More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputW619_3593 on replicon NC_010501
Organism: Pseudomonas putida W619



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010501  PputW619_3593  XRE family transcriptional regulator  100 
 
 		 76 aa  156  8e-38  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.283454  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3421  transcriptional regulator, XRE family  70 
 
 		 154 aa  94.4  5e-19  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5795  putative transcription regulator  70.69 
 
 		 154 aa  91.3  4e-18  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.372775  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2573  transcriptional regulator, XRE family  44.29 
 
 		 77 aa  73.2  0.000000000001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5087  XRE family transcriptional regulator  48.53 
 
 		 78 aa  73.2  0.000000000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.00000142264  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1154  transcriptional regulator, XRE family  50 
 
 		 72 aa  73.2  0.000000000001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1878  transcriptional regulator, XRE family  48.53 
 
 		 70 aa  68.9  0.00000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1555  DNA-binding protein  45.59 
 
 		 72 aa  65.5  0.0000000002  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  decreased coverage  0.00000236293  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_67  hypothetical protein  44.93 
 
 		 72 aa  65.1  0.0000000003  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1155  transcriptional regulator, XRE family  40.58 
 
 		 76 aa  65.1  0.0000000003  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2572  transcriptional regulator, XRE family  41.79 
 
 		 76 aa  64.7  0.0000000004  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2195  XRE family transcriptional regulator  46.88 
 
 		 83 aa  64.3  0.0000000005  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004349  SO_A0002  type II restriction-modification system activator, putative  40.58 
 
 		 75 aa  61.6  0.000000004  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  hitchhiker  0.00243501  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0889  XRE family transcriptional regulator  42.11 
 
 		 81 aa  61.2  0.000000005  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013224  Dret_2524  transcriptional regulator, XRE family  42.86 
 
 		 76 aa  60.5  0.000000008  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.000972778  normal  1 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0101  XRE family transcriptional regulator  46.27 
 
 		 71 aa  59.3  0.00000002  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.000000391644  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0299  XRE family transcriptional regulator  46.27 
 
 		 71 aa  59.3  0.00000002  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.00000289962  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0572  cupin 2 domain-containing protein  37.7 
 
 		 178 aa  57.8  0.00000005  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1033  transcriptional regulator, XRE family  40.3 
 
 		 195 aa  57.4  0.00000006  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0995  transcriptional regulator, XRE family  36.62 
 
 		 72 aa  57.4  0.00000006  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  0.651052 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1921  transcriptional regulator, XRE family  37.31 
 
 		 78 aa  57  0.00000008  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.339052  normal  0.010603 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3132  putative transcription regulator protein  40.91 
 
 		 209 aa  56.6  0.0000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.25062  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0252  XRE family transcriptional regulator  38.89 
 
 		 90 aa  56.6  0.0000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2711  XRE family transcriptional regulator  34.78 
 
 		 112 aa  56.2  0.0000002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.256888  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2559  transcriptional regulator, XRE family  38.71 
 
 		 71 aa  55.8  0.0000002  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0127  transcriptional regulator, XRE family  38.24 
 
 		 193 aa  55.8  0.0000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.116873  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4136  XRE family transcriptional regulator  43.94 
 
 		 78 aa  56.2  0.0000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.527123  normal  0.419565 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2158  XRE family transcriptional regulator  36.84 
 
 		 224 aa  55.1  0.0000003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.00315318  normal  0.41098 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0985  transcriptional regulator, XRE family  45.9 
 
 		 83 aa  54.7  0.0000004  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  hitchhiker  0.00196627  normal  1 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1325  cupin 2 domain-containing protein  32.79 
 
 		 175 aa  54.7  0.0000004  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013164  Apre_1799  transcriptional regulator, XRE family  38.33 
 
 		 78 aa  54.7  0.0000005  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0586  XRE family transcriptional regulator  42.62 
 
 		 134 aa  54.7  0.0000005  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0273  XRE family transcriptional regulator  31.15 
 
 		 176 aa  53.9  0.0000006  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  decreased coverage  0.0000144131  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0099  transcriptional regulator, XRE family  38.46 
 
 		 194 aa  53.9  0.0000006  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.798061 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4180  XRE family transcriptional regulator  44.07 
 
 		 199 aa  53.9  0.0000007  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0275  cupin 2 domain-containing protein  31.15 
 
 		 188 aa  53.5  0.0000009  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000000353927  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3324  Cro/CI family transcriptional regulator  40 
 
 		 212 aa  52.8  0.000001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1555  putative transcriptional regulator  40.98 
 
 		 208 aa  53.5  0.000001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.602269  normal  0.341998 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2314  XRE family transcriptional regulator  43.86 
 
 		 208 aa  53.5  0.000001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.059917  normal  1 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0274  transcriptional regulator, XRE family  36.67 
 
 		 205 aa  53.1  0.000001  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.64998  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3920  transcriptional regulator, XRE family  43.33 
 
 		 72 aa  53.5  0.000001  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  decreased coverage  0.00000806628  normal  0.211868 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1414  XRE family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 179 aa  53.1  0.000001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.0298473 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3871  transcriptional regulator, XRE family  43.33 
 
 		 72 aa  53.5  0.000001  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5955  transcriptional regulator, XRE family  41.33 
 
 		 81 aa  52.8  0.000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0751  XRE family transcriptional regulator  37.7 
 
 		 179 aa  53.5  0.000001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000000101746  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1820  DNA-binding protein  44.62 
 
 		 94 aa  52  0.000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0931  DNA-binding protein  44.62 
 
 		 94 aa  52  0.000002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0364  transcriptional regulator  44.62 
 
 		 94 aa  52  0.000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.854921  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3471  XRE family transcriptional regulator  40.62 
 
