More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dred_0889 on replicon NC_009253
Organism: Desulfotomaculum reducens MI-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009253  Dred_0889  XRE family transcriptional regulator  100 
 
 		 210 aa  420  1e-117  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0874  helix-turn-helix domain-containing protein  63.98 
 
 		 206 aa  259  2e-68  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.000967944  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0887  XRE family transcriptional regulator  43.98 
 
 		 218 aa  186  2e-46  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0885  XRE family transcriptional regulator  43.98 
 
 		 218 aa  185  5e-46  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0881  hypothetical protein  58.06 
 
 		 124 aa  147  9e-35  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.926079  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4004  transcriptional regulator, XRE family  33.13 
 
 		 181 aa  92.8  3e-18  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0891  XRE family transcriptional regulator  38.1 
 
 		 106 aa  73.6  0.000000000002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2435  transcriptional regulator, XRE family  35.35 
 
 		 105 aa  70.5  0.00000000002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0284  XRE family transcriptional regulator  36 
 
 		 101 aa  70.1  0.00000000002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.214235  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2483  transcriptional regulator, XRE family  32.26 
 
 		 143 aa  67  0.0000000002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0099  transcriptional regulator, XRE family  36.49 
 
 		 194 aa  61.2  0.00000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.798061 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3261  XRE family transcriptional regulator  42.62 
 
 		 190 aa  58.9  0.00000006  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.957848  normal  0.179215 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1227  transcriptional regulator  29.25 
 
 		 220 aa  56.6  0.0000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.222447  normal  1 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0273  XRE family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 176 aa  56.2  0.0000004  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  decreased coverage  0.0000144131  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3869  XRE family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 183 aa  55.8  0.0000004  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2769  XRE family transcriptional regulator  32.31 
 
 		 276 aa  55.5  0.0000005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0766  XRE family transcriptional regulator  41.94 
 
 		 183 aa  55.5  0.0000005  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4522  transcriptional regulator, XRE family  33.85 
 
 		 188 aa  55.5  0.0000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0681879  normal  0.0291061 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3771  transcriptional regulator, XRE family  34.29 
 
 		 198 aa  55.5  0.0000007  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.471902  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1454  XRE family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 189 aa  55.1  0.0000007  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.513852  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2366  transcriptional regulator, XRE family  38.1 
 
 		 184 aa  55.1  0.0000007  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4848  transcriptional regulator, XRE family  34.29 
 
 		 198 aa  55.5  0.0000007  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3411  transcriptional regulator, XRE family  40.98 
 
 		 183 aa  55.1  0.0000008  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1555  putative transcriptional regulator  34.33 
 
 		 208 aa  55.1  0.0000008  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.602269  normal  0.341998 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1345  XRE family transcriptional regulator  32.35 
 
 		 209 aa  55.1  0.0000008  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.200207  normal  1 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0572  cupin 2 domain-containing protein  34.18 
 
 		 178 aa  55.1  0.0000008  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0710  putative prophage repressor  38.46 
 
 		 245 aa  54.7  0.0000009  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0127  transcriptional regulator, XRE family  32.39 
 
 		 193 aa  54.3  0.000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.116873  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4415  XRE family transcriptional regulator  30.23 
 
 		 213 aa  54.3  0.000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0275  cupin 2 domain-containing protein  35.94 
 
 		 188 aa  53.9  0.000001  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000000353927  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0679  transcriptional regulator, XRE family  37.88 
 
 		 105 aa  53.9  0.000002  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0867  putative transcriptional regulator  39.34 
 
 		 182 aa  53.5  0.000002  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.0318952  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0925  transcriptional regulator, putative  39.34 
 
 		 182 aa  53.5  0.000002  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0105  DNA-binding protein  30.53 
 
 		 199 aa  53.5  0.000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3886  XRE family transcriptional regulator  32.31 
 
 		 210 aa  53.5  0.000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3471  XRE family transcriptional regulator  36.07 
 
 		 197 aa  53.9  0.000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4365  XRE family transcriptional regulator  37.7 
 
 		 197 aa  53.5  0.000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.00000321232  normal  0.264561 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2505  XRE family transcriptional regulator  32.53 
 
 		 220 aa  53.5  0.000002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1443  XRE family transcriptional regulator  39.34 
 
 		 182 aa  53.5  0.000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2314  XRE family transcriptional regulator  34.43 
 
 		 208 aa  52.8  0.000003  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.059917  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2601  XRE family transcriptional regulator  35.29 
 
 		 203 aa  53.1  0.000003  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.512754  hitchhiker  0.000000366247 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0410  putative transcriptional regulator, XRE family  38.6 
 
 		 189 aa  53.1  0.000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5267  transcriptional regulator, XRE family  31.71 
 
 		 190 aa  53.1  0.000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.782951 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1325  cupin 2 domain-containing protein  32.43 
 
 		 175 aa  53.1  0.000003  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0238  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  29.47 
 
 		 199 aa  52.8  0.000004  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3161  XRE family transcriptional regulator  40.98 
 
 		 182 aa  52.8  0.000004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0389  XRE family transcriptional regulator  35.38 
 
 		 178 aa  52.4  0.000004  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.762812  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0267  XRE family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 118 aa  52.8  0.000004  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.257195  normal  1 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0274  transcriptional regulator, XRE family  38.1 
 
 		 205 aa  52.8  0.000004  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.64998  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2878  transcriptional regulator, XRE family  48.08 
 
