225 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_3171 on replicon NC_008687
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008687  Pden_3171  XRE family transcriptional regulator  100 
 
 		 85 aa  171  3.9999999999999995e-42  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.83484 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1848  XRE family transcriptional regulator  83.82 
 
 		 76 aa  115  1.9999999999999998e-25  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2793  transcriptional regulator, XRE family  65.33 
 
 		 76 aa  99.4  1e-20  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5920  transcriptional regulator, XRE family  73.53 
 
 		 72 aa  99  2e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6563  transcriptional regulator, XRE family  69.12 
 
 		 72 aa  95.1  3e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0577  XRE family transcriptional regulator  79.71 
 
 		 82 aa  93.2  1e-18  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0298135  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5402  XRE family transcriptional regulator  61.19 
 
 		 74 aa  78.6  0.00000000000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3342  putative transcriptional regulatory protein  57.97 
 
 		 87 aa  76.6  0.0000000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0179651  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0130  XRE family transcriptional regulator  51.47 
 
 		 78 aa  69.3  0.00000000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0877719  normal  0.647835 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3368  XRE family transcriptional regulator  51.47 
 
 		 78 aa  69.3  0.00000000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.101662 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5417  XRE family transcriptional regulator  47.76 
 
 		 72 aa  66.2  0.0000000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.602876  normal  0.653324 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_5036  XRE family transcriptional regulator  47.76 
 
 		 72 aa  66.2  0.0000000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.899436  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3834  transcriptional regulator, XRE family  50.75 
 
 		 79 aa  65.5  0.0000000003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2294  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  54.1 
 
 		 80 aa  63.2  0.000000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.00599682  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4719  transcriptional regulator, XRE family  39.47 
 
 		 86 aa  59.7  0.00000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.155246 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0455  transcriptional regulator, XRE family  50 
 
 		 78 aa  58.2  0.00000003  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.181853  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2575  XRE family transcriptional regulator  46.88 
 
 		 230 aa  58.2  0.00000004  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.556687 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0669  XRE family transcriptional regulator  40.58 
 
 		 75 aa  58.2  0.00000004  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3542  XRE family transcriptional regulator  46.67 
 
 		 81 aa  58.2  0.00000004  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6540  XRE family transcriptional regulator  42.03 
 
 		 113 aa  57.8  0.00000005  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1547  helix-turn-helix domain-containing protein  48.21 
 
 		 90 aa  57  0.00000007  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0103504  normal  0.0779138 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4331  XRE family transcriptional regulator  38.55 
 
 		 88 aa  57  0.00000008  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0368  XRE family transcriptional regulator  39.13 
 
 		 76 aa  56.2  0.0000002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2521  XRE family transcriptional regulator  44.12 
 
 		 86 aa  55.5  0.0000002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2403  XRE family transcriptional regulator  44.62 
 
 		 75 aa  55.8  0.0000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.588931 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1992  XRE family transcriptional regulator  41.18 
 
 		 74 aa  56.2  0.0000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.979113  normal  1 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5723  transcriptional regulator, XRE family  37.35 
 
 		 90 aa  55.1  0.0000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.118479  normal  0.785242 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0914  transcriptional regulator, XRE family  48.33 
 
 		 96 aa  55.1  0.0000003  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2281  XRE family transcriptional regulator  40.62 
 
 		 74 aa  55.5  0.0000003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.048354  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4969  transcriptional regulator, XRE family  38.16 
 
 		 86 aa  55.1  0.0000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002967  TDE2445  DNA-binding protein  37.31 
 
 		 101 aa  54.7  0.0000004  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.153574  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0340  transcriptional regulator, XRE family  42.03 
 
 		 93 aa  54.7  0.0000004  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1991  XRE family transcriptional regulator  42.65 
 
 		 69 aa  54.3  0.0000005  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0843  XRE family transcriptional regulator  36.23 
 
 		 71 aa  54.3  0.0000006  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00421262 
 
 
-
 
NC_011991  Avi_9535  hypothetical transcription regulator protein  36.49 
 
 		 88 aa  53.5  0.0000008  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.111117  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4136  XRE family transcriptional regulator  41.79 
 
 		 78 aa  53.5  0.0000008  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.527123  normal  0.419565 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3025  XRE family transcriptional regulator  40 
 
 		 84 aa  53.5  0.0000009  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3268  XRE family transcriptional regulator  39.13 
 
 		 91 aa  53.5  0.0000009  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0936  XRE family transcriptional regulator  41.54 
 
 		 84 aa  53.5  0.000001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  unclonable  0.0000000000155637  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1806  XRE family transcriptional regulator  45.16 
 
 		 86 aa  53.1  0.000001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.579392  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3867  Cro/CI family transcriptional regulator  43.33 
 
 		 75 aa  52.8  0.000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013164  Apre_1799  transcriptional regulator, XRE family  39.39 
 
 		 78 aa  52.4  0.000002  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_00425  transcriptional regulator, XRE family protein  38.33 
 
 		 67 aa  52.4  0.000002  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.0381282  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3812  XRE family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 78 aa  51.6  0.000003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.497923 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2329  XRE family transcriptional regulator  40.91 
 
 		 100 aa  52  0.000003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.632323  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1136  helix-turn-helix domain-containing protein  39.39 
 
 		 77 aa  51.2  0.000004  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006055  Mfl455  Cro/CI family transcriptional regulator  41.94 
 
 		 75 aa  51.2  0.000005  Mesoplasma florum L1  Bacteria  hitchhiker  1.33845e-27  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1224  transcriptional regulator, XRE family  40.32 
 
 		 94 aa  50.4  0.000007  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  hitchhiker  0.0000350167  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1485  XRE family transcriptional regulator  39.13 
 
