More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Acid345_0267 on replicon NC_008009
Organism: Candidatus Koribacter versatilis Ellin345



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008009  Acid345_0267  XRE family transcriptional regulator  100 
 
 		 118 aa  243  6.999999999999999e-64  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.257195  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2505  XRE family transcriptional regulator  40.96 
 
 		 220 aa  65.5  0.0000000002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0273  XRE family transcriptional regulator  42.65 
 
 		 176 aa  63.5  0.0000000009  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  decreased coverage  0.0000144131  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0274  transcriptional regulator, XRE family  35.77 
 
 		 205 aa  62.4  0.000000002  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.64998  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0275  cupin 2 domain-containing protein  41.18 
 
 		 188 aa  61.6  0.000000004  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000000353927  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0679  transcriptional regulator, XRE family  31.9 
 
 		 105 aa  60.5  0.000000008  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1338  XRE family transcriptional regulator  37.14 
 
 		 198 aa  58.2  0.00000003  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4802  helix-turn-helix domain protein  42.86 
 
 		 233 aa  57  0.00000009  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.329061  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0710  putative prophage repressor  43.55 
 
 		 245 aa  55.8  0.0000002  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0891  XRE family transcriptional regulator  29.73 
 
 		 106 aa  55.5  0.0000002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0165  transcriptional regulator, XRE family  41.79 
 
 		 201 aa  55.1  0.0000003  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0398  XRE family transcriptional regulator  31.65 
 
 		 244 aa  55.5  0.0000003  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1154  XRE family transcriptional regulator  34.78 
 
 		 204 aa  55.5  0.0000003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0376883  normal  0.48606 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0450  XRE family transcriptional regulator  41.67 
 
 		 180 aa  55.1  0.0000003  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0885  XRE family transcriptional regulator  32.91 
 
 		 218 aa  54.7  0.0000004  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2004  MerR family transcriptional regulator  33.04 
 
 		 178 aa  54.7  0.0000005  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00158357  normal  1 
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5087  XRE family transcriptional regulator  38.71 
 
 		 78 aa  54.3  0.0000006  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.00000142264  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4004  transcriptional regulator, XRE family  26.77 
 
 		 181 aa  54.3  0.0000006  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2711  XRE family transcriptional regulator  36.47 
 
 		 112 aa  54.3  0.0000006  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.256888  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1668  transcriptional regulator, XRE family  41.94 
 
 		 256 aa  53.9  0.0000008  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000231765  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1158  XRE family transcriptional regulator  35.38 
 
 		 179 aa  53.5  0.0000009  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  decreased coverage  0.00000119717  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1180  helix-turn-helix domain-containing protein  35.38 
 
 		 179 aa  53.5  0.0000009  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  unclonable  0.000000150819  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_01840  transcriptional regulator, XRE family  36.51 
 
 		 182 aa  53.1  0.000001  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2946  transcriptional regulator  42.19 
 
 		 197 aa  53.5  0.000001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4589  transcriptional regulator, XRE family  36.76 
 
 		 188 aa  53.1  0.000001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3035  XRE family transcriptional regulator  37.7 
 
 		 208 aa  53.1  0.000001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.348685 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0889  XRE family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 210 aa  52.8  0.000002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1912  putative prophage repressor  46.43 
 
 		 196 aa  52.4  0.000002  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0763  putative DNA-binding protein  32.86 
 
 		 215 aa  52  0.000002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0887  XRE family transcriptional regulator  34.38 
 
 		 218 aa  52.4  0.000002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1871  putative HTH-type transcriptional regulator  43.33 
 
 		 215 aa  52.8  0.000002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0589891  normal  0.573197 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0751  XRE family transcriptional regulator  38.46 
 
 		 179 aa  52.4  0.000002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000000101746  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0875  XRE family transcriptional regulator  35.94 
 
 		 77 aa  52  0.000003  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.000023095  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1328  XRE family transcriptional regulator  29.89 
 
 		 174 aa  52  0.000003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.0000000000725972  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1479  putative prophage repressor  39.39 
 
 		 206 aa  52  0.000003  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.734418  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1558  cupin 2 domain-containing protein  39.13 
 
 		 180 aa  52  0.000003  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6009  XRE family transcriptional regulator  38.71 
 
 		 219 aa  51.6  0.000004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.285081  hitchhiker  0.00726065 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3046  transcriptional regulator  41.94 
 
 		 201 aa  51.2  0.000004  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.948594  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2714  XRE family transcriptional regulator  41.1 
 
 		 204 aa  51.6  0.000004  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0572  cupin 2 domain-containing protein  31.82 
 
 		 178 aa  51.6  0.000004  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0943  XRE family transcriptional regulator  36.51 
 
 		 182 aa  51.2  0.000005  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3268  XRE family transcriptional regulator  37.93 
 
 		 91 aa  51.2  0.000005  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_67  hypothetical protein  38.71 
 
 		 72 aa  50.8  0.000005  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0321  XRE family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 191 aa  51.2  0.000005  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000000250107  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2483  transcriptional regulator, XRE family  29.35 
 
 		 143 aa  50.8  0.000006  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0025  putative DNA-binding protein  37.1 
 
 		 81 aa  50.4  0.000007  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0532078  normal  0.345409 
 
 
-
 
NC_002976  SERP0685  Cro/CI family transcriptional regulator  32.35 
 
 		 179 aa  50.4  0.000008  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0058  transcriptional regulator, XRE family  33.75 
 
 		 112 aa  50.4  0.000008  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0711688  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4257  transcriptional regulator, XRE family  34.25 
 
 		 189 aa  50.4  0.000008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.166003  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2571  transcriptional regulator, XRE family  38.1 
 
