More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Francci3_0889 on replicon NC_007777
Organism: Frankia sp. CcI3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007777  Francci3_0889  XRE family transcriptional regulator  100 
 
 		 81 aa  167  4e-41  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2655  XRE family transcriptional regulator  84.81 
 
 		 80 aa  138  3e-32  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1436  transcriptional regulator, XRE family  54.17 
 
 		 83 aa  82.4  0.000000000000002  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.118358  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3920  transcriptional regulator, XRE family  51.52 
 
 		 72 aa  74.3  0.0000000000005  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  decreased coverage  0.00000806628  normal  0.211868 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3871  transcriptional regulator, XRE family  51.52 
 
 		 72 aa  74.3  0.0000000000005  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1450  helix-turn-helix domain protein  50.77 
 
 		 93 aa  72.8  0.000000000001  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.847526  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_67  hypothetical protein  48.48 
 
 		 72 aa  70.1  0.00000000001  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1555  DNA-binding protein  48.48 
 
 		 72 aa  69.3  0.00000000002  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  decreased coverage  0.00000236293  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2575  XRE family transcriptional regulator  49.25 
 
 		 230 aa  68.6  0.00000000003  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.556687 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3445  XRE family transcriptional regulator  50 
 
 		 76 aa  68.6  0.00000000003  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0664347  normal  1 
 
 
-
 
NC_013224  Dret_2524  transcriptional regulator, XRE family  42.25 
 
 		 76 aa  68.6  0.00000000003  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.000972778  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1957  transcriptional regulator, XRE family  50.75 
 
 		 89 aa  67.4  0.00000000007  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1986  transcriptional regulator, XRE family  45.45 
 
 		 101 aa  66.6  0.0000000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0615547  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1890  XRE family transcriptional regulator  45.59 
 
 		 120 aa  64.7  0.0000000004  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.00515298  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0677  XRE family transcriptional regulator  40.98 
 
 		 85 aa  63.9  0.0000000008  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00589237 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2195  XRE family transcriptional regulator  45.07 
 
 		 83 aa  62  0.000000003  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0455  transcriptional regulator, XRE family  46.97 
 
 		 78 aa  61.6  0.000000003  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.181853  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1806  XRE family transcriptional regulator  44.44 
 
 		 86 aa  61.6  0.000000004  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.579392  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3593  XRE family transcriptional regulator  42.11 
 
 		 76 aa  61.2  0.000000005  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.283454  normal  1 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0299  XRE family transcriptional regulator  46.15 
 
 		 71 aa  60.8  0.000000005  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.00000289962  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0101  XRE family transcriptional regulator  46.15 
 
 		 71 aa  60.8  0.000000005  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.000000391644  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0596  transcriptional regulator, XRE family  50 
 
 		 90 aa  61.2  0.000000005  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6923  XRE family transcriptional regulator  44.26 
 
 		 81 aa  61.2  0.000000005  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.251007  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1136  helix-turn-helix domain-containing protein  45 
 
 		 77 aa  60.8  0.000000006  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4980  XRE family transcriptional regulator  44.26 
 
 		 93 aa  60.5  0.000000007  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.213037  normal  0.656597 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4136  XRE family transcriptional regulator  46.58 
 
 		 78 aa  60.8  0.000000007  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.527123  normal  0.419565 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3490  XRE family transcriptional regulator  46.67 
 
 		 76 aa  60.1  0.00000001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.23046  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_00425  transcriptional regulator, XRE family protein  45.9 
 
 		 67 aa  59.3  0.00000002  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.0381282  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0645  transcriptional regulator, XRE family  47.27 
 
 		 74 aa  59.3  0.00000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.00000232876  normal  0.586198 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0794  transcriptional regulator, XRE family  48.33 
 
 		 101 aa  59.3  0.00000002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.382222 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3590  XRE family transcriptional regulator  49.25 
 
 		 79 aa  59.3  0.00000002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.334421  normal  0.665085 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2134  transcriptional regulator, XRE family  48.33 
 
