208 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Nham_2521 on replicon NC_007964
Organism: Nitrobacter hamburgensis X14



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007964  Nham_2521  XRE family transcriptional regulator  100 
 
 
86 aa  173  9e-43  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3834  transcriptional regulator, XRE family  53.03 
 
 
79 aa  65.1  0.0000000003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2294  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  52.24 
 
 
80 aa  64.7  0.0000000004  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.00599682  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1219  putative HTH-type transcriptional regulator  47.06 
 
 
75 aa  63.9  0.0000000007  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.568152  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0198  XRE family transcriptional regulator  43.08 
 
 
109 aa  61.6  0.000000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3342  putative transcriptional regulatory protein  50 
 
 
87 aa  61.2  0.000000004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0179651  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0107  XRE family transcriptional regulator  44.62 
 
 
128 aa  61.2  0.000000005  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1097  transcription regulator protein  44.62 
 
 
113 aa  60.8  0.000000006  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.34059 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2572  transcriptional regulator, XRE family  52.63 
 
 
76 aa  60.8  0.000000006  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0645  transcriptional regulator, XRE family  55.77 
 
 
74 aa  60.5  0.000000007  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.00000232876  normal  0.586198 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3149  putative transcription regulator protein  44.62 
 
 
113 aa  59.7  0.00000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.369647 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2793  transcriptional regulator, XRE family  45.83 
 
 
76 aa  59.7  0.00000001  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1848  XRE family transcriptional regulator  47.69 
 
 
76 aa  59.7  0.00000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1155  transcriptional regulator, XRE family  50.88 
 
 
76 aa  59.3  0.00000002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3490  XRE family transcriptional regulator  53.33 
 
 
76 aa  59.3  0.00000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.23046  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3025  XRE family transcriptional regulator  43.66 
 
 
84 aa  57.4  0.00000007  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013224  Dret_2524  transcriptional regulator, XRE family  52.54 
 
 
76 aa  57  0.00000008  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.000972778  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0340  transcriptional regulator, XRE family  47.06 
 
 
93 aa  56.2  0.0000001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2573  transcriptional regulator, XRE family  46.67 
 
 
77 aa  55.8  0.0000002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5935  transcriptional regulator, XRE family  44.07 
 
 
67 aa  55.5  0.0000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3171  XRE family transcriptional regulator  44.12 
 
 
85 aa  55.5  0.0000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.83484 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1154  transcriptional regulator, XRE family  46.67 
 
 
72 aa  55.8  0.0000002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2575  XRE family transcriptional regulator  47.83 
 
 
230 aa  54.7  0.0000004  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal  0.556687 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0368  XRE family transcriptional regulator  41.18 
 
 
76 aa  54.3  0.0000005  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5955  transcriptional regulator, XRE family  42.37 
 
 
81 aa  54.3  0.0000006  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5920  transcriptional regulator, XRE family  43.08 
 
 
72 aa  53.9  0.0000007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_16550  predicted transcriptional regulator  47.83 
 
 
204 aa  53.9  0.0000008  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.45133 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1878  transcriptional regulator, XRE family  51.02 
 
 
70 aa  53.5  0.0000009  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1019  transcriptional regulator, XRE family  38.71 
 
 
107 aa  53.1  0.000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1436  transcriptional regulator, XRE family  46.67 
 
 
83 aa  53.5  0.000001  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.118358  n/a   
 
 
-
 
NC_011667  Tmz1t_2338  helix-turn-helix domain protein  46.97 
 
 
82 aa  53.1  0.000001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2195  XRE family transcriptional regulator  41.1 
 
 
83 aa  52.4  0.000002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3445  XRE family transcriptional regulator  40.32 
 
 
76 aa  52.8  0.000002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0664347  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0577  XRE family transcriptional regulator  54 
 
 
82 aa  52.4  0.000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0298135  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0965  XRE family transcriptional regulator  38.57 
 
 
131 aa  52.4  0.000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.476266  normal  0.0356883 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6563  transcriptional regulator, XRE family  40 
 
 
72 aa  52.4  0.000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0337  XRE family transcriptional regulator  53.06 
 
 
76 aa  51.6  0.000003  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0583349  normal  0.335191 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3803  XRE family transcriptional regulator  53.06 
 
 
76 aa  51.6  0.000003  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.151697  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2753  XRE family transcriptional regulator  42.86 
 
 
81 aa  52  0.000003  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4534  helix-turn-helix domain protein  48.48 
 
 
80 aa  52  0.000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0889  XRE family transcriptional regulator  46.77 
 
 
81 aa  51.2  0.000005  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3590  XRE family transcriptional regulator  52.73 
 
 
79 aa  51.2  0.000005  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.334421  normal  0.665085 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2012  DNA-binding protein  46.67 
 
 
67 aa  50.4  0.000008  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0741905  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3624  XRE family transcriptional regulator  50.88 
 
 
75 aa  50.4  0.000008  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0455  transcriptional regulator, XRE family  46.03 
 
 
78 aa  50.4  0.000009  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.181853  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0936  XRE family transcriptional regulator  42.62 
 
 
84 aa  50.4  0.000009  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  unclonable  0.0000000000155637  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3867  Cro/CI family transcriptional regulator  45 
 
 
75 aa  49.7  0.00001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4331  XRE family transcriptional regulator  44.9 
 
 
88 aa  49.7  0.00001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5723  transcriptional regulator, XRE family  41.54 
 
 
90 aa  50.1  0.00001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.118479  normal  0.785242 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2134  transcriptional regulator, XRE family  40.91 
 
 
85 aa  50.1  0.00001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.123571  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1992  XRE family transcriptional regulator  43.08 
 
