More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_2082 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012791  Vapar_2082  transcriptional regulator, XRE family  100 
 
 		 102 aa  201  4e-51  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4162  XRE family transcriptional regulator  79.12 
 
 		 98 aa  146  9e-35  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2873  hypothetical protein  68.63 
 
 		 101 aa  135  2e-31  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.305653  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0695  transcriptional regulator, XRE family  73.63 
 
 		 101 aa  134  5e-31  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.381064  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2406  hypothetical protein  72.53 
 
 		 99 aa  132  1.9999999999999998e-30  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2174  XRE family transcriptional regulator  72.53 
 
 		 99 aa  132  1.9999999999999998e-30  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.112097  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0931  transcriptional regulator, XRE family  72.53 
 
 		 99 aa  131  3e-30  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_31160  hypothetical protein  67.35 
 
 		 107 aa  128  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000126154  unclonable  8.75499e-23 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3530  transcriptional regulator, XRE family  68.13 
 
 		 97 aa  124  4.0000000000000003e-28  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.606022  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0461  XRE family transcriptional regulator  67.03 
 
 		 97 aa  118  3e-26  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.171408  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1481  XRE family transcriptional regulator  67.03 
 
 		 97 aa  118  3e-26  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.817787 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2304  XRE family transcriptional regulator  66.67 
 
 		 131 aa  117  4.9999999999999996e-26  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0985964 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1349  XRE family transcriptional regulator  64.77 
 
 		 97 aa  114  5e-25  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4210  XRE family transcriptional regulator  63.74 
 
 		 106 aa  111  3e-24  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0378977 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2401  XRE family transcriptional regulator  61.7 
 
 		 97 aa  110  8.000000000000001e-24  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000000242769  hitchhiker  0.0000223583 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3463  XRE family transcriptional regulator  60.64 
 
 		 97 aa  105  3e-22  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1135  XRE family transcriptional regulator  60.44 
 
 		 99 aa  104  5e-22  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6198  XRE family transcriptional regulator  58.33 
 
 		 104 aa  66.6  0.0000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1180  XRE family transcriptional regulator  44.74 
 
 		 81 aa  65.5  0.0000000003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.133666  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5293  XRE family transcriptional regulator  56.67 
 
 		 81 aa  64.3  0.0000000005  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5565  XRE family transcriptional regulator  56.67 
 
 		 81 aa  64.3  0.0000000005  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0459  transcriptional regulator, XRE family  56.45 
 
 		 81 aa  62.8  0.000000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.995488  normal  0.299966 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4980  XRE family transcriptional regulator  54.1 
 
 		 93 aa  62.4  0.000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.213037  normal  0.656597 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6923  XRE family transcriptional regulator  54.1 
 
 		 81 aa  62.4  0.000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.251007  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2012  DNA-binding protein  51.61 
 
 		 67 aa  59.7  0.00000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0741905  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1547  helix-turn-helix domain-containing protein  46.97 
 
 		 90 aa  58.2  0.00000004  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0103504  normal  0.0779138 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5955  transcriptional regulator, XRE family  43.24 
 
 		 81 aa  57.8  0.00000005  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5935  transcriptional regulator, XRE family  47.54 
 
 		 67 aa  56.6  0.0000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0433  transcriptional regulator, XRE family  41.1 
 
 		 215 aa  55.8  0.0000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0122  XRE family transcriptional regulator  50.91 
 
 		 91 aa  55.8  0.0000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.347741  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2281  XRE family transcriptional regulator  50.82 
 
 		 74 aa  55.8  0.0000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.048354  n/a   
 
 
-
 
NC_010679  Bphyt_7274  transcriptional regulator, XRE family  39.19 
 
 		 79 aa  55.1  0.0000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.21577  normal  0.150525 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2009  DNA-binding protein  46.67 
 
 		 66 aa  54.7  0.0000004  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0175635  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4174  XRE family transcriptional regulator  42.19 
 
