More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mpe_A0025 on replicon NC_008825
Organism: Methylibium petroleiphilum PM1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008825  Mpe_A0025  putative DNA-binding protein  100 
 
 		 81 aa  162  1.0000000000000001e-39  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0532078  normal  0.345409 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1892  transcriptional regulator, XRE family  53.95 
 
 		 89 aa  87  8e-17  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.883347  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4003  XRE family transcriptional regulator  56.72 
 
 		 73 aa  79.3  0.00000000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.168012 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3515  XRE family transcriptional regulator  56.72 
 
 		 73 aa  79.3  0.00000000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2624  XRE family transcriptional regulator  56.72 
 
 		 73 aa  78.2  0.00000000000004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.930034 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0540  helix-turn-helix domain-containing protein  52 
 
 		 90 aa  75.1  0.0000000000003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.229999 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0931  DNA-binding protein  51.47 
 
 		 94 aa  72  0.000000000003  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0364  transcriptional regulator  51.47 
 
 		 94 aa  72  0.000000000003  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.854921  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1820  DNA-binding protein  51.47 
 
 		 94 aa  72  0.000000000003  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0197  DNA-binding protein  51.47 
 
 		 94 aa  72  0.000000000003  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.846925  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1410  DNA-binding protein  51.47 
 
 		 94 aa  72  0.000000000003  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0450  DNA-binding protein  51.47 
 
 		 94 aa  72  0.000000000003  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.40319  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1907  XRE family transcriptional regulator  50 
 
 		 94 aa  70.5  0.000000000008  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.512195  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1554  XRE family transcriptional regulator  55.22 
 
 		 91 aa  70.5  0.000000000009  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.902215  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5790  XRE family transcriptional regulator  51.47 
 
 		 90 aa  67.4  0.00000000007  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.902407  hitchhiker  0.00485473 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0122  XRE family transcriptional regulator  49.25 
 
 		 91 aa  66.6  0.0000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.347741  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1219  putative HTH-type transcriptional regulator  48.53 
 
 		 75 aa  62.8  0.000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.568152  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_00425  transcriptional regulator, XRE family protein  38.81 
 
 		 67 aa  60.1  0.00000001  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.0381282  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0461  XRE family transcriptional regulator  42.42 
 
 		 97 aa  57.8  0.00000006  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.171408  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1481  XRE family transcriptional regulator  42.42 
 
 		 97 aa  57.8  0.00000006  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.817787 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4210  XRE family transcriptional regulator  42.42 
 
 		 106 aa  57.4  0.00000008  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0378977 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_31160  hypothetical protein  42.86 
 
 		 107 aa  57  0.00000008  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000126154  unclonable  8.75499e-23 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0327  XRE family transcriptional regulator  28.75 
 
 		 191 aa  56.6  0.0000001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00000523898  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0424  XRE family transcriptional regulator  28.75 
 
 		 188 aa  56.6  0.0000001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0328  transcriptional regulator, XRE family  28.75 
 
 		 191 aa  56.6  0.0000001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.000000000353964  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0960  DNA methyltransferase  41.79 
 
 		 70 aa  55.5  0.0000002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.143973  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0321  XRE family transcriptional regulator  27.5 
 
 		 191 aa  55.5  0.0000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000000250107  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2873  hypothetical protein  43.75 
 
 		 101 aa  55.8  0.0000002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.305653  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3530  transcriptional regulator, XRE family  41.43 
 
 		 97 aa  55.8  0.0000002  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.606022  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0319  XRE family transcriptional regulator  29.11 
 
 		 191 aa  55.5  0.0000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.00000000379854  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2231  XRE family transcriptional regulator  35.53 
 
 		 187 aa  55.5  0.0000003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000245077 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0323  XRE family transcriptional regulator  28.75 
 
 		 191 aa  55.5  0.0000003  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.00000000737434  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3542  XRE family transcriptional regulator  43.28 
 
 		 81 aa  55.5  0.0000003  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3700  XRE family transcriptional regulator  28.75 
 
 		 191 aa  55.5  0.0000003  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00000696836  normal  0.275941 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1349  XRE family transcriptional regulator  44.62 
 
 		 97 aa  55.1  0.0000004  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1547  helix-turn-helix domain-containing protein  37.5 
 
 		 90 aa  54.7  0.0000004  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0103504  normal  0.0779138 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0324  XRE family transcriptional regulator  29.11 
 
 		 191 aa  54.3  0.0000005  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000421536  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1737  XRE family transcriptional regulator  35.06 
 
 		 185 aa  54.3  0.0000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1722  transcriptional regulator, XRE family  35.06 
 
 		 185 aa  54.3  0.0000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.185673  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1783  XRE family transcriptional regulator  35.06 
 
 		 178 aa  54.3  0.0000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1719  XRE family transcriptional regulator  35.06 
 
 		 178 aa  53.9  0.0000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.499876  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1556  transcriptional regulator, XRE family  35.06 
 
 		 178 aa  54.3  0.0000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2195  XRE family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 83 aa  53.9  0.0000007  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0299  XRE family transcriptional regulator  40.91 
 
 		 71 aa  53.9  0.0000008  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.00000289962  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2406  hypothetical protein  42.19 
 
 		 99 aa  53.9  0.0000008  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0101  XRE family transcriptional regulator  40.91 
 
 		 71 aa  53.9  0.0000008  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.000000391644  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1228  XRE family transcriptional regulator  40.91 
 
 		 85 aa  53.5  0.0000008  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2174  XRE family transcriptional regulator  42.19 
 
 		 99 aa  53.9  0.0000008  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.112097  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0931  transcriptional regulator, XRE family  42.19 
 
