201 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_5389 on replicon NC_009621
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009621  Smed_5389  XRE family transcriptional regulator  100 
 
 		 70 aa  138  3e-32  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.130054 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3812  XRE family transcriptional regulator  73.91 
 
 		 78 aa  108  2.0000000000000002e-23  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.497923 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1485  XRE family transcriptional regulator  63.77 
 
 		 75 aa  96.3  1e-19  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0843  XRE family transcriptional regulator  65.15 
 
 		 71 aa  93.2  1e-18  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00421262 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5920  transcriptional regulator, XRE family  47.83 
 
 		 72 aa  68.2  0.00000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6563  transcriptional regulator, XRE family  47.06 
 
 		 72 aa  66.6  0.0000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0130  XRE family transcriptional regulator  44.29 
 
 		 78 aa  62.8  0.000000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0877719  normal  0.647835 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3368  XRE family transcriptional regulator  44.29 
 
 		 78 aa  62.8  0.000000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.101662 
 
 
-
 
NC_006055  Mfl067  Cro/CI family transcriptional regulator  42.62 
 
 		 78 aa  59.7  0.00000001  Mesoplasma florum L1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1136  helix-turn-helix domain-containing protein  43.75 
 
 		 77 aa  59.3  0.00000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5402  XRE family transcriptional regulator  37.14 
 
 		 74 aa  59.3  0.00000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3342  putative transcriptional regulatory protein  41.18 
 
 		 87 aa  55.8  0.0000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0179651  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2792  transcriptional regulator, XRE family  41.79 
 
 		 72 aa  55.1  0.0000003  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1848  XRE family transcriptional regulator  39.71 
 
 		 76 aa  54.3  0.0000006  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4019  XRE family transcriptional regulator  40.91 
 
 		 72 aa  53.1  0.000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.0671372 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3268  XRE family transcriptional regulator  39.13 
 
 		 91 aa  53.1  0.000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3867  Cro/CI family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 75 aa  52.4  0.000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006055  Mfl455  Cro/CI family transcriptional regulator  40.98 
 
 		 75 aa  52.4  0.000002  Mesoplasma florum L1  Bacteria  hitchhiker  1.33845e-27  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1812  XRE family transcriptional regulator  40 
 
 		 72 aa  52.4  0.000002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.330526  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1301  XRE family transcriptional regulator  39.39 
 
 		 96 aa  51.6  0.000003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.405872  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE2445  DNA-binding protein  38.57 
 
 		 101 aa  51.2  0.000005  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.153574  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1193  helix-turn-helix domain-containing protein  39.71 
 
 		 68 aa  51.2  0.000005  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.67349  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3914  XRE family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 84 aa  51.2  0.000005  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_00425  transcriptional regulator, XRE family protein  45.61 
 
 		 67 aa  50.8  0.000007  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.0381282  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3542  XRE family transcriptional regulator  41.07 
 
 		 81 aa  50.1  0.000009  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2793  transcriptional regulator, XRE family  37.68 
 
 		 76 aa  50.4  0.000009  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3134  DNA-binding protein  42.37 
 
 		 80 aa  50.1  0.00001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3171  XRE family transcriptional regulator  36.76 
 
 		 85 aa  49.7  0.00001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.83484 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4136  XRE family transcriptional regulator  39.13 
 
 		 78 aa  49.7  0.00001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.527123  normal  0.419565 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4522  transcriptional regulator, XRE family  44.07 
 
 		 188 aa  48.9  0.00002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0681879  normal  0.0291061 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1276  transcriptional regulator, XRE family  39.39 
 
 		 69 aa  49.3  0.00002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1147  XRE family transcriptional regulator  39.39 
 
 		 69 aa  49.3  0.00002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1207  transcriptional regulator, XRE family  39.39 
 
 		 69 aa  49.3  0.00002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.12255  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0540  helix-turn-helix domain-containing protein  37.88 
 
 		 90 aa  49.3  0.00002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.229999 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0668  XRE family transcriptional regulator  33.82 
 
 		 87 aa  49.7  0.00002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_5036  XRE family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 72 aa  48.9  0.00002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.899436  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5417  XRE family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 72 aa  48.9  0.00002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.602876  normal  0.653324 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4719  transcriptional regulator, XRE family  39.39 
 
 		 86 aa  48.1  0.00004  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.155246 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3995  XRE family transcriptional regulator  35.38 
 
 		 120 aa  48.1  0.00004  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0872  transcriptional regulator  39.39 
 
 		 192 aa  47.8  0.00005  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.62802  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4257  transcriptional regulator, XRE family  42.37 
 
 		 189 aa  47.8  0.00006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.166003  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2009  transcriptional regulator, XRE family  42.86 
 
 		 93 aa  47.4  0.00007  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.634386 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0929  XRE family transcriptional regulator  39.39 
 
 		 224 aa  47.4  0.00007  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.145461  normal  0.153472 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2210  transcriptional regulator, XRE family  39.71 
 
 		 195 aa  47  0.00008  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.949814  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0455  transcriptional regulator, XRE family  36.07 
 
 		 78 aa  47  0.00009  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.181853  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE0127  DNA-binding protein  36.07 
 
 		 104 aa  46.2  0.0001  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.797375  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1444  helix-turn-helix domain-containing protein  36.92 
 
 		 68 aa  46.6  0.0001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.557197  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1427  transcriptional regulator, XRE family  36.92 
 
 		 68 aa  46.6  0.0001  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2436  XRE family transcriptional regulator  36.92 
 
 		 68 aa  46.6  0.0001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.109963  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0936  XRE family transcriptional regulator  34.38 
 
