185 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbro_1450 on replicon NC_013441
Organism: Gordonia bronchialis DSM 43247



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013441  Gbro_1450  helix-turn-helix domain protein  100 
 
 		 93 aa  185  2e-46  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.847526  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1436  transcriptional regulator, XRE family  69.62 
 
 		 83 aa  114  3.9999999999999997e-25  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.118358  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0889  XRE family transcriptional regulator  50.77 
 
 		 81 aa  72.8  0.000000000001  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2655  XRE family transcriptional regulator  48.53 
 
 		 80 aa  68.6  0.00000000003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4980  XRE family transcriptional regulator  44.44 
 
 		 93 aa  59.7  0.00000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.213037  normal  0.656597 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6923  XRE family transcriptional regulator  44.44 
 
 		 81 aa  59.7  0.00000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.251007  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1180  XRE family transcriptional regulator  46.03 
 
 		 81 aa  58.9  0.00000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.133666  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0455  transcriptional regulator, XRE family  43.75 
 
 		 78 aa  57.4  0.00000007  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.181853  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0645  transcriptional regulator, XRE family  44.64 
 
 		 74 aa  56.2  0.0000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.00000232876  normal  0.586198 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4174  XRE family transcriptional regulator  45.83 
 
 		 81 aa  56.2  0.0000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.852413  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2012  DNA-binding protein  48.39 
 
 		 67 aa  56.2  0.0000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0741905  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6198  XRE family transcriptional regulator  47.62 
 
 		 104 aa  54.7  0.0000004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013224  Dret_2524  transcriptional regulator, XRE family  42.25 
 
 		 76 aa  54.7  0.0000005  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.000972778  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2009  DNA-binding protein  46.67 
 
 		 66 aa  54.7  0.0000005  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0175635  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0794  transcriptional regulator, XRE family  43.28 
 
 		 101 aa  52.8  0.000002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.382222 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3790  XRE family transcriptional regulator  38.89 
 
 		 129 aa  52  0.000003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000021488 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5293  XRE family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 81 aa  51.6  0.000004  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5565  XRE family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 81 aa  51.6  0.000004  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1957  transcriptional regulator, XRE family  39.47 
 
 		 89 aa  51.2  0.000005  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3923  XRE family transcriptional regulator  35.23 
 
 		 140 aa  51.2  0.000005  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.680179  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1500  transcriptional regulator, XRE family  48.08 
 
 		 81 aa  50.4  0.000007  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3445  XRE family transcriptional regulator  41.67 
 
 		 76 aa  50.8  0.000007  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0664347  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0459  transcriptional regulator, XRE family  42.86 
 
 		 81 aa  50.4  0.000008  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.995488  normal  0.299966 
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5225  XRE family transcriptional regulator  37.68 
 
 		 140 aa  49.7  0.00001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2281  XRE family transcriptional regulator  37.88 
 
 		 74 aa  50.1  0.00001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.048354  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0058  transcriptional regulator, XRE family  34.21 
 
 		 112 aa  49.7  0.00001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0711688  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3920  transcriptional regulator, XRE family  39.34 
 
 		 72 aa  50.1  0.00001  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  decreased coverage  0.00000806628  normal  0.211868 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3871  transcriptional regulator, XRE family  39.34 
 
 		 72 aa  50.1  0.00001  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1020  XRE family transcriptional regulator  41.1 
 
 		 149 aa  49.7  0.00001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.638142  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2326  hypothetical protein  39.68 
 
 		 87 aa  49.3  0.00002  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1052  hypothetical protein  39.68 
 
 		 84 aa  49.3  0.00002  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3134  DNA-binding protein  41.33 
 
 		 80 aa  49.3  0.00002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2521  XRE family transcriptional regulator  45 
 
 		 86 aa  49.7  0.00002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0965  XRE family transcriptional regulator  37.68 
 
 		 131 aa  48.9  0.00002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.476266  normal  0.0356883 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0026  XRE family transcriptional regulator  36.23 
 
 		 144 aa  48.5  0.00003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.153059  normal  0.660956 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1207  transcriptional regulator, XRE family  40.91 
 
 		 69 aa  48.5  0.00003  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.12255  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1147  XRE family transcriptional regulator  40.91 
 
 		 69 aa  48.5  0.00003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1276  transcriptional regulator, XRE family  40.91 
 
 		 69 aa  48.5  0.00003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0834  XRE family transcriptional regulator  37.68 
 
 		 145 aa  48.1  0.00004  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.211274  normal  0.760334 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_67  hypothetical protein  39.39 
 
 		 72 aa  48.1  0.00004  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0078  hypothetical protein  35 
 
 		 73 aa  47.8  0.00005  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1555  DNA-binding protein  39.39 
 
 		 72 aa  47.4  0.00007  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  decreased coverage  0.00000236293  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2116  hypothetical protein  36.51 
 
 		 86 aa  47.4  0.00008  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0814  XRE family transcriptional regulator  38.71 
 
 		 112 aa  47  0.00008  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1892  XRE family transcriptional regulator  43.33 
 
 		 390 aa  46.2  0.0001  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.0261519  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1921  transcriptional regulator, XRE family  38.46 
 
 		 78 aa  46.2  0.0001  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.339052  normal  0.010603 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3590  XRE family transcriptional regulator  41.1 
 
 		 79 aa  46.6  0.0001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.334421  normal  0.665085 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0016  transcriptional regulator, XRE family  42.42 
 
 		 138 aa  46.6  0.0001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000711578 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0443  transcriptional regulator  37.5 
 
 		 140 aa  46.2  0.0001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  unclonable  0.0000554716  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0045  XRE family transcriptional regulator  42.42 
 