 		 99 aa  53.5  0.0000009  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2401  XRE family transcriptional regulator  36.84 
 
 		 97 aa  53.5  0.0000009  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000000242769  hitchhiker  0.0000223583 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2294  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  43.28 
 
 		 80 aa  53.1  0.000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.00599682  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0685  transcriptional regulator, XRE family  37.66 
 
 		 86 aa  53.1  0.000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01392  predicted DNA-binding transcriptional regulator  33.82 
 
 		 178 aa  52.8  0.000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2212  transcriptional regulator, XRE family  33.82 
 
 		 178 aa  52.8  0.000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1982  XRE family transcriptional regulator  30.14 
 
 		 175 aa  52.4  0.000002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.623481  normal  0.364753 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1517  DNA-binding protein  33.82 
 
 		 178 aa  52.8  0.000002  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0695  transcriptional regulator, XRE family  42.19 
 
 		 101 aa  52.8  0.000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.381064  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5130  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  42.62 
 
 		 188 aa  52.8  0.000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.87177  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2039  DNA-binding protein  33.82 
 
 		 178 aa  52.8  0.000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.0000824446  hitchhiker  5.01479e-19 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01402  hypothetical protein  33.82 
 
 		 178 aa  52.8  0.000002  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1878  transcriptional regulator, XRE family  41.79 
 
 		 70 aa  52  0.000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2225  XRE family transcriptional regulator  33.82 
 
 		 178 aa  52.8  0.000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.639128 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0107  XRE family transcriptional regulator  35.82 
 
 		 128 aa  52.4  0.000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2304  XRE family transcriptional regulator  40 
 
 		 131 aa  52.8  0.000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0985964 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_67  hypothetical protein  40.91 
 
 		 72 aa  52.8  0.000002  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1135  XRE family transcriptional regulator  40.62 
 
 		 99 aa  52.8  0.000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1613  DNA-binding protein  33.82 
 
 		 178 aa  52.8  0.000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1740  DNA-binding protein  33.82 
 
 		 178 aa  52.8  0.000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.0000189008  hitchhiker  2.35786e-17 
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4162  XRE family transcriptional regulator  42.19 
 
 		 98 aa  52.8  0.000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3490  XRE family transcriptional regulator  41.79 
 
 		 76 aa  51.2  0.000004  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.23046  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1159  putative transcription regulator protein  44.64 
 
 		 182 aa  51.2  0.000004  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.109435 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0903  helix-turn-helix domain-containing protein  45.76 
 
 		 255 aa  51.6  0.000004  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  unclonable  0.0000000193278  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5197  transcriptional regulator, XRE family  45 
 
 		 88 aa  51.2  0.000004  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2009  transcriptional regulator, XRE family  40.98 
 
 		 93 aa  51.2  0.000004  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.634386 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2259  transcriptional regulator, XRE family  45.76 
 
 		 255 aa  51.6  0.000004  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00208232 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0831  XRE family transcriptional regulator  46.67 
 
 		 183 aa  51.6  0.000004  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.000078794  normal  0.173113 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3995  XRE family transcriptional regulator  32.39 
 
 		 120 aa  51.2  0.000005  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5920  transcriptional regulator, XRE family  39.39 
 
 		 72 aa  51.2  0.000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3463  XRE family transcriptional regulator  37.14 
 
 		 97 aa  50.8  0.000007  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1827  XRE family transcriptional regulator  47.17 
 
 		 252 aa  50.4  0.000008  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0400601  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0267  XRE family transcriptional regulator  37.1 
 
 		 118 aa  50.4  0.000008  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.257195  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1097  transcription regulator protein  40 
 
 		 113 aa  50.4  0.000009  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.34059 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3867  Cro/CI family transcriptional regulator  40.3 
 
 		 75 aa  50.1  0.000009  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1555  DNA-binding protein  39.39 
 
 		 72 aa  50.1  0.00001  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  decreased coverage  0.00000236293  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2082  transcriptional regulator, XRE family  38.46 
 
 		 102 aa  50.1  0.00001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0252  XRE family transcriptional regulator  42.42 
 
 		 90 aa  50.1  0.00001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2148  DNA-binding protein, putative  41.38 
 
 		 181 aa  49.7  0.00001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1806  transcriptional regulator, XRE family  41.38 
 
 		 181 aa  49.7  0.00001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3837  helix-turn-helix domain-containing protein  40.3 
 
 		 68 aa  50.1  0.00001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010679  Bphyt_7274  transcriptional regulator, XRE family  40.62 
 
 		 79 aa  50.1  0.00001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.21577  normal  0.150525 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3248  transcriptional regulator, XRE family  40 
 
 		 110 aa  49.3  0.00002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1522  transcriptional regulator, XRE family  39.71 
 
 		 68 aa  48.9  0.00002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.379498  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2436  XRE family transcriptional regulator  39.71 
 
 		 68 aa  48.9  0.00002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.109963  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0697  transcriptional regulator, XRE family  38.46 
 
 		 90 aa  48.9  0.00002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2714  XRE family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 204 aa  48.9  0.00002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1668  transcriptional regulator, XRE family  45.45 
 
 		 256 aa  49.3  0.00002  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000231765  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4776  transcriptional regulator, XRE family  36.07 
 
 		 111 aa  49.3  0.00002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0811435  normal  0.544838 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1427  transcriptional regulator, XRE family  39.71 
 
 		 68 aa  48.9  0.00002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2793  transcriptional regulator, XRE family  41.94 
 
 		 76 aa  48.5  0.00003  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0622  DNA-binding protein  35.71 
 
 		 190 aa  48.9  0.00003  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.475485  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>