 		 85 aa  58.2  0.00000003  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.123571  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1892  XRE family transcriptional regulator  40.28 
 
 		 390 aa  58.2  0.00000003  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.0261519  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2012  DNA-binding protein  42.62 
 
 		 67 aa  58.5  0.00000003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0741905  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0936  XRE family transcriptional regulator  34.62 
 
 		 84 aa  58.5  0.00000003  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  unclonable  0.0000000000155637  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1878  transcriptional regulator, XRE family  53.97 
 
 		 70 aa  57.8  0.00000005  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2009  DNA-binding protein  40.98 
 
 		 66 aa  57.8  0.00000005  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0175635  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0371  XRE family transcriptional regulator  41.1 
 
 		 91 aa  57.8  0.00000005  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.340091  normal  0.26916 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0078  hypothetical protein  39.68 
 
 		 73 aa  57.4  0.00000006  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3421  transcriptional regulator, XRE family  45 
 
 		 154 aa  57.4  0.00000006  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1180  XRE family transcriptional regulator  43.33 
 
 		 81 aa  57.4  0.00000007  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.133666  normal  1 
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0196  subunit S of type I restriction-modification system  46.15 
 
 		 77 aa  57.4  0.00000007  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.525048 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1199  subunit S of type I restriction-modification system  46.15 
 
 		 77 aa  57.4  0.00000007  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1154  transcriptional regulator, XRE family  50 
 
 		 72 aa  57  0.00000009  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2573  transcriptional regulator, XRE family  50 
 
 		 77 aa  57  0.00000009  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0340  transcriptional regulator, XRE family  47.89 
 
 		 93 aa  56.2  0.0000001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004349  SO_A0002  type II restriction-modification system activator, putative  39.13 
 
 		 75 aa  56.6  0.0000001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  hitchhiker  0.00243501  n/a   
 
 
-
 
NC_013164  Apre_1799  transcriptional regulator, XRE family  40.35 
 
 		 78 aa  56.6  0.0000001  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2281  XRE family transcriptional regulator  39.39 
 
 		 74 aa  56.2  0.0000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.048354  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5795  putative transcription regulator  41.54 
 
 		 154 aa  55.5  0.0000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.372775  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2793  transcriptional regulator, XRE family  35.71 
 
 		 108 aa  55.8  0.0000002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.00000000236555  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4534  helix-turn-helix domain protein  47.06 
 
 		 80 aa  55.5  0.0000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0337  XRE family transcriptional regulator  45.9 
 
 		 76 aa  55.5  0.0000002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0583349  normal  0.335191 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3803  XRE family transcriptional regulator  45.9 
 
 		 76 aa  55.5  0.0000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.151697  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0252  XRE family transcriptional regulator  47.89 
 
 		 90 aa  55.8  0.0000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0960  DNA methyltransferase  42.86 
 
 		 70 aa  55.8  0.0000002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.143973  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0814  XRE family transcriptional regulator  42.19 
 
 		 112 aa  55.5  0.0000003  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0459  transcriptional regulator, XRE family  43.33 
 
 		 81 aa  55.1  0.0000003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.995488  normal  0.299966 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1500  transcriptional regulator, XRE family  47.17 
 
 		 81 aa  55.5  0.0000003  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2116  hypothetical protein  43.33 
 
 		 86 aa  54.3  0.0000006  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6198  XRE family transcriptional regulator  41.94 
 
 		 104 aa  53.1  0.000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3624  XRE family transcriptional regulator  45.9 
 
 		 75 aa  53.5  0.000001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2403  XRE family transcriptional regulator  36.49 
 
 		 75 aa  53.1  0.000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.588931 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0687  XRE family transcriptional regulator  36.99 
 
 		 105 aa  52.4  0.000002  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.0236581  normal  0.500342 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1080  XRE family transcriptional regulator  34.29 
 
 		 83 aa  52.4  0.000002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.492824  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1349  XRE family transcriptional regulator  41.89 
 
