144 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sfri_3420 on replicon NC_008345
Organism: Shewanella frigidimarina NCIMB 400



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008345  Sfri_3420  transcriptional regulator, XRE family protein  100 
 
 		 68 aa  135  2e-31  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4018  XRE family transcriptional regulator  94.12 
 
 		 68 aa  127  4.0000000000000003e-29  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4271  XRE family transcriptional regulator  89.71 
 
 		 68 aa  124  6e-28  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4410  XRE family transcriptional regulator  89.71 
 
 		 68 aa  124  6e-28  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1891  XRE family transcriptional regulator  89.71 
 
 		 68 aa  120  6e-27  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.810852  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3457  XRE family transcriptional regulator  89.71 
 
 		 68 aa  120  6e-27  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3837  helix-turn-helix domain-containing protein  83.82 
 
 		 68 aa  115  9.999999999999999e-26  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06215  hypothetical protein  77.94 
 
 		 68 aa  103  1e-21  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0960  DNA methyltransferase  73.53 
 
 		 70 aa  100  5e-21  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.143973  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2349  hypothetical protein  68.66 
 
 		 69 aa  95.1  3e-19  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3542  XRE family transcriptional regulator  63.24 
 
 		 81 aa  87.4  6e-17  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3867  Cro/CI family transcriptional regulator  60.29 
 
 		 75 aa  82.4  0.000000000000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0078  hypothetical protein  57.35 
 
 		 73 aa  76.6  0.0000000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2281  XRE family transcriptional regulator  60.66 
 
 		 74 aa  75.1  0.0000000000003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.048354  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4217  helix-turn-helix domain-containing protein  45.59 
 
 		 69 aa  65.9  0.0000000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.538571  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0459  transcriptional regulator, XRE family  51.67 
 
 		 81 aa  64.7  0.0000000004  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.995488  normal  0.299966 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2304  XRE family transcriptional regulator  46.15 
 
 		 131 aa  60.5  0.000000008  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0985964 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4174  XRE family transcriptional regulator  45.9 
 
 		 81 aa  59.3  0.00000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.852413  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0931  transcriptional regulator, XRE family  43.08 
 
 		 99 aa  57  0.00000009  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2116  hypothetical protein  41.27 
 
 		 86 aa  56.2  0.0000001  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6198  XRE family transcriptional regulator  49.18 
 
 		 104 aa  56.6  0.0000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0695  transcriptional regulator, XRE family  43.08 
 
 		 101 aa  56.6  0.0000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.381064  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2174  XRE family transcriptional regulator  43.08 
 
 		 99 aa  56.2  0.0000001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.112097  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3590  XRE family transcriptional regulator  47.69 
 
 		 79 aa  56.6  0.0000001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.334421  normal  0.665085 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2406  hypothetical protein  43.08 
 
 		 99 aa  56.2  0.0000001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5293  XRE family transcriptional regulator  47.54 
 
 		 81 aa  56.2  0.0000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5565  XRE family transcriptional regulator  47.54 
 
 		 81 aa  56.2  0.0000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5723  transcriptional regulator, XRE family  46.15 
 
 		 90 aa  55.1  0.0000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.118479  normal  0.785242 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2873  hypothetical protein  44.62 
 
 		 101 aa  54.7  0.0000005  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.305653  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3920  transcriptional regulator, XRE family  50 
 
 		 72 aa  53.9  0.0000006  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  decreased coverage  0.00000806628  normal  0.211868 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2012  DNA-binding protein  46.77 
 
 		 67 aa  53.9  0.0000006  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0741905  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3871  transcriptional regulator, XRE family  50 
 
 		 72 aa  53.9  0.0000006  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_00425  transcriptional regulator, XRE family protein  41.79 
 
 		 67 aa  53.9  0.0000007  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.0381282  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6923  XRE family transcriptional regulator  45 
 
 		 81 aa  53.9  0.0000007  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.251007  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4980  XRE family transcriptional regulator  45 
 
 		 93 aa  53.5  0.0000009  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.213037  normal  0.656597 
 
 
-
 
NC_002936  DET1555  DNA-binding protein  40.91 
 
 		 72 aa  52.8  0.000001  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  decreased coverage  0.00000236293  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2009  DNA-binding protein  46.67 
 
 		 66 aa  53.1  0.000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0175635  n/a   
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4162  XRE family transcriptional regulator  45 
 
 		 98 aa  53.1  0.000001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3530  transcriptional regulator, XRE family  43.08 
 
 		 97 aa  52.8  0.000002  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.606022  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_31160  hypothetical protein  43.08 
 
 		 107 aa  52.4  0.000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000126154  unclonable  8.75499e-23 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1500  transcriptional regulator, XRE family  43.33 
 
 		 81 aa  52.8  0.000002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1180  XRE family transcriptional regulator  41.94 
 
 		 81 aa  51.6  0.000003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.133666  normal  1 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_67  hypothetical protein  39.39 
 
 		 72 aa  52  0.000003  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1301  XRE family transcriptional regulator  40 
 
 		 96 aa  51.2  0.000004  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.405872  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2624  XRE family transcriptional regulator  39.71 
 
 		 73 aa  51.2  0.000005  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.930034 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3515  XRE family transcriptional regulator  39.71 
 
 		 73 aa  50.8  0.000005  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4003  XRE family transcriptional regulator  39.71 
 
 		 73 aa  50.8  0.000005  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.168012 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3134  DNA-binding protein  41.94 
 
 		 80 aa  50.8  0.000007  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0461  XRE family transcriptional regulator  43.08 
 
 		 97 aa  50.4  0.000007  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.171408  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1481  XRE family transcriptional regulator  43.08 
 
