More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dred_0891 on replicon NC_009253
Organism: Desulfotomaculum reducens MI-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009253  Dred_0891  XRE family transcriptional regulator  100 
 
 		 106 aa  216  6e-56  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0885  XRE family transcriptional regulator  45.71 
 
 		 218 aa  94.7  3e-19  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0284  XRE family transcriptional regulator  46.07 
 
 		 101 aa  89.7  1e-17  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.214235  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0887  XRE family transcriptional regulator  44.76 
 
 		 218 aa  90.1  1e-17  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2483  transcriptional regulator, XRE family  41.67 
 
 		 143 aa  87.8  5e-17  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2435  transcriptional regulator, XRE family  36.89 
 
 		 105 aa  77  0.00000000000008  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0889  XRE family transcriptional regulator  38.1 
 
 		 210 aa  73.6  0.000000000001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0874  helix-turn-helix domain-containing protein  38.61 
 
 		 206 aa  71.6  0.000000000004  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.000967944  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0710  putative prophage repressor  40.26 
 
 		 245 aa  68.2  0.00000000004  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4004  transcriptional regulator, XRE family  31.03 
 
 		 181 aa  67  0.00000000008  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3917  transcriptional regulator, XRE family  34.62 
 
 		 104 aa  67  0.00000000009  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000153892  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1696  transcriptional regulator, XRE family  35.56 
 
 		 371 aa  64.7  0.0000000004  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.324356  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4257  transcriptional regulator, XRE family  43.48 
 
 		 189 aa  61.6  0.000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.166003  normal  1 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0273  XRE family transcriptional regulator  45.31 
 
 		 176 aa  59.7  0.00000001  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  decreased coverage  0.0000144131  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1325  cupin 2 domain-containing protein  39.13 
 
 		 175 aa  58.2  0.00000004  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0275  cupin 2 domain-containing protein  43.75 
 
 		 188 aa  57.4  0.00000006  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000000353927  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1231  XRE family transcriptional regulator  40.32 
 
 		 69 aa  57  0.00000008  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0450833  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0679  transcriptional regulator, XRE family  32 
 
 		 105 aa  56.2  0.0000001  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0267  XRE family transcriptional regulator  29.73 
 
 		 118 aa  55.5  0.0000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.257195  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0586  XRE family transcriptional regulator  35.59 
 
 		 134 aa  56.2  0.0000002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2366  transcriptional regulator, XRE family  34.12 
 
 		 184 aa  56.2  0.0000002  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4522  transcriptional regulator, XRE family  40 
 
 		 188 aa  55.8  0.0000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0681879  normal  0.0291061 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1454  XRE family transcriptional regulator  34.78 
 
 		 189 aa  55.8  0.0000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.513852  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5268  Cro/CI family transcriptional regulator  34.88 
 
 		 182 aa  55.1  0.0000004  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0238  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  33.33 
 
 		 199 aa  54.7  0.0000004  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5320  XRE family transcriptional regulator  34.88 
 
 		 182 aa  54.7  0.0000004  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.8166  normal  0.310919 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1301  XRE family transcriptional regulator  33.87 
 
 		 96 aa  54.7  0.0000004  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.405872  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4415  XRE family transcriptional regulator  33.78 
 
 		 213 aa  54.7  0.0000004  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0766  helix-turn-helix domain protein  36.76 
 
 		 182 aa  54.7  0.0000005  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.494379  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0105  DNA-binding protein  33.33 
 
 		 199 aa  53.9  0.0000007  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2148  DNA-binding protein, putative  40.68 
 
 		 181 aa  53.5  0.0000008  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1806  transcriptional regulator, XRE family  40.68 
 
 		 181 aa  53.5  0.0000008  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0572  cupin 2 domain-containing protein  43.55 
 
 		 178 aa  53.5  0.0000009  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0115  transcriptional regulatory protein  36.76 
 
 		 194 aa  53.1  0.000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5178  XRE family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 199 aa  53.5  0.000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.174471  normal  0.155373 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3995  XRE family transcriptional regulator  44.26 
 
 		 120 aa  52.4  0.000002  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2877  transcriptional regulator, XRE family  33.8 
 
 		 207 aa  52.8  0.000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2042  transcriptional regulator  30.95 
 
 		 188 aa  52.4  0.000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0099  transcriptional regulator, XRE family  40.91 
 
 		 194 aa  52.4  0.000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.798061 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01276  DNA-binding transcriptional repressor  34.78 
 
 		 185 aa  52  0.000003  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2326  DNA-binding transcriptional repressor PuuR  34.78 
 
 		 185 aa  52  0.000003  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2347  transcriptional regulator, XRE family  34.78 
 
 		 185 aa  52  0.000003  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.204857  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1941  DNA-binding transcriptional repressor PuuR  34.78 
 
 		 185 aa  52  0.000003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.385308 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1509  DNA-binding transcriptional repressor PuuR  34.78 
 
 		 185 aa  52  0.000003  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1982  XRE family transcriptional regulator  37.93 
 
 		 175 aa  51.6  0.000003  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.623481  normal  0.364753 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1823  DNA-binding transcriptional repressor PuuR  34.78 
 
 		 185 aa  52  0.000003  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0706879 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1414  DNA-binding transcriptional repressor PuuR  34.78 
 
 		 185 aa  52  0.000003  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3489  XRE family transcriptional regulator  36.49 
 
 		 187 aa  52  0.000003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1535  DNA-binding transcriptional repressor PuuR  34.78 
 
 		 185 aa  52  0.000003  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01287  hypothetical protein  34.78 
 
