More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RSc3132 on replicon NC_003295
Organism: Ralstonia solanacearum GMI1000



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003295  RSc3132  putative transcription regulator protein  100 
 
 		 209 aa  423  1e-118  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.25062  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1029  XRE family transcriptional regulator  81.73 
 
 		 219 aa  343  8.999999999999999e-94  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.289543  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1025  XRE family transcriptional regulator  81.73 
 
 		 219 aa  339  2e-92  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.976587  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1123  XRE family transcriptional regulator  79.02 
 
 		 221 aa  321  4e-87  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0106313  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0668  XRE family transcriptional regulator  79.51 
 
 		 206 aa  321  6e-87  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1147  XRE family transcriptional regulator  79.51 
 
 		 206 aa  321  6e-87  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4259  XRE family transcriptional regulator  81.58 
 
 		 206 aa  318  3e-86  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.655976  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2158  XRE family transcriptional regulator  80.31 
 
 		 224 aa  310  9e-84  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.00315318  normal  0.41098 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2085  XRE family transcriptional regulator  60.94 
 
 		 207 aa  229  2e-59  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.323846  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1033  transcriptional regulator, XRE family  63.3 
 
 		 195 aa  227  8e-59  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1428  DNA-binding protein  60.11 
 
 		 192 aa  211  7.999999999999999e-54  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4180  XRE family transcriptional regulator  58.03 
 
 		 199 aa  208  4e-53  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0099  transcriptional regulator, XRE family  55.9 
 
 		 194 aa  204  7e-52  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.798061 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0127  transcriptional regulator, XRE family  56.48 
 
 		 193 aa  200  9.999999999999999e-51  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.116873  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3174  DNA-binding protein  58.99 
 
 		 195 aa  200  1.9999999999999998e-50  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.9176  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2019  DNA-binding protein  58.43 
 
 		 195 aa  198  5e-50  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.649802  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3191  DNA-binding protein  58.43 
 
 		 195 aa  198  5e-50  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.479355  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1881  DNA-binding protein  58.43 
 
 		 195 aa  198  5e-50  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0895  DNA-binding protein  58.43 
 
 		 195 aa  198  5e-50  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.955987  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3137  DNA-binding protein  58.1 
 
 		 195 aa  198  6e-50  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2728  DNA-binding protein  57.87 
 
 		 195 aa  195  4.0000000000000005e-49  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4768  XRE family transcriptional regulator  58.33 
 
 		 193 aa  177  1e-43  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.2486  normal  0.289686 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3471  XRE family transcriptional regulator  48.91 
 
 		 197 aa  173  1.9999999999999998e-42  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4257  transcriptional regulator, XRE family  44.51 
 
 		 189 aa  160  2e-38  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.166003  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4522  transcriptional regulator, XRE family  43.96 
 
 		 188 aa  157  1e-37  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0681879  normal  0.0291061 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0115  transcriptional regulatory protein  44.51 
 
 		 194 aa  144  1e-33  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_40150  putative transcriptional regulator  46.45 
 
 		 183 aa  139  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6405  XRE family transcriptional regulator  39.89 
 
 		 189 aa  134  9.999999999999999e-31  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.146143  normal  0.496408 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3403  putative transcriptional regulator  42.16 
 
 		 183 aa  130  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0503  transcriptional regulator, XRE family  39.15 
 
 		 194 aa  129  4.0000000000000003e-29  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.0483553 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2210  transcriptional regulator, XRE family  40.76 
 
 		 195 aa  127  9.000000000000001e-29  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.949814  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2039  transcriptional regulator, XRE family  42.13 
 
 		 187 aa  124  1e-27  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.558818 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5130  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  42.7 
 
 		 188 aa  124  1e-27  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.87177  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1454  XRE family transcriptional regulator  35.64 
 
 		 189 aa  119  1.9999999999999998e-26  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.513852  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5267  transcriptional regulator, XRE family  37.04 
 
 		 190 aa  120  1.9999999999999998e-26  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.782951 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1354  XRE family transcriptional regulator  36.22 
 
 		 190 aa  115  6e-25  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0758784  decreased coverage  0.00460659 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3563  transcriptional regulator, XRE family  35.68 
 
 		 189 aa  115  6e-25  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2103  XRE family transcriptional regulator  38.33 
 
 		 191 aa  114  1.0000000000000001e-24  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4478  transcriptional regulator  40.44 
 
 		 188 aa  113  2.0000000000000002e-24  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3726  transcriptional regulator, XRE family  35.16 
 
 		 195 aa  112  3e-24  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5472  putative transcriptional regulator, XRE family  37.91 
 
 		 198 aa  111  9e-24  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.0377247 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1655  helix-turn-helix domain protein  34.97 
 
 		 194 aa  110  2.0000000000000002e-23  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  0.00000000652652  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5030  transcriptional regulator, XRE family  37.36 
 
 		 189 aa  109  3e-23  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.938239  normal  0.565327 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5929  XRE family transcriptional regulator  36.6 
 
 		 202 aa  97.1  2e-19  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.828276  normal  0.0967353 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1265  XRE family transcriptional regulator  36.87 
 
 		 203 aa  91.7  6e-18  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.509144  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2346  transcriptional regulator  32.42 
 
 		 215 aa  89.4  3e-17  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.958774 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3086  transcriptional regulator, putative  35.05 
 
 		 212 aa  84.7  0.000000000000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0196484  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0943  XRE family transcriptional regulator  27.47 
 
 		 182 aa  77.4  0.0000000000001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0981  DNA-binding protein  30.34 
 
 		 183 aa  76.3  0.0000000000003  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_34730  XRE family transcriptional regulator  33.68 
 
 		 193 aa  76.3  0.0000000000004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0210921  normal  0.262574 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47950  Cupin, RmlC-type protein  28.49 
 