 		 97 aa  50.4  0.000008  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.817787 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3268  XRE family transcriptional regulator  43.86 
 
 		 91 aa  50.4  0.000008  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5955  transcriptional regulator, XRE family  42.62 
 
 		 81 aa  49.7  0.00001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2082  transcriptional regulator, XRE family  46.03 
 
 		 102 aa  49.7  0.00001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4210  XRE family transcriptional regulator  39.39 
 
 		 106 aa  50.1  0.00001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0378977 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1892  XRE family transcriptional regulator  41.67 
 
 		 390 aa  48.9  0.00002  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.0261519  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0337  XRE family transcriptional regulator  39.71 
 
 		 76 aa  49.3  0.00002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0583349  normal  0.335191 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3803  XRE family transcriptional regulator  39.71 
 
 		 76 aa  49.3  0.00002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.151697  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5935  transcriptional regulator, XRE family  44.26 
 
 		 67 aa  49.7  0.00002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2294  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  49.12 
 
 		 80 aa  48.9  0.00003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.00599682  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1892  transcriptional regulator, XRE family  40.3 
 
 		 89 aa  48.5  0.00003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.883347  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3624  XRE family transcriptional regulator  39.71 
 
 		 75 aa  48.1  0.00004  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3445  XRE family transcriptional regulator  39.62 
 
 		 76 aa  47.8  0.00005  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0664347  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0889  XRE family transcriptional regulator  38.1 
 
 		 81 aa  47.4  0.00007  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1052  hypothetical protein  38.1 
 
 		 84 aa  47  0.00009  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2402  XRE family transcriptional regulator  37.31 
 
 		 152 aa  47  0.00009  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.314707  normal  0.620084 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2326  hypothetical protein  38.1 
 
 		 87 aa  47  0.0001  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1199  subunit S of type I restriction-modification system  40.32 
 
 		 77 aa  46.6  0.0001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0196  subunit S of type I restriction-modification system  40.32 
 
 		 77 aa  46.6  0.0001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.525048 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0914  transcriptional regulator, XRE family  45.83 
 
 		 96 aa  45.4  0.0002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2401  XRE family transcriptional regulator  39.68 
 
 		 97 aa  45.8  0.0002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000000242769  hitchhiker  0.0000223583 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0645  transcriptional regulator, XRE family  46.15 
 
 		 74 aa  45.8  0.0002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.00000232876  normal  0.586198 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0931  DNA-binding protein  37.31 
 
 		 94 aa  45.1  0.0003  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0364  transcriptional regulator  37.31 
 
 		 94 aa  45.1  0.0003  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.854921  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0450  DNA-binding protein  37.31 
 
 		 94 aa  45.1  0.0003  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.40319  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0197  DNA-binding protein  37.31 
 
 		 94 aa  45.1  0.0003  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.846925  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1820  DNA-binding protein  37.31 
 
 		 94 aa  45.1  0.0003  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1410  DNA-binding protein  37.31 
 
 		 94 aa  45.1  0.0003  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0101  XRE family transcriptional regulator  37.88 
 
 		 71 aa  45.1  0.0003  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.000000391644  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0299  XRE family transcriptional regulator  37.88 
 
 		 71 aa  45.1  0.0003  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.00000289962  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1878  transcriptional regulator, XRE family  38.81 
 
 		 70 aa  45.4  0.0003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3421  transcriptional regulator, XRE family  39.39 
 
 		 154 aa  45.4  0.0003  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1554  XRE family transcriptional regulator  35.82 
 
 		 91 aa  44.7  0.0004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.902215  normal  1 
 
 
-
 
NC_010679  Bphyt_7274  transcriptional regulator, XRE family  41.67 
 
 		 79 aa  45.1  0.0004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.21577  normal  0.150525 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2559  transcriptional regulator, XRE family  37.29 
 
 		 71 aa  44.7  0.0005  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1890  XRE family transcriptional regulator  36.92 
 
 		 120 aa  44.3  0.0005  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.00515298  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0025  putative DNA-binding protein  42.19 
 
 		 81 aa  44.7  0.0005  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0532078  normal  0.345409 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3538  XRE family transcriptional regulator  32.81 
 
 		 106 aa  44.3  0.0005  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.902272  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5790  XRE family transcriptional regulator  42.11 
 
 		 90 aa  44.7  0.0005  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.902407  hitchhiker  0.00485473 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4969  transcriptional regulator, XRE family  40.91 
 
 		 86 aa  44.3  0.0005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0985  transcriptional regulator, XRE family  38.33 
 
 		 83 aa  44.3  0.0006  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  hitchhiker  0.00196627  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1547  helix-turn-helix domain-containing protein  37.1 
 
 		 90 aa  44.3  0.0006  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0103504  normal  0.0779138 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1136  helix-turn-helix domain-containing protein  42.11 
 
 		 77 aa  44.3  0.0006  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1992  XRE family transcriptional regulator  40 
 
 		 74 aa  44.3  0.0006  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.979113  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3593  XRE family transcriptional regulator  34.43 
 
 		 76 aa  43.9  0.0006  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.283454  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1219  putative HTH-type transcriptional regulator  38.81 
 
 		 75 aa  43.9  0.0007  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.568152  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1080  XRE family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 83 aa  43.9  0.0007  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.492824  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0122  XRE family transcriptional regulator  39.34 
 
 		 91 aa  43.9  0.0008  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.347741  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1806  XRE family transcriptional regulator  37.1 
 
 		 86 aa  43.5  0.0008  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.579392  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0751  helix-turn-helix domain-containing protein  35.38 
 
 		 69 aa  43.9  0.0008  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1907  XRE family transcriptional regulator  35.82 
 
 		 94 aa  43.5  0.0009  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.512195  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>