 		 192 aa  50.4  0.000008  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  decreased coverage  0.00000000481124  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0869  XRE family transcriptional regulator  39.68 
 
 		 209 aa  50.4  0.000008  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1265  transcriptional regulator, putative  32.93 
 
 		 182 aa  50.1  0.000009  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0327  XRE family transcriptional regulator  32.35 
 
 		 191 aa  49.7  0.00001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00000523898  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3298  Cro/CI family transcriptional regulator  36.51 
 
 		 187 aa  49.7  0.00001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1987  transcriptional regulator, XRE family  37.1 
 
 		 187 aa  49.7  0.00001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.144245  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6629  putative Phage-related transcriptional regulator  37.29 
 
 		 143 aa  50.1  0.00001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.275503 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0683  XRE family transcriptional regulator  29.29 
 
 		 239 aa  49.7  0.00001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4209  XRE family transcriptional regulator  40.32 
 
 		 194 aa  49.7  0.00001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.940435  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3247  XRE family transcriptional regulator  36.51 
 
 		 187 aa  49.7  0.00001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000592797 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_06770  transcriptional regulator  36.36 
 
 		 489 aa  49.7  0.00001  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.949032  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1195  XRE family transcriptional regulator  35.62 
 
 		 182 aa  50.1  0.00001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.152731  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1481  XRE family transcriptional regulator  26.39 
 
 		 97 aa  49.7  0.00001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.817787 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1414  XRE family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 179 aa  49.7  0.00001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.0298473 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4897  XRE family transcriptional regulator  36.51 
 
 		 219 aa  50.1  0.00001  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1444  cupin 2 domain-containing protein  33.04 
 
 		 192 aa  49.7  0.00001  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1585  transcriptional regulator, XRE family  36.14 
 
 		 124 aa  50.1  0.00001  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.772364  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3195  transcriptional regulator, XRE family  35.62 
 
 		 182 aa  50.1  0.00001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.0639399 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4986  XRE family transcriptional regulator  36.51 
 
 		 219 aa  50.1  0.00001  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1163  cupin 2 domain-containing protein  35.62 
 
 		 182 aa  50.1  0.00001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.967119  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1104  cupin 2 domain-containing protein  35.62 
 
 		 182 aa  50.1  0.00001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.183758  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5265  XRE family transcriptional regulator  36.51 
 
 		 219 aa  50.1  0.00001  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.223709 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2540  Cro/CI family transcriptional regulator  35.94 
 
 		 181 aa  49.3  0.00002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0424  XRE family transcriptional regulator  32.35 
 
 		 188 aa  49.3  0.00002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2327  transcriptional regulator, XRE family  38.71 
 
 		 189 aa  48.9  0.00002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1197  XRE family transcriptional regulator  34.78 
 
 		 107 aa  49.3  0.00002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0325651  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2231  XRE family transcriptional regulator  32.31 
 
 		 187 aa  48.9  0.00002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000245077 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0901  XRE family transcriptional regulator  35.94 
 
 		 181 aa  49.3  0.00002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000108423 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0328  transcriptional regulator, XRE family  32.35 
 
 		 191 aa  49.3  0.00002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.000000000353964  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1458  transcriptional regulator, XRE family  31.18 
 
 		 114 aa  48.9  0.00002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2305  XRE family transcriptional regulator  36.76 
 
 		 130 aa  49.3  0.00002  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.0843666 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0461  XRE family transcriptional regulator  26.39 
 
 		 97 aa  49.3  0.00002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.171408  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2320  transcriptional regulator, XRE family  38.1 
 
 		 188 aa  49.3  0.00002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1889  transcriptional regulator, XRE family  38.1 
 
 		 188 aa  49.3  0.00002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1668  transcriptional regulator, XRE family  36.51 
 
 		 188 aa  48.9  0.00002  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.580406  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3700  XRE family transcriptional regulator  32.35 
 
 		 191 aa  48.9  0.00002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00000696836  normal  0.275941 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0594  transcriptional regulator, XRE family  30.88 
 
 		 117 aa  49.3  0.00002  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0319  XRE family transcriptional regulator  32.35 
 
 		 191 aa  48.9  0.00002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.00000000379854  normal  1 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6574  transcriptional regulator, XRE family  38.71 
 
 		 227 aa  48.9  0.00002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0448941 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1396  transcriptional regulator, XRE family  38.71 
 
 		 96 aa  49.3  0.00002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3080  XRE family transcriptional regulator  38.71 
 
 		 181 aa  48.9  0.00002  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.995144  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0325  XRE family transcriptional regulator  32.18 
 
 		 192 aa  48.9  0.00003  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4443  DNA-binding protein  38.71 
 
 		 181 aa  48.9  0.00003  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4105  transcriptional regulator  38.71 
 
 		 181 aa  48.9  0.00003  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2094  transcriptional regulator Cro/CI family protein  33.82 
 
 		 188 aa  48.5  0.00003  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3593  XRE family transcriptional regulator  36.07 
 
 		 76 aa  48.5  0.00003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.283454  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0240  XRE family transcriptional regulator  35.29 
 
 		 81 aa  48.5  0.00003  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.000000370797  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0230  transcriptional regulator  31.88 
 
 		 197 aa  48.5  0.00003  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1003  XRE family transcriptional regulator  34.78 
 
 		 107 aa  48.5  0.00003  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.77905  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5514  XRE family transcriptional regulator  36.51 
 
 		 222 aa  48.5  0.00003  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.388539 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1091  XRE family transcriptional regulator  31.71 
 
 		 182 aa  48.5  0.00003  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.158888  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>