More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bphy_0252 on replicon NC_010622
Organism: Burkholderia phymatum STM815



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010622  Bphy_0252  XRE family transcriptional regulator  100 
 
 		 90 aa  181  3e-45  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011667  Tmz1t_2338  helix-turn-helix domain protein  55.84 
 
 		 82 aa  79.7  0.00000000000001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0340  transcriptional regulator, XRE family  55.07 
 
 		 93 aa  70.9  0.000000000005  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2403  XRE family transcriptional regulator  51.56 
 
 		 75 aa  68.9  0.00000000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.588931 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3248  transcriptional regulator, XRE family  51.52 
 
 		 110 aa  67.8  0.00000000004  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1136  helix-turn-helix domain-containing protein  44.44 
 
 		 77 aa  65.5  0.0000000003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0931  DNA-binding protein  47.22 
 
 		 94 aa  64.3  0.0000000005  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0364  transcriptional regulator  47.22 
 
 		 94 aa  64.3  0.0000000005  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.854921  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0450  DNA-binding protein  47.22 
 
 		 94 aa  64.3  0.0000000005  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.40319  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1820  DNA-binding protein  47.22 
 
 		 94 aa  64.3  0.0000000005  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1410  DNA-binding protein  47.22 
 
 		 94 aa  64.3  0.0000000005  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0197  DNA-binding protein  47.22 
 
 		 94 aa  64.3  0.0000000005  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.846925  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1878  transcriptional regulator, XRE family  55.36 
 
 		 70 aa  64.3  0.0000000006  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1907  XRE family transcriptional regulator  47.22 
 
 		 94 aa  63.9  0.0000000007  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.512195  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4534  helix-turn-helix domain protein  53.73 
 
 		 80 aa  63.5  0.0000000009  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3834  transcriptional regulator, XRE family  50.91 
 
 		 79 aa  63.2  0.000000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2575  XRE family transcriptional regulator  54.84 
 
 		 230 aa  62.4  0.000000002  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.556687 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2195  XRE family transcriptional regulator  45.9 
 
 		 83 aa  61.6  0.000000003  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3624  XRE family transcriptional regulator  52 
 
 		 75 aa  60.8  0.000000006  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_00425  transcriptional regulator, XRE family protein  41.94 
 
 		 67 aa  60.8  0.000000006  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.0381282  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3490  XRE family transcriptional regulator  44.64 
 
 		 76 aa  59.7  0.00000001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.23046  normal  1 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5723  transcriptional regulator, XRE family  41.43 
 
 		 90 aa  59.7  0.00000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.118479  normal  0.785242 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1199  subunit S of type I restriction-modification system  53.85 
 
 		 77 aa  59.7  0.00000001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6540  XRE family transcriptional regulator  42.67 
 
 		 113 aa  59.7  0.00000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0196  subunit S of type I restriction-modification system  53.85 
 
 		 77 aa  59.7  0.00000001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.525048 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0914  transcriptional regulator, XRE family  43.75 
 
 		 96 aa  58.9  0.00000002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0337  XRE family transcriptional regulator  50 
 
 		 76 aa  58.9  0.00000002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0583349  normal  0.335191 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3803  XRE family transcriptional regulator  50 
 
 		 76 aa  58.9  0.00000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.151697  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1301  XRE family transcriptional regulator  39.19 
 
 		 96 aa  58.5  0.00000003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.405872  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0122  XRE family transcriptional regulator  46.38 
 
 		 91 aa  58.2  0.00000004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.347741  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0540  helix-turn-helix domain-containing protein  44.29 
 
 		 90 aa  57.8  0.00000005  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.229999 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0677  XRE family transcriptional regulator  40.32 
 
 		 85 aa  57.4  0.00000007  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00589237 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0299  XRE family transcriptional regulator  44.44 
 
 		 71 aa  57  0.00000008  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.00000289962  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0101  XRE family transcriptional regulator  44.44 
 
 		 71 aa  57  0.00000008  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.000000391644  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5955  transcriptional regulator, XRE family  36 
 
 		 81 aa  57  0.00000009  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3593  XRE family transcriptional regulator  38.89 
 
 		 76 aa  56.6  0.0000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.283454  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2793  transcriptional regulator, XRE family  41.43 
 
 		 76 aa  56.6  0.0000001  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1554  XRE family transcriptional regulator  43.24 
 
 		 91 aa  56.2  0.0000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.902215  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1574  XRE family transcriptional regulator  46.43 
 
 		 57 aa  56.2  0.0000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0889  XRE family transcriptional regulator  47.89 
 
 		 81 aa  55.8  0.0000002  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0794  transcriptional regulator, XRE family  40.85 
 
 		 101 aa  56.2  0.0000002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.382222 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3201  XRE family transcriptional regulator  46.77 
 
 		 78 aa  55.8  0.0000002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.000000000878656  hitchhiker  0.0000000379296 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1155  transcriptional regulator, XRE family  34.72 
 
 		 76 aa  55.1  0.0000003  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3342  putative transcriptional regulatory protein  42.86 
 
 		 87 aa  54.3  0.0000006  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0179651  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3309  XRE family transcriptional regulator  37.04 
 
 		 209 aa  53.9  0.0000008  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_67  hypothetical protein  40.32 
 
 		 72 aa  53.1  0.000001  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1419  XRE family transcriptional regulator  37.1 
 
 		 178 aa  53.5  0.000001  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4136  XRE family transcriptional regulator  45.16 
 
 		 78 aa  53.5  0.000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.527123  normal  0.419565 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2572  transcriptional regulator, XRE family  34.72 
 
 		 76 aa  53.5  0.000001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3590  XRE family transcriptional regulator  49.12 
 