 		 81 aa  53.9  0.0000008  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.852413  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1500  transcriptional regulator, XRE family  50 
 
 		 81 aa  53.9  0.0000008  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1555  DNA-binding protein  43.33 
 
 		 72 aa  52.8  0.000002  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  decreased coverage  0.00000236293  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06215  hypothetical protein  44.44 
 
 		 68 aa  52.8  0.000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1554  XRE family transcriptional regulator  48.08 
 
 		 91 aa  52.4  0.000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.902215  normal  1 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_67  hypothetical protein  46.15 
 
 		 72 aa  52.4  0.000002  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0685  transcriptional regulator, XRE family  38.36 
 
 		 86 aa  52  0.000003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4003  XRE family transcriptional regulator  46.67 
 
 		 73 aa  51.6  0.000004  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.168012 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3515  XRE family transcriptional regulator  46.67 
 
 		 73 aa  51.6  0.000004  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1301  XRE family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 96 aa  51.2  0.000005  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.405872  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0960  DNA methyltransferase  42.86 
 
 		 70 aa  50.8  0.000006  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.143973  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2624  XRE family transcriptional regulator  46.67 
 
 		 73 aa  50.8  0.000006  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.930034 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_00425  transcriptional regulator, XRE family protein  43.33 
 
 		 67 aa  50.8  0.000006  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.0381282  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2665  transcriptional regulator, XRE family  38.46 
 
 		 233 aa  50.4  0.000008  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00000943632  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3920  transcriptional regulator, XRE family  45.9 
 
 		 72 aa  50.4  0.000008  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  decreased coverage  0.00000806628  normal  0.211868 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0931  DNA-binding protein  47.17 
 
 		 94 aa  50.4  0.000008  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0364  transcriptional regulator  47.17 
 
 		 94 aa  50.4  0.000008  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.854921  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3871  transcriptional regulator, XRE family  45.9 
 
 		 72 aa  50.4  0.000008  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1820  DNA-binding protein  47.17 
 
 		 94 aa  50.4  0.000008  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0197  DNA-binding protein  47.17 
 
 		 94 aa  50.4  0.000008  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.846925  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1410  DNA-binding protein  47.17 
 
 		 94 aa  50.4  0.000008  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0450  DNA-binding protein  47.17 
 
 		 94 aa  50.4  0.000008  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.40319  n/a   
 
 
-
 
NC_004349  SO_A0002  type II restriction-modification system activator, putative  40 
 
 		 75 aa  50.1  0.000009  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  hitchhiker  0.00243501  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4136  XRE family transcriptional regulator  45.9 
 
 		 78 aa  50.4  0.000009  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.527123  normal  0.419565 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3837  helix-turn-helix domain-containing protein  50 
 
 		 68 aa  50.4  0.000009  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0697  transcriptional regulator, XRE family  36.14 
 
 		 90 aa  49.7  0.00001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0025  putative DNA-binding protein  38.46 
 
 		 81 aa  50.1  0.00001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0532078  normal  0.345409 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1570  transcriptional regulator, XRE family  38.46 
 
 		 233 aa  50.1  0.00001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0677  XRE family transcriptional regulator  34.78 
 
 		 85 aa  50.1  0.00001  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00589237 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3134  DNA-binding protein  39.06 
 
 		 80 aa  49.7  0.00001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1265  XRE family transcriptional regulator  48.28 
 
 		 203 aa  49.7  0.00001  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.509144  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3420  transcriptional regulator, XRE family protein  46.03 
 
 		 68 aa  49.7  0.00001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4018  XRE family transcriptional regulator  46.03 
 
 		 68 aa  49.7  0.00001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4362  XRE family transcriptional regulator  45.1 
 
 		 69 aa  48.9  0.00002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0929  XRE family transcriptional regulator  42.31 
 