 		 97 aa  52.8  0.000002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2572  transcriptional regulator, XRE family  44.07 
 
 		 76 aa  52  0.000003  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3248  transcriptional regulator, XRE family  41.67 
 
 		 110 aa  52  0.000003  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1441  XRE family transcriptional regulator  39.13 
 
 		 227 aa  51.6  0.000003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.0636175 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4174  XRE family transcriptional regulator  40 
 
 		 81 aa  52  0.000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.852413  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3834  transcriptional regulator, XRE family  39.68 
 
 		 79 aa  51.2  0.000004  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1210  XRE family transcriptional regulator  38.03 
 
 		 209 aa  51.6  0.000004  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3530  transcriptional regulator, XRE family  44.44 
 
 		 97 aa  51.6  0.000004  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.606022  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4552  XRE family transcriptional regulator  33.8 
 
 		 76 aa  51.2  0.000004  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1485  XRE family transcriptional regulator  42.11 
 
 		 75 aa  51.6  0.000004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0965  XRE family transcriptional regulator  38.71 
 
 		 131 aa  51.6  0.000004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.476266  normal  0.0356883 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0751  helix-turn-helix domain-containing protein  36.92 
 
 		 69 aa  51.6  0.000004  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5293  XRE family transcriptional regulator  38.71 
 
 		 81 aa  51.2  0.000004  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3538  XRE family transcriptional regulator  45.76 
 
 		 106 aa  51.2  0.000004  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.902272  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5565  XRE family transcriptional regulator  38.71 
 
 		 81 aa  51.2  0.000004  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0684  XRE family transcriptional regulator  37.88 
 
 		 101 aa  51.2  0.000005  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.0300399  normal  0.200777 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2521  XRE family transcriptional regulator  46.77 
 
 		 86 aa  51.2  0.000005  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2401  XRE family transcriptional regulator  40.91 
 
 		 97 aa  50.8  0.000006  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000000242769  hitchhiker  0.0000223583 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1147  XRE family transcriptional regulator  41.94 
 
 		 69 aa  50.8  0.000007  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0127  XRE family transcriptional regulator  32.43 
 
 		 111 aa  50.4  0.000007  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1155  transcriptional regulator, XRE family  42.37 
 
 		 76 aa  50.8  0.000007  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1207  transcriptional regulator, XRE family  41.94 
 
 		 69 aa  50.8  0.000007  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.12255  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1276  transcriptional regulator, XRE family  41.94 
 
 		 69 aa  50.8  0.000007  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0675  XRE family transcriptional regulator  45.1 
 
 		 213 aa  50.4  0.000008  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.00384462  hitchhiker  0.000593607 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1971  XRE family transcriptional regulator  43.33 
 
 		 112 aa  50.4  0.000009  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.910423 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3995  XRE family transcriptional regulator  34.67 
 
 		 120 aa  50.4  0.000009  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0697  transcriptional regulator, XRE family  39.71 
 
 		 90 aa  50.4  0.000009  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006055  Mfl455  Cro/CI family transcriptional regulator  38.6 
 
 		 75 aa  49.7  0.00001  Mesoplasma florum L1  Bacteria  hitchhiker  1.33845e-27  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1052  hypothetical protein  39.66 
 
 		 84 aa  49.7  0.00001  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0999  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  41.67 
 
 		 129 aa  50.1  0.00001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1912  putative prophage repressor  41.94 
 
 		 196 aa  49.7  0.00001  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3542  XRE family transcriptional regulator  35.82 
 
 		 81 aa  50.1  0.00001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1668  transcriptional regulator, XRE family  37.14 
 
 		 256 aa  50.1  0.00001  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000231765  n/a   
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4162  XRE family transcriptional regulator  44.44 
 
 		 98 aa  50.1  0.00001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0540  helix-turn-helix domain-containing protein  43.08 
 
 		 90 aa  49.7  0.00001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.229999 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>