcriptional regulator  27.98 
 
 		 199 aa  64.3  0.000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0230  transcriptional regulator  29.12 
 
 		 197 aa  64.7  0.000000001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4931  transcriptional regulator, XRE family  27.51 
 
 		 187 aa  63.5  0.000000002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1507  transcriptional regulator, XRE family  26.87 
 
 		 211 aa  63.5  0.000000002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_34730  XRE family transcriptional regulator  31.35 
 
 		 193 aa  63.5  0.000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0210921  normal  0.262574 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2868  Cro/CI family transcriptional regulator  27.46 
 
 		 199 aa  63.2  0.000000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0929  XRE family transcriptional regulator  30.06 
 
 		 224 aa  63.2  0.000000003  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.145461  normal  0.153472 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0831  XRE family transcriptional regulator  27.13 
 
 		 183 aa  63.2  0.000000003  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.000078794  normal  0.173113 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>