 		 84 aa  46.6  0.0001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  unclonable  0.0000000000155637  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1522  transcriptional regulator, XRE family  36.92 
 
 		 68 aa  46.6  0.0001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.379498  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4969  transcriptional regulator, XRE family  36.76 
 
 		 86 aa  46.6  0.0001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3403  putative transcriptional regulator  39.13 
 
 		 183 aa  46.6  0.0001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4331  XRE family transcriptional regulator  40.32 
 
 		 88 aa  46.2  0.0002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1123  XRE family transcriptional regulator  42.65 
 
 		 221 aa  46.2  0.0002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0106313  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0668  XRE family transcriptional regulator  42.65 
 
 		 206 aa  46.2  0.0002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1147  XRE family transcriptional regulator  42.65 
 
 		 206 aa  46.2  0.0002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011986  Avi_9804  helix turn helix transcriptional regulator  38.46 
 
 		 160 aa  45.4  0.0002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1219  putative HTH-type transcriptional regulator  35.48 
 
 		 75 aa  45.8  0.0002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.568152  normal  1 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1109  XRE family transcriptional regulator  35.82 
 
 		 183 aa  45.8  0.0002  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2350  helix-turn-helix domain-containing protein  37.88 
 
 		 91 aa  45.1  0.0003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0685  transcriptional regulator, XRE family  39.29 
 
 		 86 aa  45.1  0.0003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0577  XRE family transcriptional regulator  43.4 
 
 		 82 aa  45.1  0.0003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0298135  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2575  XRE family transcriptional regulator  37.31 
 
 		 230 aa  45.4  0.0003  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.556687 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3387  transcriptional regulator, XRE family  39.29 
 
 		 93 aa  45.1  0.0003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2403  XRE family transcriptional regulator  32.81 
 
 		 75 aa  45.4  0.0003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.588931 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2928  DNA-binding protein  34.78 
 
 		 185 aa  45.1  0.0003  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00384603 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1158  XRE family transcriptional regulator  37.29 
 
 		 179 aa  45.4  0.0003  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  decreased coverage  0.00000119717  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1180  helix-turn-helix domain-containing protein  37.29 
 
 		 179 aa  45.4  0.0003  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  unclonable  0.000000150819  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0873  DNA-binding protein, putative  35 
 
 		 222 aa  45.1  0.0004  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0596  transcriptional regulator, XRE family  36.51 
 
 		 90 aa  45.1  0.0004  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4259  XRE family transcriptional regulator  43.75 
 
 		 206 aa  44.7  0.0004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.655976  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3590  XRE family transcriptional regulator  36.67 
 
 		 79 aa  44.7  0.0004  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.334421  normal  0.665085 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0921  transcriptional regulator, XRE family  37.88 
 
 		 260 aa  45.1  0.0004  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.746837  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0985  transcriptional regulator, XRE family  36.23 
 
 		 83 aa  44.7  0.0004  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  hitchhiker  0.00196627  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1029  XRE family transcriptional regulator  41.18 
 
 		 219 aa  44.7  0.0005  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.289543  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3834  transcriptional regulator, XRE family  35.82 
 
 		 79 aa  44.3  0.0005  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5143  putative transcriptional regulator, XRE family  36.51 
 
 		 192 aa  44.7  0.0005  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0117731  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0197  XRE family transcriptional regulator  40.74 
 
 		 190 aa  44.7  0.0005  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0555347  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2281  XRE family transcriptional regulator  37.1 
 
 		 74 aa  44.7  0.0005  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.048354  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2349  hypothetical protein  42.59 
 
 		 69 aa  44.7  0.0005  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5790  XRE family transcriptional regulator  37.1 
 
 		 90 aa  44.3  0.0006  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.902407  hitchhiker  0.00485473 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0917  transcriptional regulator, XRE family  37.88 
 
 		 192 aa  44.3  0.0006  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0684  XRE family transcriptional regulator  38.71 
 
 		 101 aa  43.9  0.0007  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.0300399  normal  0.200777 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1025  XRE family transcriptional regulator  41.18 
 
 		 219 aa  43.9  0.0007  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.976587  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0669  XRE family transcriptional regulator  34.78 
 
 		 75 aa  44.3  0.0007  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1579  transcriptional regulator  33.33 
 
 		 182 aa  43.9  0.0008  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.168139  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2481  DNA-binding protein  34.78 
 
 		 185 aa  43.9  0.0009  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  decreased coverage  0.00193646  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0127  transcriptional regulator, XRE family  40.3 
 
 		 193 aa  43.5  0.001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.116873  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0662  XRE family transcriptional regulator  39.39 
 
 		 259 aa  43.5  0.001  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2254  XRE family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 185 aa  43.5  0.001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0575156  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0850  XRE family transcriptional regulator  31.88 
 
 		 182 aa  43.5  0.001  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.406298  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0677  XRE family transcriptional regulator  39.66 
 
 		 85 aa  43.1  0.001  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00589237 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1221  XRE family transcriptional regulator  44.23 
 
 		 173 aa  43.1  0.001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000921846 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1428  DNA-binding protein  37.14 
 
 		 192 aa  42.7  0.001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0368  XRE family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 76 aa  43.1  0.001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2329  XRE family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 100 aa  43.5  0.001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.632323  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3201  XRE family transcriptional regulator  35.29 
 
 		 78 aa  43.1  0.001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.000000000878656  hitchhiker  0.0000000379296 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1224  transcriptional regulator, XRE family  40.91 
 
 		 94 aa  43.5  0.001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  hitchhiker  0.0000350167  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5935  transcriptional regulator, XRE family  41.67 
 
 		 67 aa  43.1  0.001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>