 		 235 aa  52.4  0.000006  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2019  DNA-binding protein  36.51 
 
 		 195 aa  52  0.000006  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.649802  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3174  DNA-binding protein  36.51 
 
 		 195 aa  52  0.000006  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.9176  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3137  DNA-binding protein  36.51 
 
 		 195 aa  52  0.000006  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3191  DNA-binding protein  36.51 
 
 		 195 aa  52  0.000006  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.479355  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3227  transcriptional regulator  36.76 
 
 		 201 aa  52.4  0.000006  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.792428  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_05910  predicted transcriptional regulator  31.25 
 
 		 190 aa  52  0.000006  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.848221  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4806  putative DNA-binding transcriptional regulator  34.29 
 
 		 203 aa  52  0.000006  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.852816 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0895  DNA-binding protein  36.51 
 
 		 195 aa  52  0.000006  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.955987  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1881  DNA-binding protein  36.51 
 
 		 195 aa  52  0.000006  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6754  transcriptional regulator, XRE family  30.77 
 
 		 210 aa  52  0.000006  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.36173  normal  0.846385 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3309  XRE family transcriptional regulator  34.43 
 
 		 209 aa  52  0.000007  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5954  transcriptional regulator, XRE family  26.32 
 
 		 187 aa  51.6  0.000007  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5143  putative transcriptional regulator, XRE family  38.71 
 
 		 192 aa  52  0.000007  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0117731  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0943  XRE family transcriptional regulator  36.51 
 
 		 182 aa  51.6  0.000007  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1428  DNA-binding protein  34.92 
 
 		 192 aa  52  0.000007  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1696  transcriptional regulator, XRE family  26.12 
 
 		 371 aa  52  0.000007  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.324356  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2387  XRE family transcriptional regulator  38.46 
 
 		 181 aa  51.6  0.000008  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2042  transcriptional regulator  34.25 
 
 		 188 aa  51.6  0.000008  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1419  XRE family transcriptional regulator  38.1 
 
 		 178 aa  51.6  0.000008  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1604  XRE family transcriptional regulator  36.23 
 
 		 175 aa  51.6  0.000009  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000175154  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0970  XRE family transcriptional regulator  36.51 
 
 		 182 aa  51.6  0.000009  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1507  transcriptional regulator, XRE family  34.92 
 
 		 211 aa  50.8  0.00001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS02293  putative transcription regulator protein  37.1 
 
 		 182 aa  51.2  0.00001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.40687 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2247  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  31.68 
 
 		 119 aa  50.8  0.00001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.616763 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5523  transcriptional regulator  33.85 
 
 		 182 aa  50.8  0.00001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.22086 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4180  XRE family transcriptional regulator  29.49 
 
 		 199 aa  51.2  0.00001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1354  XRE family transcriptional regulator  30.49 
 
 		 190 aa  50.8  0.00001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0758784  decreased coverage  0.00460659 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2884  XRE family transcriptional regulator  36.92 
 
 		 181 aa  50.4  0.00002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0819457  normal  0.480487 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0763  putative DNA-binding protein  35.21 
 
 		 215 aa  50.4  0.00002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0766  helix-turn-helix domain protein  32.31 
 
 		 182 aa  50.4  0.00002  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.494379  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3684  transcriptional regulator, XRE family  32.89 
 
 		 180 aa  50.8  0.00002  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  unclonable  0.0000000000437538  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3195  transcriptional regulator, XRE family  34.92 
 
 		 182 aa  50.4  0.00002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.0639399 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1806  transcriptional regulator, XRE family  35.29 
 
 		 181 aa  50.4  0.00002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2898  XRE family transcriptional regulator  36.92 
 
 		 181 aa  50.4  0.00002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2806  XRE family transcriptional regulator  36.92 
 
 		 181 aa  50.4  0.00002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.675672 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1128  XRE family transcriptional regulator  36.51 
 
 		 182 aa  50.4  0.00002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1091  XRE family transcriptional regulator  34.92 
 
 		 182 aa  50.4  0.00002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.158888  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1104  cupin 2 domain-containing protein  34.92 
 
 		 182 aa  50.4  0.00002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.183758  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1668  transcriptional regulator, XRE family  27.03 
 
 		 256 aa  50.4  0.00002  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000231765  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2728  DNA-binding protein  36.51 
 
 		 195 aa  50.4  0.00002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1195  XRE family transcriptional regulator  34.92 
 
 		 182 aa  50.4  0.00002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.152731  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1906  XRE family transcriptional regulator  39.66 
 
 		 210 aa  50.4  0.00002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2148  DNA-binding protein, putative  35.29 
 
 		 181 aa  50.4  0.00002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0981  DNA-binding protein  36.67 
 
 		 183 aa  50.1  0.00002  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4257  transcriptional regulator, XRE family  32.31 
 
 		 189 aa  50.4  0.00002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.166003  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0115  transcriptional regulatory protein  30.88 
 
 		 194 aa  50.4  0.00002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3013  XRE family transcriptional regulator  34.85 
 
 		 182 aa  50.4  0.00002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1163  cupin 2 domain-containing protein  34.92 
 
 		 182 aa  50.4  0.00002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.967119  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3563  transcriptional regulator, XRE family  32.81 
 
 		 189 aa  50.1  0.00002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2434  transcriptional regulator, XRE family  33.85 
 
 		 77 aa  49.7  0.00003  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>