 
74 aa  48.9  0.00002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.979113  normal 
 
 
-
 
NC_006055  Mfl455  Cro/CI family transcriptional regulator  34.25 
 
 
75 aa  48.9  0.00002  Mesoplasma florum L1  Bacteria  hitchhiker  1.33845e-27  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1450  helix-turn-helix domain protein  45 
 
 
93 aa  49.7  0.00002  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.847526  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0459  transcriptional regulator, XRE family  45.61 
 
 
81 aa  48.9  0.00002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.995488  normal  0.299966 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0101  XRE family transcriptional regulator  40 
 
 
71 aa  49.3  0.00002  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.000000391644  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0299  XRE family transcriptional regulator  40 
 
 
71 aa  49.3  0.00002  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.00000289962  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1522  transcriptional regulator, XRE family  44.12 
 
 
68 aa  48.5  0.00003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.379498  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1276  transcriptional regulator, XRE family  46.67 
 
 
69 aa  48.5  0.00003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0794  transcriptional regulator, XRE family  37.97 
 
 
101 aa  48.5  0.00003  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.382222 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1147  XRE family transcriptional regulator  46.67 
 
 
69 aa  48.5  0.00003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2436  XRE family transcriptional regulator  44.12 
 
 
68 aa  48.5  0.00003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.109963  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1207  transcriptional regulator, XRE family  46.67 
 
 
69 aa  48.5  0.00003  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.12255  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1427  transcriptional regulator, XRE family  44.12 
 
 
68 aa  48.5  0.00003  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4719  transcriptional regulator, XRE family  38.81 
 
 
86 aa  48.5  0.00003  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.155246 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0078  hypothetical protein  33.85 
 
 
73 aa  48.5  0.00003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1444  helix-turn-helix domain-containing protein  45.9 
 
 
68 aa  48.1  0.00004  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.557197  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1806  XRE family transcriptional regulator  44.44 
 
 
86 aa  48.1  0.00004  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.579392  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3542  XRE family transcriptional regulator  43.33 
 
 
81 aa  48.1  0.00004  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6540  XRE family transcriptional regulator  44.29 
 
 
113 aa  47.4  0.00007  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2281  XRE family transcriptional regulator  40 
 
 
74 aa  47.4  0.00007  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.048354  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4174  XRE family transcriptional regulator  45 
 
 
81 aa  47.4  0.00007  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.852413  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1574  XRE family transcriptional regulator  46.15 
 
 
57 aa  47.4  0.00007  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0252  XRE family transcriptional regulator  41.43 
 
 
90 aa  47  0.00008  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3914  XRE family transcriptional regulator  34.33 
 
 
84 aa  47.4  0.00008  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1136  helix-turn-helix domain-containing protein  39.39 
 
 
77 aa  47  0.00008  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1555  DNA-binding protein  40 
 
 
72 aa  47  0.00009  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  decreased coverage  0.00000236293  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_67  hypothetical protein  40 
 
 
72 aa  47  0.00009  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4136  XRE family transcriptional regulator  48.98 
 
 
78 aa  47  0.00009  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.527123  normal  0.419565 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3248  transcriptional regulator, XRE family  39.71 
 
 
110 aa  47  0.0001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0985  transcriptional regulator, XRE family  41.54 
 
 
83 aa  46.2  0.0001  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  hitchhiker  0.00196627  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2009  DNA-binding protein  39.34 
 
 
66 aa  46.6  0.0001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0175635  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5795  putative transcription regulator  42.86 
 
 
154 aa  46.2  0.0001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.372775  normal 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_05910  predicted transcriptional regulator  37.14 
 
 
190 aa  46.2  0.0001  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.848221  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0371  XRE family transcriptional regulator  30.43 
 
 
91 aa  46.2  0.0001  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.340091  normal  0.26916 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_5036  XRE family transcriptional regulator  43.33 
 
 
72 aa  46.6  0.0001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.899436  normal 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5417  XRE family transcriptional regulator  43.33 
 
 
72 aa  46.6  0.0001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.602876  normal  0.653324 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0668  XRE family transcriptional regulator  43.08 
 
 
87 aa  46.2  0.0001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3201  XRE family transcriptional regulator  54.76 
 
 
78 aa  45.8  0.0002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.000000000878656  hitchhiker  0.0000000379296 
 
 
-
 
NC_011991  Avi_9535  hypothetical transcription regulator protein  41.43 
 
 
88 aa  45.8  0.0002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.111117  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2559  transcriptional regulator, XRE family  36.84 
 
 
71 aa  45.8  0.0002  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3421  transcriptional regulator, XRE family  41.94 
 
 
154 aa  45.1  0.0003  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2655  XRE family transcriptional regulator  44.83 
 
 
80 aa  44.7  0.0004  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2254  XRE family transcriptional regulator  33.8 
 
 
185 aa  45.1  0.0004  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0575156  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6198  XRE family transcriptional regulator  40 
 
 
104 aa  45.1  0.0004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1481  XRE family transcriptional regulator  32.84 
 
 
97 aa  44.7  0.0004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.817787 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1193  helix-turn-helix domain-containing protein  45 
 
 
68 aa  45.1  0.0004  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.67349  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2458  XRE family transcriptional regulator  33.33 
 
 
72 aa  45.1  0.0004  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.282719  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4608  DNA-binding protein  40 
 
 
66 aa  44.7  0.0004  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.138106  normal 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1579  transcriptional regulator  33.8 
 
 
182 aa  44.7  0.0004  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.168139  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5402  XRE family transcriptional regulator  37.14 
 
 
74 aa  44.7  0.0004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>