 		 79 aa  53.5  0.000001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.334421  normal  0.665085 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4003  XRE family transcriptional regulator  40.32 
 
 		 73 aa  53.1  0.000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.168012 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1547  helix-turn-helix domain-containing protein  32.89 
 
 		 90 aa  53.1  0.000001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0103504  normal  0.0779138 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3515  XRE family transcriptional regulator  40.32 
 
 		 73 aa  53.1  0.000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002936  DET1555  DNA-binding protein  40.32 
 
 		 72 aa  52.4  0.000002  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  decreased coverage  0.00000236293  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2116  hypothetical protein  38.33 
 
 		 86 aa  52  0.000002  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2624  XRE family transcriptional regulator  40.32 
 
 		 73 aa  52.4  0.000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.930034 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1890  XRE family transcriptional regulator  38.71 
 
 		 120 aa  52.8  0.000002  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.00515298  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0586  XRE family transcriptional regulator  41.67 
 
 		 134 aa  52.8  0.000002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004349  SO_A0002  type II restriction-modification system activator, putative  40 
 
 		 75 aa  52  0.000003  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  hitchhiker  0.00243501  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1193  helix-turn-helix domain-containing protein  40.98 
 
 		 68 aa  52  0.000003  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.67349  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2134  transcriptional regulator, XRE family  47.46 
 
 		 85 aa  51.6  0.000003  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.123571  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3025  XRE family transcriptional regulator  40.3 
 
 		 84 aa  51.6  0.000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1207  transcriptional regulator, XRE family  40.98 
 
 		 69 aa  52  0.000003  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.12255  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1147  XRE family transcriptional regulator  40.98 
 
 		 69 aa  52  0.000003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1848  XRE family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 76 aa  51.6  0.000003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010679  Bphyt_7274  transcriptional regulator, XRE family  38.81 
 
 		 79 aa  51.6  0.000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.21577  normal  0.150525 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1276  transcriptional regulator, XRE family  40.98 
 
 		 69 aa  52  0.000003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1921  transcriptional regulator, XRE family  37.5 
 
 		 78 aa  51.6  0.000004  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.339052  normal  0.010603 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3368  XRE family transcriptional regulator  44.78 
 
 		 78 aa  51.6  0.000004  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.101662 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5935  transcriptional regulator, XRE family  38.98 
 
 		 67 aa  51.2  0.000004  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1892  XRE family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 390 aa  51.2  0.000004  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.0261519  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0130  XRE family transcriptional regulator  44.78 
 
 		 78 aa  51.6  0.000004  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0877719  normal  0.647835 
 
 
-
 
NC_006055  Mfl067  Cro/CI family transcriptional regulator  38.89 
 
 		 78 aa  51.2  0.000005  Mesoplasma florum L1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0965  XRE family transcriptional regulator  46 
 
 		 131 aa  50.8  0.000006  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.476266  normal  0.0356883 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3445  XRE family transcriptional regulator  43.4 
 
 		 76 aa  50.8  0.000006  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0664347  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1959  transcriptional regulator, XRE family  31.88 
 
 		 73 aa  50.4  0.000007  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.127837  normal  1 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6563  transcriptional regulator, XRE family  41.27 
 
 		 72 aa  50.4  0.000008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3421  transcriptional regulator, XRE family  43.86 
 
 		 154 aa  50.4  0.000008  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0596  transcriptional regulator, XRE family  32.86 
 
 		 90 aa  50.4  0.000008  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5920  transcriptional regulator, XRE family  41.27 
 
 		 72 aa  50.4  0.000008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0572  cupin 2 domain-containing protein  36.07 
 
 		 178 aa  50.4  0.000009  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1033  transcriptional regulator, XRE family  43.33 
 
 		 195 aa  50.4  0.000009  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2573  transcriptional regulator, XRE family  30.26 
 
 		 77 aa  49.7  0.00001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc3132  putative transcription regulator protein  40.32 
 
 		 209 aa  50.1  0.00001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.25062  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0999  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  48 
 
 		 129 aa  50.1  0.00001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0684  XRE family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 101 aa  49.7  0.00001  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.0300399  normal  0.200777 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1892  transcriptional regulator, XRE family  44.07 
 
 		 89 aa  49.7  0.00001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.883347  n/a   
 
 
-
 
NC_011991  Avi_9535  hypothetical transcription regulator protein  40.28 
 
 		 88 aa  49.7  0.00001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.111117  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3684  transcriptional regulator, XRE family  36.07 
 
 		 180 aa  49.7  0.00001  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  unclonable  0.0000000000437538  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0025  putative DNA-binding protein  42.42 
 
 		 81 aa  50.1  0.00001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0532078  normal  0.345409 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3542  XRE family transcriptional regulator  39.62 
 
 		 81 aa  49.7  0.00001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013224  Dret_2524  transcriptional regulator, XRE family  36.07 
 
 		 76 aa  48.9  0.00002  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.000972778  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3812  XRE family transcriptional regulator  35.71 
 
 		 78 aa  48.9  0.00002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.497923 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3867  Cro/CI family transcriptional regulator  39.62 
 
 		 75 aa  48.9  0.00002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2559  transcriptional regulator, XRE family  32.84 
 
 		 71 aa  49.3  0.00002  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4174  XRE family transcriptional regulator  38.03 
 
 		 81 aa  48.9  0.00002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.852413  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0960  DNA methyltransferase  41.07 
 
 		 70 aa  48.9  0.00002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.143973  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0207  XRE family transcriptional regulator  41.94 
 
 		 63 aa  49.7  0.00002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0689  XRE family transcriptional regulator  40.32 
 
 		 63 aa  49.3  0.00002  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.285509  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1115  transcriptional regulator, Cro/CI family  32.84 
 
 		 77 aa  49.3  0.00002  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.253142  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>