 		 185 aa  52  0.000003  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0248  XRE family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 182 aa  51.6  0.000004  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3563  transcriptional regulator, XRE family  33.82 
 
 		 189 aa  51.6  0.000004  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2314  XRE family transcriptional regulator  27.94 
 
 		 208 aa  51.2  0.000004  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.059917  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0424  XRE family transcriptional regulator  37.88 
 
 		 188 aa  51.6  0.000004  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0328  transcriptional regulator, XRE family  37.88 
 
 		 191 aa  51.2  0.000004  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.000000000353964  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0327  XRE family transcriptional regulator  37.88 
 
 		 191 aa  51.2  0.000004  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00000523898  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3942  transcriptional regulator, XRE family  37.5 
 
 		 197 aa  51.2  0.000005  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.534044  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0389  XRE family transcriptional regulator  35.94 
 
 		 178 aa  51.2  0.000005  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.762812  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0321  XRE family transcriptional regulator  37.88 
 
 		 191 aa  51.2  0.000005  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000000250107  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0323  XRE family transcriptional regulator  37.88 
 
 		 191 aa  51.2  0.000005  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.00000000737434  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1338  XRE family transcriptional regulator  34.09 
 
 		 198 aa  50.8  0.000006  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3700  XRE family transcriptional regulator  37.88 
 
 		 191 aa  50.8  0.000006  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00000696836  normal  0.275941 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0319  XRE family transcriptional regulator  37.88 
 
 		 191 aa  50.4  0.000007  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.00000000379854  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47950  Cupin, RmlC-type protein  30.39 
 
 		 182 aa  50.4  0.000009  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4719  transcriptional regulator, XRE family  31.67 
 
 		 86 aa  50.1  0.00001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.155246 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5523  transcriptional regulator  32.58 
 
 		 182 aa  50.1  0.00001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.22086 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0943  XRE family transcriptional regulator  34.78 
 
 		 182 aa  50.1  0.00001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5087  XRE family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 78 aa  50.1  0.00001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.00000142264  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3471  XRE family transcriptional regulator  34.78 
 
 		 197 aa  50.1  0.00001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4384  transcriptional regulator, XRE family  39.58 
 
 		 108 aa  50.1  0.00001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1021  DNA-binding protein  33.33 
 
 		 180 aa  50.1  0.00001  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.00000053147  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4917  XRE family transcriptional regulator  34.12 
 
 		 184 aa  50.1  0.00001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2913  XRE family transcriptional regulator  37.97 
 
 		 199 aa  49.3  0.00002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2868  Cro/CI family transcriptional regulator  37.97 
 
 		 199 aa  49.3  0.00002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2559  transcriptional regulator, XRE family  36.84 
 
 		 71 aa  48.9  0.00002  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1668  transcriptional regulator, XRE family  31.82 
 
 		 256 aa  48.9  0.00002  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000231765  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0202  XRE family transcriptional regulator  33.72 
 
 		 182 aa  48.9  0.00002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.614203  hitchhiker  0.00167713 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2821  XRE family transcriptional regulator  37.97 
 
 		 199 aa  49.3  0.00002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7086  transcriptional regulator, XRE family  41.67 
 
 		 119 aa  49.3  0.00002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.633613  normal  0.10188 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3411  transcriptional regulator, XRE family  31.76 
 
 		 183 aa  49.3  0.00002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2484  transcriptional regulator, XRE family  45 
 
 		 67 aa  48.9  0.00002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0324  XRE family transcriptional regulator  37.88 
 
 		 191 aa  49.3  0.00002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000421536  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2921  XRE family transcriptional regulator  33.82 
 
 		 208 aa  48.9  0.00002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.899455  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3003  XRE family transcriptional regulator  33.82 
 
 		 208 aa  48.9  0.00002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.252662  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1543  XRE family transcriptional regulator  34.38 
 
 		 359 aa  49.3  0.00002  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2066  DNA-binding transcriptional repressor PuuR  32.35 
 
 		 185 aa  49.3  0.00002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5267  transcriptional regulator, XRE family  35.53 
 
 		 190 aa  48.9  0.00002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.782951 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3100  XRE family transcriptional regulator  33.82 
 
 		 208 aa  48.9  0.00002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.510523  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2039  transcriptional regulator, XRE family  37.7 
 
 		 187 aa  49.3  0.00002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.558818 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2434  transcriptional regulator, XRE family  32.88 
 
 		 77 aa  48.9  0.00002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1097  transcription regulator protein  32.81 
 
 		 113 aa  48.1  0.00003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.34059 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2567  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  25.26 
 
 		 120 aa  48.5  0.00003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.375259 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1655  helix-turn-helix domain protein  39.68 
 
 		 194 aa  48.5  0.00003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  0.00000000652652  normal  1 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1158  XRE family transcriptional regulator  36.71 
 
 		 179 aa  48.9  0.00003  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  decreased coverage  0.00000119717  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3726  transcriptional regulator, XRE family  35.59 
 
 		 195 aa  48.5  0.00003  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1180  helix-turn-helix domain-containing protein  36.71 
 
 		 179 aa  48.9  0.00003  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  unclonable  0.000000150819  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0230  transcriptional regulator  33.33 
 
 		 197 aa  48.9  0.00003  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1128  XRE family transcriptional regulator  32.56 
 
 		 182 aa  48.5  0.00003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0503  transcriptional regulator, XRE family  41.51 
 
 		 194 aa  48.5  0.00003  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.0483553 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1453  transcriptional regulator, XRE family  29.85 
 
 		 171 aa  48.1  0.00003  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>