 		 197 aa  52  0.000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2085  XRE family transcriptional regulator  36.23 
 
 		 207 aa  52.4  0.000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.323846  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1574  XRE family transcriptional regulator  43.86 
 
 		 57 aa  52.8  0.000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1959  transcriptional regulator, XRE family  39.71 
 
 		 73 aa  52.8  0.000002  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.127837  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1855  XRE family transcriptional regulator  43.08 
 
 		 177 aa  52.8  0.000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.21785 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3441  XRE family transcriptional regulator  40.58 
 
 		 187 aa  52.4  0.000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.404086 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1136  helix-turn-helix domain-containing protein  41.07 
 
 		 77 aa  52.4  0.000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1410  DNA-binding protein  44.62 
 
 		 94 aa  52  0.000002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0450  DNA-binding protein  44.62 
 
 		 94 aa  52  0.000002  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.40319  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0197  DNA-binding protein  44.62 
 
 		 94 aa  52  0.000002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.846925  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2624  XRE family transcriptional regulator  43.94 
 
 		 73 aa  52  0.000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.930034 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4210  XRE family transcriptional regulator  37.84 
 
 		 106 aa  51.6  0.000003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0378977 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4036  transcriptional regulator, XRE family  42.03 
 
 		 84 aa  52  0.000003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.610056  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3490  XRE family transcriptional regulator  41.94 
 
 		 76 aa  51.6  0.000004  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.23046  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5935  transcriptional regulator, XRE family  44.07 
 
 		 67 aa  51.6  0.000004  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1907  XRE family transcriptional regulator  44.62 
 
 		 94 aa  51.2  0.000004  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.512195  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4003  XRE family transcriptional regulator  43.94 
 
 		 73 aa  51.6  0.000004  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.168012 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2222  DNA-binding protein  34.43 
 
 		 179 aa  51.2  0.000004  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3515  XRE family transcriptional regulator  43.94 
 
 		 73 aa  51.6  0.000004  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1547  helix-turn-helix domain-containing protein  45 
 
 		 90 aa  51.6  0.000004  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0103504  normal  0.0779138 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3035  XRE family transcriptional regulator  37.31 
 
 		 208 aa  51.6  0.000004  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.348685 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2232  Cro/CI family transcriptional regulator  41.54 
 
 		 177 aa  51.2  0.000005  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3942  transcriptional regulator, XRE family  41.54 
 
 		 197 aa  51.2  0.000005  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.534044  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3508  XRE family transcriptional regulator  41.54 
 
 		 187 aa  51.2  0.000005  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.0510026 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1934  DNA-binding protein  34.43 
 
 		 179 aa  51.2  0.000005  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1083  XRE family transcriptional regulator  36.49 
 
 		 199 aa  51.2  0.000005  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0846857  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1097  transcription regulator protein  41.67 
 
 		 113 aa  50.8  0.000006  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.34059 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1971  XRE family transcriptional regulator  38.71 
 
 		 112 aa  50.8  0.000006  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.910423 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3411  transcriptional regulator, XRE family  38.98 
 
 		 183 aa  50.8  0.000006  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5723  transcriptional regulator, XRE family  37.5 
 
 		 90 aa  50.8  0.000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.118479  normal  0.785242 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5912  XRE family transcriptional regulator  39.34 
 
 		 213 aa  50.8  0.000006  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0122  XRE family transcriptional regulator  43.55 
 
 		 91 aa  50.8  0.000006  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.347741  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0914  transcriptional regulator, XRE family  36.76 
 
 		 96 aa  50.8  0.000006  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1907  XRE family transcriptional regulator  40.98 
 
 		 107 aa  50.8  0.000006  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1725  transcriptional regulator, XRE family  39.68 
 
 		 145 aa  50.8  0.000007  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0763  putative DNA-binding protein  32.79 
 
 		 215 aa  50.8  0.000007  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0455  transcriptional regulator, XRE family  45.16 
 
 		 78 aa  50.4  0.000007  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.181853  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4110  XRE family transcriptional regulator  36.67 
 
 		 212 aa  50.4  0.000007  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.595211  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1021  DNA-binding protein  34.43 
 
 		 180 aa  50.8  0.000007  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.00000053147  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1812  XRE family transcriptional regulator  38.98 
 
 		 72 aa  50.4  0.000008  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.330526  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4003  transcriptional regulator, XRE family  37.93 
 
 		 61 aa  50.4  0.000009  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2753  XRE family transcriptional regulator  33.9 
 
 		 81 aa  50.4  0.000009  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2019  DNA-binding protein  38.46 
 
 		 195 aa  49.7  0.00001  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.649802  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0802  transcriptional regulator, XRE family  39.34 
 
 		 106 aa  49.7  0.00001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.237035 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3191  DNA-binding protein  38.46 
 
 		 195 aa  49.7  0.00001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.479355  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0875  XRE family transcriptional regulator  37.1 
 
 		 77 aa  50.1  0.00001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.000023095  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0529  XRE family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 205 aa  50.1  0.00001  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.00000109326  normal  0.171352 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1881  DNA-binding protein  38.46 
 
 		 195 aa  49.7  0.00001  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0389  XRE family transcriptional regulator  35.71 
 
 		 178 aa  49.7  0.00001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.762812  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1123  XRE family transcriptional regulator  37.88 
 
 		 221 aa  50.1  0.00001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0106313  normal  1 
 
 
-
 
NC_008703  Mkms_5594  XRE family transcriptional regulator  37.18 
 
 		 92 aa  50.1  0.00001  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0895  DNA-binding protein  38.46 
 
 		 195 aa  49.7  0.00001  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.955987  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>