 		 75 aa  50.8  0.000007  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002936  DET0251  transcriptional repressor LexA, putative  36.59 
 
 		 217 aa  50.1  0.00001  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  decreased coverage  0.00843575  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0274  transcriptional repressor LexA, putative  36.59 
 
 		 217 aa  50.1  0.00001  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0884  transcriptional repressor LexA, putative  36.59 
 
 		 217 aa  50.1  0.00001  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.0403534  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5935  transcriptional regulator, XRE family  41.82 
 
 		 67 aa  49.7  0.00001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1301  XRE family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 96 aa  50.1  0.00001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.405872  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0461  XRE family transcriptional regulator  31.25 
 
 		 97 aa  49.7  0.00001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.171408  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5955  transcriptional regulator, XRE family  40 
 
 		 81 aa  49.7  0.00001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5389  XRE family transcriptional regulator  36.76 
 
 		 70 aa  49.7  0.00001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.130054 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5795  putative transcription regulator  37.88 
 
 		 154 aa  50.1  0.00001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.372775  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3201  XRE family transcriptional regulator  38.24 
 
 		 78 aa  49.7  0.00001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.000000000878656  hitchhiker  0.0000000379296 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1878  transcriptional regulator, XRE family  40.98 
 
 		 70 aa  49.7  0.00001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1046  XRE family transcriptional regulator  36.62 
 
 		 186 aa  50.1  0.00001  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1199  subunit S of type I restriction-modification system  48.33 
 
 		 77 aa  50.1  0.00001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0196  subunit S of type I restriction-modification system  48.33 
 
 		 77 aa  50.1  0.00001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.525048 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0960  DNA methyltransferase  40 
 
 		 70 aa  50.1  0.00001  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.143973  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0772  putative transcriptional regulator, XRE family  40 
 
 		 199 aa  49.3  0.00002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0337  XRE family transcriptional regulator  38.81 
 
 		 76 aa  48.9  0.00002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0583349  normal  0.335191 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3803  XRE family transcriptional regulator  38.81 
 
 		 76 aa  48.9  0.00002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.151697  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06215  hypothetical protein  41.67 
 
 		 68 aa  48.5  0.00003  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0252  XRE family transcriptional regulator  38.46 
 
 		 90 aa  48.1  0.00003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4534  helix-turn-helix domain protein  40.62 
 
 		 80 aa  48.5  0.00003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0540  helix-turn-helix domain-containing protein  39.06 
 
 		 90 aa  48.1  0.00004  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.229999 
 
 
-
 
NC_002976  SERP0685  Cro/CI family transcriptional regulator  38.1 
 
 		 179 aa  47.8  0.00005  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4180  XRE family transcriptional regulator  34.94 
 
 		 199 aa  47.8  0.00005  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1554  XRE family transcriptional regulator  42.19 
 
 		 91 aa  47.8  0.00005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.902215  normal  1 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0572  cupin 2 domain-containing protein  44.83 
 
 		 178 aa  47.4  0.00006  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3490  XRE family transcriptional regulator  40.98 
 
 		 76 aa  47.4  0.00007  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.23046  normal  1 
 
 
-
 
NC_011667  Tmz1t_2338  helix-turn-helix domain protein  37.88 
 
 		 82 aa  47.4  0.00008  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1816  XRE family transcriptional regulator  34.67 
 
 		 191 aa  47  0.00009  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00473491  hitchhiker  0.000617218 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0455  helix-turn-helix domain-containing protein  43.55 
 
 		 84 aa  47  0.00009  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.846585  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2753  XRE family transcriptional regulator  40.32 
 
 		 81 aa  46.6  0.0001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0931  DNA-binding protein  39.34 
 
 		 94 aa  46.6  0.0001  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0364  transcriptional regulator  39.34 
 
 		 94 aa  46.6  0.0001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.854921  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2624  XRE family transcriptional regulator  40 
 
 		 73 aa  46.2  0.0001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.930034 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0668  XRE family transcriptional regulator  42.65 
 
 		 87 aa  46.6  0.0001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2573  transcriptional regulator, XRE family  36.67 
 
 		 77 aa  46.6  0.0001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0713  ribulose-phosphate 3-epimerase  36.92 
 
 		 81 aa  46.6  0.0001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.625561 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1135  XRE family transcriptional regulator  35 
 
 		 99 aa  46.6  0.0001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1481  XRE family transcriptional regulator  32.31 
 
 		 97 aa  46.6  0.0001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.817787 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1725  transcriptional regulator, XRE family  44.64 
 
 		 145 aa  46.6  0.0001  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0450  DNA-binding protein  39.34 
 
 		 94 aa  46.6  0.0001  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.40319  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0197  DNA-binding protein  39.34 
 
 		 94 aa  46.6  0.0001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.846925  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1820  DNA-binding protein  39.34 
 
 		 94 aa  46.6  0.0001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1410  DNA-binding protein  39.34 
 
 		 94 aa  46.6  0.0001  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0985  transcriptional regulator, XRE family  55 
 
 		 83 aa  46.6  0.0001  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  hitchhiker  0.00196627  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3624  XRE family transcriptional regulator  38.81 
 
 		 75 aa  46.6  0.0001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1154  transcriptional regulator, XRE family  36.67 
 
 		 72 aa  46.6  0.0001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0273  XRE family transcriptional regulator  43.1 
 
 		 176 aa  45.8  0.0002  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  decreased coverage  0.0000144131  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1414  XRE family transcriptional regulator  38.33 
 
 		 179 aa  45.8  0.0002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.0298473 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1219  putative HTH-type transcriptional regulator  36.92 
 
 		 75 aa  45.8  0.0002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.568152  normal  1 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0275  cupin 2 domain-containing protein  43.1 
 
 		 188 aa  45.8  0.0002  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000000353927  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>