 		 182 aa  75.5  0.0000000000006  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0248  XRE family transcriptional regulator  27.47 
 
 		 182 aa  74.7  0.0000000000009  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0273  XRE family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 176 aa  73.2  0.000000000002  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  decreased coverage  0.0000144131  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1058  XRE family transcriptional regulator  26.92 
 
 		 184 aa  73.2  0.000000000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006365  plpp0134  hypothetical protein  29.38 
 
 		 191 aa  73.9  0.000000000002  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1088  transcriptional regulator  29.78 
 
 		 183 aa  73.6  0.000000000002  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2770  XRE family transcriptional regulator  28.8 
 
 		 192 aa  73.2  0.000000000002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.169539 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4589  transcriptional regulator, XRE family  27.22 
 
 		 188 aa  73.6  0.000000000002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0275  cupin 2 domain-containing protein  28.57 
 
 		 188 aa  73.2  0.000000000003  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000000353927  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5143  putative transcriptional regulator, XRE family  34.78 
 
 		 192 aa  72.4  0.000000000004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0117731  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0970  XRE family transcriptional regulator  26.92 
 
 		 182 aa  71.2  0.000000000009  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1265  transcriptional regulator, putative  26.37 
 
 		 182 aa  71.2  0.00000000001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2646  XRE family transcriptional regulator  26.92 
 
 		 182 aa  70.9  0.00000000001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1457  transcriptional regulator  26.94 
 
 		 188 aa  71.2  0.00000000001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  2.96188e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1163  cupin 2 domain-containing protein  26.37 
 
 		 182 aa  70.9  0.00000000001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.967119  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3100  XRE family transcriptional regulator  27.03 
 
 		 208 aa  71.2  0.00000000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.510523  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1195  XRE family transcriptional regulator  26.37 
 
 		 182 aa  70.9  0.00000000001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.152731  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1104  cupin 2 domain-containing protein  26.37 
 
 		 182 aa  70.9  0.00000000001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.183758  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2921  XRE family transcriptional regulator  27.03 
 
 		 208 aa  71.2  0.00000000001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.899455  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3003  XRE family transcriptional regulator  27.03 
 
 		 208 aa  71.2  0.00000000001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.252662  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3195  transcriptional regulator, XRE family  26.37 
 
 		 182 aa  70.9  0.00000000001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.0639399 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1128  XRE family transcriptional regulator  26.37 
 
 		 182 aa  70.1  0.00000000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1091  XRE family transcriptional regulator  27.03 
 
 		 182 aa  70.1  0.00000000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.158888  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0319  XRE family transcriptional regulator  28.65 
 
 		 191 aa  70.5  0.00000000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.00000000379854  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1555  transcriptional regulator  28.12 
 
 		 181 aa  70.1  0.00000000002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6075  putative transcriptional regulator  26.92 
 
 		 182 aa  69.7  0.00000000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0424  XRE family transcriptional regulator  27.87 
 
 		 188 aa  69.7  0.00000000003  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0324  XRE family transcriptional regulator  28 
 
 		 191 aa  69.3  0.00000000003  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000421536  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2614  transcriptional regulator  29.47 
 
 		 248 aa  69.3  0.00000000004  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.325655  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3700  XRE family transcriptional regulator  28.9 
 
 		 191 aa  69.3  0.00000000004  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00000696836  normal  0.275941 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_69980  putative transcriptional regulator  26.92 
 
 		 182 aa  69.3  0.00000000004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0328  transcriptional regulator, XRE family  27.07 
 
 		 191 aa  68.9  0.00000000005  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.000000000353964  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0321  XRE family transcriptional regulator  27.07 
 
 		 191 aa  68.9  0.00000000005  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000000250107  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0327  XRE family transcriptional regulator  27.07 
 
 		 191 aa  68.9  0.00000000005  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00000523898  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1064  transciptional regulator  28.57 
 
 		 195 aa  68.6  0.00000000007  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0929  XRE family transcriptional regulator  29.09 
 
 		 224 aa  68.2  0.00000000008  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.145461  normal  0.153472 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1083  XRE family transcriptional regulator  27.49 
 
 		 199 aa  68.2  0.00000000008  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0846857  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2279  DNA-binding protein  24.71 
 
 		 185 aa  67.4  0.0000000001  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.268468  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2239  transcriptional regulator  24.71 
 
 		 185 aa  68.2  0.0000000001  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.0224117  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2448  DNA-binding protein  24.71 
 
 		 185 aa  67.4  0.0000000001  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.191992  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2231  XRE family transcriptional regulator  27.43 
 
 		 187 aa  67.4  0.0000000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000245077 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0437  transcriptional regulator  25.29 
 
 		 212 aa  67.8  0.0000000001  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.686873 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2463  DNA-binding protein  24.71 
 
 		 185 aa  67.4  0.0000000001  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0772  transcriptional regulator  26.04 
 
 		 204 aa  67.8  0.0000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.855503 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0323  XRE family transcriptional regulator  27.07 
 
 		 191 aa  67.4  0.0000000001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.00000000737434  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4829  cupin 2 domain-containing protein  34.48 
 
 		 182 aa  66.6  0.0000000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0191257  normal  0.0141237 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3325  transcriptional regulator, XRE family  31.09 
 
 		 229 aa  67  0.0000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.610712  normal  0.167348 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2197  transcriptional regulator  24.71 
 
 		 185 aa  67  0.0000000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.26325  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5320  XRE family transcriptional regulator  26.4 
 
 		 182 aa  67.4  0.0000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.8166  normal  0.310919 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1849  Cro/CI family transcriptional regulator  26.04 
 
 		 200 aa  67.4  0.0000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.646761  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>