 		 224 aa  48.9  0.00002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.145461  normal  0.153472 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0101  XRE family transcriptional regulator  42.62 
 
 		 71 aa  48.9  0.00002  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.000000391644  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0299  XRE family transcriptional regulator  42.62 
 
 		 71 aa  48.9  0.00002  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.00000289962  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1907  XRE family transcriptional regulator  41.67 
 
 		 94 aa  48.9  0.00003  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.512195  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1696  transcriptional regulator, XRE family  36.49 
 
 		 371 aa  48.5  0.00003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.324356  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0371  XRE family transcriptional regulator  34.72 
 
 		 91 aa  48.5  0.00003  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.340091  normal  0.26916 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2460  XRE family transcriptional regulator  29.49 
 
 		 142 aa  48.1  0.00004  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.0113682  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0794  transcriptional regulator, XRE family  36.11 
 
 		 101 aa  48.1  0.00004  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.382222 
 
 
-
 
NC_007105  pE33L54_0023  transcriptional regulator  36.67 
 
 		 87 aa  48.1  0.00004  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3445  XRE family transcriptional regulator  39.34 
 
 		 76 aa  48.1  0.00004  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0664347  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1419  Cro/CI family transcriptional regulator  40.68 
 
 		 142 aa  47.8  0.00005  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0622  DNA-binding protein  38.33 
 
 		 190 aa  47.8  0.00005  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.475485  normal  1 
 
 
-
 
NC_013224  Dret_2524  transcriptional regulator, XRE family  33.85 
 
 		 76 aa  47.8  0.00005  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.000972778  normal  1 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1211  helix-turn-helix domain-containing protein  30.67 
 
 		 200 aa  47.8  0.00005  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  0.924879 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4613  DNA-binding protein  38.33 
 
 		 190 aa  47.8  0.00005  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0115  transcriptional regulatory protein  39.06 
 
 		 194 aa  47.8  0.00005  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4042  molybdate metabolism transcriptional regulator  33.85 
 
 		 376 aa  47.4  0.00006  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.805509  normal  0.419577 
 
 
-
 
NC_010183  BcerKBAB4_5865  XRE family transcriptional regulator  36.67 
 
 		 64 aa  47.4  0.00007  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011777  BCAH820_B0153  transcriptional regulator  35 
 
 		 64 aa  47.4  0.00007  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1668  transcriptional regulator, XRE family  40 
 
 		 256 aa  47.4  0.00007  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000231765  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0744  XRE family transcriptional regulator  30.67 
 
 		 209 aa  47.4  0.00007  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.541206  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4036  transcriptional regulator, XRE family  40.62 
 
 		 84 aa  47.4  0.00007  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.610056  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2434  transcriptional regulator, XRE family  40 
 
 		 77 aa  47  0.00008  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1892  transcriptional regulator, XRE family  39.06 
 
 		 89 aa  47  0.00008  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.883347  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1725  transcriptional regulator, XRE family  44.44 
 
 		 145 aa  47  0.00009  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010180  BcerKBAB4_5640  XRE family transcriptional regulator  34.48 
 
 		 64 aa  47  0.00009  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.731345  normal  0.328925 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5929  XRE family transcriptional regulator  40.3 
 
 		 202 aa  47  0.00009  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.828276  normal  0.0967353 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4055  molybdate metabolism transcriptional regulator  35.71 
 
 		 377 aa  47  0.00009  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.00182658  normal  0.26319 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4410  XRE family transcriptional regulator  46.43 
 
 		 68 aa  47  0.00009  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4271  XRE family transcriptional regulator  46.43 
 
 		 68 aa  47  0.00009  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1574  XRE family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 57 aa  46.6  0.0001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1786  transcriptional regulator, XRE family  33.33 
 
 		 82 aa  46.6  0.0001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.365144  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0284  XRE family transcriptional regulator  30.67 
 
 		 101 aa  46.6  0.0001  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.214235  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>