 		 139 aa  46.6  0.0001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  decreased coverage  0.00000742068  hitchhiker  0.0000000000614145 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2134  transcriptional regulator, XRE family  39.68 
 
 		 85 aa  46.6  0.0001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.123571  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2543  transcriptional regulator, XRE family  35 
 
 		 104 aa  47  0.0001  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.0592097  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0329  XRE family transcriptional regulator  30 
 
 		 171 aa  46.6  0.0001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.846996  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2104  transcriptional regulator, XRE family  31.71 
 
 		 174 aa  46.2  0.0001  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0684  XRE family transcriptional regulator  35.94 
 
 		 101 aa  45.8  0.0002  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.0300399  normal  0.200777 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0337  XRE family transcriptional regulator  36.92 
 
 		 76 aa  45.4  0.0002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0583349  normal  0.335191 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3803  XRE family transcriptional regulator  36.92 
 
 		 76 aa  45.4  0.0002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.151697  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0014  transcriptional regulator, XRE family  42.42 
 
 		 139 aa  46.2  0.0002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.881591  normal  0.120221 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0101  XRE family transcriptional regulator  41.67 
 
 		 71 aa  46.2  0.0002  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.000000391644  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0299  XRE family transcriptional regulator  41.67 
 
 		 71 aa  46.2  0.0002  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.00000289962  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0753  XRE family transcriptional regulator  42.65 
 
 		 135 aa  46.2  0.0002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.057083  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2775  putative transcriptional regulator  32.47 
 
 		 123 aa  45.8  0.0002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2195  XRE family transcriptional regulator  34.78 
 
 		 83 aa  45.4  0.0003  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2573  transcriptional regulator, XRE family  38.81 
 
 		 77 aa  45.1  0.0003  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1806  XRE family transcriptional regulator  40.32 
 
 		 86 aa  45.4  0.0003  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.579392  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1574  XRE family transcriptional regulator  43.86 
 
 		 57 aa  45.1  0.0003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3578  XRE family transcriptional regulator  34.78 
 
 		 140 aa  45.1  0.0003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0751  helix-turn-helix domain-containing protein  36.92 
 
 		 69 aa  45.1  0.0003  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2892  transcriptional regulator, XRE family  29.07 
 
 		 166 aa  45.4  0.0003  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.203012 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1890  XRE family transcriptional regulator  43.4 
 
 		 120 aa  45.1  0.0004  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.00515298  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2403  XRE family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 75 aa  45.1  0.0004  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.588931 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1154  transcriptional regulator, XRE family  38.81 
 
 		 72 aa  44.7  0.0004  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3490  XRE family transcriptional regulator  36.76 
 
 		 76 aa  45.1  0.0004  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.23046  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_00425  transcriptional regulator, XRE family protein  34.33 
 
 		 67 aa  44.7  0.0004  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.0381282  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1080  XRE family transcriptional regulator  34.38 
 
 		 83 aa  44.7  0.0004  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.492824  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0675  XRE family transcriptional regulator  43.55 
 
 		 213 aa  44.3  0.0005  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.00384462  hitchhiker  0.000593607 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5234  DNA-binding protein  39.34 
 
 		 67 aa  44.3  0.0005  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000302998 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1193  helix-turn-helix domain-containing protein  43.1 
 
 		 68 aa  44.7  0.0005  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.67349  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3100  transcriptional regulator, XRE family  37.7 
 
 		 97 aa  44.3  0.0006  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00000473627  n/a   
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6504  transcriptional regulator, XRE family  38.33 
 
 		 152 aa  44.3  0.0006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013164  Apre_1799  transcriptional regulator, XRE family  35 
 
 		 78 aa  44.3  0.0006  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2176  transcriptional regulator, XRE family  37.7 
 
 		 97 aa  44.3  0.0006  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0073  DNA-binding protein  39.34 
 
 		 67 aa  43.9  0.0007  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0074  DNA-binding protein  39.34 
 
 		 67 aa  43.9  0.0007  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0070  transcriptional regulator  39.34 
 
 		 67 aa  43.9  0.0007  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0070  transcriptional regulator  39.34 
 
 		 67 aa  43.9  0.0007  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0074  DNA-binding protein  39.34 
 
 		 67 aa  43.9  0.0007  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1061  XRE family transcriptional regulator  29.49 
 
 		 155 aa  43.9  0.0007  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.161431  normal  0.803902 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0086  DNA-binding protein  39.34 
 
 		 67 aa  43.9  0.0007  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.786766  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0083  DNA-binding protein  39.34 
 
 		 67 aa  43.9  0.0007  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000440854 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2958  transcriptional regulator, XRE family  42.59 
 
 		 70 aa  43.9  0.0007  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.526804  normal  0.873082 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0070  XRE family transcriptional regulator  39.34 
 
 		 67 aa  43.9  0.0007  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2793  transcriptional regulator, XRE family  31.75 
 
 		 108 aa  43.9  0.0008  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.00000000236555  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1357  helix-turn-helix domain-containing protein  35.94 
 
 		 76 aa  43.9  0.0008  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.222468  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3177  XRE family transcriptional regulator  29.87 
 
 		 142 aa  43.9  0.0009  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0647326  normal  0.0138701 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0082  DNA-binding protein  39.34 
 
 		 67 aa  43.9  0.0009  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.815457  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR2159  Cro/CI family transcriptional regulator  43.64 
 
 		 137 aa  43.1  0.001  Brucella suis 1330  Bacteria  unclonable  0.00000314405  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3530  transcriptional regulator, XRE family  39.34 
 
 		 97 aa  43.5  0.001  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.606022  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0687  XRE family transcriptional regulator  33.85 
 
 		 105 aa  43.1  0.001  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.0236581  normal  0.500342 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3242  XRE family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 149 